seurat

单细胞分析实录(7): 差异表达分析/细胞类型注释

:认识CellHashing单细胞分析实录(2):使用CellRanger得到表达矩阵单细胞分析实录(3):CellHashing数据拆分单细胞分析实录(4):doublet检测单细胞分析实录(5):Seurat
TOP生物信息·2022-11-21 07:53

单细胞测序两组差异分析—seurat包

20210829修改之前是根据官网+别人帖子写的总结，自己做了一段时间，把之前的再完善一下尝试使用seurat包进行两组间差异分析使用的是seurat包自带的数据创建seurat对象#首先载入需要的包library
橙子榴莲巧克力·2022-11-21 07:44

单细胞分析：数据整合（九）

如果在Seurat对象
冷冻工厂·2022-11-20 21:48

SCTransform：单细胞样本的标准化

每次我在国内直接用这种方法下载数据集都没有成功，如上，下载安装包，本地安装：install.packages(“H:/singlecell/Seurat/stxBrain.SeuratData_0.1.1
YoungLeelight·2022-11-20 21:17

分泌蛋白基因列表下载

Single-CellReconstructionofProgressionTrajectoryRevealsInterventionPrinciplesinPathologicalCardiacHypertrophy的时候，看到如下使用Seurat
Hayley笔记·2022-11-20 16:46

Seurat打通单细胞常规流程

Seuratstandardpipeline(10核心流程)创建Seurat对象Read10XCreateSeuratObjecet质控PercentageFeatureSubjectsubset标准化
云养江停·2022-11-01 15:15

plot1cell：优雅的可视化你的单细胞数据

简介plot1cell包提供了多种单细胞数据可视化的高级功能，可以基于Seurat分析结果对象直接进行可视化绘图，主要依赖于SeuratV4，circlize，ComplexHeatmap和simplifyEnrichment
Davey1220·2022-10-31 08:59

【包】seurat-1 细胞分类

1.GuidedClusteringTutorialRead10X读来自10X的数据，读出来是行为特征，列为细胞的矩阵CreateSeuratObject构建seurat对象，用于后续分析（稀疏矩阵、节省空间
JamesMori·2022-10-30 11:47

Linux集群下安装Seurat/SeuratObject/rgeos出现configure: error: geos-config not found or not executable报错

1.报错在安装Seurat会出现如下核心报错：configure:error:geos-confignotfoundornotexecutable.2.原因尝试手动下载解压安装rgeos、从Github
纷纷不可诉·2022-10-26 19:24

单细胞多组学整合分析方法讨论

Seurat提供了scRNA-seqandscATAC-seq联合分析教程，以I
Evil_Genius·2022-10-17 17:38

单细胞多组学系列学习笔记汇总

image.png单细胞转录组数据分析Seurat包学习笔记Seurat包学习笔记（一）：GuidedClusteringTutorialimage.pngSeurat包学习笔记（二）：IntegrationandLabelTransferimage.pngSeurat
Davey1220·2022-10-13 18:38

2022-10-11早间新闻

这样我这种凑整点党可能会少拖拉一点习惯养成：咖啡少喝一点要不晚上睡不着觉学习·信息·阅读每工作50min休息十分钟上午：阅读笔记填写x1植物组会下午：阅读笔记填写x1英语课Python基础课，R语言和Seurat
Athena404·2022-10-11 09:04

单细胞-目录索引

本目录为单细胞相关分享索引，持续更新....1.上游数据处理01.单细胞测序上游-数据下载（适用于图形化界面）02.单细胞测序上游-从原始数据下载到cellranger定量2.单细胞下游分析01.单细胞入门-Seurat
科研小徐·2022-09-18 22:57

SCS【4】单细胞转录组数据可视化分析 (Seurat 4.0)

点击关注，桓峰基因桓峰基因的教程不但教您怎么使用，还会定期分析一些相关的文章，学会教程只是基础，但是如果把分析结果整合到文章里面才是目的，觉得我们这些教程还不错，并且您按照我们的教程分析出来不错的结果发了文章记得告知我们，并在文章中感谢一下我们哦！公司英文名称：KyohoGeneTechnology(Beijing)Co.,Ltd.桓峰基因公众号推出单细胞系列教程，有需要生信的老师可以联系我们！首
桓峰基因·2022-09-10 19:58

Integration and Label Transfer_FindTransferAnchors_TransferData_predictions.assay

https://satijalab.org/seurat/archive/v3.1/integration.htmlSeurat3引入了用于多个单细胞测序数据集进行整合分析的新方法。
YoungLeeyou·2022-09-08 04:34

Seurat 4.0 初探（Guided tutorial — 2,700 PBMCs）

学习Seurat官网https://satijalab.org/seurat/中的Seurat-GuidedClusteringTutorial（Compiled:January11,2022），记录学习笔记
林枫bioinfo·2022-08-24 18:27

单细胞 （小鼠）| 差异分析＋GSEA通路富集

教程：FindMarkers做差异分析默认就不会返回全部基因-腾讯云开发者社区-腾讯云(tencent.com)Seurat包的findmarkers函数只能根据划分好的亚群进行差异分析吗(qq.com
一只小脑斧·2022-07-06 21:02

柱状图 | 百分比柱状图

语言假设检验M39B_XUO}OBDEY~~DSSNIL9.png################一、从单细胞数据中取出信息cell<[email protected]<-cell[,c(5,15)]#seurat_cluster
一只小脑斧·2022-07-05 18:36

R画小提琴图看空间转录组表达基因数目

Rversion4.1.0>library(Seurat)>sce=readRDS('/GPFS/*/mouse/133TL_A5_bin50_QC.rds')>[email protected]>VlnPlot
SnorkelingFan凡潜·2022-07-03 22:08

Seurat整合scRNA-seq和scATAC-seq

单细胞转录组学已经改变了我们表征细胞状态的能力，但对生物学更深入的理解需要的不仅仅是对细胞进行简单分类。随着测量细胞不同维度信息的新方法的出现，一个关键的分析挑战是整合这些数据集以更好地了解细胞特性和功能。例如，用户可以在同一个生物系统上执行scRNA-seq和scATAC-seq实验，并使用同一组细胞类型标签一致地注释两个数据集。但由于以单细胞分辨率下收集到的基因组数据稀疏，而且scRNA-se
Hayley笔记·2022-07-01 10:45

单细胞RunPCA()结果解读+DimHeatmap的用法

单细胞绘图系列：Seurat绘图函数总结使用ggplot2优化Seurat绘图scRNAseq灵活的点图绘制：FlexDotPlot富集分析结果雷达图DoHeatmap的优化+ComplexHeatmap
Hayley笔记·2022-07-01 10:28

不同单细胞群之间的相关性分析

单细胞绘图系列：Seurat绘图函数总结使用ggplot2优化Seurat绘图scRNAseq灵活的点图绘制：FlexDotPlot富集分析结果雷达图DoHeatmap的优化+ComplexHeatmap
Hayley笔记·2022-07-01 10:51

Seurat的打分函数AddMouduleScore

在读张泽民老师发表的新冠文献的时候看到计算免疫细胞的cytokinescore或inflammatoryscore使用了Seurat包的AddMouduleScore函数，在计算细胞周期的CellCycleScoring
Hayley笔记·2022-07-01 10:40

富集分析结果雷达图

单细胞绘图系列：Seurat绘图函数总结使用ggplot2优化Seurat绘图scRNAseq灵活的点图绘制：FlexDotPlot在读文献Resolvingtheintertwiningofinflammationandfibrosisinhumanheartfailureatsingle-celllevel
Hayley笔记·2022-07-01 10:25

单细胞之富集分析-4：分组水平GSVA

单细胞富集分析系列：单细胞之富集分析-1：单细胞GSEA分析流程单细胞之富集分析-2：批量GSEA和GSVA分析单细胞之富集分析-3：GO和KEGG富集分析及绘图1.数据和基因集准备library(Seurat
Hayley笔记·2022-07-01 10:15

单细胞之富集分析-3：GO和KEGG富集分析及绘图

1.数据集准备library(Seurat)library(patchwork)library(clusterProfiler)library(org.Mm.eg.db)##加载小鼠li
Hayley笔记·2022-07-01 10:12

单细胞亚群差异基因火山图

单细胞绘图系列：Seurat绘图函数总结使用ggplot2优化Seurat绘图scRNAseq灵活的点图绘制：FlexDotPlot富集分析结果雷达图DoHeatmap的优化+ComplexHeatmap
Hayley笔记·2022-07-01 10:54

单细胞之轨迹分析-7：Seurat+scVelo

单细胞之轨迹分析-2：monocle2原理解读+实操单细胞之轨迹分析-3：monocle3单细胞之轨迹分析-4：scVelo单细胞之轨迹分析-5：slingshot单细胞之轨迹分析-6：velocyto.R+Seurat
Hayley笔记·2022-07-01 10:47

单细胞之轨迹分析-6：velocyto.R+Seurat

RNAvelocity单细胞之轨迹分析-2：monocle2原理解读+实操单细胞之轨迹分析-3：monocle3单细胞之轨迹分析-4：scVelo单细胞之轨迹分析-5：slingshot1.载入数据集，转换成Seurat
Hayley笔记·2022-07-01 10:41

单细胞分析之细胞注释-1：Azimuth

Azimuth：使用锚点整合的方法对单细胞类型进行预测，可以用于手动细胞注释结果的参考参考网站：https://satijalab.org/seurat/articles/multimodal_reference_mapping.htmlAzimuth
Hayley笔记·2022-07-01 10:58

Seurat之细胞周期评分

1.细胞周期背景介绍细胞周期(cellcycle)是指细胞从一次分裂完成开始到下一次分裂结束所经历的全过程，分为间期与分裂期两个阶段。在细胞周期过程中，细胞的遗传物质复制并均等地分配给两个子细胞。（一）间期间期又分为三期、即DNA合成前期（G1期）、DNA合成期（S期）与DNA合成后期（G2期）。1.G1期（firstgap）从有丝分裂到DNA复制前的一段时期，又称合成前期，此期主要合成RNA和核
Hayley笔记·2022-07-01 10:47

Seurat对象、SingleCellExperiment对象和scanpy对象的转化

Seurat官网：https://satijalab.org/seurat/articles/conversion_vignette.htmlSeuratobjects,SingleCellExperimentobjects
Hayley笔记·2022-07-01 10:36

单细胞实战2: Seurat+SingleR--从矩阵到细胞类型注释

单细胞数据标准分析Seurat流程：Seurat官网：https://satijalab.org/seurat/articles/get_started.html（官网教程极为详细，建议仔细反复阅读）建立
Hayley笔记·2022-07-01 10:26

单细胞实战1:两样本合并

从读取表达矩阵到建立seurat对象都在服务器上进行（文件太大）建立Seurat对象后，save.image，之后转移到电脑上操作。
Hayley笔记·2022-07-01 10:22

单细胞密度散点图的绘制

单细胞绘图系列：Seurat绘图函数总结使用ggplot2优化Seurat绘图scRNAseq灵活的点图绘制：FlexDotPlot富集分析结果雷达图DoHeatmap的优化+ComplexHeatmap
Hayley笔记·2022-07-01 10:17

桑基图：不同分辨率下的细胞分群可视化

单细胞绘图系列：Seurat绘图函数总结使用ggplot2优化Seurat绘图scRNAseq灵活的点图绘制：FlexDotPlot富集分析结果雷达图DoHeatmap的优化+ComplexHeatmap
Hayley笔记·2022-07-01 10:09

DoHeatmap的优化+ComplexHeatmap绘制带特定基因的单细胞热图

单细胞绘图系列：Seurat绘图函数总结使用ggplot2优化Seurat绘图scRNAseq灵活的点图绘制：FlexDotPlot富集分析结果雷达图1.使用DoHeatmap绘制Seurat自带热图library
Hayley笔记·2022-07-01 10:05

scRNAseq灵活的点图绘制：FlexDotPlot

单细胞绘图系列：Seurat绘图函数总结使用ggplot2优化Seurat绘图在读NatMed一篇文献Asingle-cellatlasoftheperipheralimmuneresponseinpatientswithsevereCOVID
Hayley笔记·2022-07-01 10:01

Seurat绘图函数总结（更新版）

更多重要函数见：Seurat重要命令汇总Seurat绘图函数总结在使用R语言进行单细胞数据的分析和处理时，除了优秀的绘图包ggplot2以外，Seurat也自带一些优秀的可视化工具，可以用于各种图形绘制
Hayley笔记·2022-07-01 10:52

Seurat重要命令汇总

参考：https://satijalab.org/seurat/articles/essential_commands.html⚠️⚠️1.Seurat标准工作流程读入数据->构建Seurat对象->归一化
Hayley笔记·2022-07-01 10:47

R语言rhdf5读写hdf5并展示文件组织结构和索引数据

（注：在Seurat包中有现成的函数Seurat::
·2022-06-27 14:26

Seurat的三种单细胞数据整合方法汇总（批次校正）2022-05-24

关键词批次效应批次校正单细胞数据整合适用背景单细胞数据由于实验平台或样本等原因会造成不同数据集之间存在批次效应，这种批次效应是人为因素造成的，没有实际的生物学意义，可能对研究结果产生极大影响。批次效应可由聚类结果确定，如果聚类出的某些亚群绝大部分都来自同一个样本一般就认为存在批次效应，因此需要进行批次校正。本文总结了三种常用的整合方法代码：CCA，SCTransform和Harmony。方法一CC
黄甫一·2022-06-23 13:51

rna聚类分析_实验记录11：scanpy对scRNA-seq数据的聚类分析

R在读取和处理数据的过程中会将所有的变量和占用都储存在RAM当中，这样一来，对于海量的单细胞RNA-seq数据(尤其是超过250k的细胞量)，即使在服务器当中运行，Seurat、metacell、monocle
l鲁波波·2022-06-12 19:04

paul15数据集scanpy和Seurat可视化

pythonimportscanpyasscadata=sc.datasets.paul15()sc.pp.normalize_per_cell(adata,counts_per_cell_after=1e4)#这一部也是需要加入进去的。sc.pp.filter_genes(adata,min_cells=1)sc.pp.filter_genes_dispersion(adata,n_top_ge
qq_45759229·2022-06-12 19:01

gitto-page enrichment

Giotto||空间表达数据分析工具箱20Seurat新版教程：分析空间转录组数据（上）Seurat新版教程：分析空间转录组数据（下）scanpy教程：空间转录组数据分析10XVisium:空间转录组样本制备到数据分析空间信息在空间转录组中的运用
youngleeyoung·2022-06-12 19:01

10w+细胞数的项目Seurat分析很慢，我推荐你scanpy

单细胞的测序自2009年开始，短短十几年的时间呈现爆发式的增长与普及，其在科研、医疗、诊断等多个领域发挥了重要的作用。单细胞的捕获细胞数随着各种技术的迭代，从最开始的Smart-seq近百个细胞的捕获通量增加到10Xgenomics捕获近万个细胞。通过使用纳米芯片等技术，细胞数有了巨大的提升。最近研究中的的原位条形码技术是的捕获的量级达到了十万级的水平。并且，根据10X官方的介绍，今年下半年预期会
菌小落·2022-06-12 19:59

Linux R语言打开.h5文件异常

6月10日从GEO数据库下载了作者上传的表达矩阵h5格式文件，需用从中提取出表达矩阵然后重构Seurat分析对象；该exp_matrix.hdf5文件在我的Window系统上，可以通过rhdf5::H5Fopen
倪桦·2022-06-10 18:12

单细胞测序分析学习笔记

看到的各位小伙伴有更好的操作欢迎随时交流~1.创建R4.0以上的conda环境[1]：condacreate--nameR--channelconda-forge"r-base>=4.0.3"r-devtools2.安装Seurat-Installthedevelopmentalversion
不想透明的小透明·2022-06-04 14:10

Seurat数据结构学习.1

Seurat.obj.v3.pngSeurat对象中的Assay:####################################################################
倪桦·2022-05-23 14:47

单细胞上游分析

从原始数据——得到文件夹filtered_gene_bc_matrices【其中包含barcodes.tsv.gz、features.tsv.gz、matrix.mtx.gz，是下游Seurat、Scater
FionaMoon·2022-05-09 22:41
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