Ubuntu安装BWA和samtools

Ubuntu安装BWA和samtools时通常需要提前安装zlib.h而centos并不需要。 

安装命令：apt-get install zlib1g-dev

BWA下载地址:    https://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/

解压：tar -xjvf bwa-0.7.15

cd bwa-0.7.15

less INSTALL

less README

可查看文件安装方法

make命令即可安装。

Samtools下载地址：https://sourceforge.net/projects/samtools/files/samtools/

解压：tar -xjvf samtools-1.3

cd samtools-1.3

less INSTALL

less README

可查看文件安装方法

./configure

make

make install

通过这三句命令安装失败的话，就需要安装libncurses5-dev

安装命令sudo apt-get install libncurses5-dev

然后make就可编译成功

此时可以看到samtools-1.3下多了samtools

输入命令samtools可查看samtools命令。即表明安装成功

如不行则需要sudo apt-get install samtools即可安装。