Cox

数学建模——Box-Cox变换

用途：当某个随机变量XXX不服从正态分布的时候，可以尝试通过这种变换将其变成正态分布。两个常用的变换对数变换：已知随机变量XXX，如果有ln⁡X∼N(μ,σ2)\lnX\simN(\mu,\sigma^2)lnX∼N(μ,σ2)，那么对XXX使用对数变换。适合随着自变量的增加，因变量的方差也增大的模型。平方根变换：已知随机变量XXX，如果有X∼N(μ,σ2)\sqrtX\simN(\mu,\sig

Desire.984·2024-09-12 06:08

R语言使用timeROC包计算存在竞争风险情况下的生存资料多时间AUC值、使用cox模型、并添加协变量、可视化存在竞争风险情况下的生存资料多时间ROC曲线

R语言使用timeROC包计算存在竞争风险情况下的生存资料多时间AUC值、使用cox模型、并添加协变量、可视化存在竞争风险情况下的生存资料多时间ROC曲线目录R语言使用timeROC包计算存在竞争风险情况下的生存资料多时间

statistics.insight·2024-08-28 13:22

Topic 10. 单因素 Logistic 回归分析—单因素分析表格

上期学习了怎样汇总单因素Cox回归的结果，这期学习单因素Logistic回归分的汇总，由于使用的是coxph和glm两个函数结果的展示有所不同，因此整理过程略有不同，但是提取的信息是一致的。

90066456ace6·2024-03-03 01:57

如何在生存分析与Cox回归中计算IDI，NRI指标|附代码数据

p=6095最近我们被客户要求撰写关于生存分析与Cox回归的研究报告，包括一些图形和统计输出。本文演示了如何在生存分析与Cox回归中计算IDI，NRI指标读取样本数据 D=D[!

·2024-02-14 03:35

R语言群组变量选择、组惩罚group lasso套索模型预测分析新生儿出生体重风险因素数据和交叉验证、可视化

p=25158原文出处：拓端数据部落公众号本文拟合具有分组惩罚的线性回归、GLM和Cox回归模型的正则化路径。

·2024-02-13 13:46

大数据时代的“小数据”系列1 cox-stuart趋势检验

为什么要用趋势检验在客观世界存在各种各样随时间变动的数据，很多时候我们都想要知道数据变化随时间的发展趋势如何，常用的方式是我们使用回归的参数方法拟合出一条直线，然后判断其趋势。这样的方法往往受多方面的因素影响，比如单调的趋势不一定是线性的，也不一定能有一个显函数来表达。其次参数检验的方法受限于数据量，有时候我们得到的数据很少，不适合做回归等参数方法。比如当我们开发的APP上线新功能，我们需要在短时

k_wzzc·2024-02-10 13:03

单因素Cox回归循环function

Uni_coxquantile(exprSet[gene,],0.5),'high','low')survival_datmedian(gene),'high','low')if(table(table(phe$group))!=1){#survival_dat<-data.frame(group=phe$group,grade=phe$grade,size=phe$size,stringsAsF

陈宇乔·2024-02-07 05:33

代码+视频一步到位：手把手教你R语言竞争风险模型建模-列线图-校准曲线-K折验证-外部验证- 决策曲线

这是我们应该优先选择竞争风险模型来做数据分析，而不是COX回归。我们在既往文章《手把手教你使用R语言做竞争

天桥下的卖艺者·2024-02-06 12:45

R语言阈值效应函数cut.tab2.0版发布（支持线性回归、逻辑回归、cox回归，自定义拐点）

阈值效应和饱和效应是剂量-反应关系中常见的两种现象。阈值效应是指当某种物质的剂量达到一定高度时，才会对生物体产生影响，而低于这个剂量则不会产生影响。饱和效应是指当某种物质的剂量达到一定高度后，其影响不再随剂量的增加而增加，即产生饱和现象。这两种效应在药物、毒物、营养物质等剂量-反应关系中都有应用。接下来聊聊RCS阈值函数是干什么用的，随便抓一篇论文给大家看看，粉丝发给我的。L-shapedasso

天桥下的卖艺者·2024-02-06 12:44

log和box-cox变换

1.通常对于y进行log变换，因为诸如线性模型、SVM等要求targetvariable是服从正态分布的2.对于特征值服从偏态分布的，可以使用box-cox进行变换，可使用fromscipy.specialimportboxcox1p

噶噶~·2024-02-04 21:15

coxph 回归模型建立： an id statement is required for multi-state models

在网上找了一套常规的乳癌带随访的数据，在做多因素Cox回归时遇到了如下报错：原因：结局不能是因子类型。之前把它转化为factor了。

皮肤科大白·2024-02-04 14:41

COX预测模型过程中，我踩过的那些雷

SCI冲COX分析：做临床信息与预后相关的COX分析大致都会分为两个步骤，先做单因素COX回归分析，再根据P值挑选有意义的变量，最终纳入COX多因素回归模型中；这个过程可以利用SPSS进行，当然为了和后续分析结果可视化联系在一起

皮肤科大白·2024-02-04 14:41

Cox等级资料是个坑

SCI冲COX多因素模型需要满足的条件：1.各观测值间相互独立，即残差之间不存在自相关；2.因变量和自变量之间存在线性关系；3.残差的方差齐；4.不存在多重共线性；5.没有显著异常值；等级资料要除了设置为因子

皮肤科大白·2024-02-04 14:07

R实战|Nomogram(诺莫图/列线图)及其Calibration校准曲线绘制

简单的说是将Logistic回归或Cox回归的结果进行可视化呈现。

木舟笔记·2024-02-03 22:10

R语言统计系列第11篇-Logistic回归

广义线性回归线性回归模型要求因变量服从正态分布，但是当结果变量是分类型（有无，患病与否等，二分类常用Logistic回归）、计数型（某地区某年发生肿瘤患者的人数等，常用泊松回归）或者临床上经常使用的无复发生存期数据等（常用Cox

拾光_2020·2024-02-02 23:37

R语言报错 Error in eval(predvars, data, callenv) ：没有发现XX

教程的命令如下：fit<-cph(Surv(time,status)~ANLN+CENPA+GPR182+BCO2,LIRI)#使用数据中的ANLN、CENPA、GPR182和BCO2四个基因的表达值构建COX

宽嘴鱼汤·2024-01-29 14:35

R语言绘制列线图构建（以二分类Logistic为例）超详细

浅谈二分类回归模型COX回归分析不少见，但是简单异性的以二分类结局进行的回归分析更多，由于研究设计的研究便行，也是初次投稿的小白们比较理想的选择对象，二者的过程基本相似，但所用函数略有区别，从浅到深，先以二分类结局的

宽嘴鱼汤·2024-01-29 14:04

回顾2023年总结和2024年计划

《一起来学孟德尔随机化(MendelianRandomization)》不完全统计，帮助10余位粉丝成功发表了文章5.与我互动最多的用户二、2024年计划1.发布逻辑回归和线性回归的阈值函数，在文章《cox

天桥下的卖艺者·2024-01-23 07:29

R绘制基于Cox回归模型的限制性立方样条图

R绘制基于Cox回归模型的限制性立方样条图上两期分享了线性回归和logistic回归模型的限限制性立方样条图，那么这一期继续分享基于Cox回归的限制性立方样条的R实现。

kaiming0000·2024-01-21 09:56

生存分析序章4——生存分析之Python篇：自定义方法与进阶技术探索

目录写在开头1.定制生存曲线1.1利用Python自定义生存曲线1.1.1构建生存函数1.1.2自定义曲线样式1.2特殊需求下的曲线绘制2.高级Cox模型2.1引入时间依赖性的Cox模型2.1.1时间依赖性的概念

theskylife·2024-01-16 20:09

生物信息模型

COX回归COX回归模型，又叫做“比例风险回归模型”。该模型以生存结局和生存时间为因变量，分析某些因素对生存期的影响，能分析带有截尾生存时间的资料，并且不需要估计生存资料袋分布类型。

小潤澤·2024-01-15 04:52

TCGA+biomarker——Nomogram列线图

它的基本原理，简单的说，就是通过构建多因素回归模型（常用的回归模型，例如Cox回归、Logistic回归等），根据模型中各个影响因素对结局变量的贡献程度

Clariom·2024-01-13 17:48

代码+视频，超详细的R语言svykm函数绘制复杂抽样设计数据cox回归生存曲线(Kaplan-Meier)

我们在既往的文章《R语言绘制复杂抽样设计数据cox回归生存曲线(Kaplan-Meier)》中介绍了怎么使用jskm包的svykm函数绘制复杂抽样设计数据cox回归生存曲线(Kaplan-Meier)，

天桥下的卖艺者·2024-01-13 03:56

大数据HCIE成神之路之数据预处理（5）——偏态数据处理

实验背景1.1.2实验目标1.1.3实验数据解析1.1.4实验思路1.1.5实验操作步骤步骤1导入相关模块和`Data_to_Transform.csv`数据集步骤2平方根法步骤3对数转换步骤4Box-Cox

邵奈一·2024-01-04 05:17

期权定价的数值方法之二项式期权定价模型【附pyrhon代码】

作为常用的数值方法，二项式期权定价模型（又称二叉树期权定价模型）是由Cox等人在1979年提出的。这种方法理解起来比较简单，而且数值实现过程可读性很高。

马尔可夫宽·2024-01-01 17:52

二叉树模型期权定价c语言程序,二叉树期权定价模型

二项期权定价模型由考克斯(J.C.Cox)、罗斯(S.A.Ross)、鲁宾斯坦(M.Rubinstein)和夏普(Sharpe)等人提出的一种期权定价模型，主要用于计算美式期权的价值。

weixin_39968640·2024-01-01 17:21

多元线性回归、logistics回归分析和Cox回归分析区别

多元线性回归一、原理：多元线性回归分析就是研究一个因变量和多个自变量之间的关系。公式如下：ŷ=a+b1x1+b2x2。x1和x2为两个自变量，y为因变量。二、要素：1、因变量：必须为连续型变量2、自变量：可为多个变量3、方法：应用最多的为逐步法（stepwise），即对自变量按照一定的纳入和排除标准反复进行引入、剔除过程，直到没有变量被引入，也没有变量被剔除为止。该回归方法与logistics回归

亚航·2023-12-31 16:06

时间序列趋势检验相关检验方法：斜率法、Cox-Stuart检验、Mann-Kendall检验

文章目录1.斜率法1.1.原理1.2.优缺点1.3.Python代码2.Cox-Stuart检验2.1.原理2.2.优缺点2.3.Python代码3.Mann-Kendall检验3.1.原理3.1.1.

深耕智能驾驶·2023-12-27 19:31

生存分析序章2——生存分析之Python篇：lifelines库入门

库简介1.2安装与环境配置2.数据准备2.1数据格式与结构2.2处理缺失数据2.3对异常值的处理3.Kaplan-Meier曲线3.1使用lifelines绘制生存曲线3.2曲线解读3.3额外补充4.Cox

theskylife·2023-12-27 02:00

SPSS生存分析：Cox回归

目录1.Cox回归模型2.SPSS实现3.结果分析1.Cox回归模型Cox回归模型（也称为比例风险模型）是一种用于生存分析的常用统计模型，它可以用来探究多个预测

抱抱宝·2023-12-17 21:01

2021-04-09：一致性指数C-index

concordanceindex，中文里有人翻译成一致性指数，最早是由范德堡大学（VanderbiltUniversity）生物统计教教授FrankEHarrellJr1996年提出，主要用于计算生存分析中的COX

野山羊骑士·2023-12-17 05:34

通过例子了解Go测试---来自Russ Cox的演讲

大家好.几周前,我在澳大利亚GopherCon上发表了这个演讲[1],但一些音/视频问题影响了效果,所以我在家重新录制了这个版本,enjoy！这次演讲的主题是编写好的测试，但首先让我们思考一下为什么需要编写测试。为什么程序员要编写测试呢？编程相关的书籍说，测试是用来发现程序中的错误。例如这本书说“测试是对认为正常运行的程序进行有决心、系统的破坏尝试。”确实如此，这也是程序员应该编写测试的原因。不过

techdashen·2023-12-14 20:47

Go Changes--Russ Cox在GopherCon 2023的演讲

本内容是Go项目负责人RussCox2023年10月在GopherCon上发表的演讲[1](后面重新录制)的摘要与记录.主要内容是讲述为什么Go必须随着时间的推移而改变,以及为何加入遥测是重要且合适的本次演讲不是关于Go某些特定的更改，而是修改的整体过程，特别是GoTeam如何决定进行哪些更改.显而易见,第一个问题是为什么Go需要改变？为什么不能对Go感到满意而不管它呢？简单的答案是，我们并不总能

techdashen·2023-12-14 15:09

Topic 14. 临床预测模型之校准曲线 (Calibration curve)

目前校准曲线常用来评价logistic回归和cox回归模型。校准曲线的算法步骤1对预测概率进行分桶(分桶的策略分为'uniform','quantile')步骤2求出每个桶里面所有样本预测

90066456ace6·2023-12-05 06:22

生存分析KM与cox

生存分析(survivalanalysis)是研究生存时间和结局事件的分布及其影响因素的统计方法。在生存分析中，生存函数(survivalfunction)S(I)用于刻画某个时刻t的研究对象存活的概率，风险函数(hazardfunction)h(A)用于度量在某个时刻t还存活的个体在极短的时间内死亡的风险。删失点：对于随访结束没有发生结局事件的研究对象，最后的状态称为“删失”(censoring

hx2024·2023-12-03 15:07

SHAP（四）：NHANES I 生存模型

SHAP（四）：NHANESI生存模型这是一个Cox比例风险模型，基于来自NHANESI的数据以及来自NHANESI流行病学随访研究。

rgb2gray·2023-12-03 13:57

二叉树模型与期权定价

二叉树二叉树法（BinomialTree）是由Cox,Ross,和Robinstein在1979年首创的。二叉树法是一种在金融学中用于估算期权价格的方法，其中二叉树模型用于模拟股票价格的变化。

橙子的工具箱·2023-12-03 11:48

R语言统计系列第13篇-K-M生存曲线与logrank检验

K-M生存曲线、logrank检验以及之后会讲到的Cox回归分析均属于生存分析。数据整理Kaplan-Meier法又称为积乘极限法，常用于估计

拾光_2020·2023-11-28 04:04

机器学习之数据清洗和预处理

目录Box_CoxBox_CoxBox-Cox变换是一种用于数据预处理和清洗的方法，旨在使数据更符合统计模型的假设，特别是对于线性回归模型。这种变换通过调整数据的尺度和形状，使其更加正态分布。

赵孝正·2023-11-23 00:09

R语言cox森林图绘制

杀杀cox森林图绘制cox的结果多为数据，绘制成表格较为不便，因此可以用森林图进行美化展示R语言中森林图的实现代码较为简单：library(forestplot)library(survival)library

不会生信哟·2023-11-21 13:16

基于rms包的限制性立方样条回归（RCS）R代码实现

2.R实现1.cox回归#UsedforRCS(RestrictedCubicSpli

BIGZJU·2023-11-20 23:26

mstate多状态模型使用方法

背景和原理分析：1.cox回归cox回归广泛用于生存回归之中，相较于其他回归模型，cox回归的特点是考虑了time这一参数Cox回归要求满足，第一等比例风险（Proportionalhazards）假定

BIGZJU·2023-11-20 23:56

生存分析 R语言（六）—— Extended and Stratified Cox

ExtendedCoxModelextendedcoxmodel是针对部分协变量不满足PHA的情况，在模型中增加那些协变量与时间的interaction项，从而可以考虑了协变量随时间变化的情况。下面要考虑的是sex不满足PHA时。library(survival)anderson=read.table(choose.files(),col.names=c('time','censor','sx',

cigarrrr·2023-11-15 01:33

SPSS如何进行Cox回归分析操作

问题与数据某研究者拟观察某新药的抗肿瘤效果，将70名肺癌患者随机分为两组，分别采用该新药和常规药物进行治疗，观察两组肺癌患者的生存情况，共随访2年。研究以死亡为结局，两种治疗方式为主要研究因素，同时考虑调整年龄和性别的影响，比较两种疗法对肺癌患者生存的影响是否有差异。变量的赋值和部分原始数据见表1和表2。表1.肺癌患者生存的影响因素与赋值表2.两组患者的生存情况对数据结构的分析该研究以死亡为结局，

nekonekoboom·2023-11-11 07:41

如何判断是住宅ip还是机房ip？

住宅IP：是由VerizonFiOS、AT＆TU-verse、Cox、Comcast、Charter或TimeWarner等（运营商）公司拥有的IP，它们可以在真人家庭中使用。

非凡的小羊·2023-11-09 07:01

Cancer Letters|早期肺腺癌复发signature

Clinicalsignificanceandinflammatorylandscapesofanovelrecurrenceassociatedimmunesignatureinearly-stagelungadenocarcinoma，文章主要讲的是基于LASSO算法和逐步的Cox

概普生信·2023-11-06 10:38

干货|生存回归单因素分析的95%CI和HR，为什么和cox多因素算出来的不一样？——原因可能是这个

先说明一个事情，我说的不一样，指的是大于1、小于1这个不一样，不是指数值的不同上回，小张在丁香园问了一个问题：就是自己做多因素生存分析时，得出的HR和单因素的不同（就是大于1小于1这个），而我自己知道这个变量应该是单因素算出来的那样小于1的，所以我希望能找到原因。当时有回答我说我可能是共线性，结果我搞了自己一天来研究共线性结果不是因为这个但是那一天之后，我离奇地在搜索资料的过程中，自己把自己解决了

f515e62cac68·2023-11-04 13:29

生信交流平台·2023-11-03 11:40

R语言生存分析 Cox回归模型survival analysis

Cox比例风险模型在肿瘤方面用的多，在临床研究中，考察几个因素对生存期的影响。统计模型是一个经常使用的工具，可以同时分析多个因素的生存情况。另外，统计模型提供了每个因素的效应大小。

鱼啸九天·2023-10-31 16:25

2018-09-25 统计入门第1篇 cox回归

我对学习的总结是：WOLF定律W：whatO:organizationL：logisticF：familiar先说what什么是回归？英国著名统计学家弗朗西斯·高尔顿（FrancisGalton,1822—1911）是最先应用统计方法研究两个变量之间关系问题的人。“回归”一词就是由他引入的。他对父母身高与儿女身高之间的关系很感兴趣，并致力于此方面的研究。高尔顿发现，虽然有一个趋势：父母高，儿女也高

凤凰_0949·2023-10-25 09:44

推荐频道

Cox