bioconductor 第2页

seurat对象处理找锚点

，需要把每个seurat对象的细胞名改变成唯一getwd()#改名字#教程地址#https://cloud.tencent.com/developer/article/1697249#https://bioconductor.org

生信小博士·2023-11-03 01:46

DNA甲基化数据分析(二)

DSS(DispersionShrinkageforSequencingdata)，为基于高通量测序数据的差异分析而设计的Bioconductor包。

杨博士聊生信·2023-10-30 10:21

2019-10-02-学习使用limma、Glimma和edgeR，RNA-seq数据分析记录

资料来源https://www.bioconductor.org/packages/devel/workflows/vignettes/RNAseq123/inst/doc/limmaWorkflow_CHN.html

程凉皮儿·2023-10-30 05:34

R 数据可视化 —— ggpol

名本无名·2023-10-30 05:19

差异基因分析

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")#载入安装工具biocLite("DESeq2")#安装包library("DESeq2")#测试是否安装成功R

Weiyx·2023-10-27 17:07

msigdbr hallmarks gsea broad研究所

www.gsea-msigdb.org/gsea/msigdb#https://cran.r-project.org/web/packages/msigdbr/vignettes/msigdbr-intro.html#https://bioconductor.org

生信小博士·2023-10-27 10:40

RNA-seq 详细教程： `DESeq2` 差异表达分析（7）

PaulPavlidis,UBCDESeq2论文发表于2014年，但该软件包不断更新并通过Bioconductor在R中使用。它建立在分散估计和DSS和edgeR中的

冷冻工厂·2023-10-22 08:54

Day6-学习R包（日日夜夜吃不听）

自定义CRAN和Bioconductor的下载镜像#options函数就是设置R运行过程中的一些选项设置options("repos"=c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn

日日夜夜吃不听·2023-10-16 13:53

生物信息学基础知识Day1

文章目录前言一、生物大分子1.DNA2.RNA3.蛋白质二、基因组、转录组和蛋白质组1.基因2.基因组3.转录组4.蛋白质组总结前言个人学习《R语言与Bioconductor生物信息学应用》的一些笔记。

抱紧我自己·2023-10-16 10:09

欧剑虹老师BOOK学习记录：第一章 R/Bioconductor入门（4):R编程

首先最重要的参考链接：第一章R/Bioconductor入门image.png啊啊啊，如有侵犯版权，麻烦请私信我，看到立马删除！主要用来记录自己可能要用的一些知识点。

热衷组培的二货潜·2023-10-14 07:47

2019-10-04-学习Bioconductor包simpleSingleCell（1）

从作者刘小泽处看到跟着Bioconductor一步一步学习scRNA（一）Astep-by-stepworkflowforlow-levelanalysisofsingle-cellRNA-seqdatawithBioconductor

程凉皮儿·2023-10-08 00:38

文献阅读Orchestrating single-cell analysis with Bioconductor

Bioconductor项目迅速发展满足这些需求，使用开源软件，并

生信start_site·2023-10-04 15:15

R: R package安装的几种方式

R包安装方式一、CRAN安装二、Bioconductor安装三、Github安装四、手动安装一、CRAN安装对于大多数R包或可以在R官网上查询到的包，都可以直接进行安装。

跳动的喵尾巴·2023-09-29 19:06

TCGA|根据somatic mutation绘制突变景观图（oncoplot）和基因词云

mp.weixin.qq.com/s/DvX_pKPF9bCcNqc3u6rTuw这个帖子下面留言说使用maftools的genecloud函数绘制基因云图时，报错提示没有这个函数，然后还提到http://bioconductor.org

Seurat_Satija·2023-09-29 15:55

GEO生信数据挖掘（二）下载基因芯片平台文件及注释

（国内网速奇慢经常中断）2.手工去GEO官网下载转换芯片探针ID为genename拓展：通过bioconductor注释包#找到GPL6244相应的注释包hgu133a.db上节我们下载了GEO数据集，

人工智能学术前沿（真)·2023-09-27 22:54

Error: Bioconductor version cannot be validated; no internet connection?-2019-06-19

软件安装options()$reposoptions()$BioC_mirroroptions(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")options("repos"=c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))options()$reposoptions()$BioC_mirro

天涯清水·2023-09-19 23:59

学习小组Day6笔记--王英芳

Bioconductor提供了基因组大数据分析的工具，是开源的持续更新的项目。每年会有2次更新。由于Bioconductor包的更新

一万万万万·2023-09-17 01:29

GDAS008-IRanges和GRanges

IRanges和GRanges对象是Bioconductor基础数据类型的核心成员，其中IRanges定义了integer

backup备份·2023-09-12 08:37

R包安装

R三方包安装途径install.packages("package_name")RCRANhttps://cran.r-project.org/bioconductorhttps://bioconductor.org

树懒吃糖_·2023-09-09 07:53

MacOS的ARM64的R如何解决编译问题

先参考https://mac.r-project.org/tools/安装好XCode和gfortran目前(截止到2022年2月份),Arm64架构的R能够直接安装CRAN绝大部分的R包，但是Bioconductor

xuzhougeng·2023-09-08 04:06

识别癌症甲基化驱动基因

MethylMix:anRpackageforidentifyingDNAmethylation-drivengenes.本文参考：识别甲基化驱动的癌症基因GetData函数，怎么爬取数据：https://www.bioconductor.org

Shaoqian_Ma·2023-08-30 05:18

学习小组Day6-学习R包-CYJ

R包是多个函数的集合1.安装和加载R包1.1镜像设置options(BioC_mirror="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/")options

ButAlways_40e6·2023-08-27 04:31

使用limma、Glimma和edgeR对RNA-seq数据分析笔记

1摘要简单且高效地分析RNA测序数据的能力正是Bioconductor的核心优势之一。

玄都维维子·2023-08-22 15:12

linux学习100篇10：使用清华镜像设置

BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")options(BioC_mirror="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor

Seurat_Satija·2023-08-15 19:20

TCGA数据下载推荐：R语言easyTCGA包

#使用easyTCGA获取数据#清空rm(list=ls())gc()#安装bioconductor上面的R包options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn

weixin_49320263·2023-08-15 08:10

突变分析神器: 有一堆基因变异位点SNP，你可以分析点什么

如果还没有头绪，你可以认识一下这个神器：maftools，不仅马上有了分析思路，还能收获一堆结果～1总体分析框架这是一个R包，先来看一下这个包都能干点什么：image具体用法可以看官网说明书：http://bioconductor.org

生信频道·2023-08-14 11:59

R语言4_安装BayesSpace

这是一个在Bioconductor上的库。

樱木之·2023-08-10 08:03

转录组专题：limma与芯片数据差异表达分析

#原始数据为count表#source("https://bioconductor.org/biocLite.R")#options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn

挽山·2023-08-06 13:27

Seurat4.0系列教程20：单细胞对象的格式转换

#installscaterhttps://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/scater.htmllibrary(scater)library(Seurat

Seurat_·2023-08-05 10:43

通过BiocManager下载安装ggplot2和DESeq2

输入旧命令：source("https://bioconductor.org/biocLite.R")，结果显示：bioconductor现在已经更新成BiocManager按照提示去网站搜索ht

彭喆倫Arlen·2023-08-05 06:21

【分享】使用limma、Glimma和edgeR，RNA-seq数据分析易如反掌

原文来自这里，略编辑摘要简单且高效地分析RNA测序数据的能力是Bioconductor的核心优势。

王诗翔·2023-08-02 19:42

学习小组Day6笔记--森蝶

学习R包（以dqlyr为例）Day6+学习R包.png安装和加载R包1.镜像设置初级模式进行相关配置Rstudio的程序设置但是这个是CRAN的镜像，如果要下载Bioconductor的包，这个镜像是没有办法用的

松风·2023-07-29 06:13

org.Hs.eg.db 包的使用

jimmy布置的个R语言中级作业中提到了几个R包，我查找了Bioconductor中org.Hs.eg.db包的使用说明书，为了自己更好的理解和应用，做了以下笔记。首先了解一下基因芯片。

我是Peace·2023-07-29 04:19

学习小组54期 6th day-R package--忍冬

1.1.1之前按教程设置过清华cran镜像的局限性cran清华大学的镜像设置但是：如果要下载Bioconductor的包，这个镜像是没有办法用的；另外即使设置了这里，Rstudio也不是每次都能真的从CRAN

忍冬_a284·2023-07-27 19:14

【生信技能树】R语言高级练习题

ggplot2了解ExpressionSet对象，比如CLL包里面就有data(sCLLex)，找到它包含的元素，提取其表达矩阵(使用exprs函数)，查看其大小参考：https://github.com/bioconductor-chin

函数IsLazy·2023-07-24 16:18

SingleR单细胞类型自动注释与celldex参考数据包

https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/SingleR/inst/doc/SingleR.htmlhttp://bioconductor.org

小贝学生信·2023-07-23 14:30

2020-07-15 安装R包快速方法，选择镜像

http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))options(BioC_mirror="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor

海阔天空周·2023-07-23 01:12

R包开发的一些细节(1)

这里先简单介绍一些我的踩坑经验：正式发布R包后，我会介绍每个函数的参数设计和功能设计，以及详细的开发过程为了方便测试，我们可以采用downsampleddata，或者自己制作simulateddata，比如bioconductor

Shaoqian_Ma·2023-07-22 16:04

enrichplot dotplot

enrichplot:VisualizationofFunctionalEnrichmentResult(bioconductor.org)dotplot-methods:dotplotinenrichplot

Young.Dr·2023-07-21 22:27

数据挖掘学习笔记——GEO数据库：芯片数据分析

基础简介2.2、检索页面展示三、GSE项目的三种下载方式3.1、主页下载原始数据3.2、主页下载表达矩阵3.3、GEOquery包下载表达量四、基因名与探针ID的转换技巧4.1、获取对照关系4.1.1、利用Bioconductor

福旺旺·2023-07-15 17:26

R语言实操记录——获取包的三种渠道及安装包的三种方式

R语言R语言实操记录——获取包的三种渠道及安装包的三种方式文章目录R语言一、获取包的三种渠道二、安装包的三种方式2.1、CRAN2.2、Bioconductor2.3、Github注意一、获取包的三种渠道渠道

福旺旺·2023-07-15 17:25

从GEO数据库下载数据

下面是jimmy的，Ref:http://www.bio-info-trainee.com/bioconductor_China/software/GEOquery.html只需要记住三个函数，以及每个函数返回的对象该如何处理即可

YTXu·2023-06-16 21:06

OPLS-DA分析

知乎(zhihu.com)官方教程ropls:PCA,PLS(-DA)andOPLS(-DA)formultivariateanalysisandfeatureselectionofomicsdata(bioconductor.org

Young.Dr·2023-06-14 23:39

ggtree

#安装source("https://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite("ggtree")接着，我们需要准备好树文件和分组文件。

一直想要成为大牛的科研狗·2023-06-11 20:24

Error: Bioconductor version cannot be validated; no internet c如果R安装包连不上网onnection?

如果在R安装包的时候遇见Error:Bioconductorversioncannotbevalidated;nointernet，如何解决？在安装前输入如下命令即可：options(download.file.method='libcurl')options(url.method='libcurl')搞定！！！

探路小猪猪·2023-06-07 09:40

利用R语言作PPI（免String网页和安装cytoscape法）

本人稍作修改，原文是针对小鼠，现改为人类当得到差异基因后，很多时候需要作PPI蛋白互作网络，一般需要登陆STRING网站，然后用cytoscape软件作图，本文将通过R包STRINGdb(记住是大写，这个包是bioconductor

欧阳松·2023-04-18 08:27

TCGA数据挖掘一：下载数据并提取临床及表达矩阵信息：RTCGA包

列出了是因为怕没有源文件后续数据处理看不懂一下载数据RTCGA下载是把所有数据一起下载下来，存在不是最新的问题，此为2015年的#Loadthebioconductorinstaller.source("https://bioconductor.org

mayoneday·2023-04-16 02:55

R语言安装第三方包的方法

R-install-packages.html从CRAN(https://cran.r-project.org/)安装第三方包的方法：>install.packages("coefplot")第二种：从bioconductor

我是爱哭虫小鱼·2023-04-14 12:44

BiocPkgTools：分析Bioconductor中的R包关系

Bioconductor拥有丰富的元数据生态系统，包括包、使用和构建状态。这个包是一个简单的函数集合，用于以整洁的数据格式访问来自R的元数据。

周运来就是我·2023-04-14 10:04

学习对scRNA-seq数据注释的R包SingleR

UsingSingleRtoannotatesingle-cellRNA-seqdata参考：https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html

程凉皮儿·2023-04-14 09:27

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