12.GWAS：候选基因挖掘

在上一步确定好候选区间后，需要找到候选区间内的基因，即候选区间和参考基因组取交集，用到的工具是bedtools。

关于bedtools的详细用法，推荐这篇文章，介绍的很详细，需要的自取：
https://www.jieandze1314.com/post/cnposts/151/

0.下载安装

各版本的安装包下载链接：https://github.com/arq5x/bedtools2/releases

$ tar xvf bedtools-2.25.0.tar.gz
# 进入目录
$ cd /your/path/bedtools2
#安装
$ make

bedtools现在不太好装，推荐用conda解决。

1.准备区间位置文件

11.GWAS：确定候选区间 - (jianshu.com)
将上一步计算得到的候选基因区间整理为.pos文件，格式如下：
其中第一列为染色体，第二列为区间起始位置，第三列为区间终止位置。

candi_range.pos

2.对位置文件和gff文件进行排序

bedtools的输入文件必须先进行排序再计算，否则会报错：

$ cd ~/bedtools2-2.25.0/bin
$ bedtools sort -chrThenSizeA -i candi_range.pos > candi_range_sort.pos
$ bedtools sort -chrThenSizeA -i genome.gff3 > genome_sort.gff3

3.在基因组范围内查找候选区间中的候选基因

$ ./bedtools intersect -a candi_range_sort.pos -b Cmo_sort.gff3 -wb > candi_gene.pos

查看结果：

candi_gene.pos

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