bwa软件的使用

bwa软件的使用

下载地址http://bio-bwa.sourceforge.net/bwa.shtml
第一步: 建立 Index
根据reference genome data(e.g. reference.fa) 建立 Index File
[root@localhost ]# bwa index -a bwtsw human_hg18_ref.fa（human参考基因组18）
第二步: 寻找 SA coordinates
如果是pair-end 数据（leftRead.fastq和rightRead.fastq）两个文件分别处理
1 bwa aln reference.fa leftRead.fastq > leftRead.sai 
2 bwa aln reference.fa rightRead.fastq > rightRead.sai 
3 bwa aln reference.fa singleRead.fastq > singleRead.sai
 
如果希望多线程运行，在其中加入 -t这个参数，另外-f这个参数可以指定结果输出文件，如:
1 bwa aln -c -t 3 -f leftreads.sai reference.fa leftreads.fastq
第三步：转换SA coordinates输出为sam
如果是pair-end数据
1 bwa sampe -f pair-end.sam reference.fa leftRead.sai rightRead.sai leftRead.fastq rightread.fastq
如果是single reads数据
1 bwa samse -f single.sam reference.fa single.sai single.fastq