chip

ChIP-seq和CUT&Tag技术

ChIP-seq：利用染色质免疫共沉淀+高通量测序研究某种蛋白质结合的基因组区域染色质由DNA、组蛋白等组成：1.pngDNA将组蛋白“打包”，起到调控基因比如激活/沉默的作用：2.png1.甲醛交联：
Ann_0822·2021-06-20 10:41

反思录2021-01-10

今日文献：DynamicmapsofUVdamageformationandrepairforthehumangenome今日反思：连续两天高强度运动，再加上今天工作强度较大，有些疲惫，实验间隙只想休息，CHIP-Seq
考拉王的桉树·2021-06-20 10:39

讨厌又迷人的reads去重复

太长不看系列RNA-seq一般不去重复ChIP-seq一般去重复callS
鹿无为·2021-06-14 15:20

我可能是最后一个知道IGV也可以overlap Track的

image因为我们做ChIP-Seq的时候，会有IP和Input。尽管我们可以在发文章的时候，在IGV上只放IP，但放上input会显得更加的严谨。
城管大队哈队长·2021-06-12 22:39

关系抽取信息抽取知识图谱

关系抽取20210628https://www.cnblogs.com/robert-dlut/p/14343408.html中文电子病历命名实体识别（CNER）研究进展http://www.cips-chip.org.cn
weixin_ry5219775·2021-06-10 22:25

Chip-seq的原理2020-02-11

https://www.bilibili.com/video/av86858532?p=2212屏幕快照2020-02-11下午2.42.31.pngH3表示组蛋白K4组蛋白上的氨基酸，甲基化的位点H3K4me2H3K4me3AcetylationH2AZ对启动子起到激活作用H3K36me3H3K79me2对转录起激活作用H3K4me1H3K4me2H3K27ac对增强子激活CTCF绝缘子，抑制增
机器人会画画·2021-06-04 04:09

NGS pipeline in Github

推荐：https://github.com/crazyhottommy/https://github.com/xuzhougeng/R-ChIP-data-analysishttps://github.com
小潤澤·2021-06-02 20:07

DRAM学习笔记

image.pngimage.pngimage.pngimage.png整个DRAM的结构如上图所示，其中Chip、Bank以及Row/Column的概念比较重要。
CPinging·2021-05-31 20:29

安卓模拟器性能比较

SFC一般来讲用Snes9x核心是比较安逸的，bsnes系列精确度极高，但不支持很多hack的ROM，兼容性也很不好说，另外performance版说是不支持增强chip？
realnabarl·2021-05-20 02:16

安利一个Chip-seq数据分析指南

www.taylorfrancis.com/books/e/9780429487590练习数据地址以及脚本：http://anaisbardet.cnrs.fr/practical-guide-to-chip-seq-data-analysis
小潤澤·2021-05-16 10:14

【万科V-learn父母学院-家庭双语启蒙】1705-140-Chip-2017年10月16日

用心陪伴每一天1音频peppapig第1季1-10集、牙牙学语12动画/电影MonstersUniversity15分钟3儿歌与游戏Witchinajar我们用黑色的卡纸做了一个女巫帽子戴上，找来大浴巾当女巫的斗篷，当然少不了扫帚啦。I’mawitch,I’mawitch.Thisismyjar.Don’tgofar.I’llcatchyou,littlebaby.I’llputyouinmyja
水中的珊瑚雨·2021-05-15 08:21

【万科V-learn父母学院-家庭双语启蒙】1705-140-Chip2017年9月11日

用心陪伴每一天1音频0b轮播2动画汉语:小老鼠，上灯台英语:1aunit1-43儿歌与游戏a、锯子锯（起床游戏）锯子锯，磨子磨，铲子铲，蚂蚁上树，抠脚板一边唱儿歌一边做动作b、littlebeeandflowerBaby,I'malittlebee,andyouarealittlebee,too.I'mhungry.Let'sflyandlookforflowers.Littlebee,littl
水中的珊瑚雨·2021-05-15 03:39

【万科V-learn父母学院-双语启蒙工程】1705-140-Chip-2017年9月22日

用心陪伴每一天1音频0b1a轮播2动画1ajohnnyhanmmers3儿歌与游戏a、peek-a-boo/hideandseekM:Baby,let'splayagame.Look,onebighand,twobighands,covermyeyes.ThenyoucanhideyourselfandIwilllookforyou.Ok?B:Ok!M:Areyouready?I'llcometo
水中的珊瑚雨·2021-05-13 19:28

WARN src/stlink-common.c: unknown chip id! 0xe0042000

使用stlinkv2的时候产生了如下的警告，无法启动gdb_server，正常的信息如下：chen@chen-Aspire-4745G:~$st-util2016-11-20T10:05:53INFOsrc/stlink-usb.c:bus002dev0362016-11-20T10:05:53INFOsrc/stlink-usb.c:--exit_dfu_mode2016-11-20T10:05
道无显隐·2021-05-12 03:44

【万科V-learn父母学院-家庭双语启蒙】1705-140-Chip-2017年9月3日

用心陪伴每一天1音频0b轮播，汉语第一册上轮播2动画0bseesaw,johnny,johnny,thefiremen3儿歌与游戏a、seesaw1）妈妈将手臂伸直，上下摆动，Look,aseesaw.Honey,Let'splaythegameofseesaw.Upanddown,upanddown,upanddown,upanddown.Seesaw,Teetertottertilt,Some
水中的珊瑚雨·2021-05-05 04:23

驱动总结1

modalias="rc522",//初始化设备的名称.platform_data=NULL,.max_speed_hz=10*1000*1000,//初始化传输速率.bus_num=2,//控制器编号.chip_select
嵌入式工作·2021-05-04 04:06

关于multiple mapping我想说的

很多时候，我们都要选取uniquemapped的reads，尤其是在RNA-seq和CHIP-seq的时候，但是如何保留，各种教程都不一致，我稍微总结了一下，是因为使用的比对工具不一样导致的！
生信技能树·2021-05-04 01:29

智能科技狗能取代宠物狗，成为孩子的玩伴吗？

这里有只叫做CHiP的狗狗，它就完全没有上面提到的一系列让人困扰的问题。在2016年的国际消费类电子产品大会上，美国机器人制造公司WowWee展出了一只名为CHiP的智能机器宠物狗。
极客爸爸·2021-05-02 17:00

STM32学习笔记（二）STM32

什么是STM32ST：意法半导体，SOC（System-On-a-Chip）厂商M：微控制器微处理器32：32bits系统STM32能做什么各种常用通信接口：串口USART：用于跟串口接口的设备通信：如
次元夏阳·2021-04-30 22:29

HaaS EDU场景式应用学习 - 复古八音盒

所谓的所谓的Chiptune也就是由老式家用电脑、录像游戏机和街机的芯片（也就是所谓的CHIP）发出的声音而写作的曲子。
HaaS技术社区·2021-04-30 14:04

【万科V-learn父母学院-家庭双语启蒙】1705-140-Chip-2017年9月9日

用心陪伴每一天1音频0b轮播2动画1aunit1-43儿歌与游戏lollipop宝宝找出了新买的彩色粘土Baby,let'smakealollipop.Ok?Whichcolourdoyoulike?I'llchooseyellowandred.Whataboutyou?Yellow,white.Ok,look,first,I'llputtheyellowandredtogether.second
水中的珊瑚雨·2021-04-30 02:35

bedtools intersect简单介绍

整理ChIP-seq/CUT&Tag分析时用到的工具。本文只对使用的工具用法进行简单介绍。
尘世中一个迷途小书僮·2021-04-29 20:56

MACS2 进行peak calling

整理ChIP-seq/CUT&Tag分析时用到的工具。本文只对使用的工具用法进行简单介绍。
尘世中一个迷途小书僮·2021-04-29 10:13

ChIP-seq数据分析实战训练（一）

ChIP-seq数据分析实战训练（一）一、安装软件（conda）###创建小环境condacreate-nchip###激活小环境condaactivatechip###安装软件condainstall-ysratoolstrim-galoresamtoolsdeeptoolshomerbowtie2bowtieMACS2
小西瓜f·2021-04-22 10:52

复盘日志

2、三个单词：精读：☞principal最重要的，主要的，首要的☞formula方法，计划，原则☞clarify澄清，讲清楚，阐明视听说：☞orphan孤儿☞extremely非常☞chip炸薯条3、喜欢的一句话
土管一班35王卓亭·2021-04-13 22:32

WGCNA分析，简单全面的最新教程（在线做，但也需要懂原理）

生信学习的正确姿势（第三版）NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述
生信宝典·2021-04-05 22:00

ChIp-Seq,ATAC-seq, DAP-seq

1ChIP-seq染色质免疫共沉淀（ChromatinImmunoprecipitation,ChIP)研究体内蛋白质与DNA结合的技术。
斩毛毛·2021-03-13 15:43

Encode数据下载很慢怎么办？

最近我要下200个ChIP-seq的数据，在下载的过程中发现，有的数据下载非常的慢！就像下面这种，我排除了大型机网络的问题，那么我应该咋办。。。？
liu_ll·2021-03-06 17:44

NGS reads去重知多少

NGS数据reads去重的一般总结：RNA-seq一般不去重ChIP-seq一般要去重CallSNP一般要去重RRBS一般不去重Targeted-seq（
Peter_iris·2021-03-02 10:08

Parallels Desktop for Mac with Apple M1 chip (Apple Silicon)

从ParallelsDesktop官网可以看到M1芯片版（ParallelsDesktopforMacwithAppleM1chip(AppleSilicon)）还没有发布正式版，并提示可以试用预览版（
App Store公众号小程序:分享录·2021-02-24 10:32

[实战1] Polycomb associates genome-wide with a specific RNA polymerase II variant, and regulates me...

写在前面：参考-#给学徒ChIP-seq数据处理流程目录软件安装[公共数据的获取---sratoolkit--prefetch][得到fastq格式的测序数据----sratoolkitfastq-dump
shine_9457·2021-02-05 15:13

芯片工程师的自我修养

集成电路（integratedcircuit，缩写作IC；或称晶片/芯片chip）在电子学中是一种将电路（主要包括半导体设备，也包括被动组件等）小型化的方式，并时常制造在半导体晶圆表面上。
他瑞Taurui·2021-01-31 22:07

《破解数字VLSI验证面试》翻译计划——第二章

数字集成电路的设计趋向于越来越多的SOC（System-on-Chip）设计，它将微处理器或微控制器与GPU或DSP等处理器以及许多系统组件
杰之行·2021-01-30 09:20

Chip-seq call peak和注释

我们用的MACS2来进行callpeak的。我的样本是：input，CK，treatment================首先肯定是比对得到bam文件============================下面就是callpeak了=============macs2callpeak-ttreatment.sort.bam-cInput.sort.bam-fBAMPE-g2.1e9-ntreat
jjjscuedu·2021-01-29 15:09

如何提取ATAC-seq数据的差异peaks?（DiffBind包的使用）

下面的说法来自实验室刚毕业的一个七年的博士（仅代表其个人看法）：ChIP-seq通常用DESeq2来获取
生信start_site·2021-01-02 12:56

ATAC-seq讲座视频笔记

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小贝学生信·2020-12-17 19:49

ChIP-seq和 CUT&Tag、CUT&RUN讲座视频笔记

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小贝学生信·2020-12-17 19:41

RIC-seq讲座视频学习

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小贝学生信·2020-12-17 19:31

Ribo-seq讲座视频笔记

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小贝学生信·2020-12-17 19:26

CLIP、RIP-seq讲座视频笔记

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小贝学生信·2020-12-17 19:22

(eccDNA)circle-seq讲座视频学习

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小贝学生信·2020-12-17 19:47

AD（十一）常见CHIP类封装的创建（封装的组成成分、焊盘属性、画焊盘、画丝印、测距）

AltiumDesigner（十一）常见CHIP类封装的创建（封装的组成成分、焊盘类型、画焊盘、画丝印、测距）软件：AltiumDesigner16CHIP类一般为电阻、电容、SOT、二极管、三极管等CHIP
自信且爱笑‘·2020-12-01 09:52

在IGV里同时查看多个region/gene

之前使用IGV查看ChIP-seq结果的时候，一般就是只看某一个基因附近的peaks，或者同时打开好几个IGV界面(sessions)查看多个基因。
生信start_site·2020-12-01 06:47

50个ggplot2可视化案例

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2020-11-17 22:00

送书|北大出版：R语言数据分析与可视化从入门到精通

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2020-10-23 15:00

超详细的热图绘制教程(5000余字)，真正的保姆级教程

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2020-10-19 22:00

ChIP-Seq数据挖掘系列-6: 怎么选择HOMMER结果中的motif

HOMER是一套用于Motif查找和二代数据分析的工具。hommer结果中一般包含已知motif富集情况，并且也会对用户提供的序列进行重头预测motif。很多同学在拿到这个结果后都是一脸懵，尽管HomermotifResults是有排序的，排名第一的可能并不是用户的期望，后面的结果也是可以选择的，但是如何评价及选择这些结果？#先来看一个例子motifresultsexample预测的这个motif
JeremyL·2020-10-08 21:12

WGCNA分析，简单全面的最新教程（可以在线做了）

生信学习的正确姿势（第三版）NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述
生信宝典·2020-10-07 22:00

pyGenomeTracks—表观多组学个性化track可视化工具

今天小编就给大家介绍一款非常好用的python包—pyGenomeTracks，它能够满足Hi-C、ChIP-seq/ATAC-seq、RNA-seq和BS-seq等多种组学数据类型。
生信阿拉丁·2020-10-07 11:13

基于LVDS差分接口之IOSERDES的高速串行通信

4个从机与主机之间通信接口采用基于LVDS_33的差分IO接口标准，以满足高速率，抗干扰，chip-to-chip的数据流传输架构。
CAOXUN_FPGA·2020-09-17 04:29
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