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seurat
单细胞实战2:
Seurat
+SingleR--从矩阵到细胞类型注释
单细胞数据标准分析
Seurat
流程:
Seurat
官网:https://satijalab.org/
seurat
/articles/get_started.html(官网教程极为详细,建议仔细反复阅读)建立
Hayley笔记
·
2022-07-01 10:26
单细胞实战1:两样本合并
从读取表达矩阵到建立
seurat
对象都在服务器上进行(文件太大)建立
Seurat
对象后,save.image,之后转移到电脑上操作。
Hayley笔记
·
2022-07-01 10:22
单细胞密度散点图的绘制
单细胞绘图系列:
Seurat
绘图函数总结使用ggplot2优化
Seurat
绘图scRNAseq灵活的点图绘制:FlexDotPlot富集分析结果雷达图DoHeatmap的优化+ComplexHeatmap
Hayley笔记
·
2022-07-01 10:17
桑基图:不同分辨率下的细胞分群可视化
单细胞绘图系列:
Seurat
绘图函数总结使用ggplot2优化
Seurat
绘图scRNAseq灵活的点图绘制:FlexDotPlot富集分析结果雷达图DoHeatmap的优化+ComplexHeatmap
Hayley笔记
·
2022-07-01 10:09
DoHeatmap的优化+ComplexHeatmap绘制带特定基因的单细胞热图
单细胞绘图系列:
Seurat
绘图函数总结使用ggplot2优化
Seurat
绘图scRNAseq灵活的点图绘制:FlexDotPlot富集分析结果雷达图1.使用DoHeatmap绘制
Seurat
自带热图library
Hayley笔记
·
2022-07-01 10:05
scRNAseq灵活的点图绘制:FlexDotPlot
单细胞绘图系列:
Seurat
绘图函数总结使用ggplot2优化
Seurat
绘图在读NatMed一篇文献Asingle-cellatlasoftheperipheralimmuneresponseinpatientswithsevereCOVID
Hayley笔记
·
2022-07-01 10:01
Seurat
绘图函数总结(更新版)
更多重要函数见:
Seurat
重要命令汇总
Seurat
绘图函数总结在使用R语言进行单细胞数据的分析和处理时,除了优秀的绘图包ggplot2以外,
Seurat
也自带一些优秀的可视化工具,可以用于各种图形绘制
Hayley笔记
·
2022-07-01 10:52
Seurat
重要命令汇总
参考:https://satijalab.org/
seurat
/articles/essential_commands.html⚠️⚠️1.
Seurat
标准工作流程读入数据->构建
Seurat
对象->归一化
Hayley笔记
·
2022-07-01 10:47
R语言rhdf5读写hdf5并展示文件组织结构和索引数据
(注:在
Seurat
包中有现成的函数
Seurat
::
·
2022-06-27 14:26
Seurat
的三种单细胞数据整合方法汇总(批次校正)2022-05-24
关键词批次效应批次校正单细胞数据整合适用背景单细胞数据由于实验平台或样本等原因会造成不同数据集之间存在批次效应,这种批次效应是人为因素造成的,没有实际的生物学意义,可能对研究结果产生极大影响。批次效应可由聚类结果确定,如果聚类出的某些亚群绝大部分都来自同一个样本一般就认为存在批次效应,因此需要进行批次校正。本文总结了三种常用的整合方法代码:CCA,SCTransform和Harmony。方法一CC
黄甫一
·
2022-06-23 13:51
rna聚类分析_实验记录11:scanpy对scRNA-seq数据的聚类分析
R在读取和处理数据的过程中会将所有的变量和占用都储存在RAM当中,这样一来,对于海量的单细胞RNA-seq数据(尤其是超过250k的细胞量),即使在服务器当中运行,
Seurat
、metacell、monocle
l鲁波波
·
2022-06-12 19:04
rna聚类分析
paul15数据集scanpy和
Seurat
可视化
pythonimportscanpyasscadata=sc.datasets.paul15()sc.pp.normalize_per_cell(adata,counts_per_cell_after=1e4)#这一部也是需要加入进去的。sc.pp.filter_genes(adata,min_cells=1)sc.pp.filter_genes_dispersion(adata,n_top_ge
qq_45759229
·
2022-06-12 19:01
可视化
r语言
python
gitto-page enrichment
Giotto||空间表达数据分析工具箱20
Seurat
新版教程:分析空间转录组数据(上)
Seurat
新版教程:分析空间转录组数据(下)scanpy教程:空间转录组数据分析10XVisium:空间转录组样本制备到数据分析空间信息在空间转录组中的运用
youngleeyoung
·
2022-06-12 19:01
数据挖掘
r语言
10w+细胞数的项目
Seurat
分析很慢,我推荐你scanpy
单细胞的测序自2009年开始,短短十几年的时间呈现爆发式的增长与普及,其在科研、医疗、诊断等多个领域发挥了重要的作用。单细胞的捕获细胞数随着各种技术的迭代,从最开始的Smart-seq近百个细胞的捕获通量增加到10Xgenomics捕获近万个细胞。通过使用纳米芯片等技术,细胞数有了巨大的提升。最近研究中的的原位条形码技术是的捕获的量级达到了十万级的水平。并且,根据10X官方的介绍,今年下半年预期会
菌小落
·
2022-06-12 19:59
Linux R语言打开.h5文件异常
6月10日从GEO数据库下载了作者上传的表达矩阵h5格式文件,需用从中提取出表达矩阵然后重构
Seurat
分析对象;该exp_matrix.hdf5文件在我的Window系统上,可以通过rhdf5::H5Fopen
倪桦
·
2022-06-10 18:12
单细胞测序分析学习笔记
看到的各位小伙伴有更好的操作欢迎随时交流~1.创建R4.0以上的conda环境[1]:condacreate--nameR--channelconda-forge"r-base>=4.0.3"r-devtools2.安装
Seurat
-Installthedevelopmentalversion
不想透明的小透明
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2022-06-04 14:10
Seurat
数据结构学习.1
Seurat
.obj.v3.pngSeurat对象中的Assay:####################################################################
倪桦
·
2022-05-23 14:47
单细胞上游分析
从原始数据——得到文件夹filtered_gene_bc_matrices【其中包含barcodes.tsv.gz、features.tsv.gz、matrix.mtx.gz,是下游
Seurat
、Scater
FionaMoon
·
2022-05-09 22:41
基于
Seurat
UAMP和celltype的RNA Velocity速率分析的全套流程
参考资料:参考生物技能树Velocyto官网Tutorialscvelo实战教程
Seurat
-to-RNA-Velocity分析步骤:本教程是velocyto基于
Seurat
对象中UMAP和细胞类型进行
Yu_Lin
·
2022-05-03 10:25
神兵利器——单细胞细胞类群基因marker鉴定新方法:COSG
目前关于细胞类群基因marker鉴定的方法最常用的当属
Seurat
官方的FindMarkers与FindAllMarkers
Bio_Infor
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2022-05-02 12:56
单细胞
seurat
包的原理解析
seurat
涉及的数据分析包括很多步骤。之前只顾着干活儿,也没有系统的整理过分析中的具体内容。这里就参照网上大神们分享的帖子,来梳理一下。1、读入数据。
谢京合
·
2022-04-27 17:05
Seurat
软件使用操作教程
1、载入R软件(base)┌─[shpc_a98ef85f8f@SHPC-Pro-1]─[~/SingleronTest/ligang/data/hg19/pbmc3k]└──╼$RRversion4.0.2(2020-06-22)--"TakingOffAgain"Copyright(C)2020TheRFoundationforStatisticalComputingPlatform:x86_
windrunnering
·
2022-04-25 17:17
相关性分析 addmodulescore得到的每个细胞评分与page_enrichments得到的每个细胞评分的相关性
page_enrichments得到的每个细胞评分的相关性library(patchwork)library(ggplot2)library(ggalluvial)library(svglite)library(
Seurat
qq_52813185
·
2022-04-25 07:32
笔记
r语言
seurat
scVelo 的使用: 从bam和
Seurat
获取输入数据到画图
1.数据准备用10x数据做scVelo,输入数据分2部分:
Seurat
分析后的数据:聚类、基因、细胞信息。
RedStones
·
2022-04-15 14:49
直接读取表达矩阵和metadata信息创建
seurat
单细胞对象
library(CellChat)library(
Seurat
)library(dplyr)library(patchwork)library(ggplot2)library(ggalluvial)library
qq_52813185
·
2022-04-14 07:21
笔记
r语言
seurat
addmodule
r
新-03.使用SCTransform标准化流程质控降维
具体改进:使用了
Seurat
官网更新的最新标准化方法SCTransformv2,此方法在下游注释中可更佳清晰的分辨细胞亚群。添加了Harmony算法以对样本间批次效应进行去除。
科研小徐
·
2022-03-30 00:23
monocle2 使用笔记
中性粒细胞neutrophil是先subset出来,去除污染细胞,然后
Seurat
聚类,找类之间top20DEG做cellorder(就是monocle2的排序);根据前体细胞的marker基因的表达,
RedStones
·
2022-03-20 23:55
R语言 | R语言分析琐碎
首先,文件夹下应该存在三个文件,分别命名为:barcodes.tsv.gzmatrix.mtx.gzfeatures.tsv.gz然后使用
Seurat
包中的,Read10X方法读取。
今天也是个妖精头子呀
·
2022-03-12 12:50
r语言
单细胞降维最佳PC数量选取
筛选标准1.主成分累积贡献大于90%2.PC本身对方差贡献小于5%3.两个连续PCs之间差异小于0.1%#开始分析----------------------------#将要检测的
seurat
对象传递给
科研小徐
·
2022-03-11 16:35
python sci数据_scanpy学习笔记:用Python分析单细胞数据
本文翻译自scanpy的官方教程Preprocessingandclustering3kPBMCs[1],用scanpy重现
Seurat
聚类教程[2]中的绝大部分内容。
weixin_39839018
·
2022-03-09 08:28
python
sci数据
单细胞分析实录(5):
Seurat
标准流程
【在公粽号回复20210105就能看到示例数据了】前面我们已经学习了单细胞转录组分析的:使用CellRanger得到表达矩阵和doublet检测,今天我们开始
Seurat
标准流程的学习。
TOP生物信息
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2022-02-27 23:55
4 单个亚群细分
##########################################细分library(
Seurat
)library(dplyr)###############MyeloidMyeloid
一只小脑斧
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2022-02-20 21:25
单细胞免疫组库数据分析||
Seurat
整合单细胞转录组与VDJ数据
在做10X单细胞免疫组库分析的是往往是做一部分BCR、TCR做一部分5‘转录组,那么怎样才能把两者结合到一起呢?今天我们尝试用我们的趁手工具做一下整合分析。首先是下载数据,我们从10X官方的dataset中下载数据:https://support.10xgenomics.com/single-cell-vdj/datasets/3.1.0/vdj_v1_hs_pbmc3在下载页面有关于这个样本的基
周运来就是我
·
2022-02-20 07:05
使用Shiny搭建基于
Seurat
包的单细胞数据可视化平台
▼
Seurat
包系列学习笔记▼:
Seurat
包学习笔记(一):GuidedClusteringTutorialSeurat包学习笔记(二):IntegrationandLabelTransferSeurat
Davey1220
·
2022-02-18 23:33
使用
Seurat
中自带函数画图遇到的问题
FeaturePlot使用了split函数之后就没有legend了这个问题之前困扰了我很久后来就下定决心解决一下其实很简单就只是加个命令参考的是https://github.com/satijalab/
seurat
Aji
·
2022-02-17 05:12
单细胞数据整合分析之寻找最近邻(k.anchor、k.filter、k.score、MNN)
首先第一步:找anchor我们在做整合分析的时候,对每个
seurat
对象都进行了Normalize和FindVariableFeatures,而找到的高变基因就是我们寻找anthor的基础。
追风少年i
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2022-02-16 19:32
Seurat
Weekly NO.07 || V4 新特性
SeuratWeeklyNO.2||我该如何取子集SeuratWeeklyNO.3||直接用
Seurat
画fig2SeuratWeeklyNO.4||高效数据管理SeuratWeeklyNO.5pseudocell
周运来就是我
·
2022-02-16 11:42
CellChat ||
Seurat
、scanpy单细胞数据构建CellChat对象
我们展示如何从其他现有的单细胞分析工具包(包括
Seurat
和Scanpy)中提取CellChat输入文件。
周运来就是我
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2022-02-16 05:18
使用Signac包进行单细胞ATAC-seq数据分析(一):Analyzing PBMC scATAC-seq
Signac是
Seurat
的一个扩展功能R包,可以用来分析、解释和探索单细胞染色质数据集。
Davey1220
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2022-02-15 08:59
常规做图收录
技巧系列截断types%gather(key=Gene_name,value=expression_levels,-pick_levels)colnames(new_data)%group_by(
seurat
_clusters
落寞的橙子
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2022-02-15 06:02
Seurat
Weekly NO.1 || 到底分多少个群是合适的?!
SeuratWeeklyNO.0||开刊词在过去的一周里
Seurat
社区在github总提问数由上周的3066上升到3090,当然有同一问题反复讨论的情况,也有之前的问题还有人再问的情况,总的来说上周其在
周运来就是我
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2022-02-15 05:24
单细胞转录组数据分析||
Seurat
新版教程:Differential expression testing
这个教程突出显示了在
Seurat
中执行差异表达式的一些示例工作流。出于演示目的,我们将使用第一个向导教程中创建的2700个PBMC对象。
周运来就是我
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2022-02-12 15:58
Seurat
官方教程1 | 整合受刺激与对照PBMC数据集
整合受刺激与对照PBMC数据集,以了解细胞类型特异性反应教程背景本教程介绍了康等人在2017年提出的两组pbmc。本实验将PBMCs分为受刺激组和对照组,受刺激组给予干扰素治疗。对干扰素的反应引起了细胞类型特异性基因表达的变化,这使得所有数据的联合分析变得困难,因为细胞会因刺激条件和细胞类型而聚集。这里,我们展示了斯图亚特和巴特勒等人(2018年)所述的整合策略,用于执行整合分析,以促进常见细胞类
ScorpioGirll
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2022-02-11 18:09
单细胞转录组数据分析||工具:loomR
我们注意到,即使在使用稀疏矩阵时,
Seurat
分析对于数据集>100,000个单元格也是具有挑战性的,这主要是由于在内存中存储完整数据集存在困难。
周运来就是我
·
2022-02-11 07:02
单细胞S4 对象学习
参考链接:送你个对象在
seurat
以及Monocle逐渐都采用SingleCellExperiment或者sce进行存储数据,这是单细胞分析中的非常常用的S4对象.https://osca.bioconductor.org
caokai001
·
2022-02-10 02:09
Seurat
4.0 ||单细胞多模态数据整合算法WNN
跟着
Seurat
团队学数学,从KNN到SNN到MNN到WNN,scRNA+时代与单细胞数据的统一场论。
周运来就是我
·
2022-02-09 16:39
Seurat
4.0 || 分析scRNA和膜蛋白数据
前情回顾
Seurat
4.0||单细胞多模态数据整合算法WNNSeurat4.0||单细胞数据分析工具箱有更新得益于单细胞多模态技术的发展,允许我们在单细胞水平从不同侧面考察细胞状态,如CITE-seq技术可以同时对单细胞转录组和膜蛋白进行定量
周运来就是我
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2022-02-09 14:34
单细胞转录组学习笔记-17-用
Seurat
包分析文章数据
刘小泽写于19.8.20-第三单元第十讲:使用
Seurat
包(2、3版本)笔记目的:根据生信技能树的单细胞转录组课程探索smart-seq2技术相关的分析技术课程链接在:http://jm.grazy.cn
夕颜00
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2022-02-09 08:46
趁热打铁--scRNA cell-type specific responses
在前面盲人摸象--singlecellsequencing的
Seurat
学习--详细版这篇文章之后,我膨胀了!
冻春卷
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2022-02-09 08:39
Seurat
4.0 ||单细胞数据分析工具箱有更新
单细胞数据分析工具箱
Seurat
,更新到了4.0版本(β版)。Integrativem
周运来就是我
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2022-02-09 08:23
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