plink

ssh proxy 代理上网的设置方法[图文]

（我们只用免费的）windows机器：1、下载plink.exeputty.exe到c:根目录*http://www.chiark.greenend.o
大爱无疆强·2020-07-14 15:19

用hash表解变位词

输入输出格式输入数据第一行为一个整数n，1#include#include#defineMAX90000typedefstructlink{intdate;charstring[10];structlink*next;}*plink
pluton·2020-07-13 09:40

Linux无密码登陆及命令应答交互

登陆(推荐)生成密钥：ssh-keygen安装密钥到远程主机：ssh-copy-id用户名@主机地址b.使用sshpass命令(需安装)：sshpass-p"ssh密码"ssh用户名@主机地址c.使用plink
风吹我已散博客·2020-07-12 21:36

plink提取指定样本和指定SNP的数据（keep，extract函数）

一、提取样本：提取样本见命令行：plink--bfilefile--noweb--keepsampleID.txt--recode--make-bed--outsample其中，sampleID.txt
weixin_33853794·2020-07-12 08:10

plink小工具好用啊

@echooff@echo"五险数据库GG监控"plink[email protected]_BASE=/u01/app/oracle;exportORACLE_HOME
回到未来望过去·2020-07-12 04:52

plink和pscp命令使用（登录linux并执行命令/linux和Windows服务器文件互拷）

1.使用Putty提供的plink.exe来自动登陆一个机器并执行命令，完成后自己关闭bat文件内容如下：D:\Download\Software\Putty-0.60\plink.exe-pwjointforce2004root
ChenYuanshen·2020-07-12 03:27

ssh自动登录并执行命令以及plink

本文ssh命令是指Linux系统通常配备，即openssh的ssh命令；plink是指从putty源码编译来的plink程序。
oneinmore·2020-07-11 14:53

GWAS | 全基因组关联分析 | PLINK | 实战 | 统计遗传学

参考：PLINK|Fileformatreferencevcftoolsplink的主要功能：数据处理，质量控制的基本统计，群体分层分析，单位点的基本关联分析，家系数据的传递不平衡检验，多点连锁分析，单倍体关联分析
weixin_34409703·2020-07-06 01:13

Plink v0.1.0 发布——基于Flink的流处理平台

Plink是一个基于Flink的流处理平台，旨在基于[ApacheFlink]封装构建上层平台。提供常见的作业管理功能。如作业的创建，删除，编辑，更新，保存，启动，停止，重启，管理，多作业模板配置等。
独孤风·2020-07-03 08:00

Plink v0.1.0 发布——基于Flink的流处理平台

Plink是一个基于Flink的流处理平台，旨在基于[ApacheFlink]封装构建上层平台。提供常见的作业管理功能。如作业的创建，删除，编辑，更新，保存，启动，停止，重启，管理，多作业模板配置等。
实时流式计算·2020-07-03 08:00

一些地图资源以及如何获取高清地图底图

http://www.tianditu.gov.cn/service/plink.html这是江苏的：http://218.2.231.247/staticServer/site/atlas/index.html
段公子·2020-07-01 04:13

远程批量启动或关闭ESXServer上的虚拟机

配合Plink.exe这个工具可以实现远程执行Vmware-cmd，plink相当于Putty的命令行模式。这样通过制作脚本，
weixin_34289454·2020-06-28 16:45

SSH隧道与端口转发内网穿透

SSH/plink命令的基本资料：ssh-C-f-N-g-Llisten_port:DST_Host:
ineedappleki·2020-06-23 18:01

从VCF文件画PCA图

1.使用plink获取SNP_test.eigenvec文件plink--maf0.05--allow-extra-chr--vcfSNP.vcf--pcaheadertabs-outSNP_testeigenvec
细雨春风·2020-06-23 00:41

SOCKS代理服务器设置教程

（一）准备条件：硬件：一台可以SSH登录服务器的Windows电脑软件：Putty（非汉化版）（二）统一操作：总体操作：win+R后，输入CMD，运行putty的plink.exe文件对应指令：plink-D127.0.0.1
柚芷·2020-06-22 19:29

2020-06-17

plink2学习（一）最近学东西很杂，基本上是做啥学啥，嘛，又懒得做。。。。就酱紫。。。。
Ankh_40ad·2020-06-17 11:05

GWAS - PRS多基因风险评分计算学习笔记

PRSice，下载之后解压，解压文件如图所示PRSice_mac为软件的运行脚本PRSice.R是执行脚本的封装TOY开头的是数据集，分为BASE和TARGET两部分*接下来可以先用这个数据集测试一下跟plink
SnowPye·2020-06-01 20:08

plink动态转发socks代理上网

参考：http://www.uphoo.com/archives/707https://blog.phpdr.net/privoxy-config.html通过远程服务器ssh端口动态转发plink.exe-N-D127.0.0.1
biltmore·2020-04-30 16:37

plink各种格式转换及简单命令

PLINK软件输入文件的常见格式类型：1，一般格式：PED/MAP2，转置格式：TPED/TFAM3，二进制格式：BED/BIM/FAM几种格式之间可以相互转换。
又是一只小菜鸟·2020-04-16 16:17

2019-07-26用EIGENSOFT的smartpca进行主成分分析

1.vcftools或plink进行文件格式转换vcftools--vcfmyfile.vcf--plink--outmyfileplink--vcfmyfile.vcf--recode--outmyfile
跫韾不响·2020-04-02 23:30

Plink_1.介绍

欢迎关注公众号：oddxix背景Plink是一个免费、开源的全基因组关联分析工具集，用于执行基本范围的、大规模分析计算的有效方式。
oddxix·2020-03-17 20:01

全基因组关联分析软件plink的用法

我之前在博客园写过一篇文章，是介绍生物学中基因组分析的plink的基本用法的，但是感觉博客园里有很多限制，不如在上写的畅快，所以打算把上面的东西迁移过来（不过由于我的文件在拷贝过程种，大量的文件误删，致使样本文件丢失
雪走石·2020-03-13 00:43

GBS hapmap 格式 转化为Plink格式：tassel vcftools方法汇总

1.参考资料https://zhuanlan.zhihu.com/p/38590403环境：linux系统2.安装软件首先，要安装anaconda或者miniconda，然后使用condainstall进行软件安装,安装conda方法：https://docs.anaconda.com/anaconda/install/linux/2.1安装tasseltassel的按照方法，使用git将文件co
育种数据分析之放飞自我·2020-01-06 01:31

使用plink进行case/control关联分析

本篇文章按照plink官方提供的教程，进行一个实际操作。可以看做是官方教程的一个翻译版本。
生信修炼手册·2020-01-05 22:13

使用Plink对CNV做GWAS分析（一）

本文主要介绍得到CNV后如何使用Plink进行下游的GWAS（全基因组关联分析）。软件版本Plinkv1.
银色麦穗·2020-01-02 00:55

Plink文件格式介绍（一）

introductionPlink算是生物信息最常用的软件之一了，而且很多软件的输入也会使用Plink的文件格式。这次我们来一起认识一下Plink中最常用的两种格式，.ped和.map。
银色麦穗·2019-12-31 13:12

GWAS

全基因组关联分析（Genome-WideAssociationStudy，GWAS）流程一、准备plink文件1、准备PED文件PED文件有六
又是一只小菜鸟·2019-12-31 03:18

2018-10-31 GWAS实战（三）plink 进阶之认识常用文件格式

学会了基本的plink之后，就要开始学习了解输入文件的格式了。
小郑的学习笔记·2019-12-24 13:24

常用生物信息网站（用到持续更新中）

NCBIEnsemblrow1col1row1col23grameneZeamaysmaizegdb期刊杂志nature生物信息软件遗传相关关联分析软件tassel张志武老师关联分析软件GAPITFarmCPUBLINK遗传数据处理神器plink1.9
caumine·2019-12-20 22:24

使用plink进行连锁不平衡分析

plink是进行连锁不平衡分析的常用工具之一，需要两个基本的输入文件，后缀分别为ped和map。ped文件格式在之前的文章中已经详细介绍过，这里只介绍map文件。
生信修炼手册·2019-12-17 15:41

plink PED 文件格式介绍

plink是进行全基因组关联分析常用的软件之一，该软件需要两种基本格式的输入文件，ped和map。本篇重点介绍一下ped格式。
生信修炼手册·2019-12-16 18:41

生信软件之Plink

于是就有了一个强大的分析工具--PLINK。
thinkando·2019-12-12 21:44

Plink_2.文件格式

plink常见格式pedmapbedfambimplink需要的格式一般可以从vcf文件转化而来由以下命令生成ped和map格式#vcf转ped和mapvcftools--vcfmy.vcf--
oddxix·2019-12-12 02:50

生信小工具：Plink之下载安装与其基本格式（1）

谈起Plink相信熟悉的人更定都会知道，这是一个全面的基因组分析工具集，具有很多的小功能，在SNP数据统计，过滤，GWAS分析中都可以用得上，而且速度非常的快，堪称是生物信息分析软件中神器之一。
lakeseafly·2019-12-08 15:44

2018-11-02 GWAS实战（五）plink 进阶之数据过滤一条命令

之前讲了太多的很细的数据分析和过滤，在实战中，一般可以把命令写在一起。total这张图片对比了数据summary和数据过滤的命令之间的差异。对于我们自然群体，没有家系结构，所以主要是--mindN删个体（基于缺失率）--genoN删snp（基于缺失率）--mafN删snp（基于最小等位基因频率）--hweN删snp（基于A和a不符合哈德温伯格平衡）--LD（这个一般不做双基因互作的话不考虑，详见我
小郑的学习笔记·2019-12-08 02:51

生信小工具：Plink之实战演练（2）

继续上次的内容，介绍完Plink与其基本格式后，当然就是到动真格的时候，实战演练，下面会通过例子和小伙伴们一起熟悉Plink的使用。
lakeseafly·2019-12-07 11:11

Linux实现科学上网

plink-N-v服务器用户名@服务器域名-D127.0.0.1:7070-pw服务器密码-P服务器端口然后安装privoxy复制代码代码如下:sudoapt-getinstallprivoxy编辑配置文件安装后只需要改动一点配置
·2019-09-25 02:43

Shell中使用plink工具实现远程批量关机

我的操作系统是centos6.4操作系统：rhel6.2x86_64下载并安装putty软件包，本人下载了putty-0.62-1.el6.rf.x86_64.rpm下载地址如下：http://rpm.pbone.net/index.php31、远程主机IP列表文件复制代码代码如下:[root@localhost~]#vimserver_list.txt192.168.0.13192.168.0.
·2019-09-23 20:59

plink格式文件与vcf格式文件相互转化

今天就来讲一讲plink的ped和map文件与vcf文件的相互转化。因为在许多情况下这两种文件格式是需要转化的。首先介绍一下由plink转vcfplink--filetes
要快乐_更要经历山河·2019-08-26 21:52

plink 计算PCA

很简单：plink--bfileME_update_map--pca5--outpca_ME_update_map我们就可以在输出文件中找到PCA之后的结果。
KK_f2d5·2019-07-02 15:29

plink 计算PCA

很简单：plink--bfileME_update_map--pca5--outpca_ME_update_map我们就可以在输出文件中找到PCA之后的结果。
KK_f2d5·2019-07-02 15:29

GWAS 分析练习（二）关联分析

plink--assoc原理就是这样，但不能添加协变量，plink--logistic可以做到这一点。如果表型是连续的数量表型，例如身高等，可以用plink--linear,也可以添加协助变量。
上校的猫·2019-05-24 01:36

VCF 生成 plink 输入文件（ped和map）

使用工具vcftoolsvcftools--vcfSNP_merge.vcf--plink--outSNPmap文件有四列，分别为第一列：染色体编号为数字,未知为0第二列：SNP名称为字符或数字,如果不重要
上校的猫·2019-05-22 21:34

MAGMA (gene and gene-set level association test)

注释image.png这一步，我们需要提供的是SNP位置文件，两种二选一：1..snp.loc文件（自己起的名字），三列按顺序SNPID、染色体名（1-24，X，Y，23、24对应X、Y），位置；2.PLINK.bim
不到15不改名·2019-04-24 14:40

【文献阅读笔记】（1）：一篇手把手教你做GWAS的Guideline文献解读

Atutorialonconductinggenome‐wideassociationstudies:QualitycontrolandstatisticalanalysisIntroduction准备软件1.数据格式准备2.PLINK
Candlelight_yujia·2019-04-20 18:47

SSH端口转发及内网穿透

SSH/plink命令的基本资料：首先，认识下这三个非常强大的命令：ssh-C-f-N-g-Llisten_port:DST_Host:DST_portuser@Tunnel_Hostssh-C-f-N-g
kuSorZ·2018-12-05 16:30

群体遗传中基于SNP的PCA分析

基于群体遗传中变异信息文件VCF来分析PCA第一种方法可以使用plink软件直接进行分析plink--vcfall_genotypegvcf_filter_remove.vcf--pca-outall_genotypegvcf_plink
灵动的小猪·2018-11-14 11:12

10.19 library下载安装 shell循环脚本练习 plink转换vcf文件格式

今天在mac上安装bcftools，mac上什么都没有。先下三个libbrew下载前两个成功，第三个找不到。在我准备放弃的时候，我用了brewinstallHTSlib，然后就自动下载了。。。。。没有手动安装，但是找到了压缩包下载后安装的教程：https://jingyan.baidu.com/article/02027811617b971bcd9ce541.html整个过程就是没什么brew什么
KK_f2d5·2018-10-19 20:29

PuTTY的下载安装和基本使用方法教程

包含的组件有：PuTTY,PuTTYgen,PSFTP,PuTTYtel,Plink,PSCP,Pageant,默认登录协议是SSH，默认的端口为22。
dcpeng·2018-04-19 13:00

putty的下载安装和基本使用方法教程

包含的组件有：PuTTY,PuTTYgen,PSFTP,PuTTYtel,Plink,PSCP,Pageant,默认登录协议是SSH，默认的端口为22。
pengdongcheng·2018-04-19 12:50
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