基因本体论（Gene Ontology）
首先，基因本体论（Gene Ontology）和基因文库不是同一概念。
我从下面几个方面讲一下GO的一些概 念和基本方法（感谢刘老师提供的资料）：
1. Ontology(本体)的定义
2. 为什么要使用Gene Ontology
3. GO 概念、术语
4. GO 关系
5. GO 公理
6. GO 数据库简介
7. GO 注释方法
8. GO相关分析软件
1. Ontology(本体)的定义 什么叫本体？
本体是指是在一定知识范围内，对所谈论的一组概念，对它们给出一种语义约定。
Gruber提出了一种四元素表示方法，即一个本体中的四个主要元素是：
概念(concepts)
关系(relations)
实例(instances)
公理(axioms) 也就是说对于一个本体而言，至少需要这四个元素来构成；我们的基因本体（Gene Ontology）也遵循这 个原则。
2. 为什么要使用Gene Ontology 为了查找某个研究领域的相关信息，生物学家往往要花费大量的时间，
更糟糕的是，不同的生物学数据库 可能会使用不同的术语，
好比是一些方言一样，这让信息查找更加麻烦，尤其是使得机器查找无章可循。
Gene Ontology（GO）就是为了解决这种问题而发起的一个项目。
3. GO 概念、术语
Gene Ontology中最基本的概念是 term 。
GO里面的每一个entry都有一个唯一的数字标记，形如 GO: nnnnnnn，还有一个term名，比如 "cell", "fibroblast growth factor receptor binding"，或者 "signal transduction"。
每个term都属于一个ontology，总共有三个ontology，它们分别是molecular function, cellular component和biological process。
4. GO 关系
Gene Ontology的结构是一个有向无环图，有点类似于分类树，不同点在于Gene Ontology 的结构中一 个 term可以有不止一个parent
**GO term关系 **
GO的本体被构造为有向无环图，其中术语作为图中的节点，并且术语之间的关系作为边缘。 正如每个术 语被定义一样，因此GO术语之间的关系也被分类和定义。
主要的关系有以下几种：
is a
part of
regulates
negatively regulates
positively regulates
occurs_in
has_part
5. GO 公理
A is a B
B is part of C
we can infer that A is part of C
is a * part of → part of
is a * is a → is a
part of * part of → part of
part of * is a → part of
is a * part of → part of
part of * is a
part of * have part
has part * has part → has part
has part * is a → has part
is a * has part → has part
B regulate A; some A regulated by B
positively regulates and negatively regulates
is a * regulates → regulates
regulates * is a → regulates
regulates * part of → regulates
regulates * part of → regulates
part of * regulates → ???
regulates * regulates → ???
6. GO 数据库简介
Download Ontology
GO数据库包括了下面三个主要的文件：
go-basic.obo
is_a, part_of, regulates, negatively_regulates and positively_regulates excludes relationships that cross the 3 main GO hierarchies
go.obo go.owl
includes has_part occurs_in
go-plus.owl
includes cross ontology relationships ChEBI, cell ontology and Uberon
GO slim：
cut-down versions of the GO ontologies containing a subset of the terms in the whole GO
7. GO 注释方法
GO官方下载 geneontology.org/page/d
1.基因组数据库注释 Ensemble - BioMart
2.基因数据库JGI phytozome(植物)
3.利用GO与其他数据库映射文件 Download Mappings
4、利用Blast2GO及对应数据库进行注释
数据库来源
? NCBI gene_info
? NCBI gene2accession
? PIR idmapping
? geneontology assocdb-data
8. GO相关分析软件
1.Gene Ontology 有向无环图
amigo2
AmiGO 2: Visualize
2.EMBL-EBI QuickGO
GO Slims and GO Term Comparison
3.Gene Ontology 分类 富集 - PANTHER
PANTHER - Gene List Analysis