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单细胞
JointVAE用于
单细胞
多模态插补和embedding
单细胞
多模态数据能够测量细胞的各种特征,从而深入了解细胞和分子机制。然而,多模态数据的生成仍然昂贵且具有挑战性,同时缺失模态也经常发生。
tzc_fly
·
2023-07-22 14:39
单细胞多组学分析
embedding
宏基因组分析步骤Linux,为什么宏基因组数据分析比较难?
生物数据分析包括很多种类,比如人基因组,植物,动物,微生物,还有RNA,
单细胞
RNA等等,其中宏基因组数据分析是比较难的部分,为什么呢?这里总结了以下10点原因。
南哥塔罗占卜师
·
2023-07-22 12:30
宏基因组分析步骤Linux
单细胞
CNV分析--CopyKAT
目前,最常用于
单细胞
CN
七哥就是我
·
2023-07-22 04:51
分析思考||
单细胞
转录组中实验步骤对分析有哪些影响
//实验原理先考古一下2017年10xGenomics
单细胞
转录组的技术文献:Massivelyparalleldigitaltranscriptionalprofifili
BBio
·
2023-07-22 02:00
10X
单细胞
(10X空间转录组)基因调控网络分析之Pando
今天的内容是分析
单细胞
或者空间转录组数据的调控网络分析,这个方法需要用到scRNA和scATAC的数据进行联合分析,非常给力,我们来看看简介。
单细胞空间交响乐
·
2023-07-22 01:26
文献解读| 利用
单细胞
转录组测序技术绘制人类发育图谱
该研究利用
单细胞
转录组测序技术绘制了高质量的人类胚胎时期肠道等内胚层器官的转录组图谱,并筛选器官发育过程中重要的调控因子,为胚胎组织与类器官的结合分析提供了研究思路。接
百奥益康
·
2023-07-22 01:31
玩转
单细胞
高级分析 | 细胞通讯分析篇
一、细胞通讯分析常用方法基于
单细胞
数据进行的细胞通讯分析往往涉及到表达量矩阵,受体-配体表达,受体-配体互作强度等信息。
贝瑞科服
·
2023-07-21 18:40
文献(4): Nature子刊_晚期非小细胞肺癌的
单细胞
图谱
今天介绍的这一篇文献[Ref1],发表在NC上,中规中矩,分析内容很全面也很常见(话说,NC上面好多这种描述性的
单细胞
文章)。
TOP生物信息
·
2023-07-21 17:34
气泡灯
就好像
单细胞
生物一样,但又不一样,我们是有魔性的气泡。我们没有语言,只靠呈现画面来表达自己的感情和欲望。看见人,我们才会感应到他们的渴望继而形成画面,如果我们承载的情感太多
转椅嗜好者
·
2023-07-21 11:58
Seurat4.0系列教程21: 结合Cell Hashing分析双细胞
CellHashing由NYGC技术创新小组与Satija实验室合作开发,使用寡核苷酸标记的抗体标记细胞表面表达的蛋白质,在每个
单细胞
上放置一个"样本条形码",使不同的样品能够一起多路复用,并在单次实验中运行
Seurat_
·
2023-07-21 08:33
单细胞
个性化分析之细胞注释篇
作者,追风少年i当
单细胞
基础分析已经完善的时候,摆在眼前首要的问题就是,每个cluster具体是细胞细胞类型?只有在注释了每个群的基础上,才可以进行下游更加深入的个性化分析。
单细胞空间交响乐
·
2023-07-21 01:40
Nature子刊发布迄今为止最详细的胰腺癌免疫图谱 | 癌症数据资源
来自美国的研究团队通过多种技术相结合(质谱流式细胞技术CyTOF、
单细胞
转录组测序技术以及多重免疫组化技术),绘制了迄今为止最强大和最详细的胰腺癌免疫图谱,提供了PDA免疫景观的多模式特征,为未来的功能研究提供宝贵资源
尐尐呅
·
2023-07-21 00:51
2021-07-04
所以进化就是迭代,我们从
单细胞
迭代成了人。对于创业来说,迭代就是学习,就是进化,就是进步。
金蝉_66
·
2023-07-20 22:45
2021-11-12
NatRev|胃癌
单细胞
基因组绘制,促进下一代治疗与预防方案原创风不止步图灵基因今天收录于话题#前沿生物大数据分析撰文:风不止步IF=60.716推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐亮点:强调在剖析GC的基因组图谱方面的基础性和转化性进展
图灵基因
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2023-07-20 20:44
10X
单细胞
目前大多数公司基本和高级分析汇总
这次我们客套话就不讲了,直接上干货列表汇总图片.png我们来逐步看看(质控部分)图片.png图片.png细胞聚类及可视化图片.png样本/cluster差异分析图片.png图片.png图片.png批次效应去除图片.png细胞定义图片.pngMarker基因展示图片.png图片.png图片.png图片.png拟时分析(轨迹分析)图片.png图片.png图片.png图片.png细胞互作图片.png图片
单细胞空间交响乐
·
2023-07-20 02:15
ProjecTILs系列教程(二):ICB疗效预测
在Sade-Feldman等人2018年的一项Cell研究中,作者描述了免疫检查点封锁前后黑色素瘤患者免疫细胞的
单细胞
转录谱,目的是确定与检查点治疗成功或失败相关的因素。
生信宝库
·
2023-07-20 01:48
Seurat v3.0命令列表
标准的Seurat工作流程标准的Seurat工作流程采用原始的
单细胞
表达数据,并旨在在数据中查找簇。有关完整的详细信息,请阅读我们的教程。
Seurat_
·
2023-07-19 23:55
SciBet:一个软件解决
单细胞
注释所有烦恼
说在前面对于
单细胞
数据分析流程来说,其中最重要的一步就是对各种细胞亚群进行准确的注释,因为后续的分析全部在这个基础上进行,一步出错步步错;而且注释出的细胞类型还会影响后续进行的相关功能分析。
生信宝库
·
2023-07-19 23:01
反卷积法推断bulk RNA数据中的细胞组成
在这篇文章中,作者使用肿瘤
单细胞
RNA测序数据的适应症特异性和细胞类型特异性参考基因表达谱(RGEP),深入分析如何通过数学反卷积从bulk数据中得出实体瘤的细胞组成数据。
麒麟991
·
2023-07-19 22:15
注释气泡图函数(更新)
之前我们写过一个原创可视化函数Dotplot_anno.R,nature级别图表:一个注释气泡热图函数(适用于
单细胞
及普通数据)。主要解决的问题是1)
单细胞
基因可视化分组注释。
TS的美梦
·
2023-07-19 16:18
ggplot2
单细胞
气泡图
注释
跟着Cell学
单细胞
转录组分析(十一):
单细胞
基因评分|AUCell评分
更多精彩请至我的公众号《KS科研分享与服务》第一次接触基因评分是在一篇文章中,也不知道这样的叫法对不对,作者选定了几个炎症基因,利用seurat包的一个打分函数AddModuleScore,依据基因的平均表达水平进行分析,最后得到的score称为炎症分数,其实这样的叫法有点欠缺,但是有这样的做法。(演示数据没有意义)选择基因进行计算。DefaultAssay(immune)<-"RNA"cd_fe
TS的美梦
·
2023-07-19 16:48
r语言
开发语言
数据分析
数据挖掘
玩转
单细胞
(10):替换
单细胞
Seurat对象UMAP坐标
玩转
单细胞
往期精彩系列:玩转
单细胞
(2):Seurat批量做图修饰玩转
单细胞
(3):堆叠柱状图添加比例玩转
单细胞
(4):
单细胞
相关性玩转
单细胞
(5):
单细胞
UMAP图只标记特定细胞群、圈定细胞群及坐标轴修改玩转
单细胞
TS的美梦
·
2023-07-19 16:45
单细胞
ggplot2
UMAP
【
单细胞
组学】CITE-seq-Count:分析CITEseq测序数据
导言昨天我们介绍了CITE-seq的测序原理和简单应用。目前很多国内外公司都能做CITE-seq测序,至少我们知道10xGenomics是可以做的。有了测序数据(reads文件),接下来我们看看怎么得到蛋白的表达数据。CITE-seq的研发者创建的网站上(https://cite-seq.com/computational-tools/)给出了推荐使用的软件。对于read-level数据可以使用C
SciNote
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2023-07-19 04:38
Gabor变换、Gabor滤波器
姓名:张右润学号:19021210648转载自:https://www.cnblogs.com/wxl845235800/p/9981617.html【嵌牛导读】Gabor小波与人类视觉系统中简
单细胞
的视觉刺激响应非常相似
东Rain
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2023-07-19 01:38
超全总结--
单细胞
+空间转录组的整合分析方法总结
有时间多回家看看吧~~~~~
单细胞
+空间转录组的整合分析方法总结图片.png图片.png图片.png图片.pngf479ff2a0b6bd1edb961ec351df6d883.g
单细胞空间交响乐
·
2023-07-18 21:13
空间细胞类型密度分布图
作者,EvilGenius今天我们的目标是实现
单细胞
空间如下分析图谱如果要实现以上图谱,需要如下几步:第一步,空间区域识别,这已经成了空间数据分析的必备技能了,需要空间聚类结果和形态学结合起来。
单细胞空间交响乐
·
2023-07-18 18:19
提高10倍!派真生物正式发布π-Alpha™ 293细胞AAV高产技术平台
π-AlphaTM293细胞AAV高产技术平台在大幅提升AAV载体
单细胞
瞪羚社
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2023-07-18 03:08
从
单细胞
到空间转录组,生物医学进入新时代
编者按:随着10Xgenomics于2019年11月发布VisiumSpatialGeneExpressionSolution,空间转录组学(SpatialTranscriptome,ST)研究如火如荼。爱丽慕斯(ANIMUS)团队,经过近一年不懈努力,隆重推出10X空间转录组技术服务,提供空间转录组方案设计、实验定制、生信分析和数据可视化等高水平一站式服务。随着2020年8月利用空间转录组研究A
ANIMUS爱丽慕斯
·
2023-07-17 18:44
如何下载SRA存放在AWS的原始数据
但遗憾的SRA的数据是原数据的有损压缩,比如说我19年参与发表的文章里
单细胞
数据上传的是3个文件,但是当时的faster-dump/fastq-dump只能拆出2份(目前可以顺利拆出三份)。
徐洲更hoptop
·
2023-07-17 15:40
aws
云计算
生物信息
2021-12-21
NatComm|
单细胞
分析发现颅骨形成相关基因原创图灵基因图灵基因2021-12-2113:06收录于话题#前沿生物大数据分析在一项新的小鼠研究中,西奈山伊坎医学院的科学家们展示了一组新发现的骨骼边缘细胞中启动的一个基因的活性如何在颅骨的形成中发挥重要作用
图灵基因
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2023-07-17 07:56
2022-06-22
NatBiotech|AI用
单细胞
数据优化细胞分类原创苏安图灵基因2022-06-2208:22发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文:苏安IF:54.98推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐亮点:研究团队提出了一种计算算法
图灵基因
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2023-07-17 00:27
简单介绍:用于开发下一代免疫疗法的
单细胞
组学进展
Single-cellgenomicapproachesfordevelopingthenextgenerationofimmunotherapies2020年2月发表在NatureMedicine上的review,由
单细胞
大佬
宛廿庚
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2023-07-16 19:30
【R>>scRNA】
单细胞
交响乐2-从实验到下游分析workflow
先定个小目标,系统的学习完刘小泽老师的《
单细胞
交响乐1-31》两张非常重要的图scRNA-Workflow原来不用Seurat也可以做到质控、挑高变化基因:下面分析下droplet-based的视网膜数据
高大石头
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2023-07-16 13:00
2022-05-20
图灵基因2022-05-2007:03发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文:huacishuIF=53.44推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐亮点:1、作者开发了Tres(肿瘤恢复T细胞),这是一种计算模型,利用
单细胞
转录组数据来识别对免疫抑制信号具有恢复性的
图灵基因
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2023-07-16 11:09
2022《Science》首个果蝇
单细胞
胚胎发育时间连续图谱问世
IF=63.714推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐亮点:文章开发的果蝇胚胎图谱为后生动物生命周期中细胞状态的协调提供了信息,包含预测的核年龄将有助于探索基因在不同组织中活跃的精确时间点,以及染色质是如何随时间重塑。2022年8月5日,美国华盛顿大学JayShendure博士等人在《Science》上发表了一篇“ThecontinuumofDrosophilaembryonicdevelopmentatsingl
生信师姐
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2023-07-16 06:20
易基因 |
单细胞
多组学研究破译小鼠原肠胚形成机制
在小鼠的原肠胚中,精确的表观基因组和转录组指令引导多能干细胞分化为三个主要胚层(内胚层,中胚层和外胚层)的细胞,从而有助于脊椎动物“身体计划”的构建。虽然我们对计划中这个发展阶段的转录部分有一个大致的了解,但我们仍然缺乏相关认识。比如表观遗传的改变是如何以及何时决定基因的表达或抑制?又是如何决定细胞自主选择和“动物体计划”的建立?为了充分探索这些生物指令,需要通过对极其微量的细胞进行多层次的分析。
E_GENE
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2023-07-15 17:22
空间转录组第七讲:多样本合并、marker基因分析
跟
单细胞
一样,我们做空间转录组一般不太可能只做一个样本,一般会多个样本同时分析,样本之前往往需要进行亚群数目和基因表达差异的比较,这时候就需要把多个样本整合起来一起分析。
邓老师呦
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2023-07-15 15:10
2022-04-29
CancerCell|胃肠癌中新抗原反应性T细胞的转录组学特征原创榴莲不酥图灵基因2022-04-2907:03收录于合集#前沿分子生物学机制撰文:榴莲不酥IF=31.743推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐亮点:使用
单细胞
图灵基因
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2023-07-15 12:21
单细胞
文库构建(library construction)
自从19年3月份的一篇comprehensivesummary:BenchmarkingSingle-CellRNASequencingProtocolsforCellAtalsProjectshttps://www.biorxiv.org/content/10.1101/630087v1.full17年可以参考的一篇Comparativeanalysisofsingle-cellRNAseque
CuteCurse
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2023-07-15 11:47
8.
单细胞
RNA-seq 聚类分析:整合
学习目标:使用变异最大的基因进行不同条件的细胞整合,从而识别出最相似的细胞
单细胞
RNA-seq聚类分析:整合image目标:在不同的条件下,比对同一类型的细胞。
denghb001
·
2023-07-15 10:52
10X
单细胞
(10X空间转录组)TCR(BCR)数据分析之混合效应模型(lme4)
hello,大家好,在上一篇分享的文献10X
单细胞
(10X空间转录组)TCR数据分析之TCR内在调控潜力系统(TiRP)中,有很多无法理解的地方,需要我们一一攻克,今天我们来攻克第一个问题,混合效应模型
单细胞空间交响乐
·
2023-07-15 08:01
文献解读|
单细胞
联合空间转录组测序揭示脑神经炎性星形胶质细胞亚型
为探究小鼠大脑中的神经炎性星形胶质细胞亚型,纽约大学的研究人员利用
单细胞
转录组测序及空间转录组测序技术,对小鼠脑星形胶质细胞进行研究,揭示了小鼠大脑中的神经炎性星形胶质细胞亚型及其空间分布情况,相关成果于
百奥益康
·
2023-07-15 06:02
2022-05-10
Science背靠背|
单细胞
eQTL作图解析自身免疫性疾病原创图灵基因图灵基因2022-05-1009:27收录于合集#前沿生物大数据分析在细胞水平上,遗传变异在自身免疫中所起的作用尚不清楚。
图灵基因
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2023-07-15 04:39
单细胞
转录组分析食管鳞状细胞癌的肿瘤微环境状态
2021年9月6日,清华大学王建斌团队和中国医学科学院肿瘤医院吴晨团队的研究人员在NatureCommunications上发表关于
单细胞
转录组分析揭示食管鳞状细胞癌的肿瘤微环境的文章,研究人员采用
单细胞
转录测序技术对
晶典教你玩转科研
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2023-07-14 21:54
数字PCR之德国汉堡大学基于
单细胞
基因编辑低频脱靶新方法
CRISPR-Cas9技术彻底改变了基础生物研究和应用生物技术的许多领域。但在临床基因治疗实施中脱靶效应的检测仍然存在难题。德国汉堡大学-艾本多夫医学中心(UKE)干细胞移植、细胞和基因治疗研究所的学者们近日在知名杂志《MolecularTherapy》上发表“LATE–anovelsensitivecell-basedassayforthestudyofCRISPR/Cas9-relatedlo
深蓝云
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2023-07-14 19:15
使用immunarch包进行
单细胞
免疫组库数据分析(九):Annotate clonotypes using immune receptor databases
免疫受体数据库简介具有关于免疫受体特异性的汇总信息的数据库提供了一种直接的方法来注释您的数据并找到与疾病相关的TCR或BCR受体。immunarch包中支持使用了最流行的AIRR数据库(VDJDB、McPAS-TCR和PIRDTBAdb)注释数据的工具。数据库注释主要包括以下两步过程。首先,我们需要下载所需的数据库文件-完整的数据库文件或从数据库的Web界面获得的过滤数据。然后,再使用immuna
Davey1220
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2023-07-14 07:39
基于GPT构建
单细胞
多组学基础模型
通过利用呈指数增长的
单细胞
测序数据,作者首次尝试通过对超过1000万个细胞进行生成式预训练来构建
单细胞
基础模型。scGPT有效地
tzc_fly
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2023-07-13 21:16
单细胞多组学分析
gpt
10X
单细胞
& 10XATAC 联合分析表征细胞调控网络(MIRA)
这一篇我们需要来分析
单细胞
联合ATAC表征细胞调控网络,关于
单细胞
和ATAC联合分析的文章,我列举在这里,供大家参考。
单细胞空间交响乐
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2023-07-13 16:18
windows下载SRA数据--NCBI
单细胞
测序数据
NCBI数据库下载
单细胞
测序原始SRA数据如果想要分析数据库中的数据,可以从文献中获得数据的GSE号,举个例子:image.png然后到NCBINationalCenterforBiotechnologyInformation
生信小白花
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2023-06-27 16:41
复现原文(二):Single-cell RNA sequencing of human
imageimageNGS系列文章包括NGS基础、转录组分析(Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析(ChIP-seq基本分析流程)、
单细胞
测序分析(重磅综述:
生信宝典
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2023-06-24 11:04
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