- R语言学习case5：NC基于R语言的UpSetR
早起CaiCai
R语言r语言学习开发语言数据可视化
step1:安装库install.packages("UpSetR")step2:导入包library(UpSetR)step3：读取数据otu_RA0]0:这是一个逻辑条件，它生成一个与otu_RA相同大小的布尔型数据框或矩阵，其中元素为TRUE表示对应位置的元素大于0，而FALSE表示小于等于0。<-1:这是将选中的元素的值赋值为1。换句话说，所有在原始数据框或矩阵中大于0的元素都被设置为1。
- R包-VennDiagram韦恩图
新欣enjoy
给定集合，判定集合间的交集并可视化，是比较不同数据集的一种方法。R语言中有几个包能够较好的完成这份工作。如VennDiagram、Venn、UpSetR包等，也有一些在线画韦恩图网站。venn.diagramorvenngetwd()library(xlsx)library(VennDiagram)library(venn)library(UpSetR)fs=list.files(".",patt
- upset 绘制
Aech
r语言
好久没有更新,今天来一个upset图的绘制1.1安装包#绘制upset的包现在看来有三个##UpSet###最基本的upsetR包,使用方便,但是扩展不方便devtools::install_github("hms-dbmi/UpSetR")##complex-upset###UpSet的升级款支持ggplot2devtools::install_github('krassowski/comple
- R 数据可视化 —— 集合可视化 UpSetR
名本无名
前言上一节，我们介绍了如何绘制韦恩图来显示集合间的交叠关系但是，随着集合的增多，韦恩图显示的关系会越来越复杂，很难一眼看出其中的信息。今天，我们要介绍的是，当集合数目较多时，该如何绘制我们将使用UpSetR包来绘制下面这种图该图由三个子图组成：表示交集大小的柱状图（上方）表示集合大小的条形图（下左）表示集合之间的交叠矩阵（下右），矩阵的列表示每种交集组合，对应于柱状图的横坐标；矩阵的行表示集合，对
- ComplexHeatmap复杂热图绘制学习——8.upsetplot
denghb001
upset-plotUpSet与传统方法（即维恩图）相比，UpSet图提供了一种可视化多个集合的交集的有效方法。通过R中的UpSetR包中实现。在这里，我们使用ComplexHeatmap包重新实现了UpSet图，并进行了一些改进。8.1输入数据为了表示多个集合，变量可以表示为：一个集合列表，其中每个集合都是一个向量，例如：list(set1=c("a","b","c"),set2=c("b","
- R语言实现高级的韦恩图可视化（UpSetR）
单细胞空间交响乐
hello,大家好，不知道下面这张图大家还有印象么图片.png在我之前分享的文章10X单细胞（10X空间转录组）之细胞通讯软件之间的分析比较中，大量采用这样的图进行展示，后来呢，在文章文章中的哑铃图复现（基础知识）尝试完全实现，可惜半路停止，今天就给大家展示如何实现这样的图，不带一点折扣。其实这个图有个专业的名词，叫韦恩图，但是大家熟悉的韦恩图应该是长下面的样子：图片.png少量的情况下非常美观，
- 用R绘制五元的Upset图和Venn图并绘制文本表
547可是贼帅的547
前言很多时候，韦恩图只适合在维数较低的时候使用，一旦集合多了，看起来会很复杂，可视性比较差，这个时候就需要用到upset图，虽然看起来没那么酷炫，但是可视性极佳。两者结合起来，就会显得很高大上。图VennplotupsetRTexttable代码library(biomaRt)ensembl0.05,]#画UpsetR/venn#install.packages("UpSetR")library(
- ChIPseeker的upsetplot是怎么写的
xuzhougeng
在距今2年前的一个日子里，我写了一篇关于upsetR的简单教程。两年过去了，这篇教程是百度搜索的第一位。在这篇教程中，我定了一个计划下一期写一篇Y叔的upsetplot是如何写的。然而两年过去了，我说的那个教程都没有出现，今天有人提问upsetR的时候，我又看到了这个计划，羞愧难当，遂有了这篇教程。通常而言，看一个函数的源代码的方式就是直接在R中输入这个函数名>upsetplotstandardG
- 使用UpsetR对orthofinder结果可视化
王梓维
使用conda安装，使用过程中报错查阅得知是diamond的版本不兼容导致将diamond降级后问题解决condainstall-cbiocondadiamond=0.9.14.115(降级到0.9)首先找到Results_XX/Orthogroups/Orthogroups.GeneCount.tsv这个文件，它记录着每个orthogroup在各个物种的基因数，由于UpsetR只接受有或无（0或
- 进阶版Venn plot：Upset plot入门实战代码详解——UpSetR包介绍
ntuYision
RUpSetRUpsetplotR生物信息学韦恩图
网上已有一些帖子讲解了Upsetplot的背景知识和实现方法，本文旨在从实战角度出发，解读Upsetplot实现的一些途径及其优劣势以及如何通过upsetR包实现Upsetplot的绘制，并提供代码和input格式示例。另博主在使用中发现一处报错，尚不清楚原因，一并提出，以抛砖引玉。Q1：Upsetplot和Vennplot的关系？提到集合的可视化，传统的方法以Vennplot为主。然而当集合的数
- R语言绘图包08--森林图的绘制：forestplot
Hayley笔记
R语言绘图包系列：R语言绘图包01--优秀的拼图包patchworkR语言绘图包02--热图pheatmapR语言绘图包03--火山图EnhancedVolcanoR语言绘图包04--GOplot：富集分析结果可视化R语言绘图包05--韦恩图的绘制：ggvenn和VennDiagramR语言绘图包06--基因表达相关性绘图corrplotR语言绘图包07--多集合可视化UpSetR1.基本用法和参
- 利用UpsetR画图
队长的笔记本
对于数据集合的可视化，韦恩图（venndiagram）是一种方式，一般集合不超过5个的时候，可视化效果还是不错的；但超过5个的时候，就会显得杂乱无章。UpsetR完美地解决了这一问题，简单好用清晰易懂，这里只介绍我比较常用的参数，做个记录，供大家参考。输入文件不同组别下差异基因列表输入列表安装install.packages(UpSetR)使用data<-read.csv("DEGs.csv",h
- R语言绘图包07--多集合可视化UpSetR
Hayley笔记
R语言绘图包系列：R语言绘图包01--优秀的拼图包patchworkR语言绘图包02--热图pheatmapR语言绘图包03--火山图EnhancedVolcanoR语言绘图包04--GOplot：富集分析结果可视化R语言绘图包05--韦恩图的绘制：ggvenn和VennDiagramR语言绘图包06--基因表达相关性绘图corrplot一般在对数据取交集的时候，通常使用韦恩图。但韦恩图的可视范围
- R语言UpSet包实现集合可视化示例详解
目录前言一、R包及数据二、upset()函数1）基本参数2）queries参数3）attribute.plots参数3.1添加柱形图和散点图3.2添加箱线图3.3添加密度曲线图前言介绍一个R包UpSetR，专门用来集合可视化，当多集合的韦恩图不容易看的时候，就是它大展身手的时候了。一、R包及数据#安装及加载R包#install.packages("UpSetR")library(UpSetR)#载
- UpSetR
大胆冒险实践者
R语言：排序、筛选以及分类汇总操作https://blog.csdn.net/weixin_40628687/article/details/79381882利用cutree划分pheatmap聚类结果https://cloud.tencent.com/developer/article/1677013获取pheatmap聚类后和标准化后的结果https://blog.csdn.net/qazpl
- R语言可视化（十）：集合图绘制
Davey1220
10.UpSet集合图绘制清除当前环境中的变量rm(list=ls())设置工作目录setwd("C:/Users/Dell/Desktop/R_Plots/10upset/")使用UpSetR包绘制集合图library(UpSetR)#加载UpSetR包的内置数据集movies<-read.csv(system.file("extdata","movies.csv",package="UpSet
- R语言之可视化④韦恩图upsetR
柳叶刀与小鼠标
目录R语言之可视化①误差棒R语言之可视化②点图R语言之可视化③点图续R语言之可视化④点韦恩图upsetRR语言之可视化⑤R图形系统R语言之可视化⑥R图形系统续======================================Python数据处理从零开始----第四章（可视化）（5）（韦恩图）======================================个人感想：建议还是用R
- 使用ggupset画韦恩图
你猜我菜不菜
对于不同数据集合的比较的可视化，一般用韦恩图来表示，但是数据集合太多了，就不好看了，反而不容易从图中获得信息了。三个集合看起来最合适。香蕉基因组2012年发表的香蕉基因组文章中的韦恩图，已经很美观了，但阅读起来还是比较费劲的。为了解决过多的数据集合造成的信息混乱问题，UpsetR包应运而生完美解决了这个问题，这个包的使用教程网上也比较多。今天看见Y叔推荐了ggplot2风格的upsetplot——
- 【生信技能树】2020-01-19作业：GSE103115 - task1
猫叽先森
题目来源：https://mp.weixin.qq.com/s/UMCNnURzw5ngeA75Wb2CeQ现在这个数据集，有24个样本，是4X3X2=24，其中4个细胞系和3个时间点。如果是两两对比，至少可以是8次差异分析，每个细胞系的24和72小时处理都需要与0小时进行差异分析，拿到上下调基因！这里给大家学徒作业，做这8次差异分析，拿到上下调基因，然后上下调基因分开，绘制upsetR这个高级韦
- UpSetR：集合可视化神包
徐洲更hoptop
对于集合的可视化，第一时间想到的都是韦恩图（venndiagram），一般集合不超过5个的时候，可视化效果还是不错的但是一旦数据集增加，比如说五个的时候，你就很难从图中解读出想要的信息了。即便你把它画的很美观，如下图那样，还是还是很难直观找到自己需要的信息。可视化的目的不是炫技，而是快速理解数据。还好R语言里新增了一个集合可视化神包--UpSetR。它可视化的结果的基础版本长下面这个样子：UpSe
- ios内付费
374016526
ios内付费
近年来写了很多IOS的程序，内付费也用到不少，使用IOS的内付费实现起来比较麻烦，这里我写了一个简单的内付费包，希望对大家有帮助。
具体使用如下:
这里的sender其实就是调用者，这里主要是为了回调使用。
[KuroStoreApi kuroStoreProductId:@"产品ID" storeSender:self storeFinishCallBa
- 20 款优秀的 Linux 终端仿真器
brotherlamp
linuxlinux视频linux资料linux自学linux教程
终端仿真器是一款用其它显示架构重现可视终端的计算机程序。换句话说就是终端仿真器能使哑终端看似像一台连接上了服务器的客户机。终端仿真器允许最终用户用文本用户界面和命令行来访问控制台和应用程序。（LCTT 译注：终端仿真器原意指对大型机-哑终端方式的模拟，不过在当今的 Linux 环境中，常指通过远程或本地方式连接的伪终端，俗称“终端”。）
你能从开源世界中找到大量的终端仿真器，它们
- Solr Deep Paging(solr 深分页)
eksliang
solr深分页solr分页性能问题
转载请出自出处：http://eksliang.iteye.com/blog/2148370
作者：eksliang(ickes) blg:http://eksliang.iteye.com/ 概述
长期以来，我们一直有一个深分页问题。如果直接跳到很靠后的页数，查询速度会比较慢。这是因为Solr的需要为查询从开始遍历所有数据。直到Solr的4.7这个问题一直没有一个很好的解决方案。直到solr
- 数据库面试题
18289753290
面试题 数据库
1.union ,union all
网络搜索出的最佳答案：
union和union all的区别是,union会自动压缩多个结果集合中的重复结果，而union all则将所有的结果全部显示出来，不管是不是重复。
Union：对两个结果集进行并集操作，不包括重复行，同时进行默认规则的排序；
Union All：对两个结果集进行并集操作，包括重复行，不进行排序；
2.索引有哪些分类？作用是
- Android TV屏幕适配
酷的飞上天空
android
先说下现在市面上TV分辨率的大概情况
两种分辨率为主
1.720标清，分辨率为1280x720.
屏幕尺寸以32寸为主，部分电视为42寸
2.1080p全高清，分辨率为1920x1080
屏幕尺寸以42寸为主，此分辨率电视屏幕从32寸到50寸都有
适配遇到问题，已1080p尺寸为例：
分辨率固定不变，屏幕尺寸变化较大。
如：效果图尺寸为1920x1080，如果使用d
- Timer定时器与ActionListener联合应用
永夜-极光
java
功能:在控制台每秒输出一次
代码:
package Main;
import javax.swing.Timer;
import java.awt.event.*;
public class T {
private static int count = 0;
public static void main(String[] args){
- Ubuntu14.04系统Tab键不能自动补全问题解决
随便小屋
Ubuntu 14.04
Unbuntu 14.4安装之后就在终端中使用Tab键不能自动补全，解决办法如下：
1、利用vi编辑器打开/etc/bash.bashrc文件（需要root权限）
sudo vi /etc/bash.bashrc
接下来会提示输入密码
2、找到文件中的下列代码
#enable bash completion in interactive shells
#if
- 学会人际关系三招 轻松走职场
aijuans
职场
要想成功，仅有专业能力是不够的，处理好与老板、同事及下属的人际关系也是门大学问。如何才能在职场如鱼得水、游刃有余呢？在此，教您简单实用的三个窍门。
第一，多汇报
最近，管理学又提出了一个新名词“追随力”。它告诉我们，做下属最关键的就是要多请示汇报，让上司随时了解你的工作进度，有了新想法也要及时建议。不知不觉，你就有了“追随力”，上司会越来越了解和信任你。
第二，勤沟通
团队的力
- 《O2O：移动互联网时代的商业革命》读书笔记
aoyouzi
读书笔记
移动互联网的未来：碎片化内容+碎片化渠道=各式精准、互动的新型社会化营销。
O2O：Online to OffLine 线上线下活动
O2O就是在移动互联网时代，生活消费领域通过线上和线下互动的一种新型商业模式。
手机二维码本质：O2O商务行为从线下现实世界到线上虚拟世界的入口。
线上虚拟世界创造的本意是打破信息鸿沟，让不同地域、不同需求的人
- js实现图片随鼠标滚动的效果
百合不是茶
JavaScript滚动属性的获取图片滚动属性获取页面加载
1,获取样式属性值
top 与顶部的距离
left 与左边的距离
right 与右边的距离
bottom 与下边的距离
zIndex 层叠层次
例子:获取左边的宽度,当css写在body标签中时
<div id="adver" style="position:absolute;top:50px;left:1000p
- ajax同步异步参数async
bijian1013
jqueryAjaxasync
开发项目开发过程中，需要将ajax的返回值赋到全局变量中，然后在该页面其他地方引用，因为ajax异步的原因一直无法成功，需将async:false，使其变成同步的。
格式：
$.ajax({ type: 'POST', ur
- Webx3框架（1）
Bill_chen
eclipsespringmaven框架ibatis
Webx是淘宝开发的一套Web开发框架，Webx3是其第三个升级版本；采用Eclipse的开发环境，现在支持java开发；
采用turbine原型的MVC框架，扩展了Spring容器，利用Maven进行项目的构建管理，灵活的ibatis持久层支持，总的来说，还是一套很不错的Web框架。
Webx3遵循turbine风格，velocity的模板被分为layout/screen/control三部
- 【MongoDB学习笔记五】MongoDB概述
bit1129
mongodb
MongoDB是面向文档的NoSQL数据库，尽量业界还对MongoDB存在一些质疑的声音，比如性能尤其是查询性能、数据一致性的支持没有想象的那么好，但是MongoDB用户群确实已经够多。MongoDB的亮点不在于它的性能，而是它处理非结构化数据的能力以及内置对分布式的支持(复制、分片达到的高可用、高可伸缩)，同时它提供的近似于SQL的查询能力，也是在做NoSQL技术选型时，考虑的一个重要因素。Mo
- spring/hibernate/struts2常见异常总结
白糖_
Hibernate
Spring
①ClassNotFoundException: org.aspectj.weaver.reflect.ReflectionWorld$ReflectionWorldException
缺少aspectjweaver.jar，该jar包常用于spring aop中
②java.lang.ClassNotFoundException: org.sprin
- jquery easyui表单重置(reset)扩展思路
bozch
formjquery easyuireset
在jquery easyui表单中 尚未提供表单重置的功能，这就需要自己对其进行扩展。
扩展的时候要考虑的控件有：
combo,combobox,combogrid,combotree,datebox,datetimebox
需要对其添加reset方法，reset方法就是把初始化的值赋值给当前的组件，这就需要在组件的初始化时将值保存下来。
在所有的reset方法添加完毕之后，就需要对fo
- 编程之美-烙饼排序
bylijinnan
编程之美
package beautyOfCoding;
import java.util.Arrays;
/*
*《编程之美》的思路是：搜索+剪枝。有点像是写下棋程序：当前情况下，把所有可能的下一步都做一遍；在这每一遍操作里面，计算出如果按这一步走的话，能不能赢（得出最优结果）。
*《编程之美》上代码有很多错误，且每个变量的含义令人费解。因此我按我的理解写了以下代码：
*/
- Struts1.X 源码分析之ActionForm赋值原理
chenbowen00
struts
struts1在处理请求参数之前，首先会根据配置文件action节点的name属性创建对应的ActionForm。如果配置了name属性，却找不到对应的ActionForm类也不会报错，只是不会处理本次请求的请求参数。
如果找到了对应的ActionForm类，则先判断是否已经存在ActionForm的实例，如果不存在则创建实例，并将其存放在对应的作用域中。作用域由配置文件action节点的s
- [空天防御与经济]在获得充足的外部资源之前,太空投资需有限度
comsci
资源
这里有一个常识性的问题:
地球的资源,人类的资金是有限的,而太空是无限的.....
就算全人类联合起来,要在太空中修建大型空间站,也不一定能够成功,因为资源和资金,技术有客观的限制....
&
- ORACLE临时表—ON COMMIT PRESERVE ROWS
daizj
oracle临时表
ORACLE临时表 转
临时表：像普通表一样，有结构，但是对数据的管理上不一样，临时表存储事务或会话的中间结果集，临时表中保存的数据只对当前
会话可见，所有会话都看不到其他会话的数据，即使其他会话提交了，也看不到。临时表不存在并发行为，因为他们对于当前会话都是独立的。
创建临时表时，ORACLE只创建了表的结构（在数据字典中定义），并没有初始化内存空间，当某一会话使用临时表时，ORALCE会
- 基于Nginx XSendfile+SpringMVC进行文件下载
denger
应用服务器Webnginx网络应用lighttpd
在平常我们实现文件下载通常是通过普通 read-write方式，如下代码所示。
@RequestMapping("/courseware/{id}")
public void download(@PathVariable("id") String courseID, HttpServletResp
- scanf接受char类型的字符
dcj3sjt126com
c
/*
2013年3月11日22:35:54
目的：学习char只接受一个字符
*/
# include <stdio.h>
int main(void)
{
int i;
char ch;
scanf("%d", &i);
printf("i = %d\n", i);
scanf("%
- 学编程的价值
dcj3sjt126com
编程
发一个人会编程, 想想以后可以教儿女, 是多么美好的事啊, 不管儿女将来从事什么样的职业, 教一教, 对他思维的开拓大有帮助
像这位朋友学习:
http://blog.sina.com.cn/s/articlelist_2584320772_0_1.html
VirtualGS教程 (By @林泰前): 几十年的老程序员，资深的
- 二维数组（矩阵）对角线输出
飞天奔月
二维数组
今天在BBS里面看到这样的面试题目,
1，二维数组（N*N），沿对角线方向，从右上角打印到左下角如N=4： 4*4二维数组
{ 1 2 3 4 }
{ 5 6 7 8 }
{ 9 10 11 12 }
{13 14 15 16 }
打印顺序
4
3 8
2 7 12
1 6 11 16
5 10 15
9 14
13
要
- Ehcache（08）——可阻塞的Cache——BlockingCache
234390216
并发ehcacheBlockingCache阻塞
可阻塞的Cache—BlockingCache
在上一节我们提到了显示使用Ehcache锁的问题，其实我们还可以隐式的来使用Ehcache的锁，那就是通过BlockingCache。BlockingCache是Ehcache的一个封装类，可以让我们对Ehcache进行并发操作。其内部的锁机制是使用的net.
- mysqldiff对数据库间进行差异比较
jackyrong
mysqld
mysqldiff该工具是官方mysql-utilities工具集的一个脚本，可以用来对比不同数据库之间的表结构，或者同个数据库间的表结构
如果在windows下，直接下载mysql-utilities安装就可以了，然后运行后，会跑到命令行下：
1） 基本用法
mysqldiff --server1=admin:12345
- spring data jpa 方法中可用的关键字
lawrence.li
javaspring
spring data jpa 支持以方法名进行查询/删除/统计。
查询的关键字为find
删除的关键字为delete/remove (>=1.7.x)
统计的关键字为count (>=1.7.x)
修改需要使用@Modifying注解
@Modifying
@Query("update User u set u.firstna
- Spring的ModelAndView类
nicegege
spring
项目中controller的方法跳转的到ModelAndView类，一直很好奇spring怎么实现的？
/*
* Copyright 2002-2010 the original author or authors.
*
* Licensed under the Apache License, Version 2.0 (the "License");
* yo
- 搭建 CentOS 6 服务器(13) - rsync、Amanda
rensanning
centos
（一）rsync
Server端
# yum install rsync
# vi /etc/xinetd.d/rsync
service rsync
{
disable = no
flags = IPv6
socket_type = stream
wait
- Learn Nodejs 02
toknowme
nodejs
（1）npm是什么
npm is the package manager for node
官方网站：https://www.npmjs.com/
npm上有很多优秀的nodejs包，来解决常见的一些问题，比如用node-mysql，就可以方便通过nodejs链接到mysql，进行数据库的操作
在开发过程往往会需要用到其他的包，使用npm就可以下载这些包来供程序调用
&nb
- Spring MVC 拦截器
xp9802
spring mvc
Controller层的拦截器继承于HandlerInterceptorAdapter
HandlerInterceptorAdapter.java 1 public abstract class HandlerInterceptorAdapter implements HandlerIntercep
