E-COM-NET
首页
在线工具
Layui镜像站
SUI文档
联系我们
推荐频道
Java
PHP
C++
C
C#
Python
Ruby
go语言
Scala
Servlet
Vue
MySQL
NoSQL
Redis
CSS
Oracle
SQL Server
DB2
HBase
Http
HTML5
Spring
Ajax
Jquery
JavaScript
Json
XML
NodeJs
mybatis
Hibernate
算法
设计模式
shell
数据结构
大数据
JS
消息中间件
正则表达式
Tomcat
SQL
Nginx
Shiro
Maven
Linux
宏基因组测序
如何处理NGS数据中的污染?
本次文章和大家讨论一个大家可能胡遇到很常见的一个问题,在
测序
中我们很难避免引入一些微生物污染或者人类的污染,例如,我想
测序
拟南芥,其中由于实验员的操作不够干净,很容易引入一些人类的DNA,又或者该拟南芥的叶子上也混杂着细菌真菌等其他的
lakeseafly
·
2024-03-18 15:46
隐马尔可夫模型(HMM) |前向算法 |一个简单的例子说清计算过程 |一般步骤总结
如是我闻:本文通过一个简单的例子来详细说明隐马尔可夫模型(HMM)的前向算法我们求解的问题类型是:给定模型及观
测序
列计算其出现的概率。
漂亮_大男孩
·
2024-03-16 03:03
算法
隐马尔可夫模型
高通量
测序
的数据处理与分析(二)-
宏基因组
2
博客原文
宏基因组
数据处理方法数据下载wget下载
宏基因组
的数据主要分布在两个数据库:1.NCBI的SRA数据库,2.ENA。
lantary
·
2024-03-08 09:58
扩增子质控流程多,专属名词来揭晓
在高通量
测序
王国中,Rawreads(或rawdata)已不陌生,但在扩增子
测序
的质控数据中还有Rawtags、Cleantags、Effectivetags等一串的专属名词,这些名词代表什么,分析要关注哪些数据
ee00dc6faab7
·
2024-02-26 16:53
生信工具 |
测序
数据质控与过滤 - fqtrim
fqtrimtrimming&filteringofnext-genreadsfqtrim是一个多功能的独立实用程序,可用于去除高通量
测序
仪产出的
测序
数据接头,poly-A尾,末端未知碱基(Ns)和低质量
·
2024-02-23 02:36
程序员
转录组结果和qRT-PCR结果又不一致?!
转录组
测序
(RNA-seq)将细胞内某一类型(或全部)的RNA逆转录成DNA,通过高通量
测序
的方法测定其序列并统计其表达水平的一项技术。是检测基因表达变化的通用方法。
Seurat_
·
2024-02-20 20:22
二代
测序
原理(Illumina)
虽然三代
测序
现在已经商用,但是目前的主流还是二代
测序
,尤其是Illumina公司的
测序
方式更是大行其道。那么,下面我们从四个方面来说说illumina家的二代
测序
是怎么得到的生物数据。
白墨石
·
2024-02-20 13:10
【动植物研究动态】20220501文献解读
揭示现代油菜遗传改良的基因组学基础Genomicselectionandgeneticarchitectureofagronomictraitsduringmodernrapeseedbreeding基于418份现代油菜种质高深度重
测序
数据
生物信息与育种
·
2024-02-20 09:53
一文带你了解单细胞数据基因集打分的所有算法
上一周Immugent写了一篇一文解决单细胞亚群注释的所有问题,引出了单细胞
测序
技术的面临的几大未解决的技术难题,其中最主要的一个问题就是由于
测序
深度不足产生的"dropout"现象。
生信宝库
·
2024-02-20 00:23
机器学习---HMM前向、后向和维特比算法的计算
HMMimportnumpyasnp#In[15]:classHiddenMarkov:defforward(self,Q,V,A,B,O,PI):#使用前向算法N=len(Q)#状态序列的大小M=len(O)#观
测序
列的大小
三月七꧁ ꧂
·
2024-02-19 23:23
机器学习
机器学习
算法
python
两则脐带血相关文献
[精读]一篇单细胞转录组
测序
分析的文章:Single-cellTranscriptomicLandscapeofNucleatedCellsinUmbilicalCordBlood[泛读]一篇生统分析脐带血的血常规数据的文章
MC学公卫
·
2024-02-19 18:22
生信学习小组Day7笔记--苏剑请
今日收获大致了解了第一到三代的
测序
历史、原理和特点深入了解了二代
测序
的过程,虽然还没能完全看懂以上知识点总结归纳于下面两图(以下知识点均为生信星球公众号提供):生信Day7笔记1.png生信Day7笔记
苏剑清
·
2024-02-19 17:29
科研汪的日常 21 科研中的套路与反套路
中等水平的杂志期刊中收录的文章相较水刊的质量会高很多,如XinZong等人在2021年的研究中首先通过对肠上皮细胞样品进行核糖体印迹
测序
和m6A-seq分析,找到靶分子YTHDF1和Traf6,由后续
007木子
·
2024-02-19 16:40
LSTM参数详解
LSTM(长短期记忆网络)是一种特殊类型的循环神经网络(RNN),主要用于处理和预
测序
列数据的重要模型。
实名吃香菜
·
2024-02-19 14:38
深度学习
lstm
人工智能
rnn
肠道微生物研究的“法宝”
随着分子
测序
工具和技术的迅速发展,肠道微生物组在人类微生物组的研究过程中取得了长足的进步。这些发现揭示了在重组和改革疾病病理与药物方面有着非凡未来的可能性。
茗创科技
·
2024-02-19 13:33
数据分析
转录调控研究数据库推荐 | 你要找的ChIP-seq数据都在这里啦!
染色质免疫沉淀、DNase-I超敏反应和转座酶可及性分析结合高通量
测序
,使染色质动力学、转录因子结合和基因调控的全基因组研究成为可能。
尐尐呅
·
2024-02-15 04:49
机器学习---概率图模型(概率计算问题)
1.直接计算法给定模型和观
测序
列,计算观
测序
列O出现的概率。
三月七꧁ ꧂
·
2024-02-14 17:06
机器学习
机器学习
人工智能
2022-12-01
Nature|空间基因组学描绘癌症克隆的结构、性质和进化(2)原创图灵基因图灵基因2022-12-0109:19发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学技术一种新的空间技术,碱基特异性原位
测序
(BaSISS
图灵基因
·
2024-02-14 08:35
单细胞
测序
最好的教程(一):质量控制
目前,国内对于单细胞
测序
分析的教程五花八门,百花齐放,一个合适且准确的pipeline对于分析是很有价值的。
Starlitnightly
·
2024-02-14 06:18
python
单细胞
测序
最好的教程(二):归一化
由于单细胞
测序
技术的限制,我们在样本中获得RNA的时候,经过了分子捕获,逆转录还有
测序
。
Starlitnightly
·
2024-02-14 06:18
python
单细胞
测序
最好的教程(三):特征基因选择
前言提到,在过去两天的教程中,我们讲解了使用omicverse进行单细胞
测序
数据的质控以及归一化的一些思想。
Starlitnightly
·
2024-02-14 06:18
单细胞测序最好的教程
数据库
python基因差异分析包_一个生信素人的上道经验分享-转录组
测序
(差异分析篇)...
原标题:一个生信素人的上道经验分享-转录组
测序
(差异分析篇)转录组
测序
技术(RNA-seq)作为目前二代
测序
领域最普遍的技术手段,自从转录组
测序
问世以来,已经开发了数百种分析工具。
weixin_39607873
·
2024-02-14 06:17
python基因差异分析包
Python 资源大全(七)
官网bcbio-nextgen:这个工具箱为全自动高通量
测序
分析提供符
忘了呼吸的那只猫
·
2024-02-14 05:46
介绍一款单细胞细胞类型注释软件-scibet
作者:童蒙编辑:amethyst引言随着技术的进步,
测序
成本的降低,单细胞转录组的数据呈指数级的爆发。
生信阿拉丁
·
2024-02-14 01:55
06高通量
测序
-RPKM,FPKM,and TPM
,andTPMRNA-seq标准我们过去使用RPKM(ReadsPerKilobaseMillion)或FPKM(FragmentsPerKilobaseMillion)这些均一化的read计数如下:
测序
仪深度
不到7不改名
·
2024-02-13 20:56
【算法详解】STitch3D:空间转录组数据和单细胞RNA
测序
数据共同建模的空转数据对齐和整合算法,实现更高分辨率的3D结构重建
目录0参考文献1模型特色2算法解析2.1模型概述2.2获得隐空间表示2.3获得细胞类型比例2.4处理批次效应0参考文献STitch3D原论文:Constructionofa3Dwholeorganismspatialatlasbyjointmodellingofmultiplesliceswithdeepneuralnetworks1模型特色生物体器官具有复杂的三维结构,生理过程的进行也很少在二维
yaoyao255
·
2024-02-13 18:32
算法详解
算法
论文阅读
论文笔记
机器学习
人工智能
R、python读取空间转录组的8种方式
“空间转录组
测序
主要包括5个步骤,我们着重下游分析部分:空转数据分析和可视化。
生信小博士
·
2024-02-13 18:01
python
服务器
linux
菌群
宏基因组
分析能解答哪些科学问题?
比较基因组学在微生物领域的应用基因组
测序
在细菌基因组中的应用基因组
测序
在真菌基因组中的应用
宏基因组
研究内容:1.研究环境样本中微生物的构成与丰度;2.研究环境样本中的功能基因信息及丰度;3.研究不同环境样本间细菌群落
f70420f979c3
·
2024-02-13 18:02
pacbio三代扩增子
测序
序列比对
新手小白求问一个fasta文件里面包含很多序列有什么办法能够把TTA开头的提取出来,ATGG开头的提取出来,如图一。关于序列比对的问题求助序列比对完之后可视化方法,比如300多条序列有同样的突变或者缺失规律,该怎样用一条序列或其他可视化方法表示出来。图一
小鹿不吃香菜
·
2024-02-13 18:58
单细胞
测序
生信分析1-Seurat
单细胞分析的经典包——Seurat包有自己的官方教程,跟着教程过一遍可以get大致过程(https://satijalab.org/seurat/archive/v3.1/pbmc3k_tutorial.html)在我看来最难的部分其实是第一步的数据准备阶段,如果GEO数据库可以下载到标准的10X数据(包含三个文件(barcodes.tsv/genes.tsv/matrix.mtx)),那直接用S
18b79e7933ad
·
2024-02-13 08:46
2021-10-10
CellRepMet|基因筛查的通用工具箱STAMPScreen原创图灵基因图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学技术基因工程领域积累了一个巨大的工具箱:海量在线数据集、基因编辑工具和快速廉价的基因组
测序
图灵基因
·
2024-02-12 20:33
2021-03-22
03、
测序
数据批量比对到参考基因组建立索引:cd/home/ngs/Pipeline/WES/database/gatk/hg38gzip-dHomo_sapiens_assembly38.fasta.gzmkdirindex
Jason_5b5a
·
2024-02-12 15:46
2022-07-28
CancerDiscov|8万个单细胞
测序
揭示肿瘤浸润淋巴细胞分化动态原创huacishu图灵基因2022-07-2811:47发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文:huacishuIF=38.272
图灵基因
·
2024-02-12 13:17
我们能成为孩子的上帝吗—— 谁来管理非法行医的贺建奎
贺建奎,原南方科技大学副教授,毕业于美国斯坦福大学,拥有多学科交叉的背景,并在基因
测序
仪研究,CRISPR基因编辑,生物信息学等多个领域取得研究突破。
闲月农
·
2024-02-12 06:31
2022-01-27
参考:生物信息学100个基础问题——第1~5题答案公布-知乎(zhihu.com)掌握FASTQ格式特点第2行就是
测序
得到的序列信息,一般用ATCGN来表示,其中N用于荧光信号干扰无法判断到底是哪个碱基时的代表符号
学习生信的小兔子
·
2024-02-12 01:29
2023-04-06
将二代
测序
短reads比对到参考基因组上,并进行排序和去重复的等处理,用于后续的变异检测。
小谷头
·
2024-02-11 21:58
高通量
测序
的前世今生
“高通量
测序
”这词我想大部分人都不会感到陌生,因为现如今它算得上是一个比较热门的领域,但是您又知道多少关于高通量的知识呢?接下来小编来聊聊它的前世以及今生,带您走进高通量
测序
的世界。
南博屹生物医学
·
2024-02-11 21:53
使用GC含量归一化对深度
测序
数据的拷贝数变化进行无对照calling
简要我们提出了一种利用深度
测序
数据进行无对照拷贝数
亦是旅人呐
·
2024-02-11 10:16
链特异性
测序
及在IGV中的可视结果
1.介绍与链特异性
测序
相对的是传统的非链特异性文库。通过链特异性
测序
,我们可以清楚的知道得到的reads跟转录本是同向的还是反向的。其中常见的链特异性
测序
的方法是dUTP方法。
LeoinUSA
·
2024-02-11 09:26
2021-10-01
从未吸烟者肺癌的基因组学和进化分类(二)原创楠烟不可言图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学机制撰文:楠烟不可言IF=38.33推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐亮点:本文对232份从不吸烟者的肺癌(LCINS)样本的进行了全基因组
测序
图灵基因
·
2024-02-11 07:28
基因组组装----SOAPdenovo2
1.基因组组装的流程基因组组装的大概流程如下:(1)
测序
得到rawreads序列。(2)Reads质量评估。(3)原始reads质控。(4)选择合适的参数进行组装。
bcl_hx
·
2024-02-10 22:11
NGS 中 DNA damage 的鉴别
而低丰度的突变会受到PCR错误、
测序
错误、DNA损伤的影响,带来很多
茄子_0937
·
2024-02-10 08:10
IOBR:一个R包带你走进数据挖掘的殿堂
随着新一代
测序
技术的不断推广,每年都产生
生信宝库
·
2024-02-10 08:36
一篇医学微生物组16S
测序
文章必备的六张图 | 微生物专题
上期介绍了《一篇医学微生物组16S
测序
文章必备的五个内容|微生物专题》,接下来我们逐一介绍这些必备内容需要用哪些图片来直观呈现,以及这些图片的含义。
Seurat_Satija
·
2024-02-10 06:00
单细胞转录组
测序
---多样本整合分析完整代码
最近做了天然胸腺单细胞
测序
结果的分析,我在GEO数据库中下载了10个样本(GSE182135),完整的的代码如下,做一个记录,还在摸索阶段,如果有不对的地方也请大佬们指正。
生信小白花
·
2024-02-10 03:19
三代转录组系列:使用Cogent重建基因组编码区
尽管目前已
测序
的物种已经很多了,但是对于一些动辄几个G的复杂基因组,还没有某个课题组有那么大的经费去
测序
,所以仍旧缺少高质量的完整基因组,那么这个时候一个高质量的转录组还是能够凑合用的。
xuzhougeng
·
2024-02-09 23:06
ggtreeExtra的开发及其在
宏基因组
上的应用
开发ggtreeExtra的初衷因为我之前工作的时候主要是做微生物组学数据的分析工作,工作中往往需要对这些数据进行可视化以方便数据展示与解析,简单的可视化还好,有ggplot2就行了。然而,微生物组学数据分析中往往需要将相关的外部数据信息与进化树或者是物种层级树联系起来才能更好展示并解析相关结果,而对于这样的操作来说,目前的很多工具基本都难以使用,除了ggtree。因为该软件包继承了ggplot2
斗战胜佛oh
·
2024-02-09 12:52
Seurat - 聚类教程 (1)
在IlluminaNextSeq500上对2,700个单细胞进行了
测序
。可以在此处[2]找到原始数据。我们首先读取数据。
冷冻工厂
·
2024-02-09 09:38
程序人生
一二三代
测序
技术总结
1、第一代
测序
技术概述:用的是1975年由Sanger和Coulson开创的链终止法或者是1976-1977年由Maxam和Gilbert发明的化学法(链降解)。
sunlight_yy
·
2024-02-09 07:00
RPKM,FPKM,and TPM
,andTPMRNA-seq标准我们过去使用RPKM(ReadsPerKilobaseMillion)或FPKM(FragmentsPerKilobaseMillion)这些均一化的read计数如下:
测序
仪深度
Seurat_
·
2024-02-09 03:17
上一页
1
2
3
4
5
6
7
8
下一页
按字母分类:
A
B
C
D
E
F
G
H
I
J
K
L
M
N
O
P
Q
R
S
T
U
V
W
X
Y
Z
其他