UMAP

机器学习流形数据降维：UMAP 降维算法

本文目录UMAP简介理论基础特点与优势应用场景在Python中使用UMAP安装umap-learn库使用UMAP可视化手写数字数据集UMAP简介UMAP（UniformManifoldApproximatio

小嗷犬·2024-09-15 22:59

python画出分子化学空间分布（UMAP）

利用umap画出分子化学空间分布图安装pipinstallumap-learn下面是用一个数据集举的例子importtorchimportumapimportpandasaspdimportnumpyasnpimportmatplotlib.pyplotaspltimportseabornassnsfromsklearn.manifoldimportTSNEfromrdkit.Chemimport

Sakaiay·2024-09-15 21:58

单细胞转录组基础分析六：伪时间分析

它分析的前提需要一张展现细胞转录特征相似性关系的图，Monocle2使用DDTree降维图，Monocle3使用UMAP降维图。Monocle的机器学习算法可以依据上述降维图形，学习描述细胞如

Seurat_Satija·2024-02-19 12:25

10.单细胞 RNA-seq：聚类分析

学习目标：评估是否存在聚类过程产生的技术误差使用PCA和UMAP图确定聚类质量，并了解何时重新聚类评估已知的细胞类型标记与假设簇的细胞类型同一性单细胞RNA-seq聚类分析现在我们已经进行了整合，我们想知道我们的细胞群中存在哪些不同细胞类型

denghb001·2024-02-13 01:02

使用UMAP降维可视化RAG嵌入

大型语言模型（LLMs）如GPT-4已经展示了出色的文本理解和生成能力。但它们在处理领域特定信息方面面临挑战，比如当查询超出训练数据范围时，它们会产生错误的答案。LLMs的推理过程也缺乏透明度，使用户难以理解达成结论的方式。检索增强生成（RAG）在LLMS的工作流程中添加了一个检索步骤，使其能够在响应查询时从其他来源（如私人文本文档）中查询相关数据。这些文档事先分成小段，然后使用embedding

·2024-02-11 17:42

单细胞: 将meta.data plot 到UMAP图上的几种方法

这里准备了一个文件，是要将这个文件中的信息plot到umap图上，文件有3列image-20230222064141508.png今天的目标就是:将第一列barcodeplot到umap上将第二列clonotypeidplot

11的雾·2024-02-09 03:20

Seurat 单细胞转录组测序数据分析教程（三）——python(scanpy)

本教程探讨了scanpy的可视化可能性，分为三个部分：嵌入的散点图（例如UMAP、t-SNE）使用已知标记基因鉴定簇差异表达基因的可视化在本教程中，我们将使用来自10x的数据集，其中包含来自PBMC的68k

coffeeii·2024-02-07 03:31

10X单细胞（10X空间转录组）轨迹分析之绘图

图片.png今天我们借助别人的数据，用monocle的轨迹分析结果和Seurat的降维结果实现这张图，从而让轨迹分析在UMAP图上可视化。

单细胞空间交响乐·2024-01-22 23:47

HNU-数据挖掘-实验2-数据降维与可视化

甘晴void202108010XXX文章目录数据挖掘课程实验实验2数据降维与可视化实验背景实验目标实验数据集说明实验参考步骤实验过程1.对数据进行初步降维2.使用无监督数据降维方法，比如PCA，ICA、UMap

甘晴void·2024-01-22 06:31

sc.pl.umap 画feature plot

今天有时间尝试测试了这个scanpy的featureplot,其实很简单，就是使用sc.pl.umap(adata,color="genename"),但是这个地方就有一个问题，这个画出来的值是原始的基因值还是

我的心永远是冰冰哒·2024-01-19 06:27

10X单细胞（10X空间转录组）画图操作之二维colorbar

之前一些同学一直问一个问题，如何在一张TSNE或者UMAP展示两个基因的表达情况，但是最直观的思考就是一个点（cell）如果展示两个基因的表达量，那必将填充两种颜色，这明显是不可行的，结果将是两种颜色的叠加

单细胞空间交响乐·2024-01-18 17:16

利用igraph包可视化基于KNN的单细胞聚类关系

0、背景（1）在Seurat等包中，在进行挑选高变基因，PCA分析后，多使用SNN(sharednearestneighbor)算法进行单细胞聚类，然后进行TSNE或者UMAP二维可视化。

小贝学生信·2024-01-16 11:55

R语言可视化（十八）：UMAP图绘制

18.UMAP图绘制清除当前环境中的变量rm(list=ls())设置工作目录setwd("C:/Users/Dell/Desktop/R_Plots/18umap/")查看示例数据head(iris)

Davey1220·2024-01-11 23:44

2019-11-04

重新下载R,Rstudio,Python,umap1.R,Rstudio见7.19笔记2.Python安装（https://www.python.org/）选择windowsWindowsx86-64executableinstaller

苹果皮好多皮·2023-12-30 20:44

sc-RNA-seq数据分析|| UMAP与t-NSE的区别

UMAP将会与tsne一样作为高纬数据可视化的利器，并且优于tsne.UMAP与t-SNE均是非线性降维，多用于数据可视化UMAP结构与t-SNE一致UMAP计算更快UMAP能更好地反映高纬结构，比t-SNE

周运来就是我·2023-12-25 07:59

UMAP图上同时展示多个marker基因

最近有小伙伴问道一个问题，如何在一个单细胞UMAP/TSNE图上展示多个marker基因的表达，乍一看挺简单的，后来也是思考了一些时间，慢慢解决了这个问题。

KS科研分享与服务·2023-12-19 21:26

单细胞marker基因可视化的补充---密度图与等高线图

单细胞基因可视化之小提琴图单细胞基因个性化作图之气泡图单细胞基因可视化之热图改造修饰1单细胞基因可视化之热图的根本改造2单细胞基因可视化之UMAP图修饰这里对于可视化进行一点补充。

KS科研分享与服务·2023-12-04 15:59

2023-11-28-直播单细胞图表美化-seurat数据结构 featureplot dotplot vlnplot

之前跟SCI学umap图|ggplot2绘制umap图，坐标位置，颜色，大小还不是你说了算介绍过DimPlot的一些调整方法。

生信小博士·2023-12-02 17:19

一文掌握seurat的umap新姿势，定制你的UMAP图

目录：1#1将坐标轴进行缩放2#2给umap添加圆圈3#3.1美化标签3#3.2配色调整4#4我认为最美umap图首先读取seruat官网的pbmc示例数据，待画个性umap图aths(c("/home

生信小博士·2023-12-01 23:07

单细胞转录组中 UMAP的安装

InstallingUMAPdependsuponscikit-learn,andthusscikit-learn'sdependenciessuchasnumpyandscipy.UMAPaddsarequirementfornumbaforperformancereasons.TheoriginalversionusedCython,buttheimprovedcodeclarity,simp

常在心Vane·2023-11-27 06:33

Seurat Tutorial 1：标准分析流程，基于 PBMC 3K 数据集

目录1设置Seurat对象2标准预处理工作流程2.1QC和选择细胞进行进一步分析3数据归一化4识别高变特征（特征选择）5标准化数据6执行线性降维7确定数据集的维度8细胞聚类9运行非线性降维(UMAP/tSNE

生信小博士·2023-11-27 02:09

第454题.四数相加II

,vector&B,vector&C,vector&D){unordered_mapumap;//key:a+b的数值，value:a+b数值出现的次数for(inta:A){for(intb:B){umap

Nicolayy·2023-11-25 14:39

单细胞转录组数据分析课件||6. Dimensionality reduction of scRNA-seq data

PCA分析的基本原理几种其他的降维分析方法tsne与UMAP分析的区别与联系urlThislecturebyPauloCzarnewski(NBIS,ELIXIR-SE)ispartofthecourse"SinglecellRNA-seqdataanalysiswithR

周运来就是我·2023-11-25 07:27

跟着Cell学单细胞转录组分析(四):单细胞转录组测序UMAP降维聚类

KS科研分享与服务·2023-11-22 15:15

Scillus——提高scRNA-seq数据的处理和可视化(三)

绘图1.降维图形绘制降维图可以通过plot_scdata()函数绘制：plot_scdata(scRNA_int,pal_setup=pal)UMAP绘图，按cluster着色plot_scdata()

denghb001·2023-11-19 03:53

向Seurat对象添加降维对象

目前手上有一个Seurat对象文件，但是不知道具体的降维参数是什么，做不出好看的UMAP图。但是手上有分得开的umap坐标文件，尝试给seurat对象添加umap坐标信息。

Bioinfoer·2023-11-03 01:52

R中seurat包DimPlot如何根据不同的resolution画图

DimPlot(b,reduction="umap",label=TRUE,group.by="RNA_snn_res.0.4")还可以根据ident画图等等

小羊小羊，遇事不难·2023-11-03 01:22

ggplot画 ump 和tsne 从seurat中使用addmodule得到的umap 使用ggplot画图

ggplot画ump和tsne从seurat中使用addmodule得到的umap使用ggplot画图subset_datainflammatory_gene=read.xlsx(“G:/silicosis

生信小博士·2023-11-03 01:15

利用 ggplot2 绘制 Seurat 对象中的 tSNE 或 UMAP 图

一种更灵活的方法是把tSNE或者UMAP降维的信息从seurat对象中提取出来，并利用gg

klcola·2023-11-03 01:40

木舟总结 |2021年推文笔记分类汇总

木舟笔记·2023-11-02 08:00

如何在R中以pdf格式批量输出图

应用场景：比如说我们有50个marker，需要输出50张UMAP图，每张图上显示一个marker的表达情况。pdf(".

台式计算机·2023-11-02 06:02

umount异步机制是个什么鬼

这个块设备，这两个过程中在代码逻辑上是‘严格’顺序执行问题描述在umount文件系统的过程中，会大概率导致umount进程D住（处于Uninterruptible状态中），在dmesg看到的直接原因是：设备umap

ArvinWong·2023-10-31 18:09

可视化 | 数据可视化降维算法梳理

文章目录数据描述irisMNISTPCA算法流程图像描述Kernel-PCA算法流程图像描述MDS算法流程图像描述ISOMAP算法流程图像描述LLE算法流程图像描述LPP算法流程图像描述tSNE算法流程图像描述UMAP

啦啦右一·2023-10-31 15:54

Bertopic主题模型原理详解

主题模型原理详解–潘登同学的NLP笔记文章目录Bertopic主题模型原理详解--潘登同学的NLP笔记Bertopic主题建模Nearest-Neighbor-Descent(构建K近邻图)算法详解理论推导算法步骤UMAP

PD我是你的真爱粉·2023-10-23 12:53

Leetcode Hot-100

classSolution{public:vectortwoSum(vector&nums,inttarget){unordered_mapumap;inti=0;for(intnum:nums){if(umap.find

Ray Song·2023-10-20 08:46

使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第六章)

使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第三章)使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第四章)使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第五章)第6章:单细胞嵌入在ArchR中，类似于UMAP

xuzhougeng·2023-10-11 00:22

跟着 Cell 学作图 | 5.UMAP降维分析

cell5.jpg跟着Cell学作图|5.UMAP降维分析“实践是检验真理的唯一标准。”“复现是学习R语言的最好办法。”

木舟笔记·2023-10-09 22:33

单细胞分析实录(8): 展示marker基因的4种图形（一）

今天的内容讲讲单细胞文章中经常出现的展示细胞marker的图：tsne/umap图、热图、堆叠小提琴图、气泡图，每个图我都会用两种方法绘制。

TOP生物信息·2023-10-09 11:13

单细胞分析实录(9): 展示marker基因的4种图形（二）

在上一篇中，我已经讲解了展示marker基因的前两种图形，分别是tsne/umap图、热图，感兴趣的读者可以回顾一下。这一节我们继续学习堆叠小提琴图和气泡图。

TOP生物信息·2023-10-04 02:08

向表中插入数据oracle,用脚本实现向Oracle表中插入数据

Oracle-OraClient10g_home22.NetConfigurationAssistant配置步骤:假设数据库所在服务器IP地址为:192.168.0.1数据库实例名为:ora92用户名:umap

陈增鹏·2023-10-03 14:12

Single cell genomic day 2019||Dissecting complex systems with multidimensional data

HowtoUseUMAPPCA-tSNE-UMAP从SNE到t-SNE再到UMAP的降维算法进化史（一）12种降维方法终极指南（含Python代码）

周运来就是我·2023-09-20 15:30

Oracle Net Configuration Assistant 配置步骤

假设数据库所在服务器IP地址为:192.168.0.1数据库实例名为:ora92用户名:umap密码:umap第一步:打开配置程序位于:程序-->Oracle-OraHome92-->ConfigurationandMigrationTools

小小哭包·2023-09-11 11:20

跟着Cell学单细胞转录组分析(八):单细胞转录组差异基因分析及多组结果可视化

学单细胞转录组分析(二):单细胞转录组测序文件的读入及Seurat对象构建跟着Cell学单细胞转录组分析(三):单细胞转录组数据质控（QC）及合并去除批次效应跟着Cell学单细胞转录组分析(四):单细胞转录组测序UMAP

KS科研分享与服务·2023-09-03 16:46

BERTopic

BERTopicdoc2vec(sentenceBERT)doc_embreducedimension(UMAP)clusteringtogeneratetopics(HDBSCAN)findkeywordsforeverytopic

汉江岳·2023-08-24 05:55

跟着Cell学单细胞转录组分析(五):单细胞转录组marker基因鉴定及细胞群注释

书接上回（跟着Cell学单细胞转录组分析(四):单细胞转录组测序UMAP降维聚类）。

KS科研分享与服务·2023-08-22 10:08

代码随想录算法训练营第7天|第454题.四数相加II,383. 赎金信,15. 三数之和，第18题. 四数之和

vector&nums2,vector&nums3,vector&nums4){unordered_mapumap;intcount=0;for(inta:nums1){for(intb:nums2){umap

CodeLearning_Record·2023-08-20 13:46

使用 umap 图形化展示原文在嵌入后的位置情况

使用umap_plot图形化展示原文在嵌入后的位置情况1.效果展示2.工具函数3.示例代码14.示例代码21.效果展示2.工具函数importumapimportaltairasaltfromnumba.core.errorsimportNumbaDeprecationWarning

engchina·2023-08-20 01:20

跟着Cell学单细胞转录组分析(六):细胞比例计算及可视化