bioconductor

数据预处理参数帮助

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite("xcms")library(xcms)XCMS是从质谱数据里做featuredetection
Kyl_1989·2020-07-11 03:51

安装DESeq 艰辛~

##前提：系统：ubuntu18.04安装的R是3.4.4版本多次尝试安装DESeq无果试过：install.packages(‘DESeq’)source(“https://bioconductor.org
Yaopufu·2020-07-11 00:35

BioConductor 结决 没有"DESeqDataSetFromMatrix"这个函数

bioconductor的安装与使用RVersion3.6https://bioconductor.org/install/if(!
Yaopufu·2020-07-11 00:04

【Bioconductor系列】利用Bioconductor包进行基因组变异位点注释

基因组变异位点注释安装工作流程所需的biconductor包source("http://bioconductor.org/workflows.R")workflowInstall("variants"
徐洲更hoptop·2020-07-11 00:49

Cytoscape插件3：Enrichment Map(2)

Raw.CEL文件用bioconductor的affy包进行RMA。
Y大宽·2020-07-10 01:21

R语言做贝叶斯网络结构学习

以下是安装代码：install.packages("pcalg")##如果https://不行可以改成http://试试source("https://bioconductor.org
qjgods·2020-07-09 12:20

利用R语言对RNA-Seq进行探索分析与差异表达分析

最新更新见http://cangfengzhe.github.io/r/RNA-Seq.html介绍本文参考bioconductor中RNA-Seqworkflow:gene-levelexploratoryanalysisanddifferentialexpression
探索者v·2020-07-08 07:02

文献：clusterProfiler: an R Package for Comparing Biological Themes Among Gene Clusters

clusterProfiler包在Bioconductor项目中的Artistic-2.0
康君爱上了蕊酱·2020-07-08 04:00

NGS项目六：R语言与Bioconductor分析affymetrix芯片

6.1数据输入与预处理从数据包CLL中载入芯片数据，完成预处理在bioConductor使用RMA算法预处理基因芯片原始数据。
saghir·2020-07-08 04:02

了解5个乳腺癌表达数据集

最近需要学习使用genefu这个包，然后应用到自己的数据里面，发现这个包的说明书里面提到了5个乳腺癌表达数据集，安装如下：source("http://bioconductor.org/biocLite.R
生信技能树·2020-07-07 22:37

基因芯片（Affymetrix）分析1：芯片质量分析

iyy15wqlwcsuugrbe6kxlxcf3ztmztw8/folder/32707318961解压后生成八个文件该实验有1个对照和3个处理，各有2个重复，共8张芯片image.png2.读取CEL文件安装两个包>source("http://bioconductor.org
thinkando·2020-07-07 19:05

R语言 - Linux安装R语言扩展包相关命令（Windows雷同）

目录1.包的分类2.常用函数3.安装Sourcepackage方法3.1方法一：本地包安装3.2方法二：在线安装3.3Bioconductor的安装方法4.卸载package5.查看R及其package
·写虫师·2020-07-07 17:53

差异分析流程（二）limma

1.制作三个矩阵2.建模前归一化3.建模及结果4.检查参考链接：https://www.bioconductor.org/packages/devel/workflows/vignettes/RNAseq123
hachi_dl·2020-07-06 06:19

R: 使用CHAMP包进行甲基化数据的差异分析(QC, CNV, DMP, DMR等)

包对自己的甲基化数据进行分析(QC,CNV,DMP,DMR等)包的安装setwd('E:/wu/R')#~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~#source("http://bioconductor.org
quanyaxuehu·2020-07-06 04:41

甲基化芯片入门学习-ChAMP包（二）

我只粗略看过minfi和ChAMP，发现ChAMP的功能更加齐全以及使用也较为简单，并且其也集成了minfi包的部分功能，所以下面以ChAMP包作为学习对象ChAMP包的安装source("https://bioconductor.org
高锦-生信·2020-07-04 17:26

Bioconductor的注释包未必靠谱

Bioconductor开发的物种注释包系列集合了一个物种不同来源的注释信息，能够根据基因ID对其进行多种来源的注释，比如说基因的别名，基因的功能等。
徐洲更hoptop·2020-07-04 06:57

基因的富集分析

1、安装source("https://bioconductor.org/
msw521sg·2020-07-02 12:00

Rstudio-server无法安装，但可以安装Rstudio & 安装bioconductor遇到问题：“installation path not writeable, unable to up”

#安装bioconductorsource("https://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite()遇到以下问题：>biocLite()BioC_mirror:https
gavin_cdc·2020-07-02 00:23

一文详解如何用 R 语言绘制热图

●heatmap():用于绘制简单热图的函数●heatmap.2():绘制增强热图的函数●d3heatmap:用于绘制交互式热图的R包●ComplexHeatmap:用于绘制、注释和排列复杂热图的R&bioconductor
weixin_33933118·2020-06-28 08:27

Rstudio( bioconductor)下载太慢，用国内镜像

在Rstudio中，下载软件install.packages()和bioconductor软件下载命令source("http://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite
weixin_30408675·2020-06-27 19:20

获取差异基因

设置工作目录，载入必要的包source("https://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite()getwd()setwd("D:/RWork/Rlearning"
Stone_Stan4d·2020-06-26 23:13

四个GEO分析的万能R包来自大神Jimmy

按照之前的思路:一般有三种方法可以得到芯片探针与gene的对应关系：金标准当然是去基因芯片的厂商的官网直接去下载啦一种是直接用bioconductor的包。一种是从NCBI里面下载文件来解析好！
天涯清水·2020-06-26 20:20

R语言入门——笔记（二）--包（package）的使用及RStudio的使用，加载包和数据集

CRAN:-install.packages()Bioconductor:Gitbuh:-install_github()要使用CRAN中的包去https://cran.r-project.org/这里找
Ego-·2020-06-26 11:03

seurat软件安装 随笔R包的通用安装方法

install.htmlhttps://personal.broadinstitute.org/rahuls/seurat/InstallSeurat.htmlR安装命令1source(“https://bioconductor.org
虽迟但到·2020-06-25 20:06

maftools使用

1.安装maftools是bioconductor的包，详细说明可见https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/maftools.htmlsource
liangsan·2020-06-25 20:09

Pathview包：整合表达谱数据可视化KEGG通路

（KEGG在线数据库使用攻略）Pathview的安装一种方法是通过Bioconductor安装，需要Bioconductor版本3.9，R的版本3.6（推荐）。if(!requireN
生信宝典·2020-06-24 21:52

如何使用Bioconductor进行单细胞分析？

Bioconductor项目托管了社区开发的开源R包以满足这些分析需求。
生信宝典·2020-06-24 21:49

认真学习limma.jpg

limma的学习资料有很多，我每次更新的也是不同的内容，希望能多涉及一些关于limma的知识，充实大脑最近经常从花花那里听说.jpg，被感染了哈哈配置之前果子更新了一篇推送，讲的就是bioconductor
刘小泽·2020-06-24 08:08

文献：DOSE: an R/Bioconductor package for disease ontology semantic and enrichment analysis

文献时间2015摘要DO以疾病的形式来对人类的基因进行注释，对于联系高通量数据与临床数据有很重要的作用。DOSE是一个R包，提供基因和DO术语之间的语义相似度计算，使生物学家能够探索疾病之间的相关性以及从疾病角度探索基因功能。此包提供超几何模型，基因集富集分析，基因类之间的对比等功能。介绍通过理解疾病之间，基因和疾病之间的联系，就能够从高通量数据中挖掘出疾病的一些相关分子机制。疾病方面利于早期诊断
康君爱上了蕊酱·2020-06-24 05:21

R语言 Bioconductor包的安装指南

R语言Bioconductor包的安装指南(2012-09-1519:11:55)http://r-china.org/forum.php?
hzyido·2020-06-24 00:47

无参（De novo）转录组分析流程

1.先进行R包的安装：source("http://bioconductor.org/biocLite.R")reads.ALL.left.fq$cat1M_READS_sample/*.right.fq
Luster_Li·2020-06-22 20:12

R-下载某一条通路的所有基因名字（KEGG）

筛选结果显示仅有hsa04728符合我们的研究目的二、下载hsa04728通路中的全部基因1.安装R包KEGGREST首次安装时电脑可能会显示与当前R语言版本不配，可以从bioconductor的官网下载安装
SnowPye·2020-06-21 00:12

R IN ACTION SELF-TUTORIAL-23 cladogram系统进化分枝图的绘制 2020-06-17

1、先看最终的结果：image.png2、实现过程：source("https://bioconductor.org/bio
RashidinAbdu·2020-06-17 14:21

【单细胞】SingleR注释细胞类型

SingleR教程网址（https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/SingleR/inst/doc/SingleR.html
清昭_QCao·2020-06-09 16:16

Bioconductor以及一些常用包的安装

（对于windows系统，要额外安装Rtools，安装后需要手动配置路径，记得这里要添加两条来自不同bin目录的路径）1，Bioconductor的安装为了方便安装生信相关的包，先安装Bioconductor
烦啦烦啦·2020-04-28 15:09

学习小组Day6笔记--Monomania

DAY6：RPackages一、安装和加载R包1.镜像设置（自定义CRAN和Bioconductor的下载镜像）用file.edit()编辑.Rprofile文件，加入相应下载源的代码file.
Just_Monomania·2020-04-19 20:12

TCGA_09

ggplot2点图KEGG富集分析BgRatio（background）：该通路总基因/收录KEGG的总基因GeneRatio：输入的差异基因数中属于该通路的/输入的所有差异基因人与动物geneid转换：bioconductor1
沈住氣·2020-04-18 10:47

SingleR || 单细胞细胞类型定义工具

如果您用的是新版本的请参考新版的教程：https://www.bioconductor.org/packa
周运来就是我·2020-04-13 04:36

TCGA数据下载R包-RTCGAToolbox说明

安装#安装与加载R包source("https://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite("RTCGAToolbox")library(RTCGAToolbox)getFirehoseDatasets
yangk75·2020-04-12 10:04

Bioconductor 分析基因芯片数据

本文参考《R语言与Bioconductor生物信息学应用》第五章1.快速入门安装并加载所需R包source("http://bioconductor.org/biocLite.R");biocLite(
thinkando·2020-04-12 02:41

rnaseqGene初探

这次偶然发现了处理RNA-seq的新神器，首先附上地址：http://www.bioconductor.org/packages/devel/workflows/html/rnaseqGene.html
小潤澤·2020-04-11 20:15

bioconductor

名词：genemodel(e.g.,exon,intron,splicesite,etc.)predictswhetheranaminoacidsubstitutionaffectsproteinfunctionSIFTPolyPhen函数mcols()把GRanges转换为DataFrame>class(all)[1]"GRanges"attr(,"package")[1]"GenomicRan
43daf5f8181f·2020-04-08 22:21

R安装R包

普通：install.packages()以前是：source("http://bioconductor.org/biocLite.R")options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn
苏牧传媒·2020-04-08 12:10

使用R包ComplexHeatmap绘制复杂热图_2020-04-07

/ComplexHeatmap")##2.安装和导入R包：ComplexHeatmap###2.1Bioconductor安装if(!
知无牙·2020-04-07 23:10

【必学Bioconductor包300个】GenomicRanges

导航：A.简介B.操作AnIntroductiontotheGenomicRangesPackageC.常见问题BiostarsA.简介TheGenomicRangespackageservesasthefoundationforrepresentinggenomiclocationswithintheBioconductorproject.Thispackagelaysafoundationfo
冬青苏木·2020-04-07 08:16

【必学Bioconductor包300个】IRanges

导航：A.简介B.操作AnOverviewoftheIRangespackage2.1Normality2.2ListsofIRangesobjects2.3VectorExtraction2.4FindingOverlappingRanges2.5CountingOverlappingRanges2.6FindingNeighboringRanges2.7TransformingRanges2.
冬青苏木·2020-04-07 08:58

2018-01-11 R包

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite("org.Dr.eg.db",ask=False)biocLite("org.Mm.eg.db
国产在读博士·2020-04-05 08:07

单个样本如何做拷贝数变异分析呢

在bioconductor上面看到一个R包seqCNA：PDFRScript读其文档的时候发现，是可以针对单个样本进行拷贝数变异分析的，代码如下：library(seqCNA)data(seqsumm_HCC1143
生信技能树·2020-04-03 13:21

【R语言学习】安装org.Hs.eg.db包及更新R版本

org.Hs.eg.db")后,显示：Warningininstall.packages:package‘org.Hs.eg.db’isnotavailable(forRversion3.6.1)解决方案：1.安装Bioconductor
你在想些什么呢·2020-03-27 18:45

Day 1 R语言再复习

这句话不能很少options(stringsAsFactors=F)安装R包就一下几句命令都试一下就好,包要区分大小写##方法一source("http://bioconductor.org/biocLite.R
陈宇乔·2020-03-26 16:21
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