R语言-零碎知识点

GEO生信数据挖掘（一）数据集下载和初步观察

GSE1297为例目录GEOquery简介安装并加载GEOquery包getGEO函数获取数据（联网下载）更换下载数据源对数据集进行初步观察处理GEOquery简介GEOquery是一个在生物信息学中常用的R语言包
人工智能学术前沿（真)·2023-09-27 22:54

跟着Science学画图：R语言ggplot2作小提琴图展示NLRs基因的拷贝数（copy number）

论文是Denovoassembly,annotation,andcomparativeanalysisof26diversemaizegenomesimage.png部分数据代码是公开的下载链接https://zenodo.org/record/4781590#.YSB40Hzivic论文本地pdf玉米Science.pdf附件本地pdfabg5289_Hufford_SM.pdf今天的推文我们来
小明的数据分析笔记本·2023-09-27 22:25

跟着Nature Plants学作图：R语言ggplot2画分组折线图和置信区间

论文Theflyingspider-monkeytreeferngenomeprovidesinsightsintofernevolutionandarborescencehttps://www.nature.com/articles/s41477-022-01146-6#Sec44数据下载链接https://doi.org/10.6084/m9.figshare.19125641今天的推文重复一
小明的数据分析笔记本·2023-09-27 22:17

R语言逻辑回归、决策树、随机森林、神经网络预测患者心脏病数据混淆矩阵可视化...

全文链接:https://tecdat.cn/?p=33760众所周知，心脏疾病是目前全球最主要的死因。开发一个能够预测患者心脏疾病存在的计算系统将显著降低死亡率并大幅降低医疗保健成本。机器学习在全球许多领域中被广泛应用，尤其在医疗行业中越来越受欢迎。机器学习可以在预测关键疾病（例如心脏病）的存在或不存在方面发挥重要作用（点击文末“阅读原文”获取完整代码数据）。相关视频如果能提前准确预测这些信息，
拓端研究室TRL·2023-09-27 22:27

ggplot2绘制箱式图（并叠加小提琴图和点图）

本文使用基因表达数据绘制箱式图，并叠加小提琴图和点图(geom_boxplot绘制箱式图，geom_violin绘制小提琴图，geom_dotplot和geom_jitter绘制点图).了解一下R语言中箱式图的术语
钿璎纍纍佩珊珊·2023-09-27 20:17

介绍一位网络爬虫工程师

他系一名软件开发工程师，在工作之余，热爱Python编程，专注于网络爬虫与数据分析（R语言、水晶易表）。
IT农民工1·2023-09-27 18:32

介绍一位零基础学Python网络爬虫的工程师

他系一名软件开发工程师，在工作之余，热爱Python编程，专注于网络爬虫与数据分析（R语言、水晶易表）。
IT农民工1·2023-09-27 18:02

常用植被物候提取方法 (TIMESATE/R语言/Python)

文章内容仅用于自己知识学习和分享，如有侵权，还请联系并删除：）（一）Background这篇文章介绍的非常全面！！物候的提取通常包含两个步骤：（1）曲线的重构拟合（curvefitting）和（2）物候矩阵的提取（phenologicalmetricsextraction）（1）曲线拟合的方法通常有3种方法：(S-G)滤波法（Savitzky-Golay）,双逻辑斯蒂函数拟合法（DoubleLog
柚柚柚子爱吃葡萄柚·2023-09-27 12:17

r语言作业：基于线圈数据的交通流密速分析

目录1.数据读取：提取全部NHNX40(1)检测器的数据。2.冗余和缺失处理3.数据聚集4.可视化与分析5.选择第一天的数据分析6.总体代码1.数据读取：提取全部NHNX40(1)检测器的数据。通过Excel打开几个文件并查找后，确认仅有tmp02和tmp04中含有NHNX40（1）监测器结果，因此将两个文件合并为data文件，并针对data文件进一步通过函数过滤监测器NHNX40（1）的数据至新
苏瑾年sakuralen·2023-09-27 12:43

R语言逻辑回归Logistic选股因素模型交易策略及沪深300指数实证|附代码数据

全文链接：http://tecdat.cn/?p=32071原文出处：拓端数据部落公众号最近我们被客户要求撰写关于交易策略的研究报告，包括一些图形和统计输出。随着中国的证券市场规模的不断壮大、市场创新不断深化、信息披露不断完善、市场监管不断强化，随着现代投资组合理论的发展和计算机技术的进步，投资者为了在股票交易中取得更多的收益，就需要有合理有效的投资策略，因素模型的基础上发展出众多量化研究模型。对
·2023-09-27 11:56

R语言用标准最小二乘OLS，广义相加模型GAM ，样条函数进行逻辑回归LOGISTIC分类...

原文链接：http://tecdat.cn/?p=21379本文我们对逻辑回归和样条曲线进行介绍（点击文末“阅读原文”获取完整代码数据）。logistic回归基于以下假设：给定协变量x，Y具有伯努利分布，目的是估计参数β。回想一下，针对该概率使用该函数是（对数）似然函数对数似然其中。数值方法基于（数值）下降梯度来计算似然函数的最大值。对数似然（负）是以下函数negLogLik=function(b
拓端研究室TRL·2023-09-27 08:40

数据分享|R语言分析上海空气质量指数数据：kmean聚类、层次聚类、时间序列分析：arima模型、指数平滑法...

本文向大家介绍R语言对上海PM2.5等空气质量数据（查看文末了解数据免费获取方式）间的相关分析和预测分析，主要内容包括其使用实例，具有一定的参考价值，需要的朋友可以参考一下（点击文末“阅读原文”获取完整代码数据
拓端研究室TRL·2023-09-27 08:34

学习小组-day4笔记-htt1996

一、下载R和Rstudio下载R和Rstudio教程：https://mp.weixin.qq.com/s/NdHIFrfJVDsHIUDc5SItyA二、R语言基本操作plot(rnorm(50))#
Htt_1996·2023-09-27 01:11

R语言包lemon

具体都有什么作用暂时还不知道，可以操作ggplot2作图的坐标轴，比如下图dsamp<-diamonds[sample(nrow(diamonds),1000),]library(lemon)library(ggplot2)p<-ggplot(dsamp,aes(x=cut,y=price,colour=clarity))+geom_point(position=position_jitter(w
小明的数据分析笔记本·2023-09-27 01:40

如何用R语言读取Excel、PDF和JSON文件？

转自：微点阅读https://www.weidianyuedu.com导读：本文将讨论Excel、PDF等文件的读取，以及相应函数的参数设置。如需转载请联系大数据下图总结了主要程序包，希望读者在日常练习和工作中遇到不同格式的文件时，能够瞬间反应出读取该格式所需的包及对应的函数。（限于篇幅，本文未包含图中“平面文档格式”这部分的内容，如果你有兴趣，可以继续关注大数据后续文章。）▲不同格式的数据文件读
ysds20211402·2023-09-26 22:54

Python 用ARIMA、GARCH模型预测分析股票市场收益率时间序列

相关视频：时间序列分析：ARIMAGARCH模型分析股票价格数据时间序列分析模型ARIMA-ARCHGARCH模型分析股票价格数据相关视频：在Python和R语言中建立EWMA，ARIMA模型预测时间序列前言在量化金融中
拓端研究室·2023-09-26 15:12

R语言中更改R包安装路径

看到这些包下载到我的C盘，我蛮不爽的：所以决定毫不犹豫的改到D盘：首先，我们需要在RStudio中新建一个初始启动文件：file.edit('~/.Rprofile')然后去你喜欢的环境新建一个文件夹存放安装的包的位置，我喜欢这里：接着：（注意路径的反斜杠的方向！）.libPaths("D:/D_downloads1/R_libaray").libPaths(myPaths)保存完了之后，重启RS
每天都是被迫学习·2023-09-26 08:38

Neo4j - CQL使用

3.1Neo4j-CQL简介Neo4j的Cypher语言是为处理图形数据而构建的，CQL代表Cypher查询语言。像Oracle数据库具有查询语言SQL，Neo4j具有CQL作为查询语言。
Q z1997·2023-09-26 06:12

基于R语言分位数回归丨线性回归假设与分位数函数、线性分位数回归 、贝叶斯分位数回归、超越线性分位数回归等

目录专题一线性回归假设与分位数函数讲解专题二线性分位数回归【代码实践】专题三贝叶斯分位数回归【代码实践】专题四超越线性分位数回归（一）【代码实践】专题五超越线性分位数回归（二）【代码实践】更多应用回归是科研中最常见的统计学研究方法之一，在研究变量间关系方面有着极其广泛的应用。由于其基本假设的限制，包括线性回归及广义线性回归在内的各种常见的回归方法都有三个重大缺陷：(1)对于异常值非常敏感，极少量的
WangYan2022·2023-09-26 05:38

R语言_data.frame()函数用法

前言:微博参与话题#给你四年时间你也学不会生信#DataFrames|数据框data.frame()函数创建数据框，紧密耦合的变量集合，这些变量共享了矩阵和列表的许多属性，它们被大多数R的建模软件用作基本的数据结构。dataFrame一般被翻译为数据框，感觉就像是R中的表，由行和列组成，与Matrix不同的是，每个列可以是不同的数据类型，而Matrix是必须相同的。Usagedata.frame(
谢俊飞·2023-09-26 02:59

R语言多元（多变量）GARCH ：GO-GARCH、BEKK、DCC-GARCH和CCC-GARCH模型和可视化|附代码数据

全文链接：http://tecdat.cn/?p=30647最近我们被客户要求撰写关于GARCH的研究报告，包括一些图形和统计输出。从Engle在1982发表自回归条件异方差(ARCH)模型的论文以来，金融时间序列数据的波动性就倍受关注。同时，近几年又出现了研究股票市场的波动传递性多市场的多维广义自回归条件异方差模型及其在不同条件下的扩展与变形，它们不仅包含了单变量的波动特性，而且很好的描述了不同
·2023-09-26 00:17

R语言用普通最小二乘OLS，广义相加模型GAM ，样条函数进行逻辑回归LOGISTIC分类|附代码数据

原文链接：http://tecdat.cn/?p=21379原文出处：拓端数据部落公众号最近我们被客户要求撰写关于回归的研究报告，包括一些图形和统计输出。本文我们对[逻辑回归和样条曲线进行]()介绍。logistic回归基于以下假设：给定协变量x，Y具有伯努利分布，目的是估计参数β。回想一下，针对该概率使用该函数是（对数）似然函数对数似然其中。数值方法基于（数值）下降梯度来计算[似然函数]()的[
·2023-09-26 00:17

R语言文本挖掘：kmeans聚类分析上海玛雅水公园景区五一假期评论词云可视化|附代码数据

全文链接：http://tecdat.cn/?p=32307原文出处：拓端数据部落公众号互联网时代，大量的新闻信息、网络交互、舆情信息以文本形式存储在数据库中，如何利用数据分析和文本挖掘的算法，将海量文本的价值挖掘出来，成为我们团队近期的一个研究方向，本案例就是我们的一个尝试。文本聚类其实也就是聚类分析在文本方向上的应用,首先我们要把一个个文档的自然语言转换成数学信息，这样形成高维空间点之后再去计
·2023-09-26 00:47

R语言用线性模型进行臭氧预测： 加权泊松回归，普通最小二乘，加权负二项式模型，多重插补缺失值|附代码数据

原文链接：http://tecdat.cn/?p=11386原文出处：拓端数据部落公众号最近我们被客户要求撰写关于线性模型的研究报告，包括一些图形和统计输出。在这篇文章中，我将从一个基本的线性模型开始，然后从那里尝试找到一个更合适的线性模型。数据预处理由于空气质量数据集包含一些缺失值，因此我们将在开始拟合模型之前将其删除，并选择70％的样本进行训练并将其余样本用于测试：data(airqualit
·2023-09-26 00:46

在线平台如何做单细胞测序分析全套？有它so easy!

在线工具也能追上单细胞作者：白介素2单细胞测序技术是一个越来越Popular的技术，这不前两天还有小伙伴来找白介素同学，说是老板想分析单细胞测序的数据，喜欢追热点，让他们去学R语言，然后小伙伴自然是懵逼
医科研·2023-09-25 23:24

[R语言可视化-精美图形绘制系列]--主成分分析（PCA）

本期内容为[R语言可视化-精美图形绘制系列]--主成分分析（PCA）主成分分析：PCA（PrincipalComponentAnalysis）是一种常用的数据分析方法。
小杜的生信筆記·2023-09-25 22:46

R语言机器学习与临床预测模型26--综合判别改善指数

本内容为【科研私家菜】R语言机器学习与临床预测模型系列课程R小盐准备介绍R语言机器学习与预测模型的学习笔记你想要的R语言学习资料都在这里，快来收藏关注【科研私家菜】01什么是综合判别改善指数？
科研私家菜·2023-09-25 22:07

python和r语言做大数据_R和python大数据

数据科学界华山论剑：R与Python巅峰对决如果你是数据分析领域的新兵，那么你一定很难抉择——在进行数据分析时，到底应该使用哪个语言，R还是Python？在网络上，也经常出现诸如“我想学习机器语言，我应该用哪个编程语言”或者“我想快速解决问题，我应该用R还是Python”等这类问题。尽管两个编程语言目前都是数据分析社区的佼佼者，但是它们仍在...文章小旋风柴进2017-05-02878浏览量Pyt
股民好多·2023-09-25 21:23

59-R语言分析QQ群聊天记录

某小区业主群QQ聊天记录，时间跨度将近一年半，历经从业委会选举到换物业公司全过程，应该还是比较有代表性和戏剧性的一段时期。聊天记录通过QQ消息面板导出为文本格式。1、读取并整理数据>library(pacman)>p_load(dplyr,stringr)>>dtsep="\n",encoding="UTF-8",>header=F,blank.lines.skip=T)>head(dt)##V1
wonphen·2023-09-25 20:22

2021-09-27-day4-重点是

作业四、R语言基础在课程之前已经接触到了R语言，在这里就不多说了，放一张之前练手时做的草图。目前我的水平只能达到使用大佬写好的代码，修改一些参数跑流程。
重点是·2023-09-25 19:41

R语言 陆胖的数据分析之旅02

问题如何绘制散点图？方法使用plot()函数可绘制散点图（见图2-1），运行命令时依次传递给plot()函数一个向量x和一个向量y。plot(mtcars$wt,mtcars$mpg)图2-1基础绘图系统绘制的散点图对于ggplot2系统，可用qplot()函数得到相同的绘图结果（见图2-2）：library(ggplot2)qplot(mtcars$wt,mtcars$mpg)图2-2使用ggp
Larrylu007·2023-09-25 15:00

STA304 R语言分析

ADDADESCRIPTIVETITLESTA304-Fall2023-Assignment1ADDYOURNAMEHERE-STUDENTNUMBERInsertDateHerePart1:DesigningasurveyGoalProcedure”brackets.>Showcasingthesurvey.//www.surveymonkey.co.uk/r/99CGC3B[1].>quest
·2023-09-25 12:30

跟着Plos Biology学作图：R语言ggplot2双Y轴折线图

论文Largevariationintheassociationbetweenseasonalantibioticuseandresistanceacrossmultiplebacterialspeciesandantibioticclasses数据代码链接https://github.com/orgs/gradlab/repositories今天的推文重复一下论文中的FigureS3,双Y轴的折
小明的数据分析笔记本·2023-09-25 10:31

生信必备技巧之R语言基础教程--R包安装和载入

  R语言是数学研究工作者设计的一种数学编程语言，主要用于统计分析、绘图、数据挖掘。R语言是解释运行的语言（与C语言的编译运行不同），它的执行速度比C语言慢得多，不利于优化。
生信师兄·2023-09-25 09:16

WGCNA:加权基因共表达网络分析

芯片原始数据由R语言预处理后，得到基因表达数据
Y大宽·2023-09-25 08:43

R语言RSTAN MCMC：NUTS采样算法用LASSO 构建贝叶斯线性回归模型分析职业声望数据...

全文链接：http://tecdat.cn/?p=24456如果你正在进行统计分析：想要加一些先验信息，最终你想要的是预测。所以你决定使用贝叶斯（点击文末“阅读原文”获取完整代码数据）。相关视频但是，你没有共轭先验。你可能会花费很长时间编写Metropolis-Hastings代码，优化接受率和提议分布，或者你可以使用RStan。HamiltonianMonteCarlo（HMC）HMC是一种为M
拓端研究室TRL·2023-09-25 08:38

R语言替换某一列中某个特定数值

我想把Gender列中的F替换成W：data2$Gender[which(data2$Gender=='F')]<-'W'
别狗了·2023-09-25 08:47

R语言删除某列中的特定值，删除含有某一特定数值的所在行

data2=filter(data,data$Income_Category!='Unknown')太麻烦了，刚发现Education_count这一列也有Unknown，于是想要在数据集中删除含有某一特定数值的所在行：data2[data2=='Unknown']<-NAdata2=na.omit(data2)
别狗了·2023-09-25 08:47

数据可视化笔记-R语言

>byEricPimpler定义ExploratoryDataAnalysis(EDA)目的：理解数据步骤：产生问题对数据进行可视化，并寻找答案改进或提出新的问题数据类型categorical离散变量，有限的小数据continuous连续变量，无限地，有序的可视化的用途发现变量的变化或多个变量之间的共变（variationorcovariation）方法条形图：Measuringcategoric
farland·2023-09-25 06:23

氧气制取散魅力，新老教师共发展——项城四中理化生组第三次教研活动

作为九年级新增加的科目，化学的零碎知识点不在少数，正因为如此，闫老师也以复习提问的方式，即巩固上节内容，又导入制取
凡朋蕾·2023-09-25 05:29

R可视乎｜主成分分析结果可视化

关于主成分的理论介绍和R语言代码实现可见前段时间赵西西写的推文：主成分分析但是后面留了一个小尾巴，如果想对主成分结果进行可视化，那得怎么实现？有没有简便的方法呢？
庄闪闪·2023-09-25 02:02

R语言基于copula的贝叶斯分层混合模型的诊断准确性研究|附代码数据

原文链接：http://tecdat.cn/?p=3060原文出处：拓端数据部落公众号介绍最近我们被客户要求撰写关于贝叶斯分层混合模型的研究报告，包括一些图形和统计输出。在对诊断测试准确性的系统评价中，统计分析部分旨在估计测试的平均（跨研究）敏感性和特异性及其变异性以及其他测量。灵敏度和特异性之间往往存在负相关，这表明需要相关数据模型。由于用户，分析在统计上具有挑战性处理两个摘要统计，必须考虑敏感
·2023-09-24 22:53

R语言使用Metropolis-Hastings采样算法自适应贝叶斯估计与可视化|附代码数据

原文链接：http://tecdat.cn/?p=19889原文出处：拓端数据部落公众号最近我们被客户要求撰写关于Metropolis-Hastings采样的研究报告，包括一些图形和统计输出。如果您可以写出模型的似然函数，则Metropolis-Hastings算法可以负责其余部分（即MCMC）。我写了r代码来简化对任意模型的后验分布的估计。具体如下：1）定义模型（即概率先验）。在此示例中，让我们
·2023-09-24 22:50

R语言基于copula的贝叶斯分层混合模型的诊断准确性研究|附代码数据

原文链接：http://tecdat.cn/?p=3060原文出处：拓端数据部落公众号介绍最近我们被客户要求撰写关于贝叶斯分层混合模型的研究报告，包括一些图形和统计输出。在对诊断测试准确性的系统评价中，统计分析部分旨在估计测试的平均（跨研究）敏感性和特异性及其变异性以及其他测量。灵敏度和特异性之间往往存在负相关，这表明需要相关数据模型。由于用户，分析在统计上具有挑战性处理两个摘要统计，必须考虑敏感
·2023-09-24 22:50

R语言Gibbs抽样的贝叶斯简单线性回归仿真分析|附代码数据

全文下载链接：http://tecdat.cn/?p=4612最近我们被客户要求撰写关于贝叶斯简单线性回归的研究报告，包括一些图形和统计输出。贝叶斯分析的许多介绍都使用了相对简单的教学实例（例如，根据伯努利数据给出成功概率的推理）。虽然这很好地介绍了贝叶斯原理，但是这些原则的扩展并不是直截了当的这篇文章将概述这些原理如何扩展到简单的线性回归。我将导出感兴趣参数的后验条件分布，给出用于实现Gibbs
·2023-09-24 22:18

R语言中的block Gibbs吉布斯采样贝叶斯多元线性回归|附代码数据

全文链接：http://tecdat.cn/?p=11617最近我们被客户要求撰写关于blockGibbs吉布斯采样的研究报告，包括一些图形和统计输出。在这篇文章中，我将对多元线性回归使用block的Gibbs采样，得出block的Gibbs采样所需的条件后验分布。然后，对采样器进行编码，并使用模拟数据对其进行测试（点击文末“阅读原文”获取完整代码数据）。贝叶斯模型假设我们有一个样本量的主题。贝叶
·2023-09-24 22:47

R语言逻辑回归、决策树、随机森林、神经网络预测患者心脏病数据混淆矩阵可视化

全文链接:https://tecdat.cn/?p=33760原文出处：拓端数据部落公众号概述：众所周知，心脏疾病是目前全球最主要的死因。开发一个能够预测患者心脏疾病存在的计算系统将显著降低死亡率并大幅降低医疗保健成本。机器学习在全球许多领域中被广泛应用，尤其在医疗行业中越来越受欢迎。机器学习可以在预测关键疾病（例如心脏病）的存在或不存在方面发挥重要作用。如果能提前准确预测这些信息，可以为医生提供
·2023-09-24 22:46

R语言贝叶斯广义线性混合（多层次/水平/嵌套）模型GLMM、逻辑回归分析教育留级影响因素数据...

全文下载链接：http://tecdat.cn/?p=24203本教程使用R介绍了具有非信息先验的贝叶斯GLM（广义线性模型）（点击文末“阅读原文”获取完整代码数据）。当前教程特别关注贝叶斯逻辑回归在二元结果和计数/比例结果场景中的使用，以及模型评估的相应方法。使用教育数据示例。此外，本教程简要演示了贝叶斯GLM模型的多层次扩展。相关视频=本教程遵循以下结构：1.准备工作；2.GLM介绍；3.教育
拓端研究室TRL·2023-09-24 21:50

R语言贝叶斯非参数模型：密度估计、非参数化随机效应META分析心肌梗死数据...

全文链接：http://tecdat.cn/?p=23785最近，我们使用贝叶斯非参数（BNP）混合模型进行马尔科夫链蒙特卡洛（MCMC）推断（点击文末“阅读原文”获取完整代码数据）。概述相关视频在这篇文章中，我们通过展示如何使用具有不同内核的非参数混合模型进行密度估计。在后面的文章中，我们将采用参数化的广义线性混合模型，并展示如何切换到非参数化的随机效应表示，避免了正态分布的随机效应假设。使用D
拓端研究室TRL·2023-09-24 21:10

如何用R语言制作meta分析的偏倚风险评估（Risk of Bias）图？

各位读者朋友们大家好啊，本次的教程其实于上一期已在B站（up主：全哥的学习生涯）上进行了视频教学，但因为偏倚风险评估在meta分析中的地位尤为重要，而在之前的文章中并未针对此有过说明，故为了方便大家阅读和快速掌握，我将上一期视频的内容浓缩成了本次文字版的教程。meta分析的偏倚风险评估图，也就是ROB图，Riskofbias，通常意义上，一篇正规meta分析一般往往会对偏倚风险或纳入原始研究的质量
吃一口小肉丸·2023-09-24 17:22
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