Samtools

取两个VCF的差集

参考：https://www.biostars.org/p/113509/#113509https://samtools.github.io/bcftools/bcftools.html#isecbcftoolsisec
橙子_orange·2024-02-01 09:31

VCFtools的使用(参数说明)

写在前面：当学习某一重要文件格式时，更需要对此格式对应软件工具进行全面的学习（如sam/bam——samtools）。
little_sandy·2024-01-30 22:39

HiC数据分析之-HiC-Pro

：PREFIX=/gpfs02/home/jingjing/software/HiC-Pro-masterBOWTIE2_PATH=/gpfs01/software/bio/bowtie2-2.2.4SAMTOOLS_PATH
jjjscuedu·2024-01-30 07:01

samtools常用命令

1.viewUsage:samtoolsview[options]|[region1[...]]默认情况下不加region，则是输出所有的region.2sortsort对bam文件进行排序。Usage:samtoolssort[-n][-m]-m参数默认下是500,000,000即500M（不支持K，M，G等缩写）。对于处理大数据时，如果内存够用，则设置大点的值，以节约时间。-n设定排序方式按s
花生学生信·2024-01-29 23:40

samtools老司机的翻车之旅

这两天在处理一批miRNA-seq数据，公司返回了原始数据和他们处理过的干净数据。通常而言，我都是直接无视他们的干净数据，一般要自己走一遍QC。只不过这次miRNA-seq，我决定用一下他们的处理结果，结果你猜怎么着，我居然就进坑了。首先，给大家看看这个平淡无奇的干净数据里的内容数据内容公司一波操作之后，把原本的FASTQ文件转成了FASTA文件。接下来我就需要进行比对，用的bowtie,只不过额
xuzhougeng·2024-01-19 03:36

braker2注释流程

一：软件安装由于BRAKER2:依赖AUGUSTUS3.3,GeneMark-EX4.33,BAMTOOLS2.5.1,NCBIBLAST+2.2.31+(可选SAMTOOLS1.74+,GenomeThreader1.70
多啦A梦的时光机_648d·2024-01-17 21:42

生信步骤|转录组测序上游分析：hisat2+samtools+stringtie

相关软件组合种类也十分丰富，本文采用了hisat2+samtools+stringtie策略从转录组数据中挖掘差异表达基因。
学术程稻属·2024-01-15 20:34

minimap2 + samtools 比对参考序列，并提取unmapped reads

一、minimap2ManualReferencePages-minimap2(1)Long-readalignmentwithCIGAR:minimap2-a[-xpreset]target.mmiquery.fa>output.samminimap2-c[-H][-kkmer][-wminiWinSize][...]target.faquery.fa>output.pafminimap2将qu
QXPLUS·2024-01-09 23:07

bulk-RNA seq测序数据分析流程

bulk-RNA测序的数据：TH1，TH2，TH3三个重复（实验组），TW1，TW2，TW3三个重复（对照组）准备工作需要安装的软件（如FastQC、Trimmomatic、HISAT2、StringTie、samtools
微光**·2024-01-06 14:38

samtools

介绍SAM（序列比对/图谱）格式是用于存储大核苷酸序列比对的通用格式。SAM旨在成为一种以下格式：足够灵活，可以存储各种比对程序生成的所有比对信息；足够简单，可以通过对齐程序轻松生成或从现有对齐格式转换；文件大小紧凑；允许对齐上的大部分操作在流上进行，而无需将整个对齐加载到内存中；允许按基因组位置对文件进行索引，以有效检索与某个基因座对齐的所有读数。SAM工具提供了各种用于操作SAM格式的比对的实
m1chiru·2024-01-03 23:09

samtools index failed

本人系统默认samtools在对其进行索引建立的过程中报错如下，[E::hts_idx_check
薄皮儿核桃·2024-01-03 12:50

【samtools】运行报错: error while loading shared libraries：libcrypto.so.1.0.0或libncurses.so.5或libtinfow...

samtools用conda安装后，总是出现共享库缺失的报错。即便你刚安装samtools时可以用，但后面在同一环境中安装其他相关软件，有可能产生了冲突，导致库替换，因而报错。
生物信息与育种·2023-12-29 21:14

linux习题11-20题

十一、安装samtools软件miniconda安装wget-chttps://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda2-4.5.11
鱼啸九天·2023-12-26 06:08

生信步骤|转录组mRNA数据的有参组装

samtools进行sam文件向bam文件的格式转化，排序。stringtie组装转录本gffrea
学术程稻属·2023-12-18 03:56

转录组入门学习（五）

表达定量1.处理原始比对文件利用picard/samtools将sam格式转换为bam格式对bam文件进行排序去除比对得分较低的序列如果需要，可以去除重复reads2.STAR+RSEM（先比对，再定量
杨亮_SAAS·2023-12-16 19:45

基于BWA，Bowtie2，samtools、checkm等工具计算宏基因组学序列分析中Contigs与Genes在样品中的丰度，多种计算方式和脚本对比

计算contigs和genes相对丰度可以提供有关微生物群落结构和功能的信息。以下是计算这两个指标的意义：1.Contigs的相对丰度：contigs是利用基因组测序技术获得的碎片序列，通过计算contigs的相对丰度可以了解微生物群落中不同菌种的相对丰度。这可以帮助研究者理解微生物群落的物种组成和群落结构。2.Genes的相对丰度：基因是生物体内功能的基本单位，通过计算基因的相对丰度可以了解不同
小果运维·2023-12-16 18:28

基因组注释流程

Genomicinsightsintolocaladaptationandfutureclimate-inducedvulnerabilityofakeystoneforesttreeinEastAsiaHisat2-samtools
小杜的生信筆記·2023-12-05 21:44

跟着Nature Communications学习Hisat-Trinity-PASA等分析流程

Genomicinsightsintolocaladaptationandfutureclimate-inducedvulnerabilityofakeystoneforesttreeinEastAsiaHisat2-samtools
小杜的生信筆記·2023-12-05 21:43

jbrowse基因组浏览器部署

1ca文件处理samtools工具安装wgethttps://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.9/samtools-1.9.tar.bz2tar-jxvfsamtools
运维之美@·2023-12-01 10:16

C语言基因序列比对,转录组入门（5）： 序列比对

接着用samtools把它转为bam文件，并且排序(注意N和P两种排序区别)索引好，载入IGV，再截图几个基因看看！顺便对bam文件进行简单QC，参考直播我的基因组系列。前面四篇基本都算是准备工作，从
Valkla·2023-11-29 18:49

ZT:samtools常用命令详解

1.viewview命令的主要功能是：将sam文件转换成bam文件；然后对bam文件进行各种操作，比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作是对bam文件进行的，因而当输入为sam文件的时候，不能进行该操作)；最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam（默认的）格式。bam文件优点：bam文件为二进制文件，占用的磁盘空间比sam文本文件小；利用bam二进制文件的运算速度快。view命
felixhell·2023-11-28 16:07

常见格式——bam

samtools可以用来转化bam/sam文件，可以merg，sortaligment,可以去除duplicate,可以callsnp及indels.samtoolsview-b
oddxix·2023-11-22 04:04

Samtools的一个小实例

最近在学习利用转录组数据进行变异检测的相关分析方法，找到了一篇关于samtools的教程SAMtools-Primer/Tutorial，原文提供分析过程用到的数据，非常好的学习素材，简单记录自己的重复过程
小明的数据分析笔记本·2023-11-20 18:33

2019-11-23安装samtools报错记录&解决

前两天重做Linux20题，安装samtools软件，.
猫叽先森·2023-11-19 23:50

samtools

samtools的说明文档：http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtmlsamtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。
晓佥·2023-11-03 16:48

Call变异？

刘小泽写于18.8.10老规矩，先上官网https://samtools.github.io/bcftools/bcftools.html也许你会问，call是什么鬼？不能通俗易懂点吗？
刘小泽·2023-10-28 04:02

转录组学习之samtools软件[学习笔记通俗易懂版]

转录组学习之samtools软件[学习笔记通俗易懂版]date:2023.07.25recorder:CYH-BI特别注意（声明）：本文为我自己学习的学习记录，没有任何权威，只能仅供初学者提供思路与参考
CYH-BI·2023-10-25 12:07

2021-10-10samtools的安装和使用

使用conda安装samtools总是报错，尝试报错文件软连接仍然报错。最后根据以下方法单独下载安装，samtools可正常使用。
__一蓑烟雨__·2023-10-22 20:01

samtools统计fasta文件序列长度，根据序列名提取序列

参考https://www.cnblogs.com/xudongliang/p/5200655.html使用命令samtoolsfaidxinput.fasta会生成一个input.fasta.fai的文件，文件的内容总共有5列第一列是序列名，第二列是序列长度，第四列是每行多少个碱基根据序列名提取序列这里好像只能提取单条序列samtoolsfaidxinput.fastaTCONS_0000001
小明的数据分析笔记本·2023-10-18 10:28

linux学习100篇37：转录组分析用软件及安装samtools

安装(rnaseq)root11:51:32~$condainstall-ysamtoolsCollectingpackagemetadata(current_repodata.json):doneSolvingenvironment:done==>WARNING:Anewerversionofcondaexists.[options]Commands:--Indexingdictcreateas
Seurat_·2023-10-17 14:53

生信（十一）htslib处理bam或sam文件的简单示例

（本文写于2020年初，随着将来htslib和samtools库的更新，本文部分内容可能会不适用，请读者注意官网的更新动态。）我们通常会使用samtools软件来处理bam/sam文件。
生信了·2023-10-16 09:14

生信学习笔记：用conda安装bwa、samtools和tophat2以及问题解决

用conda安装bwa、samtools和tophat2bwa$condainstallbwasamtools$condainstallsamtoolstophat2安装wgethttp://ccb.jhu.edu
twocanis·2023-10-14 13:03

生信技能-高通量测序工具bam、samtools、bedtools及conda的下载和安装

一、BWA1、介绍简介：用于建立index；基于BWT算法，将reads比对到参考基因组；最新版本bwa-mem2，Intel实验室对计算效率进行了优化。详情：baw是一款将序列比对到参考基因组上的软件，用于高通量测序数据处理，包含了BWA-backtrack、BWA-SW、BWA-MEM三种算法：1、BWA-backtrack：适合比对长度不超过100bp的序列；2、BWA-SW和BWA-MEM
weixin_43664814·2023-10-12 04:11

8-【samtools】的安装和使用

安装时间：2021.2.151.简介samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。能够实现二进制查看、格式转换、排序及合并等功能。
lkj666·2023-10-07 05:19

samtools mpileup结果为空

使用varscan2检测肿瘤样本的变异之前，需要先生成pileup文件。根据varsan官网指导，运行命令如下：samtoolsmpileup-f[referencesequence][BAMfile]>myData.pileup此步骤运行多次无结果google之后，必须加上-A,--count-orphansdonotdiscardanomalousreadpairs
siyao41·2023-10-03 19:03

解决samtools: error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0: cannot open shared object file

解决方法：https://blog.csdn.net/ET_April/article/details/111405941今天使用samtools的时候突然就出现了这个问题：samtools:errorwhileloadingsharedlibraries
想要赚钱啊·2023-09-30 17:36

samtools reads 过滤

FilterAlignmentsforunmappedpairsAnunmappedreadwhosemateismapped.samtoolsview-u-f4-F264alignments.bam>tmps1.bamAmappedreadwho’smateisunmapped.samtoolsview-u-f8-F260alignments.bam>tmps2.bamBothreadsofth
wangsb_2020·2023-09-30 15:34

转录组测序中的文件格式

所有scRNASeq都是双端测序fastq格式BAMbam文件存储映射后reads信息，bam文件可以转换成人可以阅读的sam文件，这种转换通过samtools进行。
实验室的搬运工·2023-09-30 00:47

samtools 序列比对率计算（samtools flagstat）

准备序列比对后生成的bam文件或者.sam文件samtoolsflagstat.bam文件>flagstat.tax结果解释从第一行至第十一行分别表示：QCpass的reads的数量为2499971，未通过QC的reads数量为0，意味着一共有2499971条reads；重复reads的数量，QCpass和failed比对到参考基因组上的reads数量；pairedreads数据数量；read1的
奔跑的Forrest·2023-09-27 08:44

samtools安装

使用直接下载安装包，进行编译的方法安装samtools是非常复杂的，需要安装大量的依赖。
木子木木夕然·2023-09-21 08:32

对 fastq 和 bam 进行 downsample

对fastq和bam进行downsample一、Fastq1、seqtk二、Bam1、samtools2、PicardDownsampleSam3、比较并行采样模板一、Fastq1、seqtkSeqtk
毒鸡蛋·2023-09-19 14:18

bam转fq文件 避坑

bamToFastqbamToFastq-iXX.bam-fqXX.fqsamtoolsbam2fqbam2fqXX.bam>xx.fq注意这两种方法得到的fq文件大小完全不同（bedtools的结果reads数目是samtools
bio_橡树·2023-09-18 13:35

BWA比对及Samtools提取目标序列

今天想看一下自己的序列里面会不会有某细菌基因组存在，主要使用BWA和Samtools：bwa主要用于将低差异度的短序列与参考基因组进行比对。
鲸鱼不是鱼592·2023-09-16 11:14

RNA-seq流程学习笔记（8）-使用SAMtools将SAM文件转换为BAM文件、排序、建立索引

参考文章：RNA-seq(5):序列比对RNA-seq练习第二部分转录组入门（5）：序列比对1.进行格式转换的原因BAMandSAMformatsaredesignedtocontainthesameinformation.TheSAMformatismorehumanreadable,andeasiertoprocessbyconventionaltextbasedprocessingprogr
垚垚爸爱学习·2023-09-16 11:14

linux 查看samtools版本,samtools 1.9

下载安装tar-jxfsamtools-1.9.tar.bz2cdsamtools-1.9/makeecho'exportPATH=/home/li.han/Softwares/samtools-1.9
Dr.Truman·2023-09-16 11:44

比对软件|Samtools

Samtools是一组实用程序，用于操作SAM（序列比对/映射）、BAM和CRAM格式的比对。它在格式之间进行转换，进行排序、合并和索引，并且可以快速检索任何区域中的读取。被广泛应用在分析流程中。
作图帮·2023-09-16 11:14

[SAMtools] 常用指令总结

软件下载安装：地址：https://sourceforge.net/projects/samtools/解压下载后的压缩文件，然后你会看
weixin_34268310·2023-09-16 11:14

bam文件读取_sam和bam文件处理

samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。
quan zhizun·2023-09-16 11:14

【bioinfo】samtools stats 输出结果解读

参考：samtoolsstats#samorbaminput$samtoolsstattest.sam>test_sam_stat.txt下图为示例统计的SN关键字部分：统计结果中包含的信息有：关键字官方解释说明CHKChecksum校验和SNSummarynumbers摘要编号FFQFirstfragmentqualitiesRead1片段质量LFQLastfragmentqualitiesRe
青灯照颦微·2023-09-16 11:43

[samtools] sam格式与bam格式互换，提取未匹配reads，转为fastq

ConvertingaSAMfiletoaBAMfileFirst,ifyouusetheUnixcommandheadtest.samThefirst10linesonyourterminalaftertyping"headtest.sam",shouldbelinesstartingwithan"@"sign,whichisanindicatorforaheaderline.Ifyoudon'
weixin_33737774·2023-09-16 11:43
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