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单细胞
Seurat4系列教程(搬运工,细节待更新)
转自公众号《
单细胞
天地》系列文章标准流程Read10XCreateSeuratObjectPercentageFeatureSetsubsetNormalizeDataFindVariableFeaturesScaleData
白云梦_7
·
2023-08-22 20:05
跟着Cell学
单细胞
转录组分析(五):
单细胞
转录组marker基因鉴定及细胞群注释
书接上回(跟着Cell学
单细胞
转录组分析(四):
单细胞
转录组测序UMAP降维聚类)。
KS科研分享与服务
·
2023-08-22 10:08
单细胞
图文复现之动脉组织细胞分类
又是老板扔来的一篇
单细胞
数据的文章!
_十三
·
2023-08-22 09:37
答读者问(7):关于doublet
一般我会先用软件预测,可以参考我之前写的一篇帖子:
单细胞
分析实录(4):doublet检测。这里引出一个问题,去doublet是在哪一步进行:跑完cellrange
TOP生物信息
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2023-08-21 23:25
单细胞
转录组基础分析五:细胞再聚类
本文是参考学习
单细胞
转录组基础分析五:细胞再聚类的学习笔记。可能根据学习情况有所改动。
Seurat_
·
2023-08-21 18:21
生物学研究中常见的统计检验方法(二:Wilcoxon test)
然而,在生物信息学分析中经常碰到不满足此假设的情况,例如比较两个基因在两组
单细胞
中的表达水平。
Bio_zouxudong
·
2023-08-21 01:07
ArchR官网教程学习笔记16(下):ArchR的轨迹推断分析
ArchR推测DoubletArchR官网教程学习笔记3:创建ArchRProjectArchR官网教程学习笔记4:ArchR的降维ArchR官网教程学习笔记5:ArchR的聚类ArchR官网教程学习笔记6:
单细胞
嵌入
生信start_site
·
2023-08-21 00:36
详细介绍新版SingleR进行
单细胞
自动化鉴定
作者:尧小飞审稿:童蒙编辑:amethyst引言随着10xGenomics
单细胞
转录组技术的普及,现在的
单细胞
转录组分析越来越普及,得到的
单细胞
数据越来越多。
生信阿拉丁
·
2023-08-20 23:19
10X
单细胞
(10X空间转录组)数据分析总结之各种NMF
hello,大家好,今天我们来初步总结一下所有
单细胞
分析用到的NMF。我们先来简单回顾一下批次矫正的方法liger。
单细胞空间交响乐
·
2023-08-20 20:19
单细胞
多样本整合-GSE162631
GSE162631,4个胶质瘤样本,总计5万多个细胞。Seurat+CCA整合+singleR跑了跑。library(dplyr)library(Seurat)library(patchwork)dirs=dir(pattern="^R")f="dat.Rdata"if(!file.exists(f)){scelist=list()for(iin1:length(dirs)){x=Read10X(
小洁忘了怎么分身
·
2023-08-20 16:35
2022-04-05
呼吸是需要氧气的,首先氧气进入细胞之后出来之后就变成了二氧化碳,
单细胞
生物需要呼吸,多细胞生物也需要呼吸,我们呼吸的目的是消化有机物而转化为能量。
洵张
·
2023-08-20 07:32
projectLSI:将你的
单细胞
或bulk转录组数据映射到参考数据集中
简介在
单细胞
数据分析过程中,我们经常会遇到不同样本之间整合的批次效应和细胞类型注释的困难,projectLSI包利用termfrequency–inversedocumentfrequency(TF-IDF
Davey1220
·
2023-08-20 06:16
【文献简报】通过共享
单细胞
RNA和染色质开放区域来鉴定染色质潜力
通过多轮的indexing,使得每个
单细胞
中的RNA和染色质均同时被独特的DNAbarcode标记。最后通过链霉素将cDNA和染色质分开,并分别建库测序。
六博说
·
2023-08-20 04:07
单细胞
转录组学习笔记-5-熟悉文献作者提供的两个表达矩阵
转载来自:刘小泽链接:https://www.jianshu.com/p/e659a2f164f7刘小泽写于19.6.17-第二单元第三讲:熟悉文献作者提供的两个表达矩阵笔记目的:根据生信技能树的
单细胞
转录组课程探索
夕颜00
·
2023-08-19 19:43
AnnData对象处理
AnnData是python中存储
单细胞
数据的一种格式,常用于scanpy。
myshu
·
2023-08-19 14:16
scATAC文献:人类大脑皮质
单细胞
水平染色质和基因调控的动态发育图谱---Part1
Chromatinandgene-regulatorydynamicsofthedevelopinghumancerebralcortexatsingle-cellresolutionPart1:发育中人类大脑皮层的
单细胞
调控图谱该部分主要内容总结
科研菜鸟
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2023-08-19 13:26
Bioconda软件安装神器:多版本并存、环境复制、环境导出
seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析(ChIP-seq基本分析流程)、
单细胞
测序分析(重磅综述:三万字长文读懂
单细胞
RNA测序分析的最佳实践教程(原理、代码和评述))、DNA甲基化分析、重测序分析
生信宝典
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2023-08-19 01:51
Seurat24式太极拳之7左揽雀尾---将Seurat与多组学数据结合使用
七、左揽雀尾转体撤手收脚抱球转体上步弓步掤臂摆臂后捋转体搭手弓下前挤转腕分手后坐引手弓步前按载入数据同时测量来自同一细胞的多种数据类型的能力(称为多峰分析)代表了
单细胞
基因组学的一个令人兴奋的新领域。
Seurat_
·
2023-08-18 20:35
2022-07-11
CellReports|
单细胞
测序揭示肿瘤“教坏”巨噬细胞的关键因子原创图灵基因图灵基因2022-07-1108:32发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学机制软组织肉瘤的治疗非常具有挑战性。
图灵基因
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2023-08-18 12:43
ArchR官网教程学习笔记9:ArchR的伪批量重复
ArchR推测DoubletArchR官网教程学习笔记3:创建ArchRProjectArchR官网教程学习笔记4:ArchR的降维ArchR官网教程学习笔记5:ArchR的聚类ArchR官网教程学习笔记6:
单细胞
嵌入
生信start_site
·
2023-08-18 11:37
单细胞
测序的设计与分析
http://dx.doi.org/10.1016/j.cell.2015.10.039缩略词表:fluorescence-activatedcellsorting(FACS)——流式细胞荧光分选技术whole-genomeamplification(WGA)——全基因组扩增技术multipledisplacementamplification(MDA)——多重置换扩增multipleanneal
FionaMoon
·
2023-08-18 09:53
王炸组合『
单细胞
+空间转录组』的科研应用【1】:心血管发育/疾病
提到科研顶流,就不得不提
单细胞
转录组(scRNA-seq)和空间转录组(ST),两者组合能够获得组织中的细胞组成并还原其空间信息,从而更加精确的解析组织结构,在科研以及临床应用中具有重要的意义。
尐尐呅
·
2023-08-18 09:57
遗传所屠强研究组开发Decode-seq方法显著提高差异表达基因分析的准确性
转录组分析的正确姿势(第三版)前言NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析(Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析(ChIP-seq基本分析流程)、
单细胞
测序分析
生信宝典
·
2023-08-18 03:30
【文献速递】-追踪蚂蚁社会分工的神经基础的
单细胞
转录组图谱
Asingle-celltranscriptomicatlastrackingtheneuralbasisofdivisionoflabourinanantsuperorganism期刊:natureecology&evolution日期:2022-06-16研究团队选用了社会性昆虫研究的模式物种——法老蚁作为研究对象,基于华大DNBelabC4
单细胞
建库测序平台
六博说
·
2023-08-17 20:06
单细胞
转录组学习笔记-6-得到表达矩阵后看内部异质性
转载来自:刘小泽链接:https://www.jianshu.com/p/e659a2f164f7刘小泽写于19.6.18、23-第二单元第四讲:得到表达矩阵后看内部异质性笔记目的:根据生信技能树的
单细胞
转录组课程探索
夕颜00
·
2023-08-17 09:44
初学
单细胞
转录组差异分析
单细胞
转录组差异分析主要分为两步:首先构建Seurat对象,然后查找或添加分组信息,最后执行差异分析即可。转录组差异分析在之前
单细胞
富集分析里,也有提到。
小贝学生信
·
2023-08-16 07:47
10X
单细胞
空间联合分析揭示病毒性心肌炎的发病机制
好了,这一篇我们继续分享
单细胞
空间联合分析的文章,大业未完成,我们仍需要努力,参考文章在Spatiotemporaltranscriptomicsrevealspathogenesisofviralmyocarditis
单细胞空间交响乐
·
2023-08-16 07:59
单细胞
测序GSVA基因集变异分析
GSVA基因集变异分析结合limma包分析差异基因集基因集变异分析即GSVA(Genesetvariationanalysis),是一种非参数的无监督分析方法,主要用来评估芯片和转录组的基因集富集结果,适合
单细胞
转录组测序基因集的差异分析
像鸟一样飞过你的高山
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2023-08-16 05:35
热图展示
单细胞
转录组基因在不同组中表达阳性细胞差异
近日,看到-生信作曲家-发的帖子,展示的内容是
单细胞
差异基因的图,是利用热图的形式展现的,在一个热图上可以展示不同cluster中不同组的基因表达阳性细胞比例,差别一目了然,可以同时展示很多的基因。
KS科研分享与服务
·
2023-08-15 19:31
拟时序分析的热图提取基因问题
昨天我在
单细胞
天地讲解了使用monocle2进行拟时序分析的方法,基本上跟着我的代码走一波就可以学会了,当然具体参数理解需要自行发力哦,见:使用monocle做拟时序分析(
单细胞
谱系发育)用法只是最基础的知识而已
Seurat_Satija
·
2023-08-15 14:04
CNS图表复现12—检查原文的细胞亚群的标记基因
前面的教程里面,我们首先根据CNS图表复现08—肿瘤
单细胞
数据第一次分群通用规则进行了初步分群,如下所示:immune(CD45+,PTPRC),epithelial/cancer(EpCAM+,EPCAM
Seurat_
·
2023-08-15 13:04
Seurat24式太极拳之3白鹤亮翅---空间转录组整合
单细胞
转录组数据
三、白鹤亮翅稍右转体跟步抱球后坐转体虚步分手与
单细胞
数据集成在〜50um时,来自于病毒测定的斑点将涵盖多个细胞的表达谱。
Seurat_
·
2023-08-15 10:45
如何改造inferCNV的热图?
首先花半小时来看什么是inferCNV:使用inferCNV分析
单细胞
转录组中拷贝数变异划重点:安装说明:https://github.com/broadinstitute/inferCNV/wiki/
Seurat_Satija
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2023-08-15 07:14
单细胞
在临床上的应用
在这个命题下要写一篇文章,我想思路应该这样打开:标题里包括两个部分一个是
单细胞
测序技术,另一个是临床,要把两者结合起来,首先要了解两者分别有哪些内容,其次就是放开束缚去畅想两者的关联。
周六周六
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2023-08-15 01:15
认知觉醒之——人类的三重大脑
一:本能脑起初地球上并没有生命,数十亿年前,远古海洋中出现了一些“复制子”,它们逐渐进化成了
单细胞
生物,又演化成动物植物和微生物,之后又分化成各种原始鱼类,遍布大海。
德罗巴007_592
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2023-08-14 22:28
Single Cell RNA-seq Analysis 学习记录(二):数据整理
处理原始scRNA-seq数据2.1FastQC当你获取到
单细胞
下机数据的时候,第一步需要做的就是检查数据质量。
面面的徐爷
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2023-08-14 19:44
单细胞
之富集分析-1:
单细胞
GSEA分析流程
单细胞
GSEA分析需要的文件有两个:1.
单细胞
基因表达变化数据(两列,一列是geneid/genesymbol,一列是logFC)(文件格式:.rnk)2.目标基因集(文件格式:.gmx或.gmt)一行是一个
Hayley笔记
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2023-08-14 19:58
近乎全文翻译:在
单细胞
水平上构建人类细胞景观图谱
Constructionofahumancelllandscapeatsingle-celllevel2020年发表在nature上,这篇文章是我两个月之前看的了,现在整理发出来通讯作者:郭国骥教授浙江大学医学院。Highlight•Determinedthecell-typecompositionofallmajorhumanorgansandconstructedaschemeforthehu
宛廿庚
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2023-08-14 09:47
单细胞
转录组数据分析课件||8. Differential expression analysis of scRNA-seq data
单细胞
数据分析中的差异分析主要是找出每个亚群的marker基因,可以作为亚群的某个特性。此处省略SCDE的标准流程。
周运来就是我
·
2023-08-13 15:14
跟着Cell学
单细胞
转录组分析(十三):
单细胞
GSVA分析|这个包涵盖大多数物种
之前我们发过GSVA分析(有了这个包,猪的GSEA和GSVA分析也不在话下(第一集),【后续来了】有了这个包,猪的GSEA和GSVA分析也不在话下(第二集)),接着
单细胞
系列,重新说一下GSVA分析。
KS科研分享与服务
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2023-08-13 00:04
这个Nature推荐的代码海洋竟然有文章作者上传的所有可重现性脚本,涉及
单细胞
、微生物组、转录组分析、机器学习等相关
可重复性研究一直是学术发表希望实现的方式,更有助于判断研究结果的准确性和帮助后人以此为基础进行深入研究。计算分析类型的研究,是能够比较容易实现可重复性的-只要分享代码和数据就可以(当然配置运行环境也需要一定的功底),如使用Rmarkdown或Bookdown或者Jupyternotebook等,像宏基因组主编刘永鑫老师的植物根系菌群分析的NBT文章那样,把代码存放在Github上面也是一种比较好的
生信宝典
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2023-08-12 23:49
Seurat包合并多个
单细胞
样本
示例数据:GSE139324有63个samples。https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE1393241我们选取其中十个,利用Seurat包下载合并,创建Seurat对象。1、rawdata改名、分组创建Seurat对象,每个样本都需要barcodes.tsv.gz、features.tsv.gz、matrix.mtx.gz三个
小贝学生信
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2023-08-12 17:02
植物
单细胞
样本制备||玉米愈伤组织原生质体制备方法
实验步骤:取1.5克悬浮培养的玉米愈伤组织,加入15ml的酶液(4%CellulaseRSYakult,1%RhozymeinKMCsaltsolution).在温控摇床上30度温育3-4小时。先用100um的,然后再用50um的滤网对消化过的组织进行过滤。过滤后的原生质体转移到12ml的离心管里,缓慢顺壁倒入1-2ml的蔗糖溶液(0.6Msucrose,0.5%MES,pH6.0),使蔗糖溶液在
周运来就是我
·
2023-08-12 08:10
单细胞
108篇文献解读之8---Cell differentiation trajectory predicts patient potential immunotherapy response...
单细胞
测序太贵?那不如挖掘公共数据库发4分+SCI大家好!今天跟大家分享的文献是2021年2月发表在Aging(IF=4.831)杂志上的一篇文章。
Seurat_Satija
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2023-08-12 05:48
2022-07-29
张泽民课题组受邀在Science杂志发表泛人类组织
单细胞
测序观点文章目前科学家对人类细胞如何互相作用以组成不同组织与器官的认识仍然十分有限。
appleppear
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2023-08-12 05:03
单细胞
多模态数据整合分析
作者:椰子糖审稿:童蒙编辑:amethyst随着
单细胞
测序技术的发展,多种组学的
单细胞
数据也越来越多,要如何更好的使用多组学的数据去解析样本的细胞组成和特征情况呢?
生信阿拉丁
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2023-08-12 03:25
scATAC文献:人类大脑皮质
单细胞
水平染色质和基因调控的动态发育图谱---Part3
文献名:Chromatinandgene-regulatorydynamicsofthedevelopinghumancerebralcortexatsingle-cellresolutionPart1:Clusteringapproachtolinkgeneexpressionprogramstocell-fatedecisions将基因表达程序与细胞命运决策联系起来的聚类方法模糊C聚类(Fuz
科研菜鸟
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2023-08-11 20:19
10X空间转录组技术创新之同时测RNA和TCR(BCR)
重要性1、10X
单细胞
既然无从知道空间位置,那也就无从真正判断TCR(BCR)是否浸润肿瘤组织,当然,有了很多方法进行推断,但是,也是有根据的“猜”,就像科学家们都推断火星的地质活动已经停止了,不会产生地热
单细胞空间交响乐
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2023-08-11 18:02
10X空间转录组技术创新之同时测RNA和TCR(BCR)
重要性1、10X
单细胞
既然无从知道空间位置,那也就无从真正判断TCR(BCR)是否浸润肿瘤组织,当然,有了很多方法进行推断,但是,也是有根据的“猜”,就像科学家们都推断火星的地质活动已经停止了,不会产生地热
单细胞空间交响乐
·
2023-08-11 18:01
pyscenic分析:视频教程
我们之前更新过pyscenic的教程:pySCENIC
单细胞
转录因子分析更新:数据库、软件更新。
TS的美梦
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2023-08-11 11:09
单细胞转录组
单细胞转录因子分析
pyscenic
SCENIC
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