Vignettes

R语言corrplot相关性热图制作

相关性热图制作使用R语言制作相关性热图，使用corrplot这个包，本文进行简略的介绍，函数的具体内容见文档：https://cran.r-project.org/web/packages/corrplot/vignettes
梦剧场zjugis·2024-02-19 14:01

使用clusterProfiler给非模式物种做富集分析的一些参考资料

非模式生物玉米玉米虽然是非模式物种，但是研究的人也挺多的，注释信息也非常完整了2https://bioconductor.statistik.tu-dortmund.de/packages/2.12/bioc/vignettes
小明的数据分析笔记本·2024-01-14 22:20

Pandoc is required to build R Markdown vignettes but not available. Please make sure it is installed

报错：PandocisrequiredtobuildRMarkdownvignettesbutnotavailable.Pleasemakesureitisinstalled.原因：缺少系统工具pandoc解决：condainstall-cconda-forgepandoc
qq_21478261·2023-12-31 05:02

2019-02-19 volcano plot

https://bioconductor.org/packages/devel/bioc/vignettes/EnhancedVolcano/inst/doc/EnhancedVolcano.html#
e8a37405cb53·2023-12-26 11:35

用EnhancedVolcano 绘制火山图

大小和阴影等参数定义不同的绘图属性，还可以通过添加连线的方式有效避免数据点之间的重叠现象，强烈分享一下：介绍来源：https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes
欧阳松·2023-12-22 09:41

使用R语言对SSR数据做主成分分析（PCA）的一个简单小例子

序列做主成分分析的一个简单小例子，推文下有朋友留言问如何对0,1矩阵做主成分分析（PCA）查了一下参考资料找到了一个办法参考资料的链接1、https://cran.r-project.org/web/packages/poppr/vignettes
小明的数据分析笔记本·2023-12-19 09:00

Linux/Mac/Windows的Rstudio安装Python模块总报错，怎么破？

Python出错的问题，比如Seurat、Monocle都需要用到Python的模块，搜索并探索了一下：https://cran.r-project.org/web/packages/reticulate/vignettes
刘小泽·2023-12-16 17:03

(转帖）R语言-Visualization of Functional Enrichment Result

原文地址：http://bioconductor.org/packages/devel/bioc/vignettes/enrichplot/inst/doc/enrichplot.htmlTheenrichplotpackageimplementsseveralmethodsforenrichmentresultvisualizationtohelpinterpretation.Itsupport
苏慕晨枫·2023-11-30 10:59

seurat对象处理 找锚点

cloud.tencent.com/developer/article/1697249#https://bioconductor.org/packages/release/data/experiment/vignettes
生信小博士·2023-11-03 01:46

Interoperability between single-cell object formats

Interoperabilitybetweensingle-cellobjectformatsCompiled:2021-08-30Source:vignettes/conversion_vignette.RmdInthisvignette
生信小博士·2023-11-03 01:45

2019-10-02-学习使用limma、Glimma和edgeR，RNA-seq数据分析记录

资料来源https://www.bioconductor.org/packages/devel/workflows/vignettes/RNAseq123/inst/doc/limmaWorkflow_CHN.html
程凉皮儿·2023-10-30 05:34

msigdbr hallmarks gsea broad研究所

install("msigdb")#https://www.gsea-msigdb.org/gsea/msigdb#https://cran.r-project.org/web/packages/msigdbr/vignettes
生信小博士·2023-10-27 10:40

Plotting PCA

https://cran.r-project.org/web/packages/ggfortify/vignettes/plot_pca.html>install.packages("ggfortify
董建梅·2023-10-25 20:43

“harmony”整合不同平台的单细胞数据之旅

其实在Seuratv3官方网站的Vignettes中就曾见过该算法，但并没有太多关注，直到看了北大张泽民团队在2019年10月31日发表于Cell的《LandscapandDynamicsofSingleImmuneCellsinHepatocellularCarcinoma
生信宝典·2023-10-01 09:09

Seurat - Guided Clustering Tutorial

Seurat-GuidedClusteringTutorialCompiled:August30,2021Source:vignettes/pbmc3k_tutorial.RmdSetuptheSeuratObjectForthistutorial
北极光_0424·2023-09-22 10:59

导入和导出 RSA/DSA/EC 密钥

https://cran.r-project.org/web/packages/openssl/vignettes/keys.html该openssl包为R实现了libssl和libcrypto的现代接口
小杰杰杰·2023-08-10 10:41

Seurat - Guided Clustering Tutorial

Compiled:February08,2021Source:vignettes/pbmc3k_tutorial.RmdSetuptheSeuratObjectForthistutorial,wewillbeanalyzingtheadatasetofPeripheralBloodMononuclearCells
Seurat_Satija·2023-07-24 08:58

SingleR单细胞类型自动注释与celldex参考数据包

https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/SingleR/inst/doc/SingleR.htmlhttp://bioconductor.org
小贝学生信·2023-07-23 14:30

RBP AS生信流程（附）课程AS事件整理

尝试使用R包https://rdrr.io/bioc/maser/f/vignettes/Introduction.Rmd，失败
cHarden13·2023-04-10 14:31

快捷查找KEGG里的通路和基因

如果是要做KEGG的富集分析，clusterProfiler可以搞定：https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/clusterProfiler
小洁忘了怎么分身·2023-04-07 11:05

[R]TCGAbiolinks包：数据准备--query、download、prepare

官方文档：https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/TCGAbiolinks/inst/doc/index.html文献：TCGAb
小贝学生信·2023-04-05 23:50

ChAMP 甲基化芯片数据分析（450 和 EPIC）

参考：http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/ChAMP/inst/doc/ChAMP.html甲基化芯片简介450K和850K
我是爱哭虫小鱼·2023-03-18 15:39

scRepertorie+Seurat

ref:https://ncborcherding.github.io/vignettes/vignette.html#6_Interacting_with_Seuratdata:download.file
nvzhang·2023-03-14 03:34

[R]bioconductor之GenomicRanges学习

bioconductor.org/packages/release/bioc/html/GenomicRanges.htmlhttps://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes
小贝学生信·2023-01-27 18:24

免疫组库数据分析1-scRepertoire

官方教程：https://ncborcherding.github.io/vignettes/vignette.
Hayley笔记·2022-07-01 10:17

r语言depmix_R语言：dplyr介绍

dplyr->vignettes->dplyr::dplyr——Introductiontodplyr。
weixin_40006265·2022-03-10 07:06

R| brainconn功能连接作图工具

Vignettes在此：https://sidchop.github
懒麻蛇·2022-02-27 06:12

2018-03-06 用R的ggplot2画图 修改背景图

其实正确的做法是认真阅读ggplot的手册：https://cran.r-project.org/web/packages/ggthemes/vignettes/ggthemes.html里面有详细的记载按照默认的主题样式
小郑的学习笔记·2022-02-14 08:33

DESeq2 差异表达分析

AnalyzingRNA-seqdatawithDESeq2http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/DESeq2/inst
豆沙了·2022-01-04 09:03

[R]bioconductor之ChIPseeker学习

参考链接：https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/ChIPseeker/inst/doc/ChIPseeker.html
小贝学生信·2021-12-01 01:34

R: ggtree (四) ggtreeExtra

本文整理至ggtreeExtra文档，仅用于学习作者：ShuangbinXuandGuangChuangYu链接：https://bioconductor.org/packages/devel/bioc/vignettes
胡童远·2021-09-07 18:30

Seurat(v4)官方教程 | Introduction to scRNA-seq integration

Compiled:March18,2021Source:vignettes/integration_introduction.Rmd教程来源：https://satijalab.org/seurat/articles
ScorpioGirll·2021-06-23 06:50

isoform结构绘图----R包Gviz (IGV菀菀类卿)

网页参考(首推)：http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/Gviz/inst/doc/Gviz.htmlB站教学视频：https
日月其除·2021-06-17 10:47

2019-05-21

copyfromhttps://cran.rproject.org/web/packages/ggsci/vignettes/ggsci.htmlhttps://mp.weixin.qq.com/s/Y3H6CCgIiymiOfaQ8Unb7w1IntroductionMyeyeswerefinallyopenedandIunderstoodnature.Ilearnedatthesametime
zwz110·2021-06-14 02:45

2021-04-23用 R 写音乐，有趣的gm包！

链接：https://cran.r-project.org/web/packages/gm/vignettes/cn.html本文要介绍R包gm，你可以用它来写音乐。
iColors·2021-04-27 09:04

ggcor绘制相关性热图

不久前收到小伙伴的这样一张图，感觉与corrplot(https://cran.r-project.org/web/packages/corrplot/vignettes/corrplot-intro.html
益民厂老厂长·2021-04-22 20:38

ggtreeExtra进化树的圈图

https://bioconductor.org/packages/devel/bioc/vignettes/ggtreeExtra/inst/doc/ggtreeExtra.htmlcircos画图是基于染色体
wo_monic·2021-04-13 05:35

Analyzing RNA-seq data with DESeq2（一）

本文完全用做个人学习记忆，摘抄自DESeq2官方说明文档参考链接：http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/DESeq2/inst
BINBINCC·2020-12-07 11:31

R语言，shadowtext包和showtext包，字体选择和使用

showtext：在R绘图过程中更轻松地使用字体2020年8月14日2020年10月24日更新https://cran.r-project.org/web/packages/showtext/vignettes
youmigo·2020-10-24 17:40

GC-MS数据分析 R语言erah包调用

erah官方文档：https://cran.r-project.org/web/packages/erah/vignettes/eRahManual.pdferah包的输入格式必须是cdf或者mzXML
奋斗的喵儿·2020-09-18 11:39

跟着官方文档来看看GRanges这个对象

刘小泽写于2020.8.5今天跟着官方文档来看看GRanges这个对象1前言内容来自：https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/GenomicRanges
刘小泽·2020-08-05 11:15

Basic data manipulation

基于c++编写的，处理速度快https://cran.rstudio.com/web/packages/dplyr/vignettes/introduction.html基本函数filter:过滤观测select
水墨点滴·2020-07-08 02:59

差异分析流程（二）limma

1.制作三个矩阵2.建模前归一化3.建模及结果4.检查参考链接：https://www.bioconductor.org/packages/devel/workflows/vignettes/RNAseq123
hachi_dl·2020-07-06 06:19

【r<-分析|绘图】 使用NMF包绘制热图

学习文档:https://cran.r-project.org/web/packages/NMF/vignettes/heatmaps.pdfHeatmap引擎NMF包中的热图引擎是由aheatmap函数实现
王诗翔·2020-07-02 16:00

Rstudio使用笔记

motifvignettes使用Vignettes获取对软件包功能及范例的
井底蛙蛙呱呱呱·2020-07-01 04:15

利用ComplexHeatmap绘制热图(一)

个人博客:https://ytlogos.github.io/简介Complexheatmap是由顾祖光博士创建的绘制热图的R包，在他的GitHub有十分详细的小品文(Vignettes)说明。
R语言中文社区·2020-06-24 00:52

【单细胞】SingleR注释细胞类型

SingleR教程网址（https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/SingleR/inst/doc/SingleR.html
清昭_QCao·2020-06-09 16:16

R/qtl2_1

原文网址：https://kbroman.org/qtl2/assets/vignettes/user_guide.html#performing_a_permutation_test#一下内容是我粘贴原网址的内容
93830eddc2a4·2020-04-01 17:35

【r<-包】UCSCXenaTools v1.0.0发布

现在想试试的话，使用下面命令安装Github版本：remotes::install_github("ShixiangWang/UCSCXenaTools",build_vignettes=TRUE)新特性当使用
王诗翔·2020-03-30 17:36

那些常用的limma操作

的全称是：LinearModelsforMicroarrayData需要阅读limma的官方说明：https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes
刘小泽·2020-03-22 06:29
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