宏基因组理论教程7挖掘微生物组生物标记

之前分享的加拿大生信网出品的《宏基因组分析教程》，有1万多位朋友阅读，有近2000多小伙伴下载了课程PPT。

但不知有多少小伙伴真正仔细学习过。收藏是没有用的，只有真正多学几遍才有收获。

对于英文原版教程，很多新人有看不懂，学不会的问题。宏基因组团队针对这套教程进了翻译，同时结合最近的研究进展对内容进行了更新，方便广大同行入门者学习。

教程大纲

1. 简介-定义、方法和数据库
2. 扩增子-微生物群落多样性
3. PICRUSt-16S预测功能基因
4. 宏基因组分类学-分类和分箱
5. 宏基因组功能-数据库与通路
6. 宏转录组-数据、分类学和功能
7. 生物标记挖掘

同时我们还分享整套最新中文教程的PPT，方便大家学习、记录笔记和提取有用的素材。

想要获得整套课程PPT的小伙伴，只需分享本文至朋友圈，截图发送到公众号后台，即可获得下载链接。

What bio? what mark?换数据集，群体来验证

扩增子、基因组、转录组

结构域分析需要较完整 和准确 的基因序列。宏基因组中即不完整 ，也不准确

如连续型的分组，机器学习中叫回归；离散型叫分类。
分类已知整理判断是否组间差异明显PCA, PCoA；末知要从PCA/PCoA/CPCoA中判断是否存在分类。聚类分类后进一步组间比较。

优点：更容易，速度更快；可以设计简单的实验，生物标记也更稳定且相关；生物标记容易验证，因为它依赖二区分组的能力；
缺点：分类可能不能明确定义，很难发现与预定义分类一致的生物标记。

容易轻松实现的方法，是一个好的开始

Cd-hit选择最长的序列作为代表序列

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写在后面

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