RDkit

python画出分子化学空间分布（UMAP）

importtorchimportumapimportpandasaspdimportnumpyasnpimportmatplotlib.pyplotaspltimportseabornassnsfromsklearn.manifoldimportTSNEfromrdkit.Chemimport
Sakaiay·2024-09-15 21:58

python版本3.7情况下安装rdkit，torch_geometric，numpy的过程

前言在上一篇中，我是在anaconda自带的python3.9的环境下安装的torch_geometric，相对来说步骤比较少，一个下午就安装好了，但是在最近接触的一篇论文中需要用到rdkit这个包，我尝试在这个虚拟环境下安装
CWQF-T·2024-01-26 19:54

rdkit安装

不夸张，我用过最香的rdkit安装引用：https://anaconda.org/rdkit/rdkit
qq_46572534·2024-01-26 19:24

rdkit 小分子库安装使用；PyRosetta大分子库安装

1、rdkit安装使用使用教程参考：https://sites.google.com/view/ml-basics/dealing-with-moleculesgithub地址：https://github.com
loong_XL·2024-01-26 19:24

pthon3.8版本之后rdkit安装之后缺少dll文件的问题

pthon3.8版本之后rdkit安装之后缺少dll文件的问题描述原因解决方法描述出现：fromrdkit.Chem.rdmolfilesimport*ImportError:DLLloadfailedwhileimportingrdmolfiles
Ai_Chem·2024-01-26 19:24

RDkit的安装

首先在官网找到安装教程https://www.rdkit.org/docs/Install.html：2.提示需要更新conda，输入y，回车；3.更新完毕后激活刚刚创建的虚拟环境；4.检验rdkit是否安装成功
Alkaid路·2024-01-26 19:52

【RDKit】关于RDKit安装问题，python兼容性问题（最后有RDKit的正确安装方法）

//两种出错的安装方式condainstall-cconda-forgerdkitcondainstall-crdkitrdkit使用上面两种方法安装会出现如下报错：fromrdkit.Chem.rdmolfilesimport
DJ.马·2024-01-26 19:51

Pycharm使用Conda创建的新环境，并使用terminal下载rdkit

1.配置anaconda环境变量已经下载安装好anaconda之后，没有添加系统变量，找不到位置，所有系统无法识别conda命令。添加对应的Anaconda环境变量：（以自己的anaconda安装路径为准）D:\programe\anaconda;D:\programe\anaconda\Library\mingw-w64\bin;D:\programe\anaconda\Library\usr\
贩卖梦境·2024-01-19 16:49

一起学　RDKit Cookbook (1)

这部分内容来自于RDKIT的简单教程：https://www.rdkit.org/docs/Cookbook.htmlRDKIT算是化学生物的神器了，以前每一次都是即时查接口，现在按照这个简易教程走一遍
wufeil·2024-01-12 04:26

机器学习模型的超参数优化用于分子性质预测

在《预测化学分子的nlogP——基于sklearn,deepchem,DGL,Rdkit的图卷积网络模型》中简单介绍了sklearn模型的使用方法。
wufeil·2024-01-12 04:26

DeepPurpose 生物化学深度学习库；蛋白靶点小分子药物对接亲和力预测虚拟筛选

c9Yv2cf9I06K2A9E/article/details/107649770https://github.com/kexinhuang12345/DeepPurpose##安装pipinstallDeepPurposerdkitDeepPurpose
loong_XL·2024-01-07 23:08

rdkit&networkx | smiles与graph与邻接矩阵相互转换

fromrdkitimportrdBase,Chemfromrdkit.ChemimportAllChem,Drawfromrdkit.Chem.DrawimportrdMolDraw2DfromIPython.displayimportSVGfrommatplotlib.colorsimportColorConverterimportnetworkxasnximportargparse
ASKCOS·2023-12-20 04:34

rdkit&python | 标准化检查分子正确性

分子结构处理MolecularSanitization默认情况下，RDKit读入分子的时候会进行分子结构检查处理（MolecularSanitization）。
ASKCOS·2023-12-20 04:03

rdkit&python | 修正化合物中原子价态错误

错误smiles价态纠正mol=Chem.MolFromSmiles('C[CH2+]1(C#N)CC1')RDKitERROR:[08:03:09]Explicitvalenceforatom#1C,
ASKCOS·2023-12-20 04:03

rdkit&nlp | smiles数据扩增与smiles标准化

fromrdkitimportChemfromrdkit.Chem.DrawimportIPythonConsolesmi='CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O'mol=Chem.MolFromSmiles
ASKCOS·2023-12-20 04:02

rdkit&python | 消除smiles中的立体结构信息

fromrdkitimportChemsmi='CCC/C=C/CC'm=Chem.MolFromSmiles(smi)Chem.MolToSmiles(m,isomericSmiles=False)‘
ASKCOS·2023-12-20 04:32

rdkit&python | 基于类药性规则对分子进行筛选

类药性类药性指化合物与已知药物的相似性。具有类药性的化合物并不是药物，但是具有成为药物的可能，这一类化合物称为类药性分子或药物类似物分子。类药性是一个模糊的概念，在药物研发中，类药性研究基于先导化合物之上，可以说类药性分子是高质量的先导化合物。Lipinski五规则类药五原则，是辉瑞公司资深药物化学家ChristopherA.Lipinski在1997年提出的筛选类药分子的基本法则，符合Lipin
ASKCOS·2023-12-20 04:32

rdkit&python | 超全化合物分子清理方法

分子结构处理MolecularSanitization默认情况下，RDKit读入分子的时候会进行分子结构检查处理（MolecularSanitization）。
ASKCOS·2023-12-20 04:02

chemoinformatics&python | 化学信息学软件包安装方法集合

rdkit化学信息学condainstall-cconda-forgerdkitcondainstall-crdkitrdkitpipinstallrdkit-pypi谷歌colab上安装rdkit!
ASKCOS·2023-12-20 04:01

rdkit&python | 分子3D构象与结构优化与描述符计算

导入库fromrdkit.ChemimportAllChemfromrdkit.Chem.DescriptorsimportrdMolDescriptorsfromrdkitimportChemfromrdkit.Chem.DrawimportIPythonConsolesmi
ASKCOS·2023-12-20 04:01

nginx django uwsgi配置记录

1.配置python环境，MySQL，安装依赖pipinstalldjangosklearnpandasrdkit-pypimysqlclientuwsgi2.安装nginx在nginx下载，编译tarxvfnginx
张大铁·2023-11-29 06:59

【RDKit】化学指纹（fingerprint）

转载自：Rdkit|化学指纹（fingerprint）_rdkit分子指纹_发呆的比目鱼的博客-CSDN博客Rdkit|化学指纹（fingerprint）化学指纹（fingerprint）RDKit中还有许多其他类型的分子指纹可供选择
DJ.马·2023-11-24 12:45

RDkit | 安装报错及使用

关于RDKit的学习及介绍：RDKit安装基础教程：[GettingStartedwithRDKitinPython]RDkit四：数据处理过程中smiles编码的清洗统一化reticulate-RInterfacetoPython
跳动的喵尾巴·2023-11-14 07:59

RDkit四：数据处理过程中smiles编码的清洗统一化

之前写过一篇博客介绍smiles编码，smart编码及摩根指纹(ECFP)：(1条消息)RDkit：介绍smiles编码，smart编码及摩根指纹(ECFP)_随便叫点什么……的博客-CSDN博客smiles
随便叫点什么……·2023-11-06 21:06

RDKit：基于分子文件输出分子结构

/usr/bin/python3fromrdkitimportChemfromrdkit.ChemimportDrawspl=Chem.SDMolSupplier('molecules.sdf')#读入分子库
AspirinCode·2023-11-06 03:08

python argument types in rdkit.chem.rdmolfiles.moltosmiles(nonetype) did not match c++ signature

运行rdkit时报如下错误：pythonargumenttypesinrdkit.chem.rdmolfiles.moltosmiles(nonetype)didnotmatchc++signature
Mr John·2023-11-02 17:30

rdkit bug: ArgumentError: Python argument types did not match C++ signature

condaforge重装rdkit解决方案参考链接：ArgumentError:Pythonargumenttypesinrdkit.Chem.rdMolDescriptors.CalcCrippenDescriptors
药学人的AI世界·2023-11-02 17:00

`OSError: file error: bad input file` in RDkit with .sdf file

在我用RDKit读取SDF文件时出现，但是本质上是因为路径不对。
R$refresh·2023-11-02 17:28

RDKit新手入门

RDKit新手入门一、RDKit是什么？
AIDD Learning·2023-11-02 17:58

RDKit(2023.09.1 )环系统模板

环境Python3.9RDKit2023.09.1fromrdkitimportChemfromrdkit.ChemimportrdDepictorfromrdkit.ChemimportDrawfromrdkit.Chem.DrawimportIPythonConsoleIPythonConsole.ipython_useSVG
DrugAI·2023-11-02 17:21

搭建gnn环境

-V]COMMAND...conda-script.py:error:arg-CSDN博客参考教程【精选】手把手教你在windows10安装GNN相关环境（torch+torch_geometric+rdkit
hellolianhua·2023-10-31 09:17

RDKit：计算不同小分子构象之间的RMSD

第二步：安装RDKit通过conda安装RDKitcondainstall-crdkitrdkitpythonisoRMSD.pymol1.pdbmol2.pdbrmsd.txt#!
AspirinCode·2023-10-25 22:24

RDKit|支持RDKit的PostgreSQL环境搭建与基本操作

一、环境配置1.windows下的安装与初始化2.用户设置与服务启动二、操作使用1.cmd操作2.python操作一、环境配置PostgreSQL是一个开源、可扩展的关系型数据库，rdkit官网文档里也是以
最会设计的科研狗·2023-10-23 11:36

RDKit计算分子属性

RDKit计算分子属性  分子属性的计算在化学、药物研发和生物信息学等领域中具有重要意义。
MurphyStar·2023-10-17 10:29

关于rdkit 错误2w08_ligand: warning - O.co2 with non C.2 or S.o2 neighbor.

2原因：Phosphategroup-warningO.co2withnonC.2orS.o2neighbor[Rdkit-discuss]Phosphatecontainingm
Cosmos Tan·2023-10-16 06:21

python&rdkit | 从相对原子质量推测元素

defguess_element_from_mass(mass):"""This**function**isusedtoguesselementfromitsmass:parammass:anintorafloat,themass:return:theelementname"""elements=["X","H","He","Li","Be"
ASKCOS·2023-10-15 16:02

RDKit安装和使用

首先介绍一下，RDkit是一款开源化学信息学与机器学习工具包，提供C++和python的API接口，因此可以使用这个包用python进行化学上的计算。
一穷二白到年薪百万·2023-10-08 02:00

anaconda3与rdkit安装教程（Linux系统）

一、安装anaconda1.下载AnacondaLinux版本wgethttps://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2021.11-Linux-x86_64.sh或下载后上传至服务器附下载好的百度云资源：链接：百度网盘请输入提取码提取码：nuwq2.执行shAnaconda*.sh根据提示，依次输入yes，ENTER3.执行vi/root/.bashrc用
药学人的AI世界·2023-10-08 02:30

python包 —rdkit 安装

python包—rdkit安装rdkit安装rdkit安装参考http://www.rdkit.org/docs/Install.htmlhttps://blog.csdn.net/chichoxian
想有钱_hua·2023-10-08 01:59

Rdkit安装

https://github.com/rdkit/rdkit/blob/master/Docs/Book/Install.md
JLU_Hung-Min Sun·2023-10-08 01:59

anaconda中新rdkit安装

1.执行condacreate-crdkit-nmy-rdkit-envrdkit该步骤经测试发现需FQ，而模拟器无法完成FQ（至少我不知道方法），因此在本机上配置好环境后复制粘贴至linux;复制粘贴过程中发现
weixin_30488085·2023-10-08 01:28

RDKit 安装教程

简介RDKit是用C++和Python编写的化学信息学和机器学习软件的集合。
Xavier Jiezou·2023-10-08 01:58

RDKit的安装

RDKit的安装1.安装anaconda2.打开AnacondaPowershellPrompt3.condainstall-cconda-forgerdkit（中途安装失败出现HTTPerror时可以多试几次
┡狼儿本色～々·2023-10-08 01:58

Jupyter Notebook 虚拟环境配置与Rdkit安装的笔记

win+Rcmdcondacreate-cconda-forge-nmolepython=3.6rdkit#mole:环境名;python=3.6:版本号，可不加condaactivatemolepipinstallipykernelpython-mipykernelinstall
qq_40816539·2023-10-08 01:57

rdkit安装指南-常见问题解决（rdkit找不到包、下载时加载0%）

1rdkitRDKit是一个用于化学信息学的开源工具包，基于对化合物2D和3D分子操作，利用机器学习方法进行化合物描述符生成，fingerprint生成，化合物结构相似性计算，2D和3D分子展示等。
蜗牛小瀚·2023-10-08 01:27

rdkit安装

用conda安装参考这里1，在虚拟环境my-rdkit-env中安装rdkitcondacreate-crdkit-nmy-rdkit-envrdkit等待中。。。
m0_47163076·2023-10-08 01:27

RDkit的安装

1.一定要以管理员模式运行anaconda2.用Anaconda创建一个新的虚环境condacreate-nmy-rdkitpython=3.63.
weixin_47552564·2023-10-08 01:26

anaconda安装&rdkit安装指南

rdkit确实不好装，折腾了好几天之后，也算摸出一点经验，在这分享一下。官方推荐从conda开始装，所以本文从anaconda的安装开始介绍起，然后介绍如何安装rdkit。首先，安装anaconda。
懒惰的阿呆·2023-10-08 01:26

Windows10安装rdkit

之前我尝试使用WIndows10从源码编译安装rdkit，但是尝试了很久都失败了。于是，我又重新尝试使用conda安装。
blgpb·2023-10-08 01:26

RDKit|在化学反应中对原子进行保护

文章目录1.rxn文件创建反应2.保护目标原子在化学反应中保护原子本文是化学反应的进阶操作，关于使用rdkit进行化学反应的操作可以参考这篇文章。
最会设计的科研狗·2023-10-06 10:13
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