TNBC

18-IF6+:纯生信分析甲基化和基因表达整合鉴定三阴性乳腺癌的预后标志物和药物靶标

一.研究背景三阴性乳腺癌(TNBC)临床预后差，而且临床上缺少有效的特异性生物标志物。
AAA肿瘤信息学王协·2023-10-26 04:24

GEO挖掘实战四、TNBC相关探索

例如TNBC,tripplenegativebreastcancer是三种受体呈阴性的一种乳腺癌（三阴性乳腺癌），可重点关注与之相关的基因的表达情况，见下面得到第八步。
小贝学生信·2023-10-05 14:27

基于scRNA-seq的GRN分析三阴性乳腺癌的肿瘤异质性

三阴性乳腺癌即TNBC是一种肿瘤异质性高的乳腺癌亚型。最近的研究表明，TNBC患者可能包含具有不同分子亚型的细胞。此外，基于scRNA-seq数据构建的GRN已经证明了对关键调控因子研究的重要性。
tzc_fly·2023-09-14 16:24

单细胞108篇文献解读之3---A Targetable EGFR-Dependent Tumor-Initiating Program in Breast Cancer

3、天机星智多星吴用乳腺癌患者中大约有10%~17%的被诊断为TNBC，其具有较高的肿瘤异质性，是乳腺癌分型中治疗效果最差的一类；与其他类型乳腺癌相比，TNBC具有发病年龄更早、肿瘤体积更大、恶性程度更高
Seurat_Satija·2023-08-04 02:15

TCGA芯片数据下载及差异分析

今天我来做一下TCGA芯片数据下载和差异分析的一个笔记，健明老师布置的TNBC的作业还未完成，但是先慢慢来吧，最近感觉自己的R语言基础太差了，还需要恶补啊，心里其实很清楚该怎么处理，可是写不出具体的代码
SolomonTeng·2023-06-15 16:34

2022-01-16

2022-01-1607:03收录于话题#前沿分子生物学机制越来越多的科学证据支持MAPK4酶参与癌症生长和对某些疗法的耐药性，贝勒医学院的一个团队领导的科学家现在报告说，MAPK4可能在三阴性乳腺癌（TNBC
图灵基因·2023-06-09 01:49

18-IF6+:纯生信分析甲基化和基因表达整合鉴定三阴性乳腺癌的预后标志物和药物靶标

一.研究背景三阴性乳腺癌(TNBC)临床预后差，而且临床上缺少有效的特异性生物标志物。
生信学霸·2023-04-09 05:38

TCGA乳腺癌芯片数据分组为TNBC和NOT TNBC

健明老师布置的作业，感觉还是蛮吃力的。这篇会有点凌乱，一点一点来吧。1、转义符首先我遇到了一个问题，就是我的变量里的id是‘TCGA-B6-A0X7-01’诸如此类，而我的数据集中则是‘TCGA·B6·A0X7·01’，所以首先我要统一id名，这里就用到了gsub函数，但是这里需要用一个转义符。colnames(exprSet1)<-gsub('\\.','-',colnames(exprSet1
SolomonTeng·2023-04-07 03:15

GEO挖掘实战二、差异分析及富集分析

「生信技能树」三阴性乳腺癌表达矩阵探索系列笔记GEO挖掘实战一、初步探索数据-GEO挖掘实战二、差异分析及富集分析-GEO挖掘实战三、GSVA-GEO挖掘实战四、TNBC相关探索-在之前的步骤中，已经准备好表达矩阵与分组信息
小贝学生信·2023-04-03 06:38

2021-11-15

Nature|乳腺癌DDR1失活可使免疫细胞渗透并杀伤肿瘤原创图灵基因图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学机制免疫排斥，或者癌细胞附近缺乏免疫细胞，预示着多种癌症患者的预后不良，包括三阴性乳腺癌（TNBC
图灵基因·2023-03-09 03:26

阿趣课堂丨一作解读(IF 31.373) 三阴性乳腺癌铁死亡异质性的揭示

三阴性乳腺癌三阴性乳腺癌(Triple-negativebreastcancer,TNBC)是临床上一种异质性疾病，约占确诊乳腺癌的15%。
代谢组学相关资讯分享·2023-02-24 12:56

2019-03-13

TNBC占所有乳腺癌的15％，与其他形式的乳腺癌相比，在50岁以下的女性中更为常见。(淘药谷）它由雌激素，孕酮和HER2扩增的可靶向受体的缺乏表达和/或扩增来定义。
小淘话癌·2023-02-03 16:25

signature=94dd22990a572b32b792a07be05d5207,Abstract PD3-05: Inhibition of fatty-acid oxidation as a ...

AbstractExpressionoftheoncogenictranscriptionfactorMYCisdisproportionatelyelevatedintriple-negativebreastcancer(TNBC
鞠慧敏·2022-11-29 09:38

通过整理TCGA数据，探索TNBC癌组织和正常组织的差异基因

实验设计实验目的决定试验方法和途径。试验目的:获取三阴性乳腺癌的正常组织和癌症组织的基因表达差异情况，比较三阴性乳腺癌中的基因表达变化情况。试验设计:通过TCGA获取乳腺癌的RNA-seq表达数据，筛选出三阴性乳腺癌的样本，通过比较癌症和正常组织的表达差异。TCGA数据库简介一句话介绍:TCGA数据库是一个由国家癌症研究所(NationalCancerInstitute)和美国人类基因组研究所(N
八月初五_e316·2022-05-10 13:51

学徒复现【综合】

学徒作业【01生信技能书：完整】#学徒作业【01】学徒数据挖掘代码打包数据差异分析TCGA数据差异分析整理言语治疗师Siyang的博客-CSDN博客【PCA图片更美观】GEO数据挖掘-第二期-三阴性乳腺癌（TNBC
医只蜗牛·2021-08-24 20:41

CircRNA的ceRNA机制研究文献解读

然而，circRNA在三阴性乳腺癌（TNBC）中的功能在很大程度上是未知的。作者使用circRNA微阵列来鉴定在TNBC细胞系中异常表达的circRNA。
Ray钱·2021-05-12 02:48

TME文献精读 | 单细胞测序揭示复杂的乳腺癌免疫微环境

在该研究中，研究者采集8个未经治疗的乳腺癌患者（包括ER+、PR+、HER2+和TNBC患者）的临床样本（包括肿瘤
珠江肿瘤·2021-04-19 02:19

点到就是赚到，一篇8.579的miRNA纯生信文章

文章中证明了使用8-miRNA可以准确预测TNBC患者的复发，对进一步的临床预测有用。ApanelofeightmicroRN
科研风暴·2021-04-13 18:04

GEO挖掘实战一、初步探索数据

「生信技能树」三阴性乳腺癌表达矩阵探索系列笔记GEO挖掘实战一、初步探索数据-GEO挖掘实战二、差异分析及富集分析-GEO挖掘实战三、GSVA-GEO挖掘实战四、TNBC相关探索-示例代码链接：https
小贝学生信·2020-09-09 17:21

第01周-探究为何一个TNBC对gefitinib过于敏感

探究为何一个TNBC对gefitinib过于敏感值得研读该文章：ATargetableEGFR-DependentTumor-InitiatingPrograminBreastCancer背景知识epidermalgrowthfactorreceptor
小梦游仙境·2020-08-21 06:35

3500个TNBC单细胞转录组数据重处理

文章：ATargetableEGFR-DependentTumor-InitiatingPrograminBreastCancer,因为bulk测序无法解决问题，所以作者选择了单细胞转录组测序策略：TounderstandfunctionalpropertiesassociatedwithheterogeneousEGFRexpressioninanunbiasedmanner,singlecel
生信技能树·2020-08-20 10:08

第01周-探究为何一个TNBC对gefitinib过于敏感

探究为何一个TNBC对gefitinib过于敏感值得研读该文章：ATargetableEGFR-DependentTumor-InitiatingPrograminBreastCancer背景知识epidermalgrowthfactorreceptor
小梦游仙境·2020-06-29 02:34

CRC稳定的分子分型

做乳腺癌研究的都是知道PAM50分型，以及TNBC内部继续各种算法分子亚型划分的，最近看到CRC的研究，分型就简单很多，最出名的应该是下面这个：值得一提的是，居然还有CRCSubtypingConsortium
生信技能树·2020-04-05 04:39

TCGA数据库中的TNBC病人，lncRNA和mRNA分开做的差异分析，还是要折腾一番呢

文章里面是自己测了8个TNBC病人的转录组然后分析，这里借助TCGA数据库，所以可以复现。这篇文章主要是基于TCGA的数据下载和基因的ID转换的理解。
小梦游仙境·2020-03-25 19:28

使用SNFtool包整合多组学数据进行病人分组

案例介绍看到文章Integrativeanalysisoftheinter-tumoralheterogeneityoftriple-negativebreastcancer针对137个TNBC病人的3
生信技能树·2020-02-09 10:36
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