卡西莫多的礼物
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samtools及bam文件的相关知识

文章目录

  • 一些重要的概念
    • 首先是关于模板和read的概念
    • 然后是线性比对(linear alignment)和嵌合比对(chimeric alignment)的概念
    • Phred scale
    • 1-base和0-base文件
  • bam文件的header
  • bam文件的主要内容

本文主要记录了阅读http://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf 时学习到的一些内容
主要包括bam文件的一些格式及序列比对的一些基础知识

一些重要的概念

首先是关于模板和read的概念

samtools及bam文件的相关知识_第1张图片

然后是线性比对(linear alignment)和嵌合比对(chimeric alignment)的概念

samtools及bam文件的相关知识_第2张图片
​​​​这里的一点感悟是线性比对和嵌合比对，实际上，一条read的比对情况有时候会

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