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Linux
plink
Linux无密码登陆及命令应答交互
登陆(推荐)生成密钥:ssh-keygen安装密钥到远程主机:ssh-copy-id用户名@主机地址b.使用sshpass命令(需安装):sshpass-p"ssh密码"ssh用户名@主机地址c.使用
plink
风吹我已散博客
·
2020-07-12 21:36
plink
提取指定样本和指定SNP的数据(keep,extract函数)
一、提取样本:提取样本见命令行:
plink
--bfilefile--noweb--keepsampleID.txt--recode--make-bed--outsample其中,sampleID.txt
weixin_33853794
·
2020-07-12 08:10
plink
小工具好用啊
@echooff@echo"五险数据库GG监控"
plink
[email protected]
_BASE=/u01/app/oracle;exportORACLE_HOME
回到未来望过去
·
2020-07-12 04:52
plink
和pscp命令使用(登录linux并执行命令/linux和Windows服务器文件互拷)
1.使用Putty提供的
plink
.exe来自动登陆一个机器并执行命令,完成后自己关闭bat文件内容如下:D:\Download\Software\Putty-0.60\
plink
.exe-pwjointforce2004root
ChenYuanshen
·
2020-07-12 03:27
Tools
Linux
ssh自动登录并执行命令以及
plink
本文ssh命令是指Linux系统通常配备,即openssh的ssh命令;
plink
是指从putty源码编译来的
plink
程序。
oneinmore
·
2020-07-11 14:53
GWAS | 全基因组关联分析 |
PLINK
| 实战 | 统计遗传学
参考:
PLINK
|Fileformatreferencevcftoolsplink的主要功能:数据处理,质量控制的基本统计,群体分层分析,单位点的基本关联分析,家系数据的传递不平衡检验,多点连锁分析,单倍体关联分析
weixin_34409703
·
2020-07-06 01:13
Plink
v0.1.0 发布——基于Flink的流处理平台
Plink
是一个基于Flink的流处理平台,旨在基于[ApacheFlink]封装构建上层平台。提供常见的作业管理功能。如作业的创建,删除,编辑,更新,保存,启动,停止,重启,管理,多作业模板配置等。
独孤风
·
2020-07-03 08:00
Plink
v0.1.0 发布——基于Flink的流处理平台
Plink
是一个基于Flink的流处理平台,旨在基于[ApacheFlink]封装构建上层平台。提供常见的作业管理功能。如作业的创建,删除,编辑,更新,保存,启动,停止,重启,管理,多作业模板配置等。
实时流式计算
·
2020-07-03 08:00
一些地图资源以及如何获取高清地图底图
http://www.tianditu.gov.cn/service/
plink
.html这是江苏的:http://218.2.231.247/staticServer/site/atlas/index.html
段公子
·
2020-07-01 04:13
远程批量启动或关闭ESXServer上的虚拟机
配合
Plink
.exe这个工具可以实现远程执行Vmware-cmd,
plink
相当于Putty的命令行模式。这样通过制作脚本,
weixin_34289454
·
2020-06-28 16:45
SSH隧道与端口转发内网穿透
SSH/
plink
命令的基本资料:ssh-C-f-N-g-Llisten_port:DST_Host:
ineedappleki
·
2020-06-23 18:01
gfh
从VCF文件画PCA图
1.使用
plink
获取SNP_test.eigenvec文件
plink
--maf0.05--allow-extra-chr--vcfSNP.vcf--pcaheadertabs-outSNP_testeigenvec
细雨春风
·
2020-06-23 00:41
生物信息学
SOCKS代理服务器设置教程
(一)准备条件:硬件:一台可以SSH登录服务器的Windows电脑软件:Putty(非汉化版)(二)统一操作:总体操作:win+R后,输入CMD,运行putty的
plink
.exe文件对应指令:
plink
-D127.0.0.1
柚芷
·
2020-06-22 19:29
其他
2020-06-17
plink
2学习(一)最近学东西很杂,基本上是做啥学啥,嘛,又懒得做。。。。就酱紫。。。。
Ankh_40ad
·
2020-06-17 11:05
GWAS - PRS多基因风险评分计算学习笔记
PRSice,下载之后解压,解压文件如图所示PRSice_mac为软件的运行脚本PRSice.R是执行脚本的封装TOY开头的是数据集,分为BASE和TARGET两部分*接下来可以先用这个数据集测试一下跟
plink
SnowPye
·
2020-06-01 20:08
plink
动态转发socks代理上网
参考:http://www.uphoo.com/archives/707https://blog.phpdr.net/privoxy-config.html通过远程服务器ssh端口动态转发
plink
.exe-N-D127.0.0.1
biltmore
·
2020-04-30 16:37
plink
privoxy
学习整理
plink
各种格式转换及简单命令
PLINK
软件输入文件的常见格式类型:1,一般格式:PED/MAP2,转置格式:TPED/TFAM3,二进制格式:BED/BIM/FAM几种格式之间可以相互转换。
又是一只小菜鸟
·
2020-04-16 16:17
2019-07-26用EIGENSOFT的smartpca进行主成分分析
1.vcftools或
plink
进行文件格式转换vcftools--vcfmyfile.vcf--
plink
--outmyfileplink--vcfmyfile.vcf--recode--outmyfile
跫韾不响
·
2020-04-02 23:30
Plink
_1.介绍
欢迎关注公众号:oddxix背景
Plink
是一个免费、开源的全基因组关联分析工具集,用于执行基本范围的、大规模分析计算的有效方式。
oddxix
·
2020-03-17 20:01
全基因组关联分析软件
plink
的用法
我之前在博客园写过一篇文章,是介绍生物学中基因组分析的
plink
的基本用法的,但是感觉博客园里有很多限制,不如在上写的畅快,所以打算把上面的东西迁移过来(不过由于我的文件在拷贝过程种,大量的文件误删,致使样本文件丢失
雪走石
·
2020-03-13 00:43
GBS hapmap 格式 转化为
Plink
格式:tassel vcftools方法汇总
1.参考资料https://zhuanlan.zhihu.com/p/38590403环境:linux系统2.安装软件首先,要安装anaconda或者miniconda,然后使用condainstall进行软件安装,安装conda方法:https://docs.anaconda.com/anaconda/install/linux/2.1安装tasseltassel的按照方法,使用git将文件co
育种数据分析之放飞自我
·
2020-01-06 01:31
使用
plink
进行case/control关联分析
本篇文章按照
plink
官方提供的教程,进行一个实际操作。可以看做是官方教程的一个翻译版本。
生信修炼手册
·
2020-01-05 22:13
使用
Plink
对CNV做GWAS分析(一)
本文主要介绍得到CNV后如何使用
Plink
进行下游的GWAS(全基因组关联分析)。软件版本Plinkv1.
银色麦穗
·
2020-01-02 00:55
Plink
文件格式介绍(一)
introductionPlink算是生物信息最常用的软件之一了,而且很多软件的输入也会使用
Plink
的文件格式。这次我们来一起认识一下
Plink
中最常用的两种格式,.ped和.map。
银色麦穗
·
2019-12-31 13:12
GWAS
全基因组关联分析(Genome-WideAssociationStudy,GWAS)流程一、准备
plink
文件1、准备PED文件PED文件有六
又是一只小菜鸟
·
2019-12-31 03:18
2018-10-31 GWAS实战(三)
plink
进阶之认识常用文件格式
学会了基本的
plink
之后,就要开始学习了解输入文件的格式了。
小郑的学习笔记
·
2019-12-24 13:24
常用生物信息网站(用到持续更新中)
NCBIEnsemblrow1col1row1col23grameneZeamaysmaizegdb期刊杂志nature生物信息软件遗传相关关联分析软件tassel张志武老师关联分析软件GAPITFarmCPUBLINK遗传数据处理神器
plink
1.9
caumine
·
2019-12-20 22:24
使用
plink
进行连锁不平衡分析
plink
是进行连锁不平衡分析的常用工具之一,需要两个基本的输入文件,后缀分别为ped和map。ped文件格式在之前的文章中已经详细介绍过,这里只介绍map文件。
生信修炼手册
·
2019-12-17 15:41
plink
PED 文件格式介绍
plink
是进行全基因组关联分析常用的软件之一,该软件需要两种基本格式的输入文件,ped和map。本篇重点介绍一下ped格式。
生信修炼手册
·
2019-12-16 18:41
生信软件之
Plink
于是就有了一个强大的分析工具--
PLINK
。
thinkando
·
2019-12-12 21:44
Plink
_2.文件格式
plink
常见格式pedmapbedfambimplink需要的格式一般可以从vcf文件转化而来由以下命令生成ped和map格式#vcf转ped和mapvcftools--vcfmy.vcf--
oddxix
·
2019-12-12 02:50
生信小工具:
Plink
之下载安装与其基本格式(1)
谈起
Plink
相信熟悉的人更定都会知道,这是一个全面的基因组分析工具集,具有很多的小功能,在SNP数据统计,过滤,GWAS分析中都可以用得上,而且速度非常的快,堪称是生物信息分析软件中神器之一。
lakeseafly
·
2019-12-08 15:44
2018-11-02 GWAS实战(五)
plink
进阶之数据过滤一条命令
之前讲了太多的很细的数据分析和过滤,在实战中,一般可以把命令写在一起。total这张图片对比了数据summary和数据过滤的命令之间的差异。对于我们自然群体,没有家系结构,所以主要是--mindN删个体(基于缺失率)--genoN删snp(基于缺失率)--mafN删snp(基于最小等位基因频率)--hweN删snp(基于A和a不符合哈德温伯格平衡)--LD(这个一般不做双基因互作的话不考虑,详见我
小郑的学习笔记
·
2019-12-08 02:51
生信小工具:
Plink
之实战演练(2)
继续上次的内容,介绍完
Plink
与其基本格式后,当然就是到动真格的时候,实战演练,下面会通过例子和小伙伴们一起熟悉
Plink
的使用。
lakeseafly
·
2019-12-07 11:11
Linux实现科学上网
plink
-N-v服务器用户名@服务器域名-D127.0.0.1:7070-pw服务器密码-P服务器端口然后安装privoxy复制代码代码如下:sudoapt-getinstallprivoxy编辑配置文件安装后只需要改动一点配置
·
2019-09-25 02:43
Shell中使用
plink
工具实现远程批量关机
我的操作系统是centos6.4操作系统:rhel6.2x86_64下载并安装putty软件包,本人下载了putty-0.62-1.el6.rf.x86_64.rpm下载地址如下:http://rpm.pbone.net/index.php31、远程主机IP列表文件复制代码代码如下:[root@localhost~]#vimserver_list.txt192.168.0.13192.168.0.
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2019-09-23 20:59
plink
格式文件与vcf格式文件相互转化
今天就来讲一讲
plink
的ped和map文件与vcf文件的相互转化。因为在许多情况下这两种文件格式是需要转化的。首先介绍一下由
plink
转vcfplink--filetes
要快乐_更要经历山河
·
2019-08-26 21:52
plink
计算PCA
很简单:
plink
--bfileME_update_map--pca5--outpca_ME_update_map我们就可以在输出文件中找到PCA之后的结果。
KK_f2d5
·
2019-07-02 15:29
plink
计算PCA
很简单:
plink
--bfileME_update_map--pca5--outpca_ME_update_map我们就可以在输出文件中找到PCA之后的结果。
KK_f2d5
·
2019-07-02 15:29
GWAS 分析练习(二)关联分析
plink
--assoc原理就是这样,但不能添加协变量,
plink
--logistic可以做到这一点。如果表型是连续的数量表型,例如身高等,可以用
plink
--linear,也可以添加协助变量。
上校的猫
·
2019-05-24 01:36
VCF 生成
plink
输入文件(ped和map)
使用工具vcftoolsvcftools--vcfSNP_merge.vcf--
plink
--outSNPmap文件有四列,分别为第一列:染色体编号为数字,未知为0第二列:SNP名称为字符或数字,如果不重要
上校的猫
·
2019-05-22 21:34
MAGMA (gene and gene-set level association test)
注释image.png这一步,我们需要提供的是SNP位置文件,两种二选一:1..snp.loc文件(自己起的名字),三列按顺序SNPID、染色体名(1-24,X,Y,23、24对应X、Y),位置;2.
PLINK
.bim
不到15不改名
·
2019-04-24 14:40
【文献阅读笔记】(1):一篇手把手教你做GWAS的Guideline文献解读
Atutorialonconductinggenome‐wideassociationstudies:QualitycontrolandstatisticalanalysisIntroduction准备软件1.数据格式准备2.
PLINK
Candlelight_yujia
·
2019-04-20 18:47
生信数据分析相关文献阅读笔记
SSH端口转发及内网穿透
SSH/
plink
命令的基本资料:首先,认识下这三个非常强大的命令:ssh-C-f-N-g-Llisten_port:DST_Host:DST_portuser@Tunnel_Hostssh-C-f-N-g
kuSorZ
·
2018-12-05 16:30
ssh
端口转发
Linux
群体遗传中基于SNP的PCA分析
基于群体遗传中变异信息文件VCF来分析PCA第一种方法可以使用
plink
软件直接进行分析
plink
--vcfall_genotypegvcf_filter_remove.vcf--pca-outall_genotypegvcf_
plink
灵动的小猪
·
2018-11-14 11:12
10.19 library下载安装 shell循环脚本练习
plink
转换vcf文件格式
今天在mac上安装bcftools,mac上什么都没有。先下三个libbrew下载前两个成功,第三个找不到。在我准备放弃的时候,我用了brewinstallHTSlib,然后就自动下载了。。。。。没有手动安装,但是找到了压缩包下载后安装的教程:https://jingyan.baidu.com/article/02027811617b971bcd9ce541.html整个过程就是没什么brew什么
KK_f2d5
·
2018-10-19 20:29
PuTTY的下载安装和基本使用方法教程
包含的组件有:PuTTY,PuTTYgen,PSFTP,PuTTYtel,
Plink
,PSCP,Pageant,默认登录协议是SSH,默认的端口为22。
dcpeng
·
2018-04-19 13:00
putty的下载安装和基本使用方法教程
包含的组件有:PuTTY,PuTTYgen,PSFTP,PuTTYtel,
Plink
,PSCP,Pageant,默认登录协议是SSH,默认的端口为22。
pengdongcheng
·
2018-04-19 12:50
putty
putty下载
putty安装
玉米全基因关联分析 ( GWAS Analysis Pipeline )
基本流程1.软件Tassel/Gaipt/FarmCPU/mrMLM/
PLINK
/Structure/SPAGeDi以上软件都是在GWAS分析中可能用到的软件。
正踪大米饭儿
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2018-04-02 09:42
C高级学生信息管理系统雏形
typedefstructStudent{charname[10];intnum;}Student;typedefstructLINK{Studentdata;structLINK*next;}LINK,*
pLINK
I踏雪寻梅
·
2017-12-04 06:19
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