DNA甲基化位点三种不同的motif类型（CG，CHG，CHH），已经有很多研究表明在个体内的调控机理和功能并不相同。
DNA甲基化主要形成5－甲基胞嘧啶（5-mC）和少量的N6-甲基嘌呤（N6-mA）及7－甲基鸟嘌呤（7-mG）。
结构基因含有很多CPG结构, 2CPG 和2GPC 中两个胞嘧啶的5 位碳原子通常被甲基化, 且两个甲基集团在DNA 双链大沟中呈特定三维结构。基因组中60%～ 90% 的CPG 都被甲基化, 未甲基化的CPG 成簇地组成CPG 岛, 位于结构基因启动子的核心序列和转录起始点。有实验证明超甲基化阻遏转录的进行。
In genetics, a sequence motif is a nucleotide or amino-acid sequence pattern that is widespread and has, or is conjectured to have, a biological significance.
In plants and other organisms, DNA methylation is found in three different sequence contexts: CG (or CpG), CHG or CHH (where H correspond to A,T or C). In mammals however, DNA methylation is almost exclusively found in CpG dinucleotides, with the cytosines on both strand being usually methylated.
植物和其他器官？，DNA甲基化在三种不同的序列context发现： CG (or CpG), CHG or CHH。
哺乳动物，基本只发现CpG。cytosines on both strand 被甲基化。
CpG islands are usually defined as regions with 1) a length greater than 200bp, 2) a G+C content greater than 50%, 3) a ratio of observed to expected CpG greater than 0.6,
CpG岛：长度大于200bp，GC含量大于0.5，expected CpG比率大于0.6
在细菌基因组中,N6-甲基腺嘌呤(m6A)和N4-甲基胞嘧啶(m4C)也很常见,它们作为限制修饰(RM)系统的一部分而行使功能
http://www.novogene.com/tech/suppor/news/1480.html
1:目前pacibio的测序仪器可以分析的甲基化类型有：5mc\4mc和6mA，一般原核会提供甲基化位点相对应的motif,真核生物就没有了（一般只关心cpG 岛的甲基化）
2:5mc的监测难度比较大，需要较高的测序覆盖度一般要到250X，但是加入Tet1试剂后，大概就需要25X就可以了
3:pacbio测序仪器集成了http://rebase.neb.com/rebase/rebase.html一个关于甲基化转移酶的识别motif数据库，motif是甲基化位点左右12bp的一段序列
4:检测原理：当该位点有碱基修饰的时候，测序速度会变慢，其实其它种类的剪辑修饰也可以检测，只是三代公司还没有算出检测算法。
5:因为真核不分析motif,所以在分析的时候，三代的protocal是不一样的：
真核：RS_Modification_Detection
原核：RS_Modification_and_Motif_Analysis.1
参考：
1:https://github.com/PacificBiosciences/SMRT-Analysis/wiki/SMRT-Pipe-Reference-Guidev2.3.0#PRO_MOD
2:pacbio官方文档
3.博客笔记
4.诺和细菌完成图甲基化检测