gdc-client

TCGA超过1G的病理wsi数据下载-gdc-client

遂采用gdc-client下载。

hx2024·2023-12-27 02:42

rmd学习及gdc- client数据下载R.tacg-1

rmd插入代码块ctrl+alt+I级别标题：＃.pngTCGA癌症类型.png1.数据下载gdc-client官方下载工具UCSCXena浏览器分类打包，直接下载gdcRNAtools基于gdc-client

小胡同学_d5e1·2023-11-27 04:42

TCGA-CRC

然后在电脑终端用gdc-client下载数据得到clinical文件459个，mrna文件521个。

数据控的迷妹·2023-10-25 13:06

TCGA数据库下载正常样本

关于TCGA数据库数据下载，随便搜搜就有很多文章，方法多样，可以通过R包也可以通过TCGA提供的官方下载器gdc-client。但是下载数据的时候，我突然发现，诶，怎么下载正常样本？

jlyq617·2023-09-20 13:52

获取TCGA中miRNA成熟体表达

（内心充满愧疚，一工作后就被工作的各种事情占满了精力然后每天下班回家都只想在床上安静的躺着什么都不想干）以前还会使用TCGA官网工具gdc-client去下载数据，自从后来发现可以用TCGAbiolinks

_十三·2023-08-10 13:23

Win10使用gdc-client下载TCGA数据集【安装使用教程】成功解决闪退问题！

调研后选择在Win10端使用gdc-client来帮助下载Cart文件。

is_colorful·2023-07-24 20:08

工具|tree：可视化你的目录文件层级，从源安装tree

tree是一款非常好用的命令用具，用于可视化目录和文件的层级，比如$tree-L1~/wangshx/biosoft//public/home/liuxs/wangshx/biosoft/├──bin├──gdc-client

王诗翔·2023-04-12 17:26

利用R包TCGAbiolinks进行各种数据下载

下载TCGA数据的方法有很多，上一篇介绍了如何用gdc-client批量下载数据，基于网上有很多用TCGAbiolinks包下载数据的教程，所以也想学习一下这个方法。

生信start_site·2023-04-05 05:27

生信-使用R语言将gdc数据转化为基因表达矩阵

从gdc-client下载数据后，接下来，我们可以尝试把gdc数据转化为基因表达矩阵，这里需要对原始数据文件进行加工处理1.准备工作创建一个工作目录，将样本文件夹放在all文件夹下在本地选择一个文件夹：

lietobrain·2023-04-05 04:43

如何生成WGCNA分析所需的临床表型信息

在前几篇学习笔记里，我得到了TCGA数据库里的count矩阵（整合gdc-client批量下载的文件），并且把它转化成了FPKM（如何

生信start_site·2023-04-01 16:54

TCGA 数据下载工具 -- gdc-client

下载安装https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool根据自己的机器选择版本，我使用的是服务器因此选择Linux版的：#downloadwgethttps://gdc.cancer.gov/files/public/file/gdc-client_v1.6.0_Ubuntu_x64-py3.7_0.zip#unzipunzipgd

正经昵称征集中·2023-04-01 05:19

R语言整理gdc-client工具下载的TCGA数据

提取临床信息##提取临床信息rm(list=ls())options(stringsAsFactors=F)#######LoadthepackagesrequiredtoreadXMLfiles.library("XML")library("methods")getwd()dir='E:/Rsudio_workstation/TCGA/GDC/clinical/'##设置临床信息所在的路径all

Eric's blog·2023-02-03 20:58

TCGA数据集下载及gdc-client相关问题汇总

本文仅针对使用过程中出现的诸多错误提示符，由于网上关于gdc-client的教程非常多，不做搬运。

StandWisdom·2023-01-06 17:33

TCGA数据下载和整理的三种方法

TCGA数据下载方法：gdc-client，Xena和gdcRNAtoolsTCGA癌症类型需要下载的数据组学信息（样本）：（存储单个病人表达数据，需整理为表达矩阵）+（存储样本文件的详细信息，可以为RNA-seq

Hayley笔记·2022-06-30 09:18

二、TCGA数据下载

TCGA癌症类型1.数据下载类型(1)gdc-client（TCGA官方渠道）(2)Xena（国外一学校提供的全但不好下，多尝试）(3)gdcRNAtools（gdc-client的衍生工具可能更新跟不上

FANZHIYU·2022-01-16 22:24

TCGA视频第三章---GDC下载及数据整理

当然GDC-client是官方软件下法，所以，我就选择了官方下载。这个在发表文章的时候应该

寥廓江天万里霜·2021-04-17 18:57

TCGA数据挖掘笔记1

生信技能树2021数据挖掘线上课笔记，需要结合课程讲解服用TCGA下载数据的方法-gdc-client（软件名）：需要写命令运行，官方下载的数据，下载的数据是零散的，每个病人的每个样本单独组织GDC.pngxml

超级可爱的懂事长鸭·2021-04-09 19:35

TCGA数据挖掘入门---数据下载工具gdc-client的环境变量配置

使用gdc-client下载数据为方便起见，需要对gdc-client环境变量的配置。

Seurat_Satija·2021-02-23 11:45

整合gdc-client批量下载的文件

在我前面写过的如何批量下载TCGA里的数据（gdc-client方法）文章里，只涉及了如何批量下载TCGA数据，但是对于下载下来的那些文件没有整理。为什么呢？因为我懒。。。

生信start_site·2020-08-09 04:17

使用gdc-client下载数据

01、下载与安装DataTransferTool1.1软件下载地址：https://docs.gdc.cancer.gov/Data_Transfer_Tool/Users_Guide/Getting_Started/#downloading-the-gdc-data-transfer-tool1.2得到压缩文件后减压，得到gdc-client.exe，注意将gdc-client.exe放置于一个

Oliver-nana·2020-07-12 19:57

整理从TCGA下载的数据

如果从TCGA官网网页下载数据，或者使用gdc-client工具下载的数据，都是以单个的文件夹形式存储，并且文件夹中的为压缩文件，所以，下载数据后，第一步就是如何把这些文件复制在同一个文件夹中，以利于后续的数据读入

生信小鹏·2020-05-27 12:48

TCGA数据官网网页下载及gdc-client下载

下载TCGA数据时，可以采用多种方式进行下载，有使用R相关的packags进行下载，最新的数据最好是从TCGA官网进行下载。1.使用官网网页进行下载如果需要下载的数据量不大，可以直接在官网进行下载1.1选定所需要下载的数据image.png根据需要分析的数据，选定数据后，在右方加入购物车image.png1.2下载数据不管使用网页下载数据，还是官网提供的GDC工具，有以下几个文件需要下载image

生信小鹏·2020-05-26 18:15

集群上下载GDC数据库数据

gdc-client安装使用利用gdc-client工具下载数据GDC官网gdc-client网址不能打开，且windows版本，osx版本，ubantun版本都不能在集群上正常运行在github上下载

李玉树·2020-03-24 11:03

手把手学会TCGA数据分析

在windows系统上进行TCGA数据的自定义分析，需要：1，gdc-client，TCGA官网的下载工具专门用来下载TCGA中的数据；2，RStudio，因为代码就是用R写的；3，gdc_manifest.txt

fqiang1024·2020-03-01 02:01

使用gdc-client批量下载TCGA数据

GDC的在线下载功能只适用于下载小的数据集，当需要下载数据量较大的TCGA数据时，必须借助于GDC官方提供的客户端工具gdc-client。

生信修炼手册·2020-02-21 18:13

如何批量下载TCGA里的数据（gdc-client方法）

上一篇文章简单的探索了一下怎么在TCGA数据库里找到自己想要的数据，也具体的说明了一下如何下载少量的数据。那么问题来了，如果我想下载的文件有几十个，甚至上百上千怎么办？总不能一个一个下载吧，所以这里讲一下怎么批量下载数据。首先还是进入TCGA的网站，按照上一篇文章里讲的怎么过滤你想要的文件，这里举个例子：这里我的筛选条件是TCGA数据库，project选择的是TCGA-HNSC，primarysi

生信start_site·2020-02-12 20:17

生信-使用gdc-client下载数据

正八经的官网：https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-toolimage.png注：windows、redhat、ubuntu、mac的都可以下载使用windows用户安装使用windows用户，下载的是一个gdc-client.exe文件1.存放exe与txt例如，我随便找一个文件夹，文件夹地址是：E:\workspace\gdc

lietobrain·2019-12-21 11:48

使用官方gdc-client软件下载TCGA数据

要是有gdc-client软件下载数据，需要以下三步才能完成：1、GDC筛选检索下载需要数据的Manifest文件TCGA改版后，下载方式变得大为不同，数据都整合在GDC（GenomicDataCommons

组学大讲堂·2019-12-18 20:49

Python脚本下载TCGA大数据，非常简单，开放源代码

前言使用TCGA官方的gdc-client下载工具有时候很慢，经常会挂掉，那干脆自己写一个下载小程序。于是使用TCGA的API写了个下载TCGA数据的脚本，脚本也是需要下载manifest文件的。

Mr番茄蛋·2018-07-10 21:31

TCGA数据下载教程：使用官方gdc-client软件下载

前言本教程涉及内容：TCGA网页数据下载，检索方式gdc-client软件安装和配置使用gdc-client下载TCGA数据[补充]怎么根据TCGA官方的API下载数据？

Mr番茄蛋·2018-07-02 13:20

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