pbmc3k

Seurat4.0 系列教程1 分析流程

library(Seurat)library(patchwork)#LoadthePBMCdatasetpbmc.data<-Read10X(data.dir="G:/practice/singlecell/pbmc3k

zhengxj_·2024-02-09 09:11

SeuratData包里pbmc3k数据集下载老失败的解决方案

pbmc3k是单细胞经典数据集，SeuratData包里包含了pbmc3k等各种数据集供下载。但是因为网络原因，在R里直接下载很容易失败。

慎终君·2023-11-15 05:58

Seurat4.0系列教程5：交互技巧

加载数据library(Seurat)library(SeuratData)InstallData("pbmc3k")pbmc1)##AnobjectofclassSeurat##137

Seurat_Satija·2023-10-07 20:08

Seurat4.0系列教程7：数据可视化方法

您可以从这里下载此数据集SeuratData::InstallData("pbmc3k")library(Seurat)library(SeuratData)library(ggplot2)library

Seurat_Satija·2023-09-13 10:57

单细胞36计之9隔岸观火---Seurat中的数据可视化方法

您可以从SeuratData下载此数据集SeuratData::InstallData("pbmc3k")lib

Seurat_Satija·2023-07-29 10:31

R package：理解Seurat的 S4类（二）

./")class(pbmc.data)dim(pbmc.data)2创建对象pbmc<-CreateSeuratObject(counts=pbmc.data,project="pbmc3k",min.cells

佳名·2023-06-26 09:08

单细胞测序--Seurat包--官网经典流程

July16,2020https://satijalab.org/seurat/v3.2/pbmc3k_tutorial.html下载数据：https://cf.10xgenomics.com/samples/cell/pbmc3k

Seurat_·2023-06-16 06:30

单细胞分析(一）——seurat包单个样本处理

可以在https://cf.10xgenomics.com/samples/cell/pbmc3k/pbmc3k_filtered_gene_bc_matrices.tar.gz此处找到原

生信小鹏·2023-06-08 16:00

Scanpy可视化函数汇总

Scanpy数据结构：AnnDataScanpy分析单细胞数据：预处理和聚类Scanpy分析单细胞数据：轨迹分析PAGA演示数据集依然是熟悉的pbmc3k，经过预处理和聚类后保存为pbmc3k.h5ad

Hayley笔记·2023-05-13 01:56

Seurat4.0系列教程10：降维

library(Seurat)library(SeuratData)pbmc<-LoadData("pbmc3k",type="pbmc3k.final")探索新的降维结构在Seuratv4.0中，存储和与降维信息的交互已生成并信息化到对象中

Seurat_Satija·2023-04-04 03:37

利用scanpy进行单细胞测序分析（一）预处理和聚类

pbmc3k.html这个软件的官网分了几个部分进行介绍，每一个部分的练习数据都不一样，这一部分的练习数据下载地址：http://cf.10xgenomics.com/samples/cell-exp/1.1.0/pbmc3k

生信start_site·2023-04-03 20:41

R-Seurat单细胞数据分析流程

特征选择数据缩放线性降维维数选择细胞聚类非线性降维（UMAP/tSNE）鉴定差异表达特征（clustermarkers）细胞注释Seuratstandardpipeline记录一下Seurat标准的单细胞分析流程，这里使用官方提供的pbmc3k

尘世中一个迷途小书僮·2023-03-31 14:15

python 分析单细胞数据教程 scanpy---初探

wgethttp://cf.10xgenomics.com/samples/cell-exp/1.1.0/pbmc3k/pbmc3k_filtered_gene_bc_matrices.tar.gz-Odata

毒鸡蛋·2023-01-28 10:25

Seurat SingleCellExperiment anndata相互转化

scanpy和SingleCellExperiment和Seurat之间的转换使用1#安装并加载SeuratData中的pbmc3k数据集#library(SeruatData)#1.

qq_45759229·2022-12-08 07:55

Seurat PBMC教程理解分享

/data/pbmc3k/filtered_gene_bc_matrices/hg19/")#InitializetheSeuratobjectwiththeraw(non-normalized

自认是大佬眼中level1的菜鸟·2022-12-07 04:01

单细胞之富集分析-5：一张图展示多组富集分析结果

简单做一下复现吧～还是使用我们熟悉的pbmc3k的数据做演示。因为这个数据集只有一个样品，所以展示的还

Hayley笔记·2022-09-23 21:00

Hayley笔记·2022-07-01 10:09

Seurat软件使用操作教程

1、载入R软件(base)┌─[shpc_a98ef85f8f@SHPC-Pro-1]─[~/SingleronTest/ligang/data/hg19/pbmc3k]└──╼$RRversion4.0.2

windrunnering·2022-04-25 17:17

2022-01-12 Seurat官网单个样本标准流程

下载链接：https://s3-us-west-2.amazonaws.com/10x.files/samples/cell/pbmc3k/pbmc3k_filtered_gene_bc_matrices.tar.gz

徐添添·2022-01-24 13:28

2021-06-16 PBMC入门与sctransform

library(patchwork)#下载并解压数据dir.create("Vignette01")download.file("https://cf.10xgenomics.com/samples/cell/pbmc3k

学习生信的小兔子·2021-06-17 22:58

SCENIC转录因子分析实战---以Seurat的pbmc3K数据集为例

下面的代码复制粘贴即可运行，超级简单，如果是你自己的数据，你只需同样的模式做出来exprMat表达矩阵，和cellInfo的临床表型，就可以走这个SCENIC流程的4个步骤啦。rm(list=ls())library(Seurat)#devtools::install_github('satijalab/seurat-data')library(SeuratData)AvailableData()

Seurat_Satija·2021-04-14 11:56

一文学会 | 采用Seurat3对10X Genomics示例数据进行单细胞测序数据分析

摘要：从https://s3-us-west-2.amazonaws.com/10x.files/samples/cell/pbmc3k/pbmc3k_filtered_gene_bc_matrices.tar.gz

yingyonghui·2021-02-05 11:13

用VSCode Jupyter 学习Scanpy——预处理与分群

wgethttp://cf.10xgenomics.com/samples/cell-exp/1.1.0/pbmc3k/pbmc3k_filtered_gene_bc_m

米妮爱分享·2020-12-19 22:04

单细胞Seurat包升级之2,700 PBMCs分析（下）

刘小泽写于19.8.19主要介绍官方教程PBMC3K的下游分析（https://satijalab.org/seurat/v3.0/pbmc3k_tutorial.html）上篇：单细胞Seurat包升级之

刘小泽·2020-03-24 03:38

推荐频道