E-COM-NET
首页
在线工具
Layui镜像站
SUI文档
联系我们
推荐频道
Java
PHP
C++
C
C#
Python
Ruby
go语言
Scala
Servlet
Vue
MySQL
NoSQL
Redis
CSS
Oracle
SQL Server
DB2
HBase
Http
HTML5
Spring
Ajax
Jquery
JavaScript
Json
XML
NodeJs
mybatis
Hibernate
算法
设计模式
shell
数据结构
大数据
JS
消息中间件
正则表达式
Tomcat
SQL
Nginx
Shiro
Maven
Linux
plink
ssh proxy 代理上网的设置方法[图文]
(我们只用免费的)windows机器:1、下载
plink
.exeputty.exe到c:根目录*http://www.chiark.greenend.o
大爱无疆强
·
2020-07-14 15:19
Linux
用hash表解变位词
输入输出格式输入数据第一行为一个整数n,1#include#include#defineMAX90000typedefstructlink{intdate;charstring[10];structlink*next;}*
plink
pluton
·
2020-07-13 09:40
Linux无密码登陆及命令应答交互
登陆(推荐)生成密钥:ssh-keygen安装密钥到远程主机:ssh-copy-id用户名@主机地址b.使用sshpass命令(需安装):sshpass-p"ssh密码"ssh用户名@主机地址c.使用
plink
风吹我已散博客
·
2020-07-12 21:36
plink
提取指定样本和指定SNP的数据(keep,extract函数)
一、提取样本:提取样本见命令行:
plink
--bfilefile--noweb--keepsampleID.txt--recode--make-bed--outsample其中,sampleID.txt
weixin_33853794
·
2020-07-12 08:10
plink
小工具好用啊
@echooff@echo"五险数据库GG监控"
plink
[email protected]
_BASE=/u01/app/oracle;exportORACLE_HOME
回到未来望过去
·
2020-07-12 04:52
plink
和pscp命令使用(登录linux并执行命令/linux和Windows服务器文件互拷)
1.使用Putty提供的
plink
.exe来自动登陆一个机器并执行命令,完成后自己关闭bat文件内容如下:D:\Download\Software\Putty-0.60\
plink
.exe-pwjointforce2004root
ChenYuanshen
·
2020-07-12 03:27
Tools
Linux
ssh自动登录并执行命令以及
plink
本文ssh命令是指Linux系统通常配备,即openssh的ssh命令;
plink
是指从putty源码编译来的
plink
程序。
oneinmore
·
2020-07-11 14:53
GWAS | 全基因组关联分析 |
PLINK
| 实战 | 统计遗传学
参考:
PLINK
|Fileformatreferencevcftoolsplink的主要功能:数据处理,质量控制的基本统计,群体分层分析,单位点的基本关联分析,家系数据的传递不平衡检验,多点连锁分析,单倍体关联分析
weixin_34409703
·
2020-07-06 01:13
Plink
v0.1.0 发布——基于Flink的流处理平台
Plink
是一个基于Flink的流处理平台,旨在基于[ApacheFlink]封装构建上层平台。提供常见的作业管理功能。如作业的创建,删除,编辑,更新,保存,启动,停止,重启,管理,多作业模板配置等。
独孤风
·
2020-07-03 08:00
Plink
v0.1.0 发布——基于Flink的流处理平台
Plink
是一个基于Flink的流处理平台,旨在基于[ApacheFlink]封装构建上层平台。提供常见的作业管理功能。如作业的创建,删除,编辑,更新,保存,启动,停止,重启,管理,多作业模板配置等。
实时流式计算
·
2020-07-03 08:00
一些地图资源以及如何获取高清地图底图
http://www.tianditu.gov.cn/service/
plink
.html这是江苏的:http://218.2.231.247/staticServer/site/atlas/index.html
段公子
·
2020-07-01 04:13
远程批量启动或关闭ESXServer上的虚拟机
配合
Plink
.exe这个工具可以实现远程执行Vmware-cmd,
plink
相当于Putty的命令行模式。这样通过制作脚本,
weixin_34289454
·
2020-06-28 16:45
SSH隧道与端口转发内网穿透
SSH/
plink
命令的基本资料:ssh-C-f-N-g-Llisten_port:DST_Host:
ineedappleki
·
2020-06-23 18:01
gfh
从VCF文件画PCA图
1.使用
plink
获取SNP_test.eigenvec文件
plink
--maf0.05--allow-extra-chr--vcfSNP.vcf--pcaheadertabs-outSNP_testeigenvec
细雨春风
·
2020-06-23 00:41
生物信息学
SOCKS代理服务器设置教程
(一)准备条件:硬件:一台可以SSH登录服务器的Windows电脑软件:Putty(非汉化版)(二)统一操作:总体操作:win+R后,输入CMD,运行putty的
plink
.exe文件对应指令:
plink
-D127.0.0.1
柚芷
·
2020-06-22 19:29
其他
2020-06-17
plink
2学习(一)最近学东西很杂,基本上是做啥学啥,嘛,又懒得做。。。。就酱紫。。。。
Ankh_40ad
·
2020-06-17 11:05
GWAS - PRS多基因风险评分计算学习笔记
PRSice,下载之后解压,解压文件如图所示PRSice_mac为软件的运行脚本PRSice.R是执行脚本的封装TOY开头的是数据集,分为BASE和TARGET两部分*接下来可以先用这个数据集测试一下跟
plink
SnowPye
·
2020-06-01 20:08
plink
动态转发socks代理上网
参考:http://www.uphoo.com/archives/707https://blog.phpdr.net/privoxy-config.html通过远程服务器ssh端口动态转发
plink
.exe-N-D127.0.0.1
biltmore
·
2020-04-30 16:37
plink
privoxy
学习整理
plink
各种格式转换及简单命令
PLINK
软件输入文件的常见格式类型:1,一般格式:PED/MAP2,转置格式:TPED/TFAM3,二进制格式:BED/BIM/FAM几种格式之间可以相互转换。
又是一只小菜鸟
·
2020-04-16 16:17
2019-07-26用EIGENSOFT的smartpca进行主成分分析
1.vcftools或
plink
进行文件格式转换vcftools--vcfmyfile.vcf--
plink
--outmyfileplink--vcfmyfile.vcf--recode--outmyfile
跫韾不响
·
2020-04-02 23:30
Plink
_1.介绍
欢迎关注公众号:oddxix背景
Plink
是一个免费、开源的全基因组关联分析工具集,用于执行基本范围的、大规模分析计算的有效方式。
oddxix
·
2020-03-17 20:01
全基因组关联分析软件
plink
的用法
我之前在博客园写过一篇文章,是介绍生物学中基因组分析的
plink
的基本用法的,但是感觉博客园里有很多限制,不如在上写的畅快,所以打算把上面的东西迁移过来(不过由于我的文件在拷贝过程种,大量的文件误删,致使样本文件丢失
雪走石
·
2020-03-13 00:43
GBS hapmap 格式 转化为
Plink
格式:tassel vcftools方法汇总
1.参考资料https://zhuanlan.zhihu.com/p/38590403环境:linux系统2.安装软件首先,要安装anaconda或者miniconda,然后使用condainstall进行软件安装,安装conda方法:https://docs.anaconda.com/anaconda/install/linux/2.1安装tasseltassel的按照方法,使用git将文件co
育种数据分析之放飞自我
·
2020-01-06 01:31
使用
plink
进行case/control关联分析
本篇文章按照
plink
官方提供的教程,进行一个实际操作。可以看做是官方教程的一个翻译版本。
生信修炼手册
·
2020-01-05 22:13
使用
Plink
对CNV做GWAS分析(一)
本文主要介绍得到CNV后如何使用
Plink
进行下游的GWAS(全基因组关联分析)。软件版本Plinkv1.
银色麦穗
·
2020-01-02 00:55
Plink
文件格式介绍(一)
introductionPlink算是生物信息最常用的软件之一了,而且很多软件的输入也会使用
Plink
的文件格式。这次我们来一起认识一下
Plink
中最常用的两种格式,.ped和.map。
银色麦穗
·
2019-12-31 13:12
GWAS
全基因组关联分析(Genome-WideAssociationStudy,GWAS)流程一、准备
plink
文件1、准备PED文件PED文件有六
又是一只小菜鸟
·
2019-12-31 03:18
2018-10-31 GWAS实战(三)
plink
进阶之认识常用文件格式
学会了基本的
plink
之后,就要开始学习了解输入文件的格式了。
小郑的学习笔记
·
2019-12-24 13:24
常用生物信息网站(用到持续更新中)
NCBIEnsemblrow1col1row1col23grameneZeamaysmaizegdb期刊杂志nature生物信息软件遗传相关关联分析软件tassel张志武老师关联分析软件GAPITFarmCPUBLINK遗传数据处理神器
plink
1.9
caumine
·
2019-12-20 22:24
使用
plink
进行连锁不平衡分析
plink
是进行连锁不平衡分析的常用工具之一,需要两个基本的输入文件,后缀分别为ped和map。ped文件格式在之前的文章中已经详细介绍过,这里只介绍map文件。
生信修炼手册
·
2019-12-17 15:41
plink
PED 文件格式介绍
plink
是进行全基因组关联分析常用的软件之一,该软件需要两种基本格式的输入文件,ped和map。本篇重点介绍一下ped格式。
生信修炼手册
·
2019-12-16 18:41
生信软件之
Plink
于是就有了一个强大的分析工具--
PLINK
。
thinkando
·
2019-12-12 21:44
Plink
_2.文件格式
plink
常见格式pedmapbedfambimplink需要的格式一般可以从vcf文件转化而来由以下命令生成ped和map格式#vcf转ped和mapvcftools--vcfmy.vcf--
oddxix
·
2019-12-12 02:50
生信小工具:
Plink
之下载安装与其基本格式(1)
谈起
Plink
相信熟悉的人更定都会知道,这是一个全面的基因组分析工具集,具有很多的小功能,在SNP数据统计,过滤,GWAS分析中都可以用得上,而且速度非常的快,堪称是生物信息分析软件中神器之一。
lakeseafly
·
2019-12-08 15:44
2018-11-02 GWAS实战(五)
plink
进阶之数据过滤一条命令
之前讲了太多的很细的数据分析和过滤,在实战中,一般可以把命令写在一起。total这张图片对比了数据summary和数据过滤的命令之间的差异。对于我们自然群体,没有家系结构,所以主要是--mindN删个体(基于缺失率)--genoN删snp(基于缺失率)--mafN删snp(基于最小等位基因频率)--hweN删snp(基于A和a不符合哈德温伯格平衡)--LD(这个一般不做双基因互作的话不考虑,详见我
小郑的学习笔记
·
2019-12-08 02:51
生信小工具:
Plink
之实战演练(2)
继续上次的内容,介绍完
Plink
与其基本格式后,当然就是到动真格的时候,实战演练,下面会通过例子和小伙伴们一起熟悉
Plink
的使用。
lakeseafly
·
2019-12-07 11:11
Linux实现科学上网
plink
-N-v服务器用户名@服务器域名-D127.0.0.1:7070-pw服务器密码-P服务器端口然后安装privoxy复制代码代码如下:sudoapt-getinstallprivoxy编辑配置文件安装后只需要改动一点配置
·
2019-09-25 02:43
Shell中使用
plink
工具实现远程批量关机
我的操作系统是centos6.4操作系统:rhel6.2x86_64下载并安装putty软件包,本人下载了putty-0.62-1.el6.rf.x86_64.rpm下载地址如下:http://rpm.pbone.net/index.php31、远程主机IP列表文件复制代码代码如下:[root@localhost~]#vimserver_list.txt192.168.0.13192.168.0.
·
2019-09-23 20:59
plink
格式文件与vcf格式文件相互转化
今天就来讲一讲
plink
的ped和map文件与vcf文件的相互转化。因为在许多情况下这两种文件格式是需要转化的。首先介绍一下由
plink
转vcfplink--filetes
要快乐_更要经历山河
·
2019-08-26 21:52
plink
计算PCA
很简单:
plink
--bfileME_update_map--pca5--outpca_ME_update_map我们就可以在输出文件中找到PCA之后的结果。
KK_f2d5
·
2019-07-02 15:29
plink
计算PCA
很简单:
plink
--bfileME_update_map--pca5--outpca_ME_update_map我们就可以在输出文件中找到PCA之后的结果。
KK_f2d5
·
2019-07-02 15:29
GWAS 分析练习(二)关联分析
plink
--assoc原理就是这样,但不能添加协变量,
plink
--logistic可以做到这一点。如果表型是连续的数量表型,例如身高等,可以用
plink
--linear,也可以添加协助变量。
上校的猫
·
2019-05-24 01:36
VCF 生成
plink
输入文件(ped和map)
使用工具vcftoolsvcftools--vcfSNP_merge.vcf--
plink
--outSNPmap文件有四列,分别为第一列:染色体编号为数字,未知为0第二列:SNP名称为字符或数字,如果不重要
上校的猫
·
2019-05-22 21:34
MAGMA (gene and gene-set level association test)
注释image.png这一步,我们需要提供的是SNP位置文件,两种二选一:1..snp.loc文件(自己起的名字),三列按顺序SNPID、染色体名(1-24,X,Y,23、24对应X、Y),位置;2.
PLINK
.bim
不到15不改名
·
2019-04-24 14:40
【文献阅读笔记】(1):一篇手把手教你做GWAS的Guideline文献解读
Atutorialonconductinggenome‐wideassociationstudies:QualitycontrolandstatisticalanalysisIntroduction准备软件1.数据格式准备2.
PLINK
Candlelight_yujia
·
2019-04-20 18:47
生信数据分析相关文献阅读笔记
SSH端口转发及内网穿透
SSH/
plink
命令的基本资料:首先,认识下这三个非常强大的命令:ssh-C-f-N-g-Llisten_port:DST_Host:DST_portuser@Tunnel_Hostssh-C-f-N-g
kuSorZ
·
2018-12-05 16:30
ssh
端口转发
Linux
群体遗传中基于SNP的PCA分析
基于群体遗传中变异信息文件VCF来分析PCA第一种方法可以使用
plink
软件直接进行分析
plink
--vcfall_genotypegvcf_filter_remove.vcf--pca-outall_genotypegvcf_
plink
灵动的小猪
·
2018-11-14 11:12
10.19 library下载安装 shell循环脚本练习
plink
转换vcf文件格式
今天在mac上安装bcftools,mac上什么都没有。先下三个libbrew下载前两个成功,第三个找不到。在我准备放弃的时候,我用了brewinstallHTSlib,然后就自动下载了。。。。。没有手动安装,但是找到了压缩包下载后安装的教程:https://jingyan.baidu.com/article/02027811617b971bcd9ce541.html整个过程就是没什么brew什么
KK_f2d5
·
2018-10-19 20:29
PuTTY的下载安装和基本使用方法教程
包含的组件有:PuTTY,PuTTYgen,PSFTP,PuTTYtel,
Plink
,PSCP,Pageant,默认登录协议是SSH,默认的端口为22。
dcpeng
·
2018-04-19 13:00
putty的下载安装和基本使用方法教程
包含的组件有:PuTTY,PuTTYgen,PSFTP,PuTTYtel,
Plink
,PSCP,Pageant,默认登录协议是SSH,默认的端口为22。
pengdongcheng
·
2018-04-19 12:50
putty
putty下载
putty安装
上一页
1
2
3
4
5
6
下一页
按字母分类:
A
B
C
D
E
F
G
H
I
J
K
L
M
N
O
P
Q
R
S
T
U
V
W
X
Y
Z
其他