pyradiomics

基于pyradiomics影像组学特征提取

基于pyradiomics影像组学特征提取特征提取：1pyradiomics的使用：1.1，在python环境下安装pyradiomics:1.2,设置特征提取器，获得想要特征：1.2.1图像类型1.2.2

Alexa2077·2024-02-03 16:28

【影像组学入门百问】#73--#77

#73-PyRadiomics可以提取哪些类别的影像组学特征？

有Li·2024-01-30 00:10

【影像组学入门百问】#58---#62

#58-使用PyRadiomics能提取出多少影像组学特征？

有Li·2023-12-31 16:12

【影像组学入门百问】#44--#50

#44-PyRadiomics支持哪些输入图像和掩膜的文件类型？PyRadiomics使用SimpleITK进行图像加载和处理。

有Li·2023-12-28 18:31

【影像组学入门百问】#41--#43

因此，PyRadiomics实现了设置固定的bin数（binCount）和固定的bin宽度（binWidth，默认值）两种选项。

有Li·2023-12-27 09:45

【影像组学入门百问】#12----#21

#13-pyradiomics安装和使用的“坑”使用python进行影像组学特征提取，请安装pyradiomics，注意拼写

有Li·2023-12-15 04:51

Li‘s 影像组学radiomics视频学习笔记(34)-使用3D Slicer软件提取影像组学特征

RadiomicsWorld.com“影像组学世界”论坛：影像组学世界/RadiomicsWorld本笔记来源于B站Up主:有Li的影像组学系列教学视频本节(34)主要介绍:使用3DSlicer软件提取影像组学特征Pyradiomics

有Li·2023-12-03 00:23

影像组学学习笔记(34)-使用3D Slicer软件提取影像组学特征

本笔记来源于B站Up主:有Li的影像组学系列教学视频本节(34)主要介绍:使用3DSlicer软件提取影像组学特征Pyradiomics官网里有介绍，pyradiomics也可以通过软件3DSlicer

北欧森林·2023-09-03 21:02

安装pyradiomics时遇到ruamel_yaml冲突

遇到问题安装pyradiomics，在命令行输入：pipinstallpyradiomics报错为：ERROR:Cannotuninstall'ruamel_yaml'.Itisadistutilsinstalledprojectandthuswecannotaccuratelydeterminewhichfilesbelongtoitwhichwouldleadtoonlyapartialuni

·2023-08-05 13:15

改变conda内python版本安装运行pyradiomics package

小白记录帖编译器为conda，目前python版本为3.8，但pyradiomics只支持版本3.5/3.6/3.7，所以需要改变conda内python版本。

是橘子王呀·2023-07-30 11:46

【影像组学pyradiomics教程】(一)简介与安装

该系列是为了记录自己学习的过程一、简介：pyradiomics是一个开源的python软件包，可以从医学影像中提取出Radiomics影像组学特征SimpleITK支持的所有图像类型可以用作PyRadiomics

loving灬漠然丶·2023-06-14 08:50

【影像组学pyradiomics教程】(三) 使用配置文件进行特征提取

该系列是为了记录自己学习的过程一、配置文件的格式及内容为了对图像进行处理，pyradiomics允许将特征提取设置作为一个配置文件来进行处理图像，这个配置文件使用了yaml格式具体可配置的主要是在简介中提到的一些允许提取的特征如下示例

loving灬漠然丶·2023-04-15 05:06

radiomics.featureextractor-----使用pyradiomics提取2维医学图像及其掩模的特征

1本篇解决的问题介绍一般而言都是使用SimpleITK.ReadImage()方法来读取3D的医学图像和掩模，然后再利用pyradiomics中featureextractor来直接提取一阶特征、3D形状特征

fighterflyfly·2023-04-05 15:05

pyradiomics放射学特征提取代码

1、运行resampleMask.py2、运行ML_traditional_one_file.py2.1安装Radiomics包，参照https://cloud.tencent.com/developer/article/16625812.2配置环境首先查看conda存在的环境condaenvlist创建我们需要的新环境：condacreate-nRadiomicspython=3.7进入Radi

大风的blog·2023-04-05 15:31

使用pyradiomics提取影像组学特征【详细】

使用pyradiomics提取影像组学特征【详细】最近由于项目需求要使用pyradiomics提取影像组学特征，网上阅读了很多别人的博客，学到一些，然后去查看了pyradiomics的官方文档，最后自己实现了特征的提取

fighting_!·2023-04-05 15:19

[转]影像组学特征值(Radiomics Features)提取之Pyradiomics(一)理论篇

本文分享自微信公众号-Python编程和深度学习（Python_Deeplearning），作者：JieZhao.原帖链接：医学影像组学特征值（RadiomicsFeatures）提取之pyradiomics

北欧森林·2023-03-29 02:28

Python - pyradiomics - 邻域灰阶依赖性矩阵（Neighboring Gray Level Dependence Matrix）

文章目录理论Python实操有关邻域灰阶依赖性矩阵（NeighboringGrayLevelDependenceMatrix,NGLDM）的一切的起源：SunC,WeeWG.NeighboringGrayLevelDependenceMatrixforTextureClassification.ComputVision,GraphImageProcess.1983;23:341-352参考文件：h

Doct.Y·2022-12-22 15:53

python影像组学_影像组学pyradiomic使用教程（内含各种报错及详细解决方案）

pyradiomicscdpyradiomicspython-mpipinstall-rrequirements.txtpythonsetup.pyinstall报错1：安装完成，打开python，importradiomics，如果不报错，则表示安装成功(此操作需要退出pyradiomics

ZIBO资博·2022-12-11 22:58

使用Pyradiomics提取图像影像组学特征

使用Pyradiomics（Python）提取图像（.nrrd）影像组学特征一、首先要安装Python和Pyradiomics需要注意的的是Pyradiomics需要C++支持，MicrosoftC++

dr_yingli·2022-12-08 16:52

pyradiomics初体验

1.18.1，别的版本貌似会有问题安装pandas安装openpyxl（没有这个转xlsx会报错）radiomics安装下载pyradiomicshttps://github.com/Radiomics/pyradiomics

oldmao_2001·2021-04-23 20:05

PyRadiomics工具包使用说明

官网网站：https://pyradiomics.readthedocs.io/en/latest/index.html转载网站：https://cloud.tencent.com/developer/

介壳·2021-03-15 10:21

影像组学Python包 pyradiomics 保姆级教程

最近帮我哥装pyradiomics，但是遇到的问题实在太多了，我决定出个教程，从头解决到尾。

Neutrino_lightyear·2021-01-27 01:25

8运行不了_入门2玩不了Pyradiomics，先玩3D Slicer

先说买电脑吧。由于以前想上转录组学习，也在筹备着配置新电脑。在一个群里有人直接说“直接劝退16G内存以下”。所以基础配置是内存16G，硬盘500G以上，最好1T。最先关注的是联想本，考虑性价比后(太Qiong)，最后在JD上下定了华为的MagicBOOKPROLinux版。电脑很快就寄到了，装的是Linux版本，对于没有游戏需求的话，Linux也挺好用的，感觉比我现在的Win10更舒服。开始干活，

流光微记·2021-01-09 04:03

【影像组学pyradiomics教程】(二) 简单的使用-调用类方法

该系列是为了记录自己学习的过程一、立即开始使用需要img数据和mask数据数据可以在官方代码的/data目录下获取fromradiomicsimportfeatureextractorimg="./brain1_image.nrrd"lab="./brain1_label.nrrd"#实例化一个特征提取类extractor=featureextractor.RadiomicsFeatureExtr

loving灬漠然丶·2020-12-09 17:46

使用pyradiomics库对dcm图像进行特征提取

一制作掩膜图像医学掩膜图像的制作可以使用labelme和3DSlicer获得，下文中仅介绍使用labelme对dcm图像标注后获得json文件的一些处理，至于labelme的使用请参考其他博客。1.文件批量重命名#coding=gbk#文件批量重命名importosimportsysdefrename():path=r"E:\3DslicerTest\NC_OVER51_MRI\300436864

她曾让你心动·2020-09-12 22:47

影像组学pyradiomic使用教程（内含各种报错及详细解决方案）

pyradiomicscdpyradiomicspython-mpipinstall-rrequirements.txtpythonsetup.pyinstall报错1：安装完成，打开python，importradiomics，如果不报错，则表示安装成功（此操作需要退出pyradiomics

红薯塔就是爱太阳啊·2020-09-12 07:05

医学影像的特征提取--python—pyradiomics库

那么今天就为大家介绍python中一个非常高效便捷的库——pyradiomics库。

hash怪·2020-07-10 10:35

疗效预测中的影像组学特征提取

介绍最近一直在做关于肿瘤的放疗疗效预测相关的工作，遇到了一些问题主要是关于影像组学特征提取相关的问题，在这里做一个总结，主要是关于基于python提取影像组学特征：需要的module：主要需要的是SimpleITK，NRRD和pyradiomics

为什么四川人喜欢日李先人·2020-07-09 22:45

老卫带你学---pyradiomics医学图像特征提取

pyradiomics是一个开源python软件包，用于从医学成像中提取Radiomics功能。

老卫带你学·2020-01-08 17:09

安装pyradiomics

ReadTimeoutError:HTTPSConnectionPool(host=‘files.pythonhosted.org’,port=443):Readtimedout.解决办法安装pyradiomics

是芮芮呀·2019-11-06 20:49

医学影像组学数据特征值介绍

keep_coding_buddy·2019-05-31 11:49

PyRadiomics 提取特征类之Shape

Shape拥有16个特征值主要对mask图像三维尺寸与形状的描述1.Volume体积2.SurfaceArea表面面积3.SurfaceAreatoVolumeratio表面积与体积之比4.Sphericity球形度(病灶区域相对于球体形状的圆度的量度。这是一个无量纲测量，独立于尺度和方向)5.Compactness1紧凑度(病灶区域形状相对于球体的紧凑程度的量度。与球形度和冗余有关)6.Comp

qq_31325495·2018-08-22 11:03

PyRadiomics 提取特征类之First Order

FirstOrderStatistics(一阶统计量)拥有19个特征量值mask图像上通常使用的与基本的度量值反映区域内体素强度的分布1.Energy2.TotalEnergy3.Entropy4.Minimumnumpy.min(Array)5.10thpercentilenumpy.percentile(Array,10)6.90thpercentilenumpy.percentile(Arr

qq_31325495·2018-08-22 10:24

PyRadiomics 的初始化

importradiomicsparamsFile='dir_path/Params.yaml'extractor=radiomics.featureextractor.RadiomicsFeaturesExtractor(paramsFile)extractor.enableAllImageTypes()features=extractor.execute(img,temp,label=1)pa

qq_31325495·2018-08-21 12:04

初识 PyRadiomics

PyRadiomics是一个开源的Python软件包，用于从医学成像中提取放射组学特征。

qq_31325495·2018-08-21 11:55

python 特征工程的实现流程

pyradiomics包的github地址https://github.com/Radiomics/pyradiomics。

qq_31325495·2018-07-28 15:36

影像组学pyradiomics教程----自定义特征提取

3.1TypesofCustomization个性化特征抽取的方法有三种：指定哪种图像类别（原始图像/衍生图像）用于提取特征；指定抽取哪种特征（特征类别）；指定设置。设置可以用于进行预处理，定制特定的滤波器（对图像进行滤波）和特征类别提示：在对特征提取器和某个特征类别进行初始化的时候，我们可以使用关键字参数来提供第三类参数（即指定设置）；第一类参数（图像类别）和第二类参数（特征类别或特征）只能使用

北海尚易·2018-07-16 14:53

影像组学学习之路 pyradiomics 使用示例

测试用的图片：pyradiomics\data\brain1_image.nrrd和pyradiomics\data\brain1_label.nrrd’测试用的配置文件：pyradiomics\examples

北海尚易·2018-07-16 14:04

影像组学利器--pyradiomics简介

pyradiomics是一个开源的python包，用于医学图像的影像组学特征提取。

北海尚易·2018-07-16 14:43

【影像组学pyradiomics教程】（七）影像组学特征

本系列博客后续将更新于个人微信公众号，欢迎关注。FirstOrderFeatures(19features)ShapeFeatures(16features)GrayLevelCo-occurrenceMatrix(GLCM)Features(23features)GrayLevelSizeZoneMatrix(GLSZM)Features(16features)GrayLevelRunLengt

JianJuly·2018-05-07 15:13

【影像组学pyradiomics教程】（六） pyradiomics模块--General Info Module（通用信息模块）

本系列博客后续将更新于个人微信公众号，欢迎关注。4.3GeneralInfoModuleclassradiomics.generalinfo.GeneralInfo(imagePath,maskPath,resampledMask,settings,enabledImageTypes)execute()返回包含所有通用信息的字典getBoundingBoxValue()计算和返回resampled

JianJuly·2018-05-07 15:38

【影像组学pyradiomics教程】（五）pyradiomics模块--Image Processing and Filters（图像处理及滤波器）

本系列博客后续将更新于个人微信公众号，欢迎关注。radiomics.imageoperations.getBinEdges(binwidth,parameterValues)计算并返回灰度直方图radiomics.imageoperations.binImage(binwidth,parameterMatrix,parameterMatrixCoordinates)radiomics.imageo

JianJuly·2018-05-07 15:45

【影像组学pyradiomics教程】（四） pyradiomics模块--Feature Extractor（特征抽取器）

本系列博客后续将更新于个人微信公众号，欢迎关注。4.1FeatureExtractorclassradiomics.featureextractor.RadiomicsFeaturesExtractor(*args,**kwargs)特征抽取器是一个封装的类，用于计算影像组学特征。大量设置可用于个性化特征抽取，包括：需要抽取的特征类别及其对应特征；需要使用的图像类别（原始图像/或衍生图像）；需要进

JianJuly·2018-05-07 15:12

【影像组学pyradiomics教程】（二） pyradiomics 使用示例