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基于R语言的微生物群落组成多样性分析——物种丰度计算及可视化

引言在对样本的微生物群落组成多样性分析过程中，除了Alpha多样性与Beta多样性的分析，最重要的一个部分就是对样本中微生物具体的群落结构组成情况进行分析。一般我们从门水平及属水平上计算优势物种的相对丰度并通过表格或者柱状堆积图进行展示。正文—代码设置工作目录并加载包rm(list=ls())#clearGlobalEnvironmentsetwd('D:\\桌面\\物种丰度计算及可视化'

科研那点事儿·2024-02-10 01:26

TCGA新版数据库表达矩阵提取

本文首发于公众号：医学和生信笔记医学和生信笔记，专注R语言在临床医学中的使用，R语言数据分析和可视化。主要分享R语言做医学统计学、meta分析、网络药理学、临床预测模型、机器学习、生物信息学等。

医学和生信笔记·2024-02-10 00:22

Meta分析入门工具介绍

主要目的是先能够简单的复现一些论文的研究方法，按照计划是了解Revman，stata与R语言的相关分析方法即可。

Jabes·2024-02-09 22:00

DAY5-zzw

6.表格在R语言中改名叫数据框_7.别只复制代码，要理解其中的命令、

张纸薇·2024-02-09 21:39

R语言可视化学习笔记之ggridges包

作者：严涛浙江大学作物遗传育种在读研究生（生物信息学方向）伪码农，R语言爱好者，爱开源。严涛老师的绘图教程还有：gganimate|诺奖文章里面的动图布局教程来了！！

生信宝典·2024-02-09 21:25

基于R语言如何实现偏最小二乘法判别分析（PLS-DA）？

偏最小二乘法判别分析，即我常说的PLS-DA（PartialLeastSquaresDiscriminantAnalysis），经常被用来处理分类和判别问题。这种方法和PCA分析方法是比较类似的，区别在于二者是否有监督，一般PCA是无监督的，而PLS-DA是有监督的。当碰到样本组间差异大而组内差异小的情况，常见的PCA分析方法是可以很好地区分组间差异的，但是遇到样本组间差异不大的情

科研那点事儿·2024-02-09 17:27

R语言ggplot2：第九章数据操作

第9章数据操作9.1plyr包简介plyr包中的ddply()函数能够同时在数据的多个子集上做统计汇总。ddply(.data,.variables,.fun,...):data是用来作图的数据，variables是对数据取子集的分组变量，fun是要在各子集上运行的统计汇总函数。subset()用来对数据取子集的函数，选择数据中前n个（x%）个观测值，或者再某个阈值之上或下的观测值。transfo

王叽叽的小心情·2024-02-09 15:45

R语言中,cbind和rbind区别

cbind：根据列进行合并，即叠加所有列，m列的矩阵与n列的矩阵cbind()最后变成m+n列，合并前提：cbind(a,c)中矩阵a、c的行数必需相符rbind：根据行进行合并，就是行的叠加，m行的矩阵与n行的矩阵rbind()最后变成m+n行，合并前提：rbind(a,c)中矩阵a、c的列数必需相符————————————————Rversion3.6.2(2019-12-12)--"Dark

Seurat_·2024-02-09 06:55

R语言rmarkdown使用

1、安装install.packages('rmarkdown')library(rmarkdown)install.packages('tinytex')tinytex::install_tinytex()2、新建RMarkdown3、基本框架红色框内为YAML：包括标题、作者和日期等黄色框内为代码块：执行后面的代码，并可以设置展示的结果。蓝色框内为Markdown文本4、运行代码产出结果5、导

weixin_49320263·2024-02-09 05:50

由内而外释放R的力量||摘自《R大数据分析实用指南》

数据必须读入内存R核心是单线程的R是一种解释语言使用ff和ffbase超越内存限制主要用于大数据的转换聚合与建模：深入ffandffbaseR语言操作my

周运来就是我·2024-02-09 05:37

从列表中删除元素|自学生信Python（第十六天）

了解到生物信息学要有编程基础，尤其是要会一门编程语言，例如：R语言、Python、Perl等，还要熟悉Linux系统，作为生信小白，听说Python挺简单的，于是就自学了Python，花了两天时间了解了

天明豆豆·2024-02-08 22:40

r语言svr模型_使用R语言建立一个决策树回归模型

决策树是一种简单但使用广泛的分类算法，根据目标变量的类型，决策树分为分类决策树(目标变量为因子型)与回归决策树(目标变量为连续数值型)。在这里，我们使用R建议一个回归决策树模型。决策树简单介绍对于一个分类问题，我们可能需要多个属性值来构建问题，通过回答这些问题(比如长度大于多少，宽度大于多少，重量大于多少)，有序地得到问题的答案，并重复问题到我们得到最后的分类，把上面的过程(问题、答案)有组织的组

weixin_39849888·2024-02-08 20:22

【R语言入门与数据分析-2】数据的读取与写入

使用过程中发现自己的R语言基础太差了，回头补课。P28-P33所学视频：https://www.bilibili.com/video/BV19x411X7C6?

森尼啊·2024-02-08 13:15

跟着Nature Genetics 学画图：R语言ggplot2一次性画好多个饼状图

今天推文重复的图来自于论文Whole-genomeresequencingof445Lactucaaccessionsrevealsthedomesticationhistoryofcultivatedlettuceimage.png今天试着重复的图片对应着的是论文附件中的Figure8b，很多个饼状图放到一起image.png最基本的想法就是单独画好多个饼状图，然后通过拼图实现，但是因为之前重复

小明的数据分析笔记本·2024-02-08 08:56

非约束排序1—概述（数量生态学：R语言的应用第五章）

非约束排序1—概述（数量生态学：R语言的应用第五章）在这之前我们已经学习了聚类分析，聚类分析的目的在于寻找数据的间断性，排序的目的就在于寻找数据的连续性（通过连续的排序轴展示数据的主要趋势）。

fafu生信小蘑菇·2024-02-08 07:20

in r, 找出所有重复的元素，包括第一个 R语言｜如何筛选所有的重复行（包括第一行重复在内）

library(dplyr)data%group_by(type)%>%#根据你要筛选的列进行分组filter(duplicated(type)|n()!=1)%>%#将该列中有重复的行挑选出来ungroup()方法二#示例向量x<-c(1,2,3,2,4,5,5,6)#找出所有重复的元素（包括第一次出现的）duplicates<-duplicated(x)|duplicated(x,fromLa

生信小博士·2024-02-08 02:36

docker数据科学与spark镜像源与使用常见问题疑难解答

rocker/tidyverse:此镜像包含用于R语言的tidyverse数据科学包。jupyter/scipy-notebook:此镜像包含用于Python语言的SciPy科学计算库。rstudio

DreamNotOver·2024-02-08 01:16

46期生信第五天-一加一等于几

（6）表格在R语言中改名叫数据框_（7）别只复制代码，要理解其中的命令、函数的意思。函数或者命令不会用时，除了百度/谷歌搜索以外，用这个命

茶黄素·2024-02-08 00:34

跟着Nature Communications学作图：R语言ggtern包画三元相图（Ternary plots ）

论文Ahighlyconservedcorebacterialmicrobiotawithnitrogen-fixationcapacityinhabitsthexylemsapinmaizeplantshttps://www.nature.com/articles/s41467-022-31113-w本地pdfs41467-022-31113-w.pdf数据代码链接https://github.

小明的数据分析笔记本·2024-02-07 22:30

R语言入门笔记2.3

for循环for循环用于多次执行相似的代码。其基本语法如下：for(variableinsequence){#在每次迭代中执行的代码}其中：variable是一个变量，用于在每次迭代中存储序列中的当前元素。sequence是一个向量，可以是数字序列、字符序列或其他可迭代对象。在每次迭代中，variable会依次取sequence中的每个元素的值，然后执行for循环中的代码块。例1：>n=c(1,2

Mrji1995·2024-02-07 19:04

R语言入门笔记2.2

ifelse语句结构：ifelse(条件,表达式1,表达式2)#满足条件，则进入表达式1，否则为表达式2例1：>a=1>ifelse(a<0,"a小于0",ifelse(a==0,0,"a大于0"))[1]"a大于0"a=1-这行代码给变量a赋值为1。ifelse(a<0,"a小于0",ifelse(a==0,0,"a大于0"))-这是一个嵌套的ifelse语句。它的结构是ifelse(condi

Mrji1995·2024-02-07 19:03

R语言机器学习与临床预测模型35--分类回归树

本内容为【科研私家菜】R语言机器学习与临床预测模型系列课程R小盐准备介绍R语言机器学习与预测模型的学习笔记你想要的R语言学习资料都在这里，快来收藏关注【科研私家菜】[图片上传失败...

科研私家菜·2024-02-07 14:22

R语言基础语法

R语法1.赋值操作符号“a；表示将2赋值给a等于符号，表示方式：a=3；表示将3赋值给a2.输出变量cat()函数：cat('text',var)print()函数：print('text',var)3.变量的数据类型R属于动态类型语言，变量的数据类型取决于输入变量类型函数：class()a=1print(class(a))output:numeric4.查找变量查找所有变量，应使用ls()函数代

地平线上的背影·2024-02-07 10:06

明天开课 | R语言专题班（直播：2023.9.9~9.10）

茗创科技专注于脑科学，涵盖（EEG/ERP，fMRI，结构像，DTI，ASL，FNIRS）等，欢迎留言讨论及转发推荐，也欢迎了解茗创科技的脑科学课程，数据处理服务及脑科学工作站销售业务，可添加我们的工程师（微信号MCKJ-zhouyi或17373158786）咨询。★课程简介★R是用于统计分析、绘图的语言和操作环境。R是属于GNU系统的一个自由、免费、源代码开放的软件，它是一个用于统计计算和统计制

茗创科技·2024-02-07 07:43

单因素Cox回归循环function

=1){#survival_dat<-data.frame(group=phe$group,grade=phe$grade,size=phe$size,stringsAsF

陈宇乔·2024-02-07 05:33

python小白入门单细胞分析scanpy

这里要注意一下，它和R语言的不同，Scanpy中的行为样本，列为基因

生信小博士·2024-02-07 03:01

双序列比对的多路径回溯，R语言

双序列比对的多路径回溯**这是双序列比对的多路径回溯的R语言实现，用类似linux系统中给用户赋权限的方法记录来源方向，感觉比列表储存来源方向好。

琅琊笑笑风·2024-02-07 03:19

R语言--12

数组（array）数组是k维的数据表。向量（n=1）,矩阵（n=2）,高维数组（n>=3）矩阵的生成及基本操作matrix(data=NA,nrow=1,ncol=1,byrow=FALSE,dimnames=NULL)：data可以为一个向量，nrow/ncol为指定生成的行数和列数，byrow:设定向量排布成指定的行数和列数时，按照行排列，默认是按列排布。dimnames:设定行名和列名。co

白猫警长ic·2024-02-06 19:02

R语言绘图教程 | 双侧条形图绘制教程

写在前面双侧条形图在我们的文章中也是比较常见的，那么这样的图形是如何绘制的呢？以及它使用的数据类型是什么呢？这些都是我们在绘制图形前需要掌握的，至少我们知道绘图的数据集如何准备，这样才踏出第一步。今天的教程，我们会从数据的准备，以及数据如何整理，以及结合自己的绘图过程中遇到问题是如何解决来进行讲解。PS：仅代表个人的观点，以及自己遇到此问题时自己的方法来进行说明。也许，这个并不会死唯一且最好的方法

小杜的生信筆記·2024-02-06 18:56

R语言学习case12：ggplot 置信区间（多线型）

接上文：多条曲线R语言学习case11：ggplot置信区间（包含多子图）在ggplot2中，每个geom函数都接受一个映射参数。然而，并非每个美学属性都适用于每个geom。

早起CaiCai·2024-02-06 14:12

caTools一个奇特的工具集

R语言作为统计学一门语言，一直在小众领域闪耀着光芒。直到大数据的爆发，R语言变成了一门炙手可热的数据分析的利器。随着越来越多的工程背景的人的加入，R语言的社区在迅速扩大成长。

Fens·2024-02-06 13:11

FigDraw 5. SCI 文章绘图之柱状图 (Barplot)

前两期简单介绍了R语言基础，比较简单粗略，然后介绍了R语言中表格的转换，因为现在绘图基本以及舍弃了基本绘图的方式，都会选择ggplot2来作图，这期SCI绘图介绍一下柱状图！

90066456ace6·2024-02-06 13:07

r语言中大小写c的区别吗,R语言大小写字母转换

JavaforLeetCode231PowerofTwopublicbooleanisPowerOfTwo(intn){if(n运行,打开运行窗口.2,输入cmd,打开命令行窗口.3,进入cmd,找到orpxllite.ocx和orTrueReuse.ocx的所在的目录4,输入以下命令:regsvr32&...Swift表视图动画教程:Drop-InCardshttp://www.ra

神秘巨星z·2024-02-06 12:16

代码+视频一步到位：手把手教你R语言竞争风险模型建模-列线图-校准曲线-K折验证-外部验证- 决策曲线

我们在既往文章《手把手教你使用R语言做竞争

天桥下的卖艺者·2024-02-06 12:45

R语言阈值效应函数cut.tab2.0版发布（支持线性回归、逻辑回归、cox回归，自定义拐点）

阈值效应和饱和效应是剂量-反应关系中常见的两种现象。阈值效应是指当某种物质的剂量达到一定高度时，才会对生物体产生影响，而低于这个剂量则不会产生影响。饱和效应是指当某种物质的剂量达到一定高度后，其影响不再随剂量的增加而增加，即产生饱和现象。这两种效应在药物、毒物、营养物质等剂量-反应关系中都有应用。接下来聊聊RCS阈值函数是干什么用的，随便抓一篇论文给大家看看，粉丝发给我的。L-shapedasso

天桥下的卖艺者·2024-02-06 12:44

R语言：箱线图绘制（添加平均值趋势线）

之前我是比较喜欢使用origin进行绘图，但是绘制的图不太好看，并且需要进行不断调整，不太方便，所以开始使用R语言进行绘制。2.箱线图绘制2.1相关R包导入library(openxlsx)libr

Amyniez·2024-02-06 09:42

R语言学习case11：ggplot 置信区间（包含多子图）

ggplotGeometricobjectsHowarethesetwoplotssimilar?两个图都包含相同的x变量、相同的y变量，并且描述相同的数据。但是这两个图并不相同。每个图使用不同的可视化对象来表示数据。在ggplot2语法中，我们说它们使用不同的geoms。geom是绘图使用的几何对象，用于表示数据。人们通常通过绘图使用的geom类型来描述图表。例如，柱状图使用bargeoms，折

早起CaiCai·2024-02-06 09:10

2022-08-14

我想完善一下，会使用Linux，会使用R语言，学了转录组分析的流程和

佳奥·2024-02-06 09:00

R语言方差分析

医学和生信笔记，专注R语言在临床医学中的使用，R语言数据分析和可视化。这是R语言和医学统计学的第2篇内容。主要是用R语言复现课本中的例子。

医学和生信笔记·2024-02-06 09:26

R语言专题班（直播：2023.8.4~8.6）

茗创科技专注于脑科学，涵盖（EEG/ERP，fMRI，结构像，DTI，ASL，FNIRS）等，欢迎留言讨论及转发推荐，也欢迎了解茗创科技的脑科学课程，数据处理服务及脑科学工作站销售业务，可添加我们的工程师（微信号MCKJ-zhouyi或17373158786）咨询。★课程简介★R是用于统计分析、绘图的语言和操作环境。R是属于GNU系统的一个自由、免费、源代码开放的软件，它是一个用于统计计算和统计制

茗创科技·2024-02-06 05:57

r语言svr模型_R建立SVR模型，并用遗传算法优化

刚刚尝试在建立了SVR模型之后，再用遗传算法优化SVR的cost和gamma参数，给大家分享下，有错误的欢迎指正~rm(list=ls())#loadpackagelibrary(stringr)library(dplyr)library(openxlsx)#readdatagaseread.xlsx("D:/3_analytic_case/1_gase_data_pred/原始数据.xlsx",

weixin_39760433·2024-02-05 23:30

R语言量化投资（1）

R是一门非常适合做数据的工具。不用关注时间复杂度多少，怎么把程序写漂亮。而是关注如何收集数据，提高数据质量，来解决实际的业务问题。跨界是一个很难的问题，因为不同背景的人进行沟通是一个非常困难的问题，尤其是金融行业和IT行业：一个封闭不愿意分享，一个开放崇尚开源；一种所有人都要为我服务，一种只专注自己感兴趣的事情。做跨学科的事情，你要了解项目管理的方法，产品设计的逻辑，数知识，机器学习知识，结合业务

Liam_ml·2024-02-05 20:41

RStudio环境熟悉与基本小技巧

如果你是一个新手，通过上一篇的内容我相信你已经把R语言环境安装好了。那么，你肯定迫切想写下自己的第一行R代码。那么，是在RGui、还是Rstudio环境呢？

大数据技术派·2024-02-05 18:30

R语言正则表达式（1）

基本规则如下：.任意字符[a-z]表示a-z任意一个小写字符[0-9]匹配所有数字字符[^0-9]匹配所有非数字字符^位于表达式开始表示匹配文本开始处，放在方括号内开始表示非方括号内的任一字符{3}表示前面的字符或表达式的重复3次|表示前后的表达式任选一个\$\$匹配括号()\d表示0-9\D表示非数字\s表示空白字符\S表示非空白字符\w表示字符（字母和数字）\W表示非字符\b以英文字母,数

weixin_49320263·2024-02-05 18:23

R语言提高效率的技巧方法（1）

1、批量导入包library(pacman)p_load("dplyr","survival")2、查看R包使用方法help(package="survival")3、查看R包内所有函数library("survival")all_functions<-ls("package:survival",pos=1)4、查看具体函数注释和用法db<-tools::Rd_db("dplyr")#获取R包内所

weixin_49320263·2024-02-05 18:21

R语言：pie3D绘制三维饼图

导读：前面画过二维饼图：R语言：pie绘制饼图，这次用plotrix包pie3D函数画三维的。

胡童远·2024-02-05 12:08

Flutter语言开发的高仿抖音App源码

简介一款基于Flutter语言开发的高仿抖音App。初衷是用来学习Flutter跨平台技术，积累实战经验。开放出去是让更多的老铁们在技术的路上越走越远…老铁们喜欢的话，帮忙给个star，多谢！

专注移动开发·2024-02-05 07:15

详细流程安装Anaconda，开启AI第一步【Windows版】

AI时代来临，让我们开启Pytorch之旅第一步，安装AnacondaAnaconda：数据科学的利器Anaconda是一个开源的Python和R语言发行版，用于计算科学，特别是数据科学。

心安成长·2024-02-04 22:37

数据分析必备：掌握这个R语言基础包1%的功能让你事半功倍！（附代码）

本文介绍了utils包在R语言基础的用途。[导读]无论数据分析的目的是什么，将数据导入R中的过程都是不可或缺的。毕竟巧妇难为无米之炊。utils包是R语言的基础包之一。

数据派THU·2024-02-04 20:19

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