TCGA数据库copy number variation数据分析(第一部分:从数据下载到GISTIC输出文件)
在上一篇笔记里,学习了利用maftools分析TCGA数据库里的simplenucleotidevariation数据,现在来学习一下copynumbervariation数据的分析。不同于snv数据的是,cnv的数据从TCGA下载后需要一些数据的预处理、以及下载其他的一些必需文件。这篇笔记就是记录从文件下载、数据预处理、以及使用GISTIC在线软件生成maftools的输入文件。(一)下载并整理