- python画出分子化学空间分布(UMAP)
Sakaiay
python
利用umap画出分子化学空间分布图安装pipinstallumap-learn下面是用一个数据集举的例子importtorchimportumapimportpandasaspdimportnumpyasnpimportmatplotlib.pyplotaspltimportseabornassnsfromsklearn.manifoldimportTSNEfromrdkit.Chemimport
- python版本3.7情况下安装rdkit,torch_geometric,numpy的过程
CWQF-T
pythonnumpy深度学习
前言在上一篇中,我是在anaconda自带的python3.9的环境下安装的torch_geometric,相对来说步骤比较少,一个下午就安装好了,但是在最近接触的一篇论文中需要用到rdkit这个包,我尝试在这个虚拟环境下安装,但是出现了如下提示,表示此包和python3.9不适配-rdkit->python[version='2.7.*|3.5.*|3.6.*|>=2.7,=3.5,=3.6,=
- rdkit安装
qq_46572534
深度学习pythonanaconda
不夸张,我用过最香的rdkit安装引用:https://anaconda.org/rdkit/rdkit
- rdkit 小分子库安装使用;PyRosetta大分子库安装
loong_XL
知识点CADD/AIDDpythonpycharm开发语言
1、rdkit安装使用使用教程参考:https://sites.google.com/view/ml-basics/dealing-with-moleculesgithub地址:https://github.com/rdkit/rdkit1)pip安装python-mpipinstallrdkitpython-c"fromrdkitimportChem;print(Chem.MolToMolBlo
- pthon3.8版本之后rdkit安装之后缺少dll文件的问题
Ai_Chem
python
pthon3.8版本之后rdkit安装之后缺少dll文件的问题描述原因解决方法描述出现:fromrdkit.Chem.rdmolfilesimport*ImportError:DLLloadfailedwhileimportingrdmolfiles:找不到指定的程序。原因使用下面两种方法都是安装的之前版本的rdkit,python3.8之后现在应该是叫rdkit-pypi//两种出错的安装方式c
- RDkit的安装
Alkaid路
conda
首先在官网找到安装教程https://www.rdkit.org/docs/Install.html:2.提示需要更新conda,输入y,回车;3.更新完毕后激活刚刚创建的虚拟环境;4.检验rdkit是否安装成功:输入python进入python环境;importrdkitrdkit.__version__安装成功
- 【RDKit】关于RDKit安装问题,python兼容性问题(最后有RDKit的正确安装方法)
DJ.马
RDKitpython开发语言
//两种出错的安装方式condainstall-cconda-forgerdkitcondainstall-crdkitrdkit使用上面两种方法安装会出现如下报错:fromrdkit.Chem.rdmolfilesimport*ImportError:DLLloadfailedwhileimportingrdmolfiles:找不到指定的程序。切记不要直接conda安装使用下面两种方法都是安装的
- Pycharm使用Conda创建的新环境,并使用terminal下载rdkit
贩卖梦境
RNN用于分子生成pythonanacondapycharm
1.配置anaconda环境变量已经下载安装好anaconda之后,没有添加系统变量,找不到位置,所有系统无法识别conda命令。添加对应的Anaconda环境变量:(以自己的anaconda安装路径为准)D:\programe\anaconda;D:\programe\anaconda\Library\mingw-w64\bin;D:\programe\anaconda\Library\usr\
- 一起学 RDKit Cookbook (1)
wufeil
药物设计rdkitpython机器学习深度学习
这部分内容来自于RDKIT的简单教程:https://www.rdkit.org/docs/Cookbook.htmlRDKIT算是化学生物的神器了,以前每一次都是即时查接口,现在按照这个简易教程走一遍,增加感觉。最好的办法就是全程过一遍。当然啦,在这些过程中,也有我自己对RDKit的一些理解吧。如果有不对的地方,请多多指正!一、画分子Chem.MolFromSmiles()输入的字符串是SMIL
- 机器学习模型的超参数优化用于分子性质预测
wufeil
药物设计机器学习深度学习python
在《预测化学分子的nlogP——基于sklearn,deepchem,DGL,Rdkit的图卷积网络模型》中简单介绍了sklearn模型的使用方法。现在来介绍一下,如何对sklearn模型进行超参数优化。要想获得更好的模型,离不开超参数优化。这里的目的是:示例使用交叉验证结合网格搜索,对机器学习模型进行超参数优化。一、导入相关模块主要是pandas和sklearn的模型及模型评价指标。import
- DeepPurpose 生物化学深度学习库;蛋白靶点小分子药物对接亲和力预测虚拟筛选
loong_XL
CADD/AIDD深度学习人工智能CADD药物对接药物筛选
参考:https://blog.csdn.net/c9Yv2cf9I06K2A9E/article/details/107649770https://github.com/kexinhuang12345/DeepPurpose##安装pipinstallDeepPurposerdkitDeepPurpose包括:数据:关联TDC库下载,是同一作者开发的https://blog.csdn.net/w
- rdkit&networkx | smiles与graph与邻接矩阵相互转换
ASKCOS
AIDDCADD化学生物
fromrdkitimportrdBase,Chemfromrdkit.ChemimportAllChem,Drawfromrdkit.Chem.DrawimportrdMolDraw2DfromIPython.displayimportSVGfrommatplotlib.colorsimportColorConverterimportnetworkxasnximportargparse
- rdkit&python | 标准化检查分子正确性
ASKCOS
AIDDCADD化学生物pythonrdkit
分子结构处理MolecularSanitization默认情况下,RDKit读入分子的时候会进行分子结构检查处理(MolecularSanitization)。结构处理的过程中会自动计算一些有用信息,如杂化、环信息等,保证分子的结构在化学上是合理的:价键合理。Sanitization的检查过程,包含11步。clearComputedProps:清除已有的分子、原子、键的计算性质,如Thisstep
- rdkit&python | 修正化合物中原子价态错误
ASKCOS
AIDDCADD化学生物
错误smiles价态纠正mol=Chem.MolFromSmiles('C[CH2+]1(C#N)CC1')RDKitERROR:[08:03:09]Explicitvalenceforatom#1C,5,isgreaterthanpermittedBOND_TYPE=[0,Chem.rdchem.BondType.SINGLE,Chem.rdc
- rdkit&nlp | smiles数据扩增与smiles标准化
ASKCOS
AIDDCADD化学生物python自然语言处理pytorch
fromrdkitimportChemfromrdkit.Chem.DrawimportIPythonConsolesmi='CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O'mol=Chem.MolFromSmiles(smi)用doRandom产生随机smilesrandom_equivalent_smiles=Ch
- rdkit&python | 消除smiles中的立体结构信息
ASKCOS
AIDDCADD化学生物pythonrdkit
fromrdkitimportChemsmi='CCC/C=C/CC'm=Chem.MolFromSmiles(smi)Chem.MolToSmiles(m,isomericSmiles=False)‘CCC=CCCC’smi='CCCC[C@@H](I)C'm=Chem
- rdkit&python | 基于类药性规则对分子进行筛选
ASKCOS
AIDDCADD化学生物化学信息学
类药性类药性指化合物与已知药物的相似性。具有类药性的化合物并不是药物,但是具有成为药物的可能,这一类化合物称为类药性分子或药物类似物分子。类药性是一个模糊的概念,在药物研发中,类药性研究基于先导化合物之上,可以说类药性分子是高质量的先导化合物。Lipinski五规则类药五原则,是辉瑞公司资深药物化学家ChristopherA.Lipinski在1997年提出的筛选类药分子的基本法则,符合Lipin
- rdkit&python | 超全化合物分子清理方法
ASKCOS
AIDDCADD化学生物rdkit生物信息学化学信息学
分子结构处理MolecularSanitization默认情况下,RDKit读入分子的时候会进行分子结构检查处理(MolecularSanitization)。结构处理的过程中会自动计算一些有用信息,如杂化、环信息等,保证分子的结构在化学上是合理的:价键合理。Sanitization的检查过程,包含11步。clearComputedProps:清除已有的分子、原子、键的计算性质,如Thisstep
- chemoinformatics&python | 化学信息学软件包安装方法集合
ASKCOS
AIDDCADD化学生物RDKit化学信息学
rdkit化学信息学condainstall-cconda-forgerdkitcondainstall-crdkitrdkitpipinstallrdkit-pypi谷歌colab上安装rdkit!curl-Lordkit_installer.pyhttps://git.io/fxiPZimportrdkit_installer%timerdkit_installer.install()indi
- rdkit&python | 分子3D构象与结构优化与描述符计算
ASKCOS
AIDDCADD化学生物rdkitAIpython化学
导入库fromrdkit.ChemimportAllChemfromrdkit.Chem.DescriptorsimportrdMolDescriptorsfromrdkitimportChemfromrdkit.Chem.DrawimportIPythonConsolesmi="COC(=O)Cc1cc(F)cc2c1[C@@H](C)CO2"mol=Chem.MolFromSmile
- nginx django uwsgi配置记录
张大铁
1.配置python环境,MySQL,安装依赖pipinstalldjangosklearnpandasrdkit-pypimysqlclientuwsgi2.安装nginx在nginx下载,编译tarxvfnginx-1.21.3.tar.gzcdnginx-1.21.3/./configure#默认安装路径/usr/local/nginxmakemakeinstall3.配置nginx,启动n
- 【RDKit】化学指纹(fingerprint)
DJ.马
RDKitpython开发语言
转载自:Rdkit|化学指纹(fingerprint)_rdkit分子指纹_发呆的比目鱼的博客-CSDN博客Rdkit|化学指纹(fingerprint)化学指纹(fingerprint)RDKit中还有许多其他类型的分子指纹可供选择,以下是其中几个常见的分子指纹类型:Morgan指纹(Circularfingerprints):基于分子的拓扑结构和半径参数生成的二进制指纹,可以用于描述分子的结
- RDkit | 安装报错及使用
跳动的喵尾巴
Rpython问题汇总r语言python
关于RDKit的学习及介绍:RDKit安装基础教程:[GettingStartedwithRDKitinPython]RDkit四:数据处理过程中smiles编码的清洗统一化reticulate-RInterfacetoPython在RStudio中加载rdkit.Chem和rdkit.Chem.rdmolops时,报错,根据保存内容提示,是需要先安装python的,具体安装及设置参考:Pytho
- RDkit四:数据处理过程中smiles编码的清洗统一化
随便叫点什么……
RDkit数据挖掘人工智能
之前写过一篇博客介绍smiles编码,smart编码及摩根指纹(ECFP):(1条消息)RDkit:介绍smiles编码,smart编码及摩根指纹(ECFP)_随便叫点什么……的博客-CSDN博客smiles编码具有唯一性:每个SMILES编码对应唯一一个化学结构,刚刚接触smiles编码的时候一定会有这样的疑问,为什么同一个化学分子smiles编码有多种表示形式:c1cccc(c1OC(=O)C
- RDKit:基于分子文件输出分子结构
AspirinCode
#!/usr/bin/python3fromrdkitimportChemfromrdkit.ChemimportDrawspl=Chem.SDMolSupplier('molecules.sdf')#读入分子库mols=[]formolinspl:mols.append(mol)#获取前十个分子mols=mols[:10]#输出分子结构img=Draw.MolsToGridImage(mols,
- python argument types in rdkit.chem.rdmolfiles.moltosmiles(nonetype) did not match c++ signature
Mr John
python
运行rdkit时报如下错误:pythonargumenttypesinrdkit.chem.rdmolfiles.moltosmiles(nonetype)didnotmatchc++signature出现问题时首先分析可能的报错原因rdkit包出现错误,这时候需要卸除原来的rdkit包,并安装新的包待处理的mol文件格式有错误,如果报这个错误就需要查看文件的错误注意:切记不要一报错就认为是软件包
- rdkit bug: ArgumentError: Python argument types did not match C++ signature
药学人的AI世界
python
condaforge重装rdkit解决方案参考链接:ArgumentError:Pythonargumenttypesinrdkit.Chem.rdMolDescriptors.CalcCrippenDescriptors(NoneType)didnotmatchC++signature:·Issue#87·rdkit/conda-rdkit(github.com)
- `OSError: file error: bad input file` in RDkit with .sdf file
R$refresh
DebugOSError
在我用RDKit读取SDF文件时出现,但是本质上是因为路径不对。所以,在出现OSError:fileerror:badinputfile时,仔细检查输入文件的路径参考https://stackoom.com/question/3l8zb
- RDKit新手入门
AIDD Learning
RDKit机器学习笔记python机器学习
RDKit新手入门一、RDKit是什么?开源的化学信息工具包采用了商业友好的BSD协议核心数据结构和算法用C++实现通过Boost.Python技术对RDKit进行封装,提供Python2/Python3的接口通过SWIG技术提供Java和C#接口提供了大量对化学分子2D/3D的计算操作生成用于机器学习的分子描述符基于PostgreSQL搭建分子数据库KNIME中的化学信息计算支持(https:/
- RDKit(2023.09.1 )环系统模板
DrugAI
RDKit化学信息学与AIpythonRDKit化学信息学
环境Python3.9RDKit2023.09.1fromrdkitimportChemfromrdkit.ChemimportrdDepictorfromrdkit.ChemimportDrawfromrdkit.Chem.DrawimportIPythonConsoleIPythonConsole.ipython_useSVG=True%matplotlibinlineimportrdkitp
- scala的option和some
矮蛋蛋
编程scala
原文地址:
http://blog.sina.com.cn/s/blog_68af3f090100qkt8.html
对于学习 Scala 的 Java™ 开发人员来说,对象是一个比较自然、简单的入口点。在 本系列 前几期文章中,我介绍了 Scala 中一些面向对象的编程方法,这些方法实际上与 Java 编程的区别不是很大。我还向您展示了 Scala 如何重新应用传统的面向对象概念,找到其缺点
- NullPointerException
Cb123456
androidBaseAdapter
java.lang.NullPointerException: Attempt to invoke virtual method 'int android.view.View.getImportantForAccessibility()' on a null object reference
出现以上异常.然后就在baidu上
- PHP使用文件和目录
天子之骄
php文件和目录读取和写入php验证文件php锁定文件
PHP使用文件和目录
1.使用include()包含文件
(1):使用include()从一个被包含文档返回一个值
(2):在控制结构中使用include()
include_once()函数需要一个包含文件的路径,此外,第一次调用它的情况和include()一样,如果在脚本执行中再次对同一个文件调用,那么这个文件不会再次包含。
在php.ini文件中设置
- SQL SELECT DISTINCT 语句
何必如此
sql
SELECT DISTINCT 语句用于返回唯一不同的值。
SQL SELECT DISTINCT 语句
在表中,一个列可能会包含多个重复值,有时您也许希望仅仅列出不同(distinct)的值。
DISTINCT 关键词用于返回唯一不同的值。
SQL SELECT DISTINCT 语法
SELECT DISTINCT column_name,column_name
F
- java冒泡排序
3213213333332132
java冒泡排序
package com.algorithm;
/**
* @Description 冒泡
* @author FuJianyong
* 2015-1-22上午09:58:39
*/
public class MaoPao {
public static void main(String[] args) {
int[] mao = {17,50,26,18,9,10
- struts2.18 +json,struts2-json-plugin-2.1.8.1.jar配置及问题!
7454103
DAOspringAjaxjsonqq
struts2.18 出来有段时间了! (貌似是 稳定版)
闲时研究下下! 貌似 sruts2 搭配 json 做 ajax 很吃香!
实践了下下! 不当之处请绕过! 呵呵
网上一大堆 struts2+json 不过大多的json 插件 都是 jsonplugin.34.jar
strut
- struts2 数据标签说明
darkranger
jspbeanstrutsservletScheme
数据标签主要用于提供各种数据访问相关的功能,包括显示一个Action里的属性,以及生成国际化输出等功能
数据标签主要包括:
action :该标签用于在JSP页面中直接调用一个Action,通过指定executeResult参数,还可将该Action的处理结果包含到本页面来。
bean :该标签用于创建一个javabean实例。如果指定了id属性,则可以将创建的javabean实例放入Sta
- 链表.简单的链表节点构建
aijuans
编程技巧
/*编程环境WIN-TC*/ #include "stdio.h" #include "conio.h"
#define NODE(name, key_word, help) \ Node name[1]={{NULL, NULL, NULL, key_word, help}}
typedef struct node { &nbs
- tomcat下jndi的三种配置方式
avords
tomcat
jndi(Java Naming and Directory Interface,Java命名和目录接口)是一组在Java应用中访问命名和目录服务的API。命名服务将名称和对象联系起来,使得我们可以用名称
访问对象。目录服务是一种命名服务,在这种服务里,对象不但有名称,还有属性。
tomcat配置
- 关于敏捷的一些想法
houxinyou
敏捷
从网上看到这样一句话:“敏捷开发的最重要目标就是:满足用户多变的需求,说白了就是最大程度的让客户满意。”
感觉表达的不太清楚。
感觉容易被人误解的地方主要在“用户多变的需求”上。
第一种多变,实际上就是没有从根本上了解了用户的需求。用户的需求实际是稳定的,只是比较多,也比较混乱,用户一般只能了解自己的那一小部分,所以没有用户能清楚的表达出整体需求。而由于各种条件的,用户表达自己那一部分时也有
- 富养还是穷养,决定孩子的一生
bijian1013
教育人生
是什么决定孩子未来物质能否丰盛?为什么说寒门很难出贵子,三代才能出贵族?真的是父母必须有钱,才能大概率保证孩子未来富有吗?-----作者:@李雪爱与自由
事实并非由物质决定,而是由心灵决定。一朋友富有而且修养气质很好,兄弟姐妹也都如此。她的童年时代,物质上大家都很贫乏,但妈妈总是保持生活中的美感,时不时给孩子们带回一些美好小玩意,从来不对孩子传递生活艰辛、金钱来之不易、要懂得珍惜
- oracle 日期时间格式转化
征客丶
oracle
oracle 系统时间有 SYSDATE 与 SYSTIMESTAMP;
SYSDATE:不支持毫秒,取的是系统时间;
SYSTIMESTAMP:支持毫秒,日期,时间是给时区转换的,秒和毫秒是取的系统的。
日期转字符窜:
一、不取毫秒:
TO_CHAR(SYSDATE, 'YYYY-MM-DD HH24:MI:SS')
简要说明,
YYYY 年
MM 月
- 【Scala六】分析Spark源代码总结的Scala语法四
bit1129
scala
1. apply语法
FileShuffleBlockManager中定义的类ShuffleFileGroup,定义:
private class ShuffleFileGroup(val shuffleId: Int, val fileId: Int, val files: Array[File]) {
...
def apply(bucketId
- Erlang中有意思的bug
bookjovi
erlang
代码中常有一些很搞笑的bug,如下面的一行代码被调用两次(Erlang beam)
commit f667e4a47b07b07ed035073b94d699ff5fe0ba9b
Author: Jovi Zhang <
[email protected]>
Date: Fri Dec 2 16:19:22 2011 +0100
erts:
- 移位打印10进制数转16进制-2008-08-18
ljy325
java基础
/**
* Description 移位打印10进制的16进制形式
* Creation Date 15-08-2008 9:00
* @author 卢俊宇
* @version 1.0
*
*/
public class PrintHex {
// 备选字符
static final char di
- 读《研磨设计模式》-代码笔记-组合模式
bylijinnan
java设计模式
声明: 本文只为方便我个人查阅和理解,详细的分析以及源代码请移步 原作者的博客http://chjavach.iteye.com/
import java.util.ArrayList;
import java.util.List;
abstract class Component {
public abstract void printStruct(Str
- 利用cmd命令将.class文件打包成jar
chenyu19891124
cmdjar
cmd命令打jar是如下实现:
在运行里输入cmd,利用cmd命令进入到本地的工作盘符。(如我的是D盘下的文件有此路径 D:\workspace\prpall\WEB-INF\classes)
现在是想把D:\workspace\prpall\WEB-INF\classes路径下所有的文件打包成prpall.jar。然后继续如下操作:
cd D: 回车
cd workspace/prpal
- [原创]JWFD v0.96 工作流系统二次开发包 for Eclipse 简要说明
comsci
eclipse设计模式算法工作swing
JWFD v0.96 工作流系统二次开发包 for Eclipse 简要说明
&nb
- SecureCRT右键粘贴的设置
daizj
secureCRT右键粘贴
一般都习惯鼠标右键自动粘贴的功能,对于SecureCRT6.7.5 ,这个功能也已经是默认配置了。
老版本的SecureCRT其实也有这个功能,只是不是默认设置,很多人不知道罢了。
菜单:
Options->Global Options ...->Terminal
右边有个Mouse的选项块。
Copy on Select
Paste on Right/Middle
- Linux 软链接和硬链接
dongwei_6688
linux
1.Linux链接概念Linux链接分两种,一种被称为硬链接(Hard Link),另一种被称为符号链接(Symbolic Link)。默认情况下,ln命令产生硬链接。
【硬连接】硬连接指通过索引节点来进行连接。在Linux的文件系统中,保存在磁盘分区中的文件不管是什么类型都给它分配一个编号,称为索引节点号(Inode Index)。在Linux中,多个文件名指向同一索引节点是存在的。一般这种连
- DIV底部自适应
dcj3sjt126com
JavaScript
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml&q
- Centos6.5使用yum安装mysql——快速上手必备
dcj3sjt126com
mysql
第1步、yum安装mysql
[root@stonex ~]# yum -y install mysql-server
安装结果:
Installed:
mysql-server.x86_64 0:5.1.73-3.el6_5 &nb
- 如何调试JDK源码
frank1234
jdk
相信各位小伙伴们跟我一样,想通过JDK源码来学习Java,比如collections包,java.util.concurrent包。
可惜的是sun提供的jdk并不能查看运行中的局部变量,需要重新编译一下rt.jar。
下面是编译jdk的具体步骤:
1.把C:\java\jdk1.6.0_26\sr
- Maximal Rectangle
hcx2013
max
Given a 2D binary matrix filled with 0's and 1's, find the largest rectangle containing all ones and return its area.
public class Solution {
public int maximalRectangle(char[][] matrix)
- Spring MVC测试框架详解——服务端测试
jinnianshilongnian
spring mvc test
随着RESTful Web Service的流行,测试对外的Service是否满足期望也变的必要的。从Spring 3.2开始Spring了Spring Web测试框架,如果版本低于3.2,请使用spring-test-mvc项目(合并到spring3.2中了)。
Spring MVC测试框架提供了对服务器端和客户端(基于RestTemplate的客户端)提供了支持。
&nbs
- Linux64位操作系统(CentOS6.6)上如何编译hadoop2.4.0
liyong0802
hadoop
一、准备编译软件
1.在官网下载jdk1.7、maven3.2.1、ant1.9.4,解压设置好环境变量就可以用。
环境变量设置如下:
(1)执行vim /etc/profile
(2)在文件尾部加入:
export JAVA_HOME=/home/spark/jdk1.7
export MAVEN_HOME=/ho
- StatusBar 字体白色
pangyulei
status
[[UIApplication sharedApplication] setStatusBarStyle:UIStatusBarStyleLightContent];
/*you'll also need to set UIViewControllerBasedStatusBarAppearance to NO in the plist file if you use this method
- 如何分析Java虚拟机死锁
sesame
javathreadoracle虚拟机jdbc
英文资料:
Thread Dump and Concurrency Locks
Thread dumps are very useful for diagnosing synchronization related problems such as deadlocks on object monitors. Ctrl-\ on Solaris/Linux or Ctrl-B
- 位运算简介及实用技巧(一):基础篇
tw_wangzhengquan
位运算
http://www.matrix67.com/blog/archives/263
去年年底写的关于位运算的日志是这个Blog里少数大受欢迎的文章之一,很多人都希望我能不断完善那篇文章。后来我看到了不少其它的资料,学习到了更多关于位运算的知识,有了重新整理位运算技巧的想法。从今天起我就开始写这一系列位运算讲解文章,与其说是原来那篇文章的follow-up,不如说是一个r
- jsearch的索引文件结构
yangshangchuan
搜索引擎jsearch全文检索信息检索word分词
jsearch是一个高性能的全文检索工具包,基于倒排索引,基于java8,类似于lucene,但更轻量级。
jsearch的索引文件结构定义如下:
1、一个词的索引由=分割的三部分组成: 第一部分是词 第二部分是这个词在多少