gencode

gffread软件使用教程

或者cellranger的database包，#下载gtf/gff文档及hg19文件wgetftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_human
11的雾·2023-09-25 20:47

IGV导入注释文件-转载

注释文件下载流程进入Gencode网站（http://www.gencodegenes.org/），data>>human>>GRCh37-mappedreleases>>GENCODErelease26
酷睿_1991·2023-09-12 22:57

beetlsql 代码生成示例(lombok、jdk14文本块、junit5)

beetlsql代码生成示例测试用例代码packageorg.leaf.gencode.tools;importorg.beetl.sql.core.SQLManager;importorg.beetl.sql.ext.gen.GenConfig
BrandonLeaf·2023-09-06 10:01

RNA-seq 转录组定量

Data：fromGEOTools:RSEM和STAR建立索引：下载gencode参考数据集，v24的gtf文件以及fasta文件/home/wuxiaobin/RSEM/bin/rsem-prepare-reference—gtf
好风凭借力·2023-08-27 22:26

cuda11.7+visual studio 2022 编译时出现MSB3721问题

cO\G.Common.XrayRegistration_nc>“C:\ProgramFiles\NVIDIAGPUComputingToolkit\CUDA\v11.7\bin\nvcc.exe”-gencode
識戕·2023-08-02 11:50

visual studio 2022 编译时出现MSB3721问题

cO\G.Common.XrayRegistration_nc>“C:\ProgramFiles\NVIDIAGPUComputingToolkit\CUDA\v11.7\bin\nvcc.exe”-gencode
ctgushiwei·2023-08-02 11:17

错误 1 error MSB3721: 命令““C:\Program Files\NVIDIA GPU Computing Toolkit\CUDA\v9.0\bin\nvcc.exe” -genco

错误1errorMSB3721:命令““C:\ProgramFiles\NVIDIAGPUComputingToolkit\CUDA\v9.0\bin\nvcc.exe”-gencode=arch=compute
我要去看得最远的地方·2023-07-26 05:32

MultiScaleDeformableAttention编译报错解决

版本是10.2安装对应的pytorchpipinstalltorch==1.7.1torchvision==0.8.2torchaudio==0.7.2然后注释掉ops文件夹下setup.py中的#'-gencode
冷兔 ҉҉҉҉҉·2023-04-19 01:21

2022-04-25 TCGA下载(XENA)、ID转化等问题

Curated版本（在TCGA下面），表达矩阵可使用GDC版本的FPKM（在GDC）下面（如TCGA-LUAD.htseq_fpkm.tsv.gz，实际下载的是log(FPKM+1)，这种参考基因组是gencode.v22
青蒿素2·2023-04-18 19:28

单细胞转录组实战04: infercnvpy识别恶性细胞

下载GENCODE基因注释信息mkdir -p ~/DataHub/Genomics
生信探索·2023-04-07 18:10

（日常记录）使用TBtools批量提取基因组中的CDS、UTR、exon等

一、准备基因组注释文件以及序列文件：1、可从NCBI、ENSEMBL、GENCODE等数据库中下载，本文以ensembl为例，打开ensembl数据库，进
重新开始_xy·2023-03-23 08:52

生成htseq-count的input文件

htseq-count-rname-fbam/mnt/f/rna_seq/aligned/SRR35899${i}_nsorted.bam/mnt/f/rna_seq/data/reference/annotation/mm10/gencode.vM10
MissL_78e0·2023-03-22 05:45

STAR比对

rnaseq/mouse_STAR_index\--genomeFastaFiles~/rnaseq/mouse_ref/mm10.fa\--sjdbGTFfile~/rnaseq/mouse_ref/gencode.vM25
FRMD·2023-03-17 22:40

新的序列比对软件---STAR

/gencode.vM15.annotation.gtf&这一步类似于bowtie的建库过程—runMode：运行程序模式，默认是比对，所以第一步这个参数设置很关键—run
风中的鱼儿·2023-02-04 10:18

NVCC 的gencode 该怎么填

gencode分为arch和code两部分：archcode引用自：https://docs.nvidia.com/cuda/cuda-compiler-driver-nvcc/index.html#virtual-architecture-feature-listhttps
phoenixmy·2023-02-04 09:02

onnxruntime源码编译

CMakeLists.txt中gpu参数设置set(CMAKE_CUDA_FLAGS"${CMAKE_CUDA_FLAGS}-gencode=arch=compute_62,code=sm_62")#tx2set
wuqingshan2010·2023-02-02 11:57

m6a-lncRNA week02

下载表达矩阵和临床信息表达矩阵：CGGA.mRNAseq_325.RSEM-genes.20200506.txt临床信息：CGGA.mRNAseq_325_clinical.20200506.txtlncRNA注释文件：gencode.v35
Hannisal·2023-02-02 03:51

RSEM进行转录本定量

BuildReferencesrsem-prepare-reference--gtfmouse_ref/gencode.vM25.annotation.gtf\mouse_ref/mm10.fa\mouse_RSEM_ref
FRMD·2023-01-28 00:28

学习计算单细胞转录组数据的CNV方法笔记

在处理前需要准备两个文件：1.基因坐标的信息需要下载gencode数据库或者其他数据库的人类基因组注释文件下载gencode.v25.annotation.gtf.gz的源代码wgetftp://ftp.sanger.ac.uk
JUpter_·2023-01-26 18:57

NVIDIA GPU的架构代号

NVIDIAGPU的架构代号NVIDIAGPU的架构代号什么时候用gencode，什么时候用arch呢SM_num和gencode变量费米Fermi（cuda3.2~cuda8）开普勒Kepler（cuda5
shaojie_wang·2022-11-27 16:19

GPU算力太高导致nvcc fatal : Unsupported gpu architecture ‘compute_86‘

exportTORCH_CUDA_ARCH_LIST=“7.5”降低算力或者MMCV_WITH_OPS=1MMCV_CUDA_ARGS=‘gencode=arch=compute_80,code=sm_
ng323·2022-11-27 16:18

nvcc fatal : Unsupported gpu architecture ‘compute_86‘ CMake Error at Memory_Transfer_generated_me

如果只写了’-gencode’值而忽略了’-arch’，那么GPU代码将由CUDA驱动程序在JIT编译器上生成。
惊鸿落-Capricorn·2022-11-26 11:43

Vue 组件上的v-model双向绑定原理解析

组件上的v-model原理v-model指令在组件上的编译过程的parse阶段与在表单元素上一样（可以参考），与普通表单元素不同之处在于genCode的阶段，在执行model函数生成代码的时候，会执行
·2022-05-17 19:11

SpringCloud:feign对象传参和普通传参及遇到的坑解决

传递复杂参数对象需要注意的地方传递复杂参数对象需要用Post在传递的过程中feign对象传参和普通传参及遇到的坑对象传参使用@RequestBody来指定传参对象@RequestMapping(value="/v2/matterCode/genCode
·2022-03-16 10:01

基因组注释文件（一）| bed文件格式说明

但是现在最权威的人类和小鼠基因组的注释还属Gencode数据库。基因组注释（genomicfeatures）通常使用BrowserExtensibleData(BED)或者Genera
生物信息与编程·2022-02-16 03:55

下载参考基因组及基因注释

1.在UCSC下载hg19参考基因组；2.从gencode数据库下载基因注释文件，并且用IGV去查看感兴趣的基因的结构，比如TP53,KRAS,EGFR等等。
莫讠·2022-02-10 00:54

根据rawdata算FPKM

1.先准备好外显子参考这篇library(GenomicFeatures)txdb<-makeTxDbFromGFF("路径/gencode.v22.annotation.gtf",format="gtf
没有猫但是有猫饼·2021-09-22 15:54

vue源码解读--slot（parse和gencode）

目录导航本节的示例代码如下parse我们知道，parse的核心是processElement函数，这将对标签属性做一次提取(加工)父组件parse对于slot而言，将执行processSlotContent和processSlotOutlet对slot进行处理框红一的位置判断是否使用了slot-scope指令，这是已废弃的指令，被v-slot替代，故跳过框红三的位置才是我们本节的重点，调用getB
三岁就会写BUG·2021-06-06 06:38

牛腩代码生成器

源码地址：https://coding.net/u/niunan/p/niunan_gencode/git生成好的下载地址：http://ohpxbzczu.bkt.clouddn.com/%E7%89%
niunan·2021-05-12 02:59

参考基因组和注释文件

参考基因组和注释文件Postedon2018-06-3021:27微凉charles阅读(1240)评论(0)编辑收藏作业要求：在UCSC下载hg19参考基因组，我博客有详细说明，从gencode数据库下载基因注释文件
wangchuang2017·2021-05-08 14:40

转录组入门（4）：了解参考基因组及基因注释

作业要求在UCSC下载hg19参考基因组，群主博客有详细说明，从gencode数据库下载基因注释文件，并且用IGV去查看你感兴趣的基因的结构，例如TP53，EGFR等等。
lxmic·2021-05-03 17:43

错误 1 error MSB3721: 命令"&#C:\Program Files\NVIDIA GPU Computing Toolkit\CUDA\v9.2\bin\nvcc.exe"

错误1errorMSB3721:命令““C:\ProgramFiles\NVIDIAGPUComputingToolkit\CUDA\v9.2\bin\nvcc.exe”-gencode=arch=compute
lixudem·2020-09-15 10:16

CUDA： 简单入门

makefile如下：CUFLAG=-g-Xcompiler-v\-gencode=arch=compute_20,code=sm_20\-gencode=arch=compute_20,code=compute
分布式计算·2020-09-12 18:16

Caffe-GPU编译问题：nvcc fatal : Unsupported gpu architecture 'compute_92'

CUDA_ARCH_NAME=Auto改成CUDA_ARCH_NAME=XXXX名字要和显卡对应，规则见http://arnon.dk/matching-sm-architectures-arch-and-gencode-for-various-nvidia-cards
W272059201·2020-09-10 12:53

warp_ctc安装的一些错误

CUDA_NVCC_FLAGS"${CUDA_NVCC_FLAGS}-gencodearch=compute_60,code=sm_60")set(CUDA_NVCC_FLAGS"${CUDA_NVCC_FLAGS}-gencode
Damahou_·2020-09-10 11:04

原生Feign注解调用feign接口传递对象参数

springcloud框架，导致调用新的springcloud服务时，只能使用原生feign注解@RequestLine(value="POST/matterserver/provider/v2/matterCode/genCode
每天进步一点_点·2020-08-19 00:11

RNA-seq(4):下载参考基因组及基因注释

1.在UCSC下载hg19参考基因组；2.从gencode数据库下载基因注释文件，并且用IGV去查看感兴趣的基因的结构，比如TP53,KRAS,EGFR等等。
Y大宽·2020-08-18 23:26

购物商城系统设计与实现总结_登录功能的实现

{{tip_username}}{{tip_password}}{{gencode.codeNumber}}{{tip_code}}登录
星星的泪痕·2020-08-17 04:09

YOLOV3+VS2017+cuda9.0+opencv3.4.0 配置过程中出现的问题解决

生成项目报错如下：严重性代码说明项目文件行禁止显示状态错误MSB3721命令““F:\ProgramFiles\NVIDIAGPUComputingToolkit\CUDA\v9.0\bin\nvcc.exe”-gencode
嘿hei嘿·2020-08-16 09:47

Cuda编程系列-Cuda编程基本概念&编程模型

原文链接系列文章：Cuda编程101：Cuda编程的基本概念及编程模型Cuda编程102：Cuda程序性能相关话题Cuda编程103：Cuda多卡编程Cudatips:nvcc的-code、-arch、-gencode
weixin_34176694·2020-08-11 19:42

MTK6735 android开发记录 编译配置（一）

6735-Support.pdf里面有什么不懂的，比如DCT里面配置的详细说明，可以参考文档：MTK官方资料\Driver_All_in_One_V1.0_MT6735_6753.pdf按照说明执行完gencode
phlr5·2020-08-07 15:17

各类验证码收集

Page.IsPostBack){this.GenImg(this.GenCode(4));}}privatestringGenCode(intnum){string[]source={"1","2",
hanjieson·2020-08-03 10:27

转录组入门（4）：了解参考基因组及基因注释

转录组入门(4)：了解参考基因组及基因注释在UCSC下载hg19参考基因组，我博客有详细说明，从gencode数据库下载基因注释文件，并且用IGV去查看你感兴趣的基因的结构，比如TP53,KRAS,EGFR
weixin_34221112·2020-07-10 08:08

CUDA arch and CUDA gencode

转载于：http://arnon.dk/matching-sm-architectures-arch-and-gencode-for-various-nvidia-cards/MatchingSMarchitectures
Howie.Wong·2020-07-05 15:50

tensorflow (centos7 ,cuda9.2 cudnn7 python 3.6环境)源码安装步骤

://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple\&&cdnccl&&make-j32src.buildCUDA_HOME='/usr/local/cuda-9.0/'NVCC_GENCODE
simple_hututu·2020-07-02 14:14

根据gtf格式的基因注释文件得到人所有基因的染色体坐标

格式的基因注释文件得到人所有基因的染色体坐标选择的genecode内最早的Grch38版本(201408)v20是最早的hg38版本对应的ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode
#WANGC·2020-07-02 10:48

解决安装了cuda但是nvcc找不到的问题

nvcc-gencode=arch=compute_50,code=\"sm_50,compute_50\"-obasicbasic.cu编译不通过，
云秋水慢·2020-06-30 10:32

win10系统下CUDA示例项目编译出错MSB3721解决

无法导入windows.h文件，错误提示如下：错误MSB3721命令“"C:\ProgramFiles\NVIDIAGPUComputingToolkit\CUDA\v9.1\bin\nvcc.exe"-gencode
芸编蕴香·2020-06-27 08:43

以太坊区块链的区块（Block）结构

common.Hash   `json:"parentHash"      gencodec:"required"`   UncleHash  common.Hash   `json:"sha3Uncles"      gencode
落叶1210·2020-06-24 10:51

有参转录组学习三：参考基因组及基因注释

Author：ligcDate：19/5/15下载参考基因组我们的实验对象是小鼠(Musmusculus),所以进入UCSC官网下载小鼠的基因组文件.UCSCmm10下载基因组注释文件进入gencode
颤抖吧__小虫子·2020-04-13 18:50
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