metagenome

宏基因组学Metagenome-磷循环Pcycle功能基因分析-从分析过程到代码及结果演示-超详细保姆级流程

大背景介绍生信分析，凡事先看论文，有了论文就有了参考，后续分析就有底了，直接上硬菜开干：PCycDB:acomprehensiveandaccuratedatabaseforfastanalysisofphosphoruscyclinggenes-PubMed数据库及部分分析代码github库：GitHub-ZengJiaxiong/Phosphorus-cycling-database:This

小果运维·2023-12-19 09:19

2020-11-16 宏基因组中细菌16s rRNA组装分析

exportPHYLOFLASH_DBHOME=/nfs_genome/BioDB/138.1/condaactivatephyloflashforidin`ls/nfs_genome/home/zhaoshanzhong/zs/data/metagenome64

dashan1928·2023-10-28 19:00

宏基因组介绍

宏基因组英文metagenome，早期也被称为元基因组。其含义分为广义和狭义两种。广义的宏基因组或宏基因组学泛指研究微生物群体组成、功能基因、代谢产物的学科、以揭示微生物组

斗战胜佛oh·2023-09-22 10:26

凌恩客户文章|《Microbiome》：宏基因组构建反刍动物全消化道超1万个MAGs新进展

SHANGHAILINGEN·2023-03-14 22:24

宏基因组分析-基于binning

一、介绍宏基因组(Metagenome)指特定环境下所有生物遗传物质的总和。它包含了可培养的和未可培养的微生物的基因。

微基生物·2023-02-07 11:22

宏基因组分析-基于Reads比对

介绍宏基因组(Metagenome)指特定环境下所有生物遗传物质的总和。它包含了可培养的和未可培养的微生物的基因。

微基生物·2023-02-07 11:50

分不清：Microbiota, metagenome, microbiome 来看看Nature综述怎么说？

阅读文献的过程中，总会碰到microbiota,metagenome,microbiome这三个关键字，不太清楚它们的具体意思什么，以及它们之间的区别，估计很多朋友也有此疑问。

笺牒九州的怪咖·2022-10-09 17:04

宏基因组分析-基于组装

一、介绍宏基因组(Metagenome)指特定环境下所有生物遗传物质的总和。它包含了可培养的和未可培养的微生物的基因。

微基生物·2022-05-27 07:14

[Metagenome-2]Remove the host sequence

对于宏基因组测序,我们不可避免的会在DNA提取中引入宿主基因组序列,为了避免这些序列的干扰,在进行分析和组装之前,我们最好先去除宿主基因组,然后方便做后续的分析.去除宿主基因组序列的方法,主要通过将reads比对到宿主参考基因组上,我能将能够比对上的reads进行去除.主要用到的软件是bowtie2运行命令如下:bowtie2-buildreference.fastaindex_namebowti

lanzinuo·2021-06-07 17:48

2019-12-23 学习记录6

ProkkaProkka:rapidprokaryoticgenomeannotation，快速的原核基因组注释下载#设置工作目录wd，用户根据自己的实际情修改wd=~/test/metagenome17cd

o迷幻天使o·2021-06-05 02:05

微生物组数据学习笔记

Metagenome宏基因组：狭义仅指宏基因组测序分析基因组和功能基因，广义泛指研究微生物组的学科。

曲凉不见·2020-12-10 14:38

用RDA进行微生物环境因子分析

作者：舟行天下编辑：metagenome前言在进行微生物多样性分析时，大家一定会做α，Β多样性分析。α多样品通俗来讲就是样本内的物种多样性。

猴头菇5518·2020-08-08 01:22

Microbiome：微生物组名词定义

刘永鑫Adam·2020-08-08 01:04

再这么配培养基，你的细菌都被毒死了！

作者：猴头菇5518编辑：metagenome微生物培养基的前世微生物学家使用琼脂培养基已有120多年的历史。在1880年，著名的微生物学家科赫（提出病原微生物科赫氏法则）发明了

刘永鑫Adam·2020-08-08 01:32

用ggvegan包进行db-RDA微生物环境因子分析

作者：舟行天下编辑：metagenome前言在进行微生物多样性分析时，大家一定会做α，β多样性分析。α多样品通俗来讲就是样本内的物种多样性。

刘永鑫Adam·2020-08-08 01:59

Nature综述：Microbiota, metagenome, microbiome傻傻分不清

进入微生物组领域也这么久了，每天阅读的文献，总会碰到microbiota,metagenome,microbiome这三个关键字，估计很多朋友不太清楚它们的具体意思什么。

刘永鑫Adam·2020-08-08 01:48

植物MWAS研究—小米产量与微生物组关联分析

MWAS简介微生物组关联分析(Microbiome/Metagenome-wideassociationstudies,MWAS)是指捕获多维尺度上的互作作用，从而提供捕获复杂作用关系的方法，该方法切实可行的预测微生物组和疾病状态的关系

刘永鑫Adam·2020-07-01 06:09

[Metagenome-1] Metagenomic Data analysis--summary

宏基因组数据分析宏基因组，和metataxonomics（16srRNAanalysis），是使用全基因组测序技术来研究特定环境下的所有的微生物种类及含量的方法。这个方法对于阐释宿主相关的微生物组成和宿主表型非常有用。宏基因组对于酶和生物催化剂提供了有价值的分子视角。应用-宏基因组测序的优势:无偏向结果不受特异的基因组位点的影响分类学的独立遗传标记能够研究高度变异的微生物，比如病毒微生物多样性评估

lanzinuo·2020-06-21 04:56

Meta小课题：混合组装后如何map到样本？

前情回顾Metagenome组装的具体处理步骤如下：1）经过预处理后得到CleanData，使用SOAPdenovo组装软件进行组装；2）对于单个样品，首先选取一个K-mer（默认选取55）进行组装，得到该样品的组装结果

周运来就是我·2020-03-08 10:24

从CONCOCT入手理解宏基因组binning

1.宏基因组binning简介Metagenome组装完成后，我们得到的是成千上万的contigs，我们需要知道哪些contigs来自哪一个基因组，或者都有哪些微生物的基因组。

宇宙实验媛·2020-02-23 20:17

2018-08-20 Metagenome分析教程

pic前言之前看panda姐的blog时，发现介绍了篇关于Metagenome的分析教程，刚好就想着试着翻译下，作为我的第一篇文章，顺带练练我MarkDown语法的训炼吧。

电泳菌要努力·2019-12-28 02:08

Perl单行实战笔记1：计算metagenome shotgun中每种菌的测序深度

移步github问题描述：对宏基因组（例如肠道微生物）进行全基因组shotgun测序，对其中已知的高丰度菌进行mapping，从而统计每种菌的测序深度现在你有的文件：mapping到各个菌的reads的fasta文件每种菌的refence序列，为fasta格式文件夹结构：workdir|----bins（mapping到各个菌的reads的fasta文件，一种菌一个文件）|----Acetanae

UnderStorm·2018-12-26 18:34

一文读懂微生物组

图中展示了微生物组在人类生活的方方面面(图片链接见文末)常见的英文词汇有microbiota,metagenome,microbiome这三个。

刘永鑫Adam·2017-10-07 00:00

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