RNAseq

linux学习100篇112：查看安装的软件之间的依赖关系

mamba可以很方便的查看安装的软件之间的依赖关系mamba可以很方便的查看安装的软件之间的依赖关系谁依赖我mambarepoquerywhoneeds-tpython(rnaseq)root13:13
Seurat_·2024-02-10 06:28

TCGA数据下载系列之二：RTCGA

library(RTCGA)library(RTCGA.clinical)library(RTCGA.rnaseq)library(RTCGA.mRNA)library(RTCGA.mutations)
白云梦_7·2024-02-08 22:03

RNAseq终极篇章qPCR

RNAseq对于生信达人来说已经烂熟了，但是相信好多人分析做好了，最后验证却验证不出来，愁的不行！呵呵，今天好了，小编给你一弹，做好验证工作的基本功-荧光定量PCR介绍。
天道昭然·2024-02-04 23:47

lncRNA，组织特异性与泛癌差异-20200826

许多老师会通过RNAseq寻找差异表达的lncRNA,mRNA进行机制研究，但RNAseq会筛选出非常多的差异分子，这就遇到一个普遍的问题，如何从众多分子出找出一个合适的基因进行后续研究。
纪伟讲测序·2024-01-25 21:45

转录组测序1-测序原始数据说明

RNAseq涉及到原始数据，数据质控，基因组比对，差异基因鉴定，差异基因功能富集分析，重要基因如转录因子激酶的靶基因预测等，我们用10讲的时间，全面讲解转录组测序报告，及在上百个项目中遇到的近百个常见问题
纪伟讲测序·2024-01-22 08:45

TCGA数据库与数据下载

TCGA数据库：主要储存关于各类肿瘤的一个基本信息，包括RNAseq，miRNAseq，DNA甲基化，CNV，SNP等信息，是目前为止可以获得的公开数据库里面数据相对全面的一个，33种癌症类型，在各个领域得到了广泛的应用
吴小玥·2024-01-13 10:00

学习小组day3笔记-徐妙

今天正式进入安装软件安装完成如图完成RNAseq分析软件的安装操作以及注意事项为学习笔记成就感满满，感谢编者的用心教程
番番番茄小姐·2024-01-03 23:18

GRNdb：解码不同人类和小鼠条件下的基因调控网络

基于已知的TF-靶点关系和从公共数据库收集的大规模单细胞RNAseq数据以及癌症
生信小鹏·2023-12-28 09:14

临床开展RNA-seq送测序前你应当考虑到几个因素

在临床病理方面，对于肉瘤的诊断，不是很明确的话，最好是送全基因组+RNAseq,不建议先就开一大堆免疫组化及分子，最后还是没有结果。1、首先你应当知道，RNA-seq测序能做什么？
伍鸿荣·2023-12-25 01:59

2021-05-11 转录组分析学习笔记：关于ENSEMBL 转换 ENTREZID的一点心得

因工作太忙的缘故，上完课都一个多月了，才有时间来分析自己的RNAseq测序数据。凭着从生信技能树各位老师那里学来的技能，很快就顺利完成从数据质控和过滤、比对到参考基因组、到基因表达定量的全套上游分析
范旭_d6fc·2023-12-19 21:07

生信数据挖掘 单细胞测序

单细胞RNAseq揭示存在EGFR突变的早期肺腺癌中的肿瘤异质性和免疫细胞群今天解读的这篇9+的文章也是刊登在《Oncogene》杂志上，该期刊是生化与分子生物学”子行业的优秀级杂志，居于一线期刊。
概普生信·2023-12-18 10:06

转录组测序3-序列基因组比对

RNAseq涉及到原始数据，数据质控，基因组比对，差异基因鉴定，差异基因功能富集分析，重要基因如转录因子激酶的靶基因预测等，我们用10讲的时间，全面讲解转录组测序报告，及在上百个项目中遇到的近百个常见问题
纪伟讲测序·2023-12-03 11:32

GEO RNAseq与chip seq数据整合

GEO数据有芯片数据，也有RNAseq数据，芯片数据一般是经过背景校正、标准化过的。如果表达量较小，说明是经过log2转化。
像鸟一样飞过你的高山·2023-11-30 03:04

sva ComBat去除GEO数据批次效应

载入包、GEO数据数据为GEO芯片与RNAseq数据。BiocMa
像鸟一样飞过你的高山·2023-11-22 03:45

1130转录组分析（三）--王通老师讲解

1130RNAseq生物信息分析（王通老师）01课程介绍[if!supportLists]1.[endif]RNAseq测序定义[if!supportLists]2.
不如好好学生信吧·2023-11-22 01:36

1128 转录组分析 B站up主天马行空的坦克兵 （讲解清晰易懂）

1128转录组分析B站up主天马行空的坦克兵（讲解清晰易懂）09删除conda下的某一款软件删除名为rnaseq1环境下的比对软件STAR：remove-nrnaseqSTARCtrl+C停止运行程序（
不如好好学生信吧·2023-11-20 16:43

GTEx:基因型和基因表达量关联数据库

网址如下https://gtexportal.org/home/包含的组织类型和样本个数如下图所示对于所有的样本，主要进行了以下三种分析1.RNAseq通过illuminaTruseq试剂
生信修炼手册·2023-11-05 12:54

2019-10-02-学习使用limma、Glimma和edgeR，RNA-seq数据分析记录

资料来源https://www.bioconductor.org/packages/devel/workflows/vignettes/RNAseq123/inst/doc/limmaWorkflow_CHN.html
程凉皮儿·2023-10-30 05:34

字符串拆分

字符串拆分原始数据第二列只想保留第一个解决方法（感谢我师妹）CCLE_data<-data.table::fread("CCLE_RNAseq_rsem_genes_tpm_20180929.txt.gz
Kururu1799·2023-10-26 04:00

基因表达分析聚类&分析

基因表达分析聚类&分析1.IntroductiontogeneexpressionanalysisTechnology:microarraysvs.RNAseq.ResultingdatamatricesSupervised
丸丸丸子w·2023-10-21 22:32

RNA_seq生物分析学习--RNA-seq介绍

目录第一课课程介绍第二课RNAseq技术第三课RNAseq发展历史第四课关于基因的概念第一课课程介绍RNAseq捕获了细胞某一状态下所有的转录信息DNA是静态信息、RNA是动态信息，是某一时刻DNA表达谱的快照课程大纲
Drone_xjw·2023-10-21 20:42

linux学习100篇37：转录组分析用软件及安装samtools

安装(rnaseq)root11:51:32~$condainstall-ysamtoolsCollectingpackagemetadata(current_repodata.json):doneSolvingenvironment
Seurat_·2023-10-17 14:53

RNAseq教程(4.4)

目录1.Module1-IntroductiontoRNAsequencingInstallationReferenceGenomesAnnotationsIndexingRNA-seqDataPre-AlignmentQC2.Module2-RNA-seqAlignmentandVisualizationAdapterTrimAlignmentIGVAlignmentVisualizationA
周小钊·2023-10-16 15:04

10x RNAseq Cellranger结果的对应关系：

10xRNAseq数据在用cellranger跑完10xRNaseq数据分析后，会生成一个outs目录，这个目录下还有一个/filtered_feature_bc_matrix目录,里面放着三个文件:matrix.mtx.gzfeatures.tsv.gzbarcodes.tsv.gz这三个文件的对应关系是什么样的呢？今天我们来一探究竟:(一)matrix.mtx.gz文件:image.png(二
11的雾·2023-10-14 06:28

linux学习100篇106：查看conda版本conda -V

查看conda版本(rnaseq)root12:55:08~$conda-Vconda4.9.2
Seurat_·2023-10-04 09:00

单细胞转录组学生物标志物和靶点挖掘的新方法

单细胞转录组学（sc-RNAseq）研究，可以更加有效的解释组织的异质性，从单个细胞分辨率来解释更多bulk水平上难以解释的生物学问题。已经广泛用于肿瘤异质性、细胞发育、免疫微环境等课题研究。
felix108·2023-10-03 00:46

RNAseq教程(4.2)

1.Module1-IntroductiontoRNAsequencingInstallationReferenceGenomesAnnotationsIndexingRNA-seqDataPre-AlignmentQC2.Module2-RNA-seqAlignmentandVisualizationAdapterTrimAlignmentIGVAlignmentVisualizationAli
周小钊·2023-09-26 02:53

R试题 可视化

Q1:一行行的运行：https://github.com/jmzeng1314/5years/blob/master/learn-R/tasks/top50ggplot.Rmd代码Q2:对RNAseq_expr
煎饼果子再来一套·2023-09-22 00:12

RNAseq教程（3.1）

目录1.Module1-IntroductiontoRNAsequencingInstallationReferenceGenomesAnnotationsIndexingRNA-seqDataPre-AlignmentQC2.Module2-RNA-seqAlignmentandVisualizationAdapterTrimAlignmentIGVAlignmentVisualizationA
周小钊·2023-09-20 14:08

一行命令完成RNAseq数据标记重要基因

前面介绍了怎么一行命令完成RNAseq差异分析加作图，那如果我们已经有自己重点关注的基因，并且想把这些基因在差异结果里展示出来怎么弄呢？
邓老师呦·2023-09-20 01:59

linux学习100篇103：conda list

查看安装的软件(rnaseq)root12:41:09~$condalist#packagesinenvironmentat/root/miniconda3/envs/rnaseq:##NameVersionBuildChannel_libgcc_mutex0.1conda_forgehttps
Seurat_·2023-09-17 21:34

rnaseq-R

library(ballgown)library(RSkittleBrewer)library(genefilter)library(dplyr)library(devtools)patient_data=read.csv("D:/AAA-台式机-LY-WorkSpace/Patient_data-10samples.csv")ten_sample=ballgown(dataDir="D:/AAA
MissL_78e0·2023-09-15 05:28

零代码合并新版TCGA数据库RNAseq表达谱数据

上一期，小编已经给大家分享了如何用R代码来合并新版TCGA中的RNAseq表达谱数据☞R代码合并新版TCGA数据库RNAseq表达谱数据有些小伙伴反馈代码量太大了，感到无所适从。
生信交流平台·2023-09-13 18:48

linux学习100篇104：conda list fast*

查看指定名称的软件(rnaseq)root12:47:39~$condalistfast*#packagesinenvironmentat/root/miniconda3/envs/rnaseq:##NameVersionBuildChannelfastp0.20.1h2e03b76
Seurat_·2023-09-12 19:22

RNAseq教程（1.6）

目录1.Module1-IntroductiontoRNAsequencingInstallationReferenceGenomesAnnotationsIndexingRNA-seqDataPre-AlignmentQC2.Module2-RNA-seqAlignmentandVisualizationAdapterTrimAlignmentIGVAlignmentVisualizationA
周小钊·2023-09-12 10:12

从零开始学Linux 四 1122

创建独立的环境（所有装在base里的包在整个小环境都能使用，为避免占内存避免串用方便管理，所以建议设置独立的环境），最后才是软件安装环境创建部分主要包括：condacreate-nrnaseq（创建名为rnaseq
不如好好学生信吧·2023-09-11 23:59

linux学习100篇105：查看指定环境的软件conda list -n rnaseq

查看指定环境的软件(rnaseq)root12:50:37~$condalist-nrnaseq#packagesinenvironmentat/root/miniconda3/envs/rnaseq:
Seurat_·2023-09-11 16:13

生信分析学习笔记 - RNAseq （五） HISAT2回帖及评估

下图为某一条RNAseq从数据预处理，序列回帖到数据可视化的工作流程，包含了较多的软件（Linux环境运行）和若干个包（R语言环境运行），本系列将按下图，对每一个步骤进行学习和理解。
班朱朱UP·2023-09-06 06:47

Lunix Day 4

Linux软件安装conda删除频道用vim$vim~/.condarc#然后dd删一行实战演练：配置频道、创建小环境、安装软件1.添加频道（北外或者清华皆可，方法1方法2任选其一即可）2.创建名为rnaseq
Tina_e4a6·2023-09-05 02:04

linux学习100篇39：转录组分析用软件及安装trim-galore

安装(rnaseq)root11:58:44~$condainstall-ytrim-galoretrim-galoreCollectingpackagemetadata(current_repodata.json
Seurat_·2023-09-03 01:47

TCGA样本ID号的含义

☞新版TCGA数据库RNAseq数据下载得到的samplesheet内容如下，我们用Excel打
生信交流平台·2023-09-02 08:52

RNAseq教程(4.5)

目录1.Module1-IntroductiontoRNAsequencingInstallationReferenceGenomesAnnotationsIndexingRNA-seqDataPre-AlignmentQC2.Module2-RNA-seqAlignmentandVisualizationAdapterTrimAlignmentIGVAlignmentVisualizationA
周小钊·2023-08-29 14:50

linux学习100篇113：环境变量

HOME：当前用户的主目录••$PATHshell查找命令的目录列表由，冒号分隔••$SHELLbashshell的全路径名••$LOGNAME：当前用户的登录名••$PS1shell命令行界面的主提示符(rnaseq
Seurat_·2023-08-29 07:00

零代码合并TCGA表达谱数据

前面给大家介绍了☞如何使用R代码来合并TCGA数据库下载得到的RNAseq和miRNAseq的表达谱数据☜。没有太多R基础的小伙伴可能觉得理解起来和操作起来都有些困难。
生信交流平台·2023-08-27 16:29

RNASeq

/B-${i}.count;done合并表达矩阵（合并count）setwd(dir="/media/panda/Elements/mouse_IPF/3rnaseq/3htseq")B1<-read.table
夸克光子·2023-08-25 07:46

visualization

.html参考：https://www.jianshu.com/p/fab27c63af94options(stringsAsFactors=F)library(airway)data(airway)RNAseq_expr
nvzhang·2023-08-22 02:31

TCGA临床数据matrix构建（处理.xml文件）和RNAseq matrix构建（不完全版）

RNAseq文件都是“.counts”文件，这个文件好像和“.txt”没什么区别，我点进去看了就是两列数据，分别为ensembl编号
SolomonTeng·2023-08-12 07:45

2019意犹未尽的基因组可视化IGV（一）

推荐阅读：https://github.com/griffithlab/rnaseq_tutorial/wiki/IGV-Tutorial本文不止是翻译就当做是初次见面做项目最后一般会得到几个Excel
刘小泽·2023-08-11 12:27

linux学习100篇38：转录组分析用软件及安装salmon

安装(rnaseq)root11:55:29~$condainstall-ysalmonCollectingpackagemetadata(current_repodata.json):doneSolvingenvironment
Seurat_·2023-08-09 19:49

linux学习100篇108：安装 manba

(rnaseq)root12:55:25~$condaactivatebase(base)root13:00:20~$condainstallmambaCollectingpackagemetadata
Seurat_·2023-08-08 08:55
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