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生物信息学_玉泉路_课堂笔记_05 第五章 从头基因组组装与注释

课程：生物信息学_玉泉路_课堂笔记  中科院_2022秋季课 第一学期

个人笔记使用

2023/7/20

上周回顾

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从头基因组组装与注释

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第一节 基因组调查

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 最左边的 error-peak 是测序错误导致的

杂合导致的峰

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重复序列 在纯和峰值的右边（整数倍的地方出现）

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整理以上信息可以使用的软件 

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第二节  从头基因组组装

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从头组装   VS  比较组装 

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 从头组装 就像自己拼图 没有参考

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 打断 得到reads

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 通过测序reads 得到

 contigs 连续的序列 中间没gap 

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 scaffolds有 gap生物信息学_玉泉路_课堂笔记_05 第五章 从头基因组组装与注释_第27张图片

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 就是有一些杂合生物信息学_玉泉路_课堂笔记_05 第五章 从头基因组组装与注释_第30张图片

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如何做基因组的组装？
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 图论的方法去解决

转换成一个图  

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 OLC方法

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 DBG方法 

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评估基因组组装的好坏

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 N50 

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 L50

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 完整性

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第三节  基因组注释和基因预测

 了解程度

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