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图灵基因
Naturegenetics|HLA自免疫风险等位基因限制T细胞受体高可变区原创苏安图灵基因2022-04-1117:39收录于话题#前沿分子生物学机制撰文:苏安IF:38.33推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐亮点:1.本文作者研究了HLA基因的多态性,观察到HLA与CDR3的强关联。2.本文作者鉴定了多个由HLA风险等位基因富集的CDR3氨基酸特征。3.本文的研究结果为人类自身免疫研究的“中心假说”提供了证据
- HLA--基础
晓佥
主要组织相容性复合体(majorhistocompatibilitycomplex,MHC)是一组编码动物主要组织相容性抗原的基因群的统称。人类的MHC位于人的6号染色体短臂上,小鼠的MHC位于小鼠的17号染色体上。MHC的长度大约为4×10^6bp。人类的MHC也叫做HLA(humanleukocyteantigen,HLA)复合体。小鼠的MHC则被称为H-2基因。由于MHC的多基因特性,依据其
- linux下tomcat怎么部署,如何在Linux下使用Tomcat部署Web应用(图文)
weixin_39938269
MAC上安装HLA(HighLevelAssembly)1.安装HLA最新版的hla汇编器可在这里下载,支持MacOs,Linux,Windows平台2.安装步骤将下载好的hla程序包放在Mac根目录下最重要的一步是设置好环境变量,打开Mac根目录...yuminstallmavenwgethttp://repos.fedorapeople.org/repos/dchen/apache-
- 其实还深爱—(好消息)
诗羽桐
“林妈妈,您女儿的病要尽快找到配型进行骨髓移植,不要耽误了最佳治疗时机”“配型是什么?”“就是在配型者左手臂抽14ml静脉血,抽患者静脉血4ml,送到可以做DNA检查的实验室,提取两者中白细胞的DNA,进行扩增电泳,比较两者DNA有多少是相同的,想同的越多配型越合,目前只检测6个基因,分别是HLA~A、B、C、DR、DQ、DP位点”“我这么说您明白吗?”“嗯,大概明白,这样对双方会有影响吗?”“这
- HLA分型工具--OptiType
11的雾
OptiType只能分型HLA-A,HLA-B,HLA-C三种类型文章2014年发表:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4441069/截止2022年2月看到github上的版本:2020年9月更新到了v1.3.5image.png安装:mkdirOptiTypecdOptiTypetar-zxvfOptiType-1.3.5.tar.gzi
- HLA--polysolver
晓佥
文章来自:Comprehensiveanalysisofcancer-associatedsomaticmutationsinclassIHLAgeneshttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4747795/使用全外显子组测序(WES)检测HLA基因中的体细胞突变受到HLA基因座的高度多态性的阻碍。描述一种计算管道,其能够准确推断I类HLA-A,
- OpenRTI的编译与ha-hla例程的实现
lxlchick
首先是OpenRTI的编译安装从GitHub上cloneOpenRTI到本地文件夹,项目为了平台通用性,使用cmake来搭建工程,源码cmake之后,打开visualstudio进行编译,提示中有两个主要错误:一个是提示没有python的debug库文件,python310_d。于是modify一下python安装,安装debug模块,解决一个报错。然后报错提示有两个项目的输入文件匹配输出文件,发
- 2_Linux基础知识及命令――――Linux的命令语法格式
小伙有点菜
基本格式:COMMANDoptionsarguments具体说明:COMMAND:表示命令的名称,如lsoptions:定义命令的执行特性,可以有长短两种选项:长选项:用--引导,后面跟完整的单词,如--help短选项:用-引导,后面跟单个的字符,如-a多个短选项可以组合使用,例如:-h-l-a==-hla但是长选项不能组合使用,如--help后面就不能再跟另外一个单词了。options也可以有自
- 多组学纯生信分析套路 多组学鉴定肾癌新药靶
概普生信
今天跟大家分享的是今年3月发表在GenomeMedicine杂志(IF:10.8860)上的一篇文章,文章主要研究的是ccRCC免疫治疗的药物靶点。整合-组学和HLA-配体组学分析识别ccRCC免疫治疗的新药物靶点一.研究背景透明细胞肾细胞癌(ccRCC)是肾癌中最常见的亚型,有分析意向(http://gaptechsxr.mikecrm.com/1vdMmqy)生信人WX公众号全世界有超过40万
- [用藥] 阿巴卡韦(ABC:Abacavir )
8chi
阿巴卡韦(ABC:Abacavir)药品名通用名:阿巴卡韦(ABC:Abacavir)商品名:赛进药品类型核苷类剂型300mg片剂;20mg/ml口服液推荐剂量成人:300mg/次,2次/日,无需与餐同服。新生儿/婴幼儿:不建议用本药。儿童:8mg/Kg,2次/日,最大剂量300mg,2次/日。药品简介目前阿巴卡韦不属于国家成人免费提供的药品,只免费提供给儿童抗病毒治疗;有条件时应在使用前查HLA
- 主要组织相容性复合体MHC
Seurat_Satija
主要组织相容性复合体主要组织相容性复合体(majorhistocompatibilitycomplex,MHC)是一组编码动物主要组织相容性抗原的基因群的统称。人类的MHC被称为HLA(humanleukocyteantigen,HLA),即人白细胞抗原;小鼠MHC则被称为H-2。HLA位于人的6号染色体短臂上,H-2位于小鼠的17号染色体上。MHC可以分为经典MHC与非经典MHC两类,经典MHC
- HLA 分布式仿真
走在成长的道路上
最近在看多体仿真相关的内容,不经意间查看到HLARTI相关的内容,这里以portico开源软件为例portico编译#同步源代码gitclonehttps://github.com/openlvc/portico#进入目录cdportico#windows下不方便编译cpp部分,注释掉即可diff--gita/codebase/build.xmlb/codebase/build.xmlindex7
- SNP2HLA HAN.MHC参考的使用
zd200572
一段时间以来,一直困惑于这个HLA填充参考怎么使用,直到看到了这篇论文课题组的博士论文《中国汉族人白癜风MHC区域精细定位研究》。文中较详细描述了怎样使用这个参考,具体过程如下:1.下载数据集数据集的原始数据在这里:http://gigadb.org/dataset/100156只提供了两个文件,感觉和其他的参考数据集的所不同,缺少好几个文件的样子,我也是一直这样困惑,以为作者故意公开信息不全,为
- sed将多行fasta变为一行
气旋_c8b6
需要处理的fasta文件:>sp|P30443|1A01_HUMANHLAclassIhistocompatibilityantigen,A-1alphachainOS=HomosapiensOX=9606GN=HLA-APE=1SV=1MAVMAPRTLLLLLSGALALTQTWAGSHSMRYFFTSVSRPGRGEPRFIAVGYVDDTQFVRFDSDAASQKMEPRAPWIEQEGP
- 人单核细胞白血病(THP-1)细胞培养攻略
cas9x细胞基因敲除
THP-1细胞系是1980年Tsuchiya等人建立的人单核细胞白血病细胞系。它来自一位急性单核细胞白血病患者的血液,有分化为多种巨噬细胞的能力,是各领域研究常用的细胞系之一。THP-1是人外周血的单核细胞系,最初来源于急性单核细胞性白血病患者。属于悬浮细胞,适合用于转染或感染实验。其表面抗原HLA型为:A2,A9,B5,DRw1,DRw2。|细胞复苏1.预热水浴锅至37℃2.准备一个15mL离心
- Linux语法格式是什么,linux命令语法格式
百越闲人
Linux语法格式是什么
一、命令的一般格式command[option]...[argument]...command[options][arguments]具体说明:1、command:表示命令的名称,如ls2、option:定义命令的执行特性,可以有长短两种选项:长选项:用--引导,后面跟完整的单词,如--help短选项:用-引导,后面跟单个的字符,如-a(1)多个短选项可以组合使用,例如:-h-l-a==-hla,
- 生病给我的启事
有梦想的小林
我叫小林,今年40岁,在2003年也就是我25岁时因腿部剧烈疼痛,去医院检查被诊断出患有强直性脊柱炎,强直性脊柱炎(AS)是以骶髂关节和脊柱附着点炎症为主要症状的疾病。与HLA-B27呈强关联。某些微生物(如克雷白杆菌)与易感者自身组织具有共同抗原,可引发异常免疫应答。是四肢大关节,以及椎间盘纤维环及其附近结缔组织纤维化和骨化,以及关节强直为病变特点的慢性炎性疾病。强直性脊柱炎属风湿病范畴,病因尚
- 国家级生物医药公共服务平台发布HLA3D数据库,技术架构分享
思通数科x
分布式bigdata大数据数据结构架构
近日,南京基因与细胞实验室合作团队取得阶段性成果,东南大学-生命科学与技术学院-李健教授团队在《BriefingsinBioinformatics》(影响因子IF=11.622)上发表题“HLA3D:anintegratedstructure-basedcomputationaltoolkitforimmunotherapy”,开发了一个全面的免疫治疗计算工具包—HLA3D,为不同科研单位提供全面
- 操作系统之分离硬件相关性
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操作系统实战45讲linux
Windows内核有什么HLA层,Linux内核有什么arch层,这些某某层就是内核设计者给系统内核设计的第一层。现代的计算机也是一层一层构建来的,从用户应用层到操作系统层再到硬件层,前边顺序是从上到下。分层的好处:屏蔽底层细节,使上层开发更简单。而在计算机系统中有一个基本方法就是增加一个抽象层,从而使抽象层上下两层独立发展,所以在计算机内核中划分成若干抽象层也是正常。分离硬件的相关性,就是把操作
- 【HLA】初识HLA/RTI
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本文主要对近期所翻阅的一些论文及资料进行的概要性整理,后续会有更多的关于HLA的研究细节发布,基于博客园的知识共享平台,以期共同进步!一、引言仿真的历史由来已久,在系统研制过程中,基于建模及仿真技术能够有效的降低系统研制周期、提高研发效率以及提高系统的可靠性和稳定性。随着系统规模和复杂度的不断提高,如何提高仿真效率是重要的研究课题之一。分布式仿真能够充分利用分布式并行计算的特点,大幅度提高仿真效率
- DDS协议与OPCUA对比
路边闲人2
物联网DDSOPCUA
一、DDS协议DDS协议(DataDistributionService)是OMG对象管理组织在HLA及CORBA等标准的基础上制定的新一代分布式实时通信中间件技术规范,DDS采用发布/订阅体系架构,强调以数据为中心,提供丰富的QoS服务质量策略,能保障数据进行实时、高效、灵活地分发,可满足各种分布式实时通信应用需求。DDS信息分发中间件是一种轻便的、能够提供实时信息传送的中间件技术。DDS数据分
- 连锁不平衡(LD)分析。
要快乐_更要经历山河
在群体遗传学研究中,LD连锁不平衡分析是非常常见的内容,同时也是关联分析的基础。在很多的遗传进化GWAS的文章中都会出现LD衰减或者block单倍型块的图。那么什么是连锁不平衡呢?连锁不平衡(LD)概念只要两个基因不是完全独立遗传,就会表现出某种程度的连锁,这种情况就叫连锁不平衡。由于HLA不同基因座某些基因经常连锁在一起遗传,而连锁的基因并非完全的随机的组成单体型,有些基因总是较多的在一起出现,
- ubuntu16.03
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/根目录/home家目录/bin、/usr/bin可执行二进制文件目录,不能随便变动终端字体放大:ctrl+shiift++,缩小:ctrl+-命令:ls当前目录下内容,不含隐藏内容ls-a显示所有内容,含隐藏内容ls-ld表示目录,-表示文件,不含隐藏内容ls-l-h-h将显示的内容大小变为相应单位如k,M等ls-h-l-a或ls-hla综合效果ls匹配组合如ls*.txtls--helpman
- IMGT/HLA数据库简介
生信修炼手册
欢迎关注"生信修炼手册"!IMGT/HLA数据库收录了HLA不同Allel的序列信息,网址如下https://www.ebi.ac.uk/ipd/imgt/hla/最近更新日期为2018年7月11号,版本为3.33.0,数据库中收录的信息如下1.数据概览数据库中主要收录了HLAI型和II型基因的Allel信息,此外,还包含了一些非HLA基因的Allel2.HLAI型对于HLA-I型基因,包含了经典
- 它被称为“不死的癌症”?
乐歌健康生活
这篇为大家科普一种病,它被大家称为“不死的癌症”,它就是“强直性脊柱炎”。提到强直性脊柱炎,我们并不陌生,好多明星也患有强直性脊柱炎,如周杰伦、张嘉译、蔡少芬等,此病男性为多发人群。强直性脊柱炎(AS)是以骶髂关节和脊柱附着点炎症为主要症状的疾病。与HLA-B27呈强关联。某些微生物(如克雷白杆菌)与易感者自身组织具有共同抗原,可引发异常免疫应答。是四肢大关节,以及椎间盘纤维环及其附近结缔组织纤维
- 单细胞108篇文献解读之5---Acquired cancer resistance to combination immunotherapy from transcriptional loss...
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5、天勇星大刀关胜这一篇是免疫相关,美国FredHutchinson癌症研究中心于2018年9月发表在NC的AcquiredcancerresistancetocombinationimmunotherapyfromtranscriptionallossofclassIHLA,本文的重点在于单细胞数据的分析部分图片1背景知识HLA(humanleukocyteantigen):人类白细胞抗原,它是
- 第8章:主要组织相容性复合物MHC2021-04-18
孟婆给咱来碗汤_cc67
导读主要组织相容性复合体(MHC)是DNA的一个区域,为一组识别抗原的分子编码。不同生物的MHC有特定的名称。在人类6号染色体上发现的人类MHC被称为人类白细胞抗原(HLA)。当具体提到HLA基因或HLA分子时(例如,HLA-A基因编码HLA-A分子)。如第3章所述,HLA分子是抗原识别分子,与抗体和T细胞受体(TCR)是抗原识别分子一样。然而,直到获得了HLA分子的三维结构,人们才清楚HLA分子
- HIBAG——对SNP芯片数据进行HLA imputation
亚里亚的塔
HIBAG是用于使用SNP数据估算HLA类型的软件包,该软件包配套根据现有数据库估算的参数,因此只需要输入自己的芯片数据,无需访问大型数据库,即可得到HLAimputation信息。安装HIBAGsource("http://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite("HIBAG")下载参数https://hibag.s3.amazonaws.com/hlares
- 图示杂合SNP的R脚本
九月_1012
膜拜一下小伙伴的R脚本,杂合SNP在外显子和内含子区域的图示,以下截图来自于Gendx的HLA显示,以下脚本进行一个部分的实现image.png具体效果如下:image.pngoptions(stringsAsFactors=F)snp=read.table('XX.snp.stat',sep="\t",header=T,comment.char="")x35)cex[i,][y[i,]>35]=
- The Immune Landscape of Cancer 方法汇总
JUpter_
文章结果和资源链接屏幕快照2020-06-20上午4.48.52.png工具列表从RNA-seq文件推断TCRMiTCRv1.0.3,由Bolotin等人开发,它允许对TCR和免疫球蛋白序列进行高度可定制的分析Opitype专门针对HLAI型基因进行分型的软件,可以提供精确的4位分型结果polysolver使用相对低覆盖率的WES数据,也可以实现高精度的HLA分型NetMHCpan预测肿瘤新抗原的
- Algorithm
香水浓
javaAlgorithm
冒泡排序
public static void sort(Integer[] param) {
for (int i = param.length - 1; i > 0; i--) {
for (int j = 0; j < i; j++) {
int current = param[j];
int next = param[j + 1];
- mongoDB 复杂查询表达式
开窍的石头
mongodb
1:count
Pg: db.user.find().count();
统计多少条数据
2:不等于$ne
Pg: db.user.find({_id:{$ne:3}},{name:1,sex:1,_id:0});
查询id不等于3的数据。
3:大于$gt $gte(大于等于)
&n
- Jboss Java heap space异常解决方法, jboss OutOfMemoryError : PermGen space
0624chenhong
jvmjboss
转自
http://blog.csdn.net/zou274/article/details/5552630
解决办法:
window->preferences->java->installed jres->edit jre
把default vm arguments 的参数设为-Xms64m -Xmx512m
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- 文件上传 下载 解析 相对路径
不懂事的小屁孩
文件上传
有点坑吧,弄这么一个简单的东西弄了一天多,身边还有大神指导着,网上各种百度着。
下面总结一下遇到的问题:
文件上传,在页面上传的时候,不要想着去操作绝对路径,浏览器会对客户端的信息进行保护,避免用户信息收到攻击。
在上传图片,或者文件时,使用form表单来操作。
前台通过form表单传输一个流到后台,而不是ajax传递参数到后台,代码如下:
<form action=&
- 怎么实现qq空间批量点赞
换个号韩国红果果
qq
纯粹为了好玩!!
逻辑很简单
1 打开浏览器console;输入以下代码。
先上添加赞的代码
var tools={};
//添加所有赞
function init(){
document.body.scrollTop=10000;
setTimeout(function(){document.body.scrollTop=0;},2000);//加
- 判断是否为中文
灵静志远
中文
方法一:
public class Zhidao {
public static void main(String args[]) {
String s = "sdf灭礌 kjl d{';\fdsjlk是";
int n=0;
for(int i=0; i<s.length(); i++) {
n = (int)s.charAt(i);
if((
- 一个电话面试后总结
a-john
面试
今天,接了一个电话面试,对于还是初学者的我来说,紧张了半天。
面试的问题分了层次,对于一类问题,由简到难。自己觉得回答不好的地方作了一下总结:
在谈到集合类的时候,举几个常用的集合类,想都没想,直接说了list,map。
然后对list和map分别举几个类型:
list方面:ArrayList,LinkedList。在谈到他们的区别时,愣住了
- MSSQL中Escape转义的使用
aijuans
MSSQL
IF OBJECT_ID('tempdb..#ABC') is not null
drop table tempdb..#ABC
create table #ABC
(
PATHNAME NVARCHAR(50)
)
insert into #ABC
SELECT N'/ABCDEFGHI'
UNION ALL SELECT N'/ABCDGAFGASASSDFA'
UNION ALL
- 一个简单的存储过程
asialee
mysql存储过程构造数据批量插入
今天要批量的生成一批测试数据,其中中间有部分数据是变化的,本来想写个程序来生成的,后来想到存储过程就可以搞定,所以随手写了一个,记录在此:
DELIMITER $$
DROP PROCEDURE IF EXISTS inse
- annot convert from HomeFragment_1 to Fragment
百合不是茶
android导包错误
创建了几个类继承Fragment, 需要将创建的类存储在ArrayList<Fragment>中; 出现不能将new 出来的对象放到队列中,原因很简单;
创建类时引入包是:import android.app.Fragment;
创建队列和对象时使用的包是:import android.support.v4.ap
- Weblogic10两种修改端口的方法
bijian1013
weblogic端口号配置管理config.xml
一.进入控制台进行修改 1.进入控制台: http://127.0.0.1:7001/console 2.展开左边树菜单 域结构->环境->服务器-->点击AdminServer(管理) &
- mysql 操作指令
征客丶
mysql
一、连接mysql
进入 mysql 的安装目录;
$ bin/mysql -p [host IP 如果是登录本地的mysql 可以不写 -p 直接 -u] -u [userName] -p
输入密码,回车,接连;
二、权限操作[如果你很了解mysql数据库后,你可以直接去修改系统表,然后用 mysql> flush privileges; 指令让权限生效]
1、赋权
mys
- 【Hive一】Hive入门
bit1129
hive
Hive安装与配置
Hive的运行需要依赖于Hadoop,因此需要首先安装Hadoop2.5.2,并且Hive的启动前需要首先启动Hadoop。
Hive安装和配置的步骤
1. 从如下地址下载Hive0.14.0
http://mirror.bit.edu.cn/apache/hive/
2.解压hive,在系统变
- ajax 三种提交请求的方法
BlueSkator
Ajaxjqery
1、ajax 提交请求
$.ajax({
type:"post",
url : "${ctx}/front/Hotel/getAllHotelByAjax.do",
dataType : "json",
success : function(result) {
try {
for(v
- mongodb开发环境下的搭建入门
braveCS
运维
linux下安装mongodb
1)官网下载mongodb-linux-x86_64-rhel62-3.0.4.gz
2)linux 解压
gzip -d mongodb-linux-x86_64-rhel62-3.0.4.gz;
mv mongodb-linux-x86_64-rhel62-3.0.4 mongodb-linux-x86_64-rhel62-
- 编程之美-最短摘要的生成
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java数据结构算法编程之美
import java.util.HashMap;
import java.util.Map;
import java.util.Map.Entry;
public class ShortestAbstract {
/**
* 编程之美 最短摘要的生成
* 扫描过程始终保持一个[pBegin,pEnd]的range,初始化确保[pBegin,pEnd]的ran
- json数据解析及typeof
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jstypeofjson解析
// json格式
var people='{"authors": [{"firstName": "AAA","lastName": "BBB"},'
+' {"firstName": "CCC&
- 流程系统设计的层次和目标
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设计模式数据结构sql框架脚本
流程系统设计的层次和目标
 
- RMAN List和report 命令
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oraclelistreportrman
LIST 命令
使用RMAN LIST 命令显示有关资料档案库中记录的备份集、代理副本和映像副本的
信息。使用此命令可列出:
• RMAN 资料档案库中状态不是AVAILABLE 的备份和副本
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• 备份集和副本,其中包含指定数据文件列表或指定表空间的备份
• 包含指定名称或范围的所有归档日志备份的备份集和副本
• 由标记、完成时间、可
- 二叉树:红黑树
dieslrae
二叉树
红黑树是一种自平衡的二叉树,它的查找,插入,删除操作时间复杂度皆为O(logN),不会出现普通二叉搜索树在最差情况时时间复杂度会变为O(N)的问题.
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- C语言homework3,7个小题目的代码
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1、打印100以内的所有奇数。
# include <stdio.h>
int main(void)
{
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for (i=1; i<=100; i++)
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if (i%2 != 0)
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}
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- 自定义按钮, 图片在上, 文字在下, 居中显示
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自定义
#import <UIKit/UIKit.h>
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-(void)setFrame:(CGRect)frame ImageName:(NSString*)imageName Target:(id)target Action:(SEL)action Title:(NSString*)title Font:(CGFloa
- MySQL查询语句练习题,测试足够用了
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1.创建student和score表
CREATE TABLE student (
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- 转:MyBatis Generator 详解
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- 让程序员少走弯路的14个忠告
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工作计划学习
无论是谁,在刚进入某个领域之时,有再大的雄心壮志也敌不过眼前的迷茫:不知道应该怎么做,不知道应该做什么。下面是一名软件开发人员所学到的经验,希望能对大家有所帮助
1.不要害怕在工作中学习。
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- nginx和NetScaler区别
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nginx
NetScaler是一个完整的包含操作系统和应用交付功能的产品,Nginx并不包含操作系统,在处理连接方面,需要依赖于操作系统,所以在并发连接数方面和防DoS攻击方面,Nginx不具备优势。
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3.策略灵活度方
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onestopweb
动画
index.html
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/
- FAQ - SAP BW BO roadmap
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BOBW
http://www.sdn.sap.com/irj/boc/business-objects-for-sap-faq
Besides, I care that how to integrate tightly.
By the way, for BW consultants, please just focus on Query Designer which i
- 关于java堆内存溢出的几种情况
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javajvmjdkthread
【情况一】:
java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space:这种是java堆内存不够,一个原因是真不够,另一个原因是程序中有死循环; 如果是java堆内存不够的话,可以通过调整JVM下面的配置来解决: <jvm-arg>-Xms3062m</jvm-arg> <jvm-arg>-Xmx
- Manifest.permission_group权限组
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public static final class Manifest.permission_group extends Object
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android. Manifest.permission_group 常量
ACCOUNTS 直接通过统计管理器访问管理的统计
COST_MONEY可以用来让用户花钱但不需要通过与他们直接牵涉的权限
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