R语言-零碎知识点

R语言dlnm包在时间序列空气污染数据的分布滞后线性和非线性模型的应用(2)

本期应粉丝要求复现一篇6分左右文章的图片，文章名称是：Airpollutionandcoronaryheartdisease–relatedhospitalvisitsinBeijing,China:time-seriesanalysisusingageneralizedadditivemode（空气污染和冠心病相关医院访问,中国北京:时间序列分析应用广义加性模型）作者研究了多种空气污染物与冠心病
天桥下的卖艺者·2023-11-30 08:23

R语言基于Matching包进行倾向评分匹配（PSM）

倾向评分匹配（PropensityScoreMatching，简称PSM）是一种统计学方法，用于处理观察研究（ObservationalStudy）的数据，在SCI文章中应用非常广泛。在观察研究中，由于种种原因，数据偏差（bias）和混杂变量（confoundingvariable）较多，倾向评分匹配的方法正是为了减少这些偏差和混杂变量的影响，以便对实验组和对照组进行更合理的比较。为什么需要做倾向
天桥下的卖艺者·2023-11-30 08:22

R语言rhdf5读写hdf5文件(.h5)展示文件组织结构和数据索引

h5只是一种简单的数据组织格式【层级数据存储格式(HierarchicalDataFormat：HDF)】，该格式被设计用以存储和组织大量数据。在一些单细胞文献中，作者通常会将分析的数据上传到GEO数据库保存为.h5格式文件，而不是我们常见的工程文件(rds文件，表格数据等)，所以为了解析利用这些数据需要对hdf5格式的组织结构有一定的了解。（注：在Seurat包中有现成的函数Seurat::Re
Nh_code·2023-11-30 08:19

Linux 下用R语言打开hdf5(.h5)文件异常的解决方案

6月10日从GEO数据库下载了作者上传的表达矩阵h5格式文件，需用从中提取出表达矩阵然后重构Seurat分析对象；该exp_matrix.hdf5文件在我的Window系统上，可以通过rhdf5::H5Fopen和hdf5r::H5File$new两种方法打开读取文件内容。但是由于文件太大，有6个G，在我24G内存的Windows系统上没办法完全加载出矩阵。于是就把文件上传到服务器集群进行处理，以
Nh_code·2023-11-30 08:19

R语言gWQS包在加权分位数和回归模型的应用

在流行病学研究中，相较于单一因素的暴露，多因素同时暴露的情况更为常见。传统模型在评价多因素联合暴露时存在数据维度高、多重共线性等问题.WQS回归模型的基本原理是通过分位数间距及加权的方法，将多种研究因素的效应综合成为一个指数，再进行回归分析。不同因素赋予的权重反映了其对结局的影响程度。使用该模型时应满足各研究因素对结局影响的方向相同这一基本假设.模型的一般形式为：式中：c表示污染物种类；β0表示截
天桥下的卖艺者·2023-11-30 08:16

R语言学习DAY04：回归分析

Allmodelsarewrong,butsomeareuseful—GeorgeBoxR本身是一门统计语言，主要用于统计分析，前面的语法部分算是基础，接下来开始进入统计模型应用。首先从最常用的回归分析说起。有关线性回归分析模型的基本假定需要注意：1）关于随机干扰项的高斯-马尔科夫定理；2）关于自变量的：不存在共线性；3）关于模型的：模型设定正确。模型拟合lm函数：用最小二乘法估计模型参数x<-s
sonder_943f·2023-11-30 07:54

R语言ggplot2绘制Y轴截断柱形图

有时候做柱形图如果其中某一两个数值非常大，作图的时候其他柱子就非常低，看起来就不是很美观，其中一种办法是对Y轴进行截断，如果单纯使用ggplot2的代码实现起来还是相对比较麻烦的，Y叔（ggtree/clusterProfiler等R包的作者）开发的ggbreak可以很方便的实现Y轴截断参考链接SetAxisBreakforggplot2(r-project.org)
小明的数据分析笔记本·2023-11-30 03:37

R语言绘制小RNA丰度条形图

R语言绘制小RNA丰度条形图小RNA中的丰度分布十分不均，少数种类小RNA的丰度占全部的比例较高，研究重点也都放在丰度较高的小RNA上，小RNA长度分布图可以有效筛选丰度较高的小RNA，我们以文献CharacterizationofmouseserumexosomalsmallRNAcontent
纪伟讲测序·2023-11-30 00:09

IF：4+ 鉴定与股骨头坏死软骨氧化应激相关的Hub基因和通路

点击关注，桓峰基因桓峰基因生物信息分析，SCI文章撰写及生物信息基础知识学习：R语言学习，perl基础编程，linux系统命令，Python遇见更好的你75篇原创内容-->公众号现在肿瘤的文章已经很多很多了
90066456ace6·2023-11-30 00:53

学习小组Day4-Bossa

day4mind.png初识R语言软件的安装R软件的安装从官网下载对应版本，下载地址为：R语言官网。
七比比·2023-11-30 00:57

2020-05-13 常用的数据分析与挖掘工具

常用的数据分析与挖掘工具R语言是由奥克兰大学统计系的Robert和Ross共同开发的，并在1993年首次亮相。其具备灵活的数据操作、高效的向量化运算、优秀的数据可视化等优点，受到用户的广泛欢迎。
程凉皮儿·2023-11-29 19:39

R绘制堆积柱形图

前面给大家讲了☞【R语言】百分比表格删除两行重新计算百分比，有小伙伴对文中的两个堆积柱形图比较感兴趣。那么今天我们就来聊聊这两张图是如何绘制出来了。
生信交流平台·2023-11-29 19:15

《R语言实战》自学笔记56-方差分析术语

第9章方差分析9.1术语速成为便于理解方差分析的相关名词，我构建一个案例：假如我们研究氮肥用量和玉米品种对玉米产量影响。设置一个田间试验，试验包括氮肥用量两个N1（200kg/ha）和N2（300kg/ha），玉米品种两个先玉335（XY335）和郑单958（ZD958），3次重复，测定指标为玉米产量。1、田间试验相关概念试验处理(experimentaltreatments)：事先设计好的实施在
zjh9280·2023-11-29 19:12

R语言rvest包网络爬虫

R语言网络爬虫初学者指南（使用rvest包）钱亦欣发表于今年06-0414:505228阅读作者SAURAVKAUSHIK译者钱亦欣引言网上的数据和信息无穷无尽，如今人人都用百度谷歌来作为获取知识，了解新鲜事物的首要信息源
weixin_33883178·2023-11-29 15:26

R语言实现MapReduce的协同过滤算法

原文地址：http://www.tuicool.com/articles/63EjqiAuthor：张丹(Conan)Date:2013-04-07Weibo:@Conan_ZEmail:[email protected]:http://www.fens.me/blogAPPs:@晒粉丝http://www.fens.me@每日中国天气http://apps.weibo.com/chin
张小琦·2023-11-29 12:28

R sort、rank、order、arrange排序函数

本文转载自：https://www.cnblogs.com/hider/p/10019536.htmlR语言中排序有几个基本函数：sort()、rank()、order()、arrange()一、总结sort
淡水鱼Ada·2023-11-29 11:31

“SRP模型+”多技术融合在生态环境脆弱性评价模型构建、时空格局演变分析与RSEI指数的生态质量评价及拓展应用

生态环境脆弱性驱动力研究生态环境脆弱性研究热点二、文献可视化软件介绍及常用功能介绍VOSViewer文献可视化及研究热点分析；Citespace文献可视化及研究热点分析；ArcGIS软件介绍及安装技巧R语言环境部署
Teacher.chenchong·2023-11-29 08:18

SRP模型丨生态环境脆弱性评价模型构建、时空格局演变分析与RSEI指数的生态质量评价；地理探测器运行等；集成云端、桌面端等环境，结合遥感云计算、GIS空间分析、R语言统计分析的优势

集成云端、桌面端等环境，结合遥感云计算、GIS空间分析，R语言统计分析的优势，以分析生态环境脆弱性的时空演变为主线。
小艳加油·2023-11-29 08:47

shell语言练习for循环和if判断的小脚本

目录需求：ping一下当前网段下的所有地址，能ping通的加入一个文件，不能ping通则加入另一个文件这个for语言写法是仿C写法，可能是之前语言的印象比较深吧，也可以使用foriin{1..254}for
丨析木丨·2023-11-29 07:32

r语言 相关性作图_R语言：多个基因的相关性分析与展示

R语言：多个基因的相关性分析与展示。关于批量相关性分析，我们发过两个帖子。单基因批量相关性分析的妙用，又是神器!基于单基因批量相关性分析的GSEA。
weixin_39747721·2023-11-29 03:03

r语言 相关性作图_用R语言进行相关性分析：画出散点图、拟合线及标注相关系数和P值...

excel表格的，对于读取excel，此处有一个小技巧读取excel方法1.把excel文件另存为CSV文件1png2.png3.png4.png2.按照读取csv文件方法读取dat此名为excel1文件被R语言读取二
JunyuanLI·2023-11-29 03:03

r语言 相关性作图_R语言绘图：相关性分析及绘图展示

rm(list=ls())#先把我们的R清空一下datafile="C:\\Users\\gaom\\Desktop\\R语言绘图\\相关性分析\\",header=T,=1,sep="\t")#读取数据
董振业·2023-11-29 03:02

ROC及曲线面积汇总学习

目录ROC基础生成模拟数据率的计算R语言计算测试ROCR：pROCROC绘制单个ROC两个ROCLogistic回归的ROC曲线timeROCROC基础ROC曲线的横坐标是假阳性率，纵坐标是真阳性率，需要的结果是这个率表示疾病阳性的率
hx2024·2023-11-29 03:32

r语言 相关性作图_R语言做相关性分析

衡量随机变量相关性的方法主要有三种：pearson相关系数，spearman相关系数，kendall相关系数：1.pearson相关系数，亦即皮尔逊相关系数pearson相关系数用来衡量两个随机变量之间的相关性R语言中求两个随机变量
黑潮制作所·2023-11-29 03:32

r语言 相关性作图_R绘图：相关性分析与作图

公众号“生信小课堂”TCGA数据分析课程：生物信息学教学相关性分析是我们生信分析中必不可少的技能，单基因的批量相关性分析，可以用于做单基因的GO，KEGG富集分析和GSEA分析，也有多基因之间的相关性分析，或者多个基因集之间的相关性分析。今天我们利用TCGA肝癌数据，挑选一些基因做相关性分析，并用不同的R包展示。load(file="mRNAdata.Rda")#加载数据library(tidyv
知乎剧综·2023-11-29 03:32

R语言rayrender包，microfacet微面材料

R语言rayrender包，microfacet微面材料#TueJul1303:14:532021-#字符编码：UTF-8#R版本：R4.1x64forwindow11#cgh163email@163.
youmigo·2023-11-28 23:58

R语言-matrix函数创建矩阵特殊情况

R语言-matrix函数创建矩阵特殊情况创建矩阵的函数为matrix(data=x,nrow=y,ncol=z,byrow=FALSE,dimnames=NULL)data参数为矩阵元素；nrow参数：
dogplays·2023-11-28 14:32

DNA 11. 识别肿瘤蛋白质三维结构上突变热点(HotSpot3D)

点击关注，桓峰基因桓峰基因生物信息分析，SCI文章撰写及生物信息基础知识学习：R语言学习，perl基础编程，linux系统命令，Python遇见更好的你125篇原创内容-->公众号桓峰基因公众号推出基于基因组变异数据生信分析教程并配有视频在线教程
90066456ace6·2023-11-28 14:46

R语言量化投资相关

R语言在金融领域提供了很多的金融计算框架和工具，当你具备金融理论知识和市场经验，你可以利用这些第三方提供的技术框架来构建自己的金融模型。
Liam_ml·2023-11-28 07:34

R语言统计系列第13篇-K-M生存曲线与logrank检验

今天是各类统计方法R语言实现的第13期，我们主要介绍R语言统计系列第13篇-K-M生存曲线与logrank检验。
拾光_2020·2023-11-28 04:04

R语言结果输出方法

R语言结果输出方法在R语言中，有多种方法可以将结果输出到控制台或保存到文件中。下面将介绍几种常用的输出方法，并提供相应的源代码示例。
DevCyberX·2023-11-28 01:37

代做data课程设计作业、代写R程序设计作业、代做R语言作业、代做linear model作业代写R语言编程|帮做C/C++编程

ProblemAConsiderthemodellingofhousesellingprice.ThedatacanbedownloadedintoRusing:read.table(url(“http://pages.uwf.edu/acohen/teaching/glm/house.txt”))Thedatacontainsthefollowingvariables:price(in$1000
zoumangu·2023-11-28 01:19

R语言编程-Tidyverse 书籍-第一章（2）

此部分的内容，全部是对张敬信博士书籍的学习总结。出发点：因为tidyverse简洁编码，使R代码更加易读。我就想系统再次学习下R，这样让自己写的R代码更加简洁。关于“for循环运行速度慢”的说法，实际上已经过时了，现在的R、Matlab等软件经过多年的内部优化已经不慢了，之所以表现出来慢，是因为你没有注意两个关键点：提前为保存循环结果分配存储空间；为循环体中涉及的数据选择合适的数据结构。apply
Hello育种·2023-11-27 18:06

【R的网络提取】CSDN博客列表和url的提取

最近在读《基于R语言的自动数据收集》，在连续看了几天之后，手痒开始进行实践，这本书总体来说不错，推荐入坑。
Ryan_Yang_·2023-11-27 14:53

R语言实现OTU表的抽平分析

R语言实现OTU表的抽平分析好久没有更新文章了，抱歉，今天我们先来讲一下抽平。相信大家平常在16sRNA测序后，一般都会对测序数据划分后生成的OTU表进行抽平，保证保证样本测序序列的均一性。
fafu生信小蘑菇·2023-11-27 13:03

时间序列深度学习：seq2seq 模型预测太阳黑子

作者：徐瑞龙，量化分析师，R语言中文社区专栏作者博客专栏：https://www.cnblogs.com/xuruilong100本文翻译自《TimeSeriesDeepLearning,Part2:PredictingSunspotFrequencyWithKerasLstminR
R语言中文社区·2023-11-27 12:06

迭代器模式

我们使用for语言遍历数组，也是一种迭代。结构体对象实现Iteratortrait，创建自定义的迭代器，只需要实现一个next方法的定义。
i-neojos·2023-11-27 07:09

【R语言】maftools包计算肿瘤突变负荷（TMB）

相信很多小伙伴都听过肿瘤突变负荷（tumormutationburden,TMB），它是指肿瘤基因组去除胚系突变后的体细胞突变数量。定义为每百万碱基中被检测出的体细胞基因编码错误、碱基替换、基因插入或缺失错误的总数（mut/Mb）。肿瘤突变负荷是一种定量的生物标志物，它反映了肿瘤细胞所携带的突变总数。具有高TMB的肿瘤细胞具有较高的新抗原水平，被认为可以帮助免疫系统识别肿瘤并刺激抗肿瘤T细胞的增殖
生信交流平台·2023-11-27 06:13

R语言：写入文件

如何将数据写入文件在R语言中，我们可以使用多种方法将数据写入文件。无论是将计算结果保存到本地文件还是生成数据报告，将数据写入文件是数据分析和科学研究中的常见任务之一。
飘逸轻舞·2023-11-27 04:00

R语言字符串处理函数

R语言提供了许多强大的字符串处理函数，可以帮助我们对字符串进行修改、转换和提取等操作。本文将介绍几个常用的字符串处理函数，并给出相应的源代码示例。
飘逸轻舞·2023-11-27 04:00

R语言中使用round函数控制小数位数

在R语言中，我们经常需要对数字进行舍入操作，以控制小数位数并满足我们的需求。为了实现这一目的，R语言提供了round函数。
飘逸轻舞·2023-11-27 04:00

rmd学习及gdc- client数据下载R.tacg-1

alt+I级别标题：＃.pngTCGA癌症类型.png1.数据下载gdc-client官方下载工具UCSCXena浏览器分类打包，直接下载gdcRNAtools基于gdc-client下载并简化整理，用R语言完成
小胡同学_d5e1·2023-11-27 04:42

R语言中图例函数（legend）的参数详解

R语言中图例函数（legend）的参数详解图例（legend）是在图形中标识不同元素的一种重要方式，它可以帮助我们解释图形中的不同颜色、线型或符号所代表的含义。
ByteWhiz·2023-11-27 03:01

R语言数据类型转换详解

R语言数据类型转换详解在R语言中，数据的类型是非常重要的。正确地处理不同类型的数据有助于编写更加高效和可靠的代码。本文将介绍R语言中常见的数据类型转换方法，并且提供相应的源代码示例。
2301_79366332·2023-11-27 02:07

数据行列转置的R语言实现方法

在R语言中，我们可以使用多种方法实现数据行列转置。下面将介绍两种常用的方法：基础方法和tidyverse包中的方法。基础方法基础方法是使用R语言中的基本函数来实现数据行列转置。
FollowMeCode·2023-11-26 21:09

R语言中确定最佳聚类簇数的方法及聚类优化技术

R语言提供了多种方法来解决这个问题，并且还有一些聚类优化技术可用于提高聚类的效果。本文将介绍一些常用的方法和技术，并提供相应的源代码示例。
FollowMeCode·2023-11-26 21:09

用R语言创建漂亮的词云图(wordcloud2)

在R语言中，我们可以使用wordcloud2包来创建漂亮的词云图。本文将介绍如何使用R语言和wordcloud2包来生成词云图，并提供相应的源代码。首先，我们需要安装和加载wordcloud2包。
FollowMeCode·2023-11-26 21:39

使用R语言提取DataFrame中特定行的数据

使用R语言提取DataFrame中特定行的数据在R语言中，DataFrame是一种常用的数据结构，用于存储和操作表格数据。有时候，我们需要从DataFrame中提取特定行的数据进行分析或处理。
TechPr·2023-11-26 20:22

R语言 创建矩阵

R语言创建矩阵在R语言中，我们可以使用多种方法来创建矩阵。矩阵是一个二维的数据结构，其中的元素按行和列排列。下面我将介绍几种常见的创建矩阵的方法，并提供相应的源代码。
TechPr·2023-11-26 20:52

R语言期末重点复习代码

seq等间隔函数seq(from,to,by,length.out,along.with)from,to为数值，表示开始和结束by为数值，表示间隔length.out为数值，表示数列长度along.with为向量，表示数列长度与该向量长度相等rbind矩阵的合并rbind()对矩阵按行合并，要求子矩阵有相同列数如：x1<-c(1,2,3,4,5,6)x2<-c("a","b","c","d","e
果粒橙an·2023-11-26 18:35
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