bioconductor 第3页

文献学习002--[sc]使用 Bioconductor 进行单细胞分析

在线书籍：https://osca.bioconductor.org1.数据结构Bioconductor采用了一种称为S4的灵活的面向对象范式，可以使用丰富且用户友好的方式将多个对象组件封装到单个实例中

Hayley笔记·2023-04-13 14:48

R语言笔记Day1（三函数与R包）

3.03.54.04.55.05.56.06.57.07.58.08.59.02.R包2.1R包来源(1)CRAN网站：https://cran.r-project.org/web/views/安装：install.packages()(2)Bioconductor

养猪场小老板·2023-04-13 06:07

学习小组Day6笔记-设置镜像与R包

bioconductor是专门为生物信息

八段锦1134·2023-04-13 00:37

学习小组Day6笔记-听风

R包学习R包学习安装加载镜像设置通过options()BioC_mirror检验Bioconductor的镜像自定义CRAN和Bioconductor的下载镜像：options("repos"=c(CRAN

听风_7e46·2023-04-12 18:31

OSCA单细胞数据分析笔记-10、Marker gene detection

对应原版教程第11章http://bioconductor.org/books/release/OSCA/overview.html从基因表达水平来看，主要是哪些基因造成了每个cluster得以区分的结果是这一步的主要目的

小贝学生信·2023-04-11 19:35

统计大师·2023-04-08 11:27

monocle2轨迹分析

安装monocle2下载源代码wget https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/src/contrib/monocle_2.26.0.tar.gztar

生信探索·2023-04-07 18:11

bioconductor入门第二弹--GRanges概述

IRanges提供最简单的注释信息，起点，终点以及宽度（终点位置-起点位置）Granges和IRanges类似，但是具有染色体编号和正负链信息废话超多系列Granges是genomicranges的简称，它是bioconductor

鹿无为·2023-04-07 17:37

快捷查找KEGG里的通路和基因

如果是要做KEGG的富集分析，clusterProfiler可以搞定：https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/clusterProfiler

小洁忘了怎么分身·2023-04-07 11:05

吨吨吨的生信技能树r语言学习笔记（2）

学习bioconductor，后期会详细看写一个笔记2018-05-R与Bioconductor的入门课_哔哩哔哩_bilibili碎碎念：其实我觉得入门应该从第14课开始看，然后再回到前面看进阶，特别是如果以前没有怎么接触

吨吨吨_e0c9·2023-04-06 18:52

用R画韦恩图，柱状图，饼图，barplot和violin

4.hist首先加载R包ggplot2和reshapelibrary(ggplot2)library(reshape)若没有这两个包，则用下面的方法安装source("http://bioconductor.org

gtt儿_生物信息学习·2023-04-06 10:41

[R]TCGAbiolinks包：数据准备--query、download、prepare

官方文档：https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/TCGAbiolinks/inst/doc/index.html文献：TCGAb

小贝学生信·2023-04-05 23:50

R语言系列1 | R和Rstdio的安装

我给出的理由如下：首先，R语言基于向量操作，简单易用，虽然速度被人吐槽的很，但是在统计和画图方面我认为R是不输任何其它语言的；其次，R具有非常多的程序包可以使用，除了R通用的R包以外，还有Bioconductor

onlybugs·2023-04-05 08:13

【install.packages(“openssl“)不成功,提示tools/version.c:1:10: fatal error: openssl/opensslv.h: 不存在】

R包过程中,显示依赖的openssl的R包安装不成功.环境中已经有安装openssl.错误信息如下:BiocManager::install("GEOquery")tryingURL'https://bioconductor.org

weixin_42001274·2023-04-05 07:54

利用salmon进行转录组定量(中) --R包下载--2019-05-14

library(tximportData)getwd()#查看当前工作目录，之后转换至文件所在目录dirsource("https://bioconductor.org/biocLite.R")>options

Bio小盼·2023-04-04 18:36

利用TCseq包进行基因表达趋势分析

该包发布在Bioconductor上，可去网站下载详细文档：http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/TCseq.html数据准备

凯凯何_Boy·2023-04-03 16:20

认识单细胞分析中的各种数据结构

作者：椰子糖审稿：童蒙编辑：amethyst单细胞分析世界里数据结构多种多样，主流的四种数据结构分别是Bioconductor主导的SingleCellExperiment，Seurat中的SeuratObject

生信阿拉丁·2023-04-03 04:59

学习小组Day6-邱邱

包的使用是一通百通的，以dplyr为例安装和加载R包1.镜像设置初级模式在使Rstudio的时候为了加速包的下载，都会配置一个国内镜像，最开始是要在Rstudio的程序设置中，但是这个是CRAN的镜像，如果要下载Bioconductor

邱qiu爱学习·2023-04-03 04:25

OSCA单细胞数据分析笔记-13、Multi-sample comparison

对应原版教程第14章http://bioconductor.org/books/release/OSCA/overview.html”单细胞的多组对照设计（例如正常组与给药组）可以为细胞类型水平比较提供以往

小贝学生信·2023-04-02 09:36

2022-02-27 晴天

吃完早餐后看了一些资料，加深了对bioconductor包的理解，决定重新运行老师让复现的那片代码。终于发现了问题所在，收获就是千万不要忽视警告信息，不然你永远不会发现是哪儿错了。

泥融飞燕子·2023-04-02 07:10

ARM架构的MacOS如何配置R语言分析环境

相对于arm64版本的R，Intel版本的R虽然需要rosetta转译，存在性能损耗，但同时支持CRAN和Bioconductor里的预编译R

徐洲更hoptop·2023-04-02 07:17

OSCA单细胞数据分析笔记-3、SingleCellExperiment数据结构

对应原版教程4章http://bioconductor.org/books/release/OSCA/SingleCellExperiment数据结构（下面简称sce）基于SummarizedExperiment

小贝学生信·2023-04-02 05:20

51.《Bioinformatics Data Skills》之获取基因组区域碱基序列

获取启动子区域之后，我们可能想要提取这些区域的碱基序列，有两种常见做法：直接使用Bioconductor发行的R包将区域存储为类似BED格式的文件，使用BEDTools命令行工具这里着重介绍第1种方案，

DataScience·2023-04-01 19:15

R更新后无法安装bioconductor

上周用回了旧电脑，然后更新了R到4.0.5昨天做富集分析时要用bioconductor的包，发现需要更新3.9到3.11可是安装时总是提示ErrorinreadRDS(dest):errorreadingfromconnection

Musketeer·2023-04-01 06:54

转录组分析(11) - GO/KEGG富集分析(1)

简介bioconductor介绍Github介绍clusterProfiler-book分析模式生物clusterProfiler提供20种模式物种的GO与KEGG功能富集与注释，可直接下载使用。

半夜一更·2023-04-01 01:50

[R] 遇到的安装问题

像maftools这类的Bioconductor的软件，用Bioconductor装就可以了，代码如下：if(!

happyxhz·2023-03-29 08:59

TCGA 数据下载分析利器 —— TCGAbiolinks（一）

前言TCGAbiolinks是一个利用GDCAPI接口来查询、下载和分析TCGA数据库的数据的R包TCGAbiolinks包的功能主要可以分为三大块：数据查询和下载数据的常规分析可视化该包可以从Bioconductor

名本无名·2023-03-27 02:12

CLL 包

参考CLL官方说明书http://bioconductor.org/packages/release/data/experiment/manuals/CLL/man/CLL.pdfCLL包是chroniclymphocyticleukemia

我是Peace·2023-03-23 05:27

学习小组Day6笔记-小白之R包学习

1.镜像设置参考来源：生信星球的镜像设置以下是设置CRAN和Bioconductor的下载镜像代码>options()$reposCRAN

Morning_22·2023-03-22 03:37

GenomicRanges 数据结构

R包GenomicRanges是Bioconductor项目承载基因组位置信息的基础包，为诸如BSgenome,rtracklayer,VariantAnnotation及其他R包提供了基础数据结构。

BeeBee生信·2023-03-20 02:17

bioconductor入门——第三弹

上一期讲到了GRanges的特点，这一期我们讲讲其具体用法。首先我们需要引入一个新的函数DataFrame，它与data.frame类似，但是它的列变量可以是任何类型，比如IRanges。举个例子：library(GenomicRanges)ir##1[1,3]##2[2,4]它也可以使用$符号，获得某一个变量的数值，如：df1$iranges##IRangesoflength2##starten

鹿无为·2023-03-18 21:21

ChAMP 甲基化芯片数据分析（450 和 EPIC）

参考：http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/ChAMP/inst/doc/ChAMP.html甲基化芯片简介450K和850K

我是爱哭虫小鱼·2023-03-18 15:39

SAM算法理解

bioconductor系列教程之一分析基因芯片下（数据分析）SAM算法SAM算法过程基于数据的噪音分析。一般的，信噪比会随着信号的降低而减小。

果果爸_2019·2023-03-17 20:45

R 语言的安装（详细教程）

downloadRstudio四、R安装五、Rtools安装六、Rstudio安装七、java的环境配置八、运行RStudio十、R包安装策略1.配置镜像1.修改配置文件1.修改全局设置2.简单命令3.升级R包4.安装Bioconductor

多加点辣也没关系·2023-03-15 14:36

Orchestrating Single-Cell Analysis with Bioconductor

一本超全的单细胞下游数据分析教程，包括10X、CEL-seq、Smart-seq对应的分析案例，强烈推荐https://osca.bioconductor.org/index.html最近在准备研究生招生的夏令营面试和英语考试

Shaoqian_Ma·2023-03-14 10:02

R安装包的镜像设置

mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")第一行CRAN库中包的镜像，第二行是Bioconductor

淡水鱼Ada·2023-03-12 12:18

HIBAG——对SNP芯片数据进行HLA imputation

安装HIBAGsource("http://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite("HIBAG")下载参数https://hibag.s3.amazonaws.com

亚里亚的塔·2023-03-09 10:07

linux学习100篇22:linux安装R包的安装

，需要安装好R语言，由于依赖环境较多，一般会通过第三方软件库进行安装，比如说miniconda等R包分以下几种：镜像包：一般安装方式为：install.packages('')，选择合适的镜像进行安装bioconductor

Seurat_·2023-02-17 09:39

R包clusterProfiler如何安装成功(新手必看!)

目录前言看重点：正确的安装方式1.在CRAN中用install.packages()安装2.安装bioconductor报错3.正确而顺利的安装方法3.1安装最新版R3.2安装Rtools4.23.3配置镜像

·2023-02-16 21:13

GEO代码

list=ls())#清空环境变量options(stringsAsFactors=F)##字符不作为因子读入####getGPL获得平台的注释信息，但下载速度会慢很多####而且注释文件格式大多不如bioconductor

yaosworld·2023-02-06 16:23

分子对接教程 | (2) 选择合适的蛋白受体

【云森】·2023-02-06 09:51

分子对接教程 | (4) 蛋白受体文件的预处理

【云森】·2023-02-06 09:51

分子对接教程 | (1) 软件安装准备

【云森】·2023-02-06 09:21

ChIP-seq 分析：教程简介（1）

简介本课程介绍Bioconductor中的ChIPseq分析。该课程由4个部分组成。这将引导您完成正常ChIPseq分析工作流程的每个步骤。

·2023-02-05 22:33

[R]bioconductor之GenomicRanges学习

参考资料：https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/GenomicRanges.htmlhttps://bioconductor.org/packages

小贝学生信·2023-01-27 18:24

帮老婆写代谢组的热图和火山图

rm(list=ls())setwd('/Users/zhangjuxiang/Desktop/Rtimeseq/')#Bioconductor安装edgeR#install.packages('BiocManager

SolomonTeng·2023-01-26 19:16

零基础自学R语言 1 R语言介绍 1.3 R扩展软件包的安装与管理

零基础自学R语言文章目录零基础自学R语言1R语言介绍1.3R扩展软件包的安装与管理1.3.1扩展包使用1.3.2安装1.3.3Github和BioConductor的扩展包1.3.4更新扩展包1.3.5

Ding Jiaxiong·2023-01-20 09:38

R语言安装包的几种方法

1.直接安装#R包-直接安装install.packages("ape")#Bioconductor包-暗转if(!

Xiaofei@IDO·2023-01-09 15:07

pbcmc包的介绍（根据生信技能树Jimmy老师分享的乳腺癌分子分型包资料整理）

1.使用BioConductor的BreastCancerXXX数据集2.使用任何微阵列R数据包3.用PAM50centroids作为验证pbcmc:Permutation-BasedConfidenceforMolecularClassificationBioconductorlink

weixin_51547801·2023-01-01 13:36

package ‘CancerSubtypes’ is not available

看这里：http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/CancerSubtypes.html##tryhttp://ifhttps://URLsarenotsupportedsource

weixin_30633507·2023-01-01 13:04

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