DESeq2

用DESeq2包来对RNA-seq数据进行差异分析

差异分析的套路都是差不多的，大部分设计思想都是继承limma这个包，DESeq2也不例外。
Seurat_Satija·2024-09-13 23:49

使用clusterProfiler进行GO、KEGG富集分析（有参情况）

前面已经讲了如何使用DESeq2、edgeR基于转录组测序获得的基因表达值鉴定差异表达基因。那么，后续如何继续通过生信分析的方法，探索差异表达的基因发挥了怎样的功能，参
纪伟讲测序·2024-08-31 14:42

Python版RNA-seq分析教程：DEseq2差异表达基因分析

在omicverse中，除了最简单的ttest外，在这里，我们介绍一种类似R语言中的Deseq2等包的模型来计算差异表达基因。
Starlitnightly·2024-02-14 06:48

DESeq2的建模原理及简单用法

写在前面的废话不研究不知道，一研究吓一跳，原来DESeq2这么复杂，这10000多的引用量真不是吹的……image.png废话超多系列DESeq2的差异表达分析涉及多个步骤，具体步骤参见下面流程图中的蓝色部分
鹿无为·2024-01-30 03:26

SCI 文章中基于T CGA 差异表达基因之 DESeq2

前言上期我们介绍了基于limma来做差异表达基因，那么这期来讲一下DESeq2，那么这两款软件有什么区别吗？
90066456ace6·2024-01-29 12:48

一文掌握R包DESeq2的差异基因分析过程

转录组测序的最直接目的，就是设法寻找组间显著表达变化的基因，解释基因表达水平的变化对生物功能的影响。例如，肿瘤患者与正常人群相比哪些编码蛋白或非编码RNA分子发生了失调，这些失调分子是否是引发或加速肿瘤进程的潜在因素？逆境胁迫下的植物体中哪些基因表达显著激活，这些激活的基因是否有利于植物应对高温、干旱、盐胁迫等不利环境。那么，如何基于转录组测序获得的定量表达值，识别差异表达变化的基因或其它非编码R
纪伟讲测序·2024-01-26 12:20

无标题文章

不知道哪位大神告诉我一下用DESeq2处理数据时，怎么处理大量数据，比如我处理组有100样本，对照组100样本。
Goodluck泰·2024-01-17 01:35

「TBtools」与「用户」让所有人掌握基因差异表达分析，共表达网络分析，相关系数分析...

前几天，我花了整整两天的时间，在服务器上，私活安装不上DESeq2和WGCNA，最后发现要么是
生信石头·2024-01-15 06:07

RNA-seq分析流程二：DEseq2做不同组间差异表达分析

使用DEseq2循环做多组间差异表达分析当有多组RNA-seq数据时，有时需要对多个组合进行差异表达分析，例如当我有CIM0/CIM7/CIM14/CIM28四组时，我需要得到每个组合间的差异表达情况，
纵纵纵小鸮·2024-01-14 06:51

2021-09-08 批次TCGA（1）

有下面三个图箱线图，密度图PCA图层次聚类分析现在做完后，究竟是先标准化还是先去去除批次差异需要做批次矫正因为在不同样本中，有一些基因的表达量是恒定的，可以以此为参照物来去除批次标准化：limma-voom,deseq2
多去看看·2024-01-11 06:20

报错：ERROR: lazy loading failed for package

ERROR:lazyloadingfailedforpackage常用的服务器崩了只能换台服务器，新的服务器好多R包都没有安装，今天安装DESeq2居然报错了各种R包，如果不在R语言官网上，那它极有可能在
微光**·2024-01-06 14:41

生信人的20个R语言习题-高级

安装一些R包：数据包：ALL,CLL,pasilla,airway软件包：limma，DESeq2，clusterProfiler工具包：reshape2绘图包：ggplot2不同领域的R包使用频率不一样
DrKu·2024-01-02 17:56

StatQuest学习笔记25——差异表达分析

主要内容讲的是高通测序数据的差异基因分析，其中，第59节的内容是edgeR进行的文库均一化；第60节是DESeq2的文库均一化；第61节则是讲的是edgeR和DESeq2均一化的一些阈值选择。
backup备份·2024-01-01 13:02

差异分析|使用limma包

关注微信公众号：小杜的生信筆記（ID：Du_Bioinformatics），回复关键词：limma差异分析------------------------基于R语言进行差异分析的包有很多个，比如我自己常用的有DESeq2
小杜的生信筆記·2023-12-25 21:09

基因表达差异分析R工具包DESeq2的详细使用方法和使用案例

DESeq2是一种常用的差异表达基因分析工具，可用于RNA-seq数据的差异表达分析。下面是DESeq2的详细使用步骤和全部脚本示例。
小果运维·2023-12-20 14:23

生信分析代谢通路可视化分析R工具包ggkegg的使用案例

可视化DESeq2中的数值属性通过提供通常用于转录组分析的DESeq2软件包的结果，可以在图形的节点中反映数值结果。该函数可用于此目的。
小果运维·2023-12-20 14:22

GO.db:存储Gene Ontology信息的R包

Bioconductor上的所有R包可以分成4大类别，示意图如下software类型的R包用于执行某项具体的分析内容，比如edgeR,DESeq2等，AnnotationData类型的包在R中存储了对应的数据库
生信修炼手册·2023-12-20 02:58

数据分析：转录组差异分析总结（DESeq2+limma+edgeR+t-test/wilcox-test）

前言差异分析是转录组数据分析的必需技能之一，但众多的转录组分析R包如DESeq2，limma和edgeR等让分析人员不知如何选择，还有它们之间的优劣如何？
十三画者·2023-11-14 15:27

生信人的20个R语言习题

1.安装一些R包：数据包：ALL,CLL,pasilla,airway软件包：limma，DESeq2，clusterProfiler工具包：reshape2绘图包：ggplot2不同领域的R包使用频率不一样
生信小白白·2023-11-12 22:59

手把手教学差异表达基因分析

文章目录引言安装并导入DESeq2包数据要求制作dds对象，进行差异分析筛选差异基因完整代码其他问题引言对于组学分析来说，常常会寻找组间的差异，例如差异基因（转录组）、差异菌（宏基因组）以及差异通路（宏基因组
Neptuneyut·2023-11-10 03:53

差异基因分析

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")#载入安装工具biocLite("DESeq2")#安装包library("DESeq2")#测试是否安装成功R
Weiyx·2023-10-27 17:07

RNA-seq 详细教程： `DESeq2` 差异表达分析（7）

学习目标了解如何设计公式了解如何使用DESeq2执行差异表达分析1.DE分析差异表达分析工作流程的最后一步是将原始计数拟合到NB模型并对差异表达基因进行统计检验。
冷冻工厂·2023-10-22 08:54

R包升级报错成常态,搜索告诉你。。。

在做RNA-seq差异分析的时候，想要加载DESeq2，如图：image.png需要载入包忽略，是被mask掉，但后面的错误是要管。
dandanwu90·2023-10-18 08:58

百日筑基篇——差异基因分析Limma包（R语言初识七）

百日筑基篇——差异基因分析Limma包（R语言初识七）文章目录前言一、Limma包介绍二、使用步骤1.数据预处理2.进行voom转换3.得到差异表达数据4.样本间距离的可视化三、DESeq2包于limma
星石传说·2023-10-17 11:01

转录组数据标准化--Normalization

用于转录组差异分析的目前主要是两个软件：Deseq2和edgeR；针对这两款软件，学习一下目前的应用的标准化方法。
陈洪瑜·2023-10-16 06:31

【转录组学】如何进行一步到位的fastq到差异分析，kallisto拯救你(一)

目前公司用的流程主要也有两个门派，以“传统派”的trimmomatic/cutadapter/华大fastqc->tophat->cufflink->cuffmerge->cuffquant（较差）/RSEM->DESeq2
xizzy·2023-10-09 05:02

用DESeq2对表达矩阵进行归一化的详细步骤

“清晰而又吸引人——这无疑是学习R的有趣方式！”——AmosA.Folarin，伦敦大学学院1.对readscount进行ln()转换表达矩阵的行代表feature（如基因、外显子等），列代表sample；对于原始的每一个基因每一个样本对应的reads数进行以e为底的转换：ln(counts)ln()函数在R语言中是log()log(counts)2.对每一行的值进行均值计算对该基因对应的所有样本
泼皮混混·2023-10-08 09:08

DESeq2的基本使用

DEseq预热主要就是这几个步骤了。#准备counttablescntsddshead(counts(dds))sample1sample2sample3sample4gene10021gene214565047gene35338gene470105116125gene552212gene6153707053>dds1head(counts(dds1,normalized=TRUE))#通过估计s
TOP生物信息·2023-10-03 13:14

edgeR和DESeq2原理分析

http://www.360doc.com/content/18/0815/22/57890290_778579575.shtml
F_U_N·2023-09-30 23:30

使用DEseq2计算FPKM后计算TPM

使用DEseq2对RNA-seq数据进行分析，并计算FPKM和TPM。该过程使用GenomicFeatures包获取外显子长度，并计算非重叠外显子长度之和作为基因长度。
纵纵纵小鸮·2023-09-30 00:32

DESeq2安装避坑

DESeq2在R-studio上的安装非常让人自闭，具体可参考徐洲更老师的R语言安装介绍https://www.bilibili.com/video/BV19p4y1i7Zb?
云养江停·2023-09-22 05:26

通过tximport将Salmon结果传递给DESeq2最直白过程

1.更改目录setwd()2.安装R包BiocManager::install()3.加载R包library(DESeq2)library("tximport")library("readr")4.读取转录本与基因关系文件
月神蛾·2023-09-20 08:45

如何利用R包Deseq2做差异基因绘制火山图？

stringsAsFactors=F)setwd('C:/Users/Administrator/Desktop/LSM测序总结/volcant/volcano测试4-Deseq2')library(DESeq2
ShanSly·2023-09-12 11:25

DESeq2差异分析和后续的KEGG、GO富集分析

今天的随笔主要涉及运用DESeq2对基因进行差异分析，先上代码：#差异表达----------------------------------------------------------------
张玮恩·2023-09-10 19:51

跟着Nature Communications学数据分析：R语言DESeq2包做otu差异丰度分析及火山图展示结果

论文Microbiomedifferentialabundancemethodsproducedifferentresultsacross38datasets数据链接https://figshare.com/articles/dataset/16S_rRNA_Microbiome_Datasets/14531724代码链接https://github.com/nearinj/Comparison_
小明的数据分析笔记本·2023-09-08 02:07

RNA-seq 详细教程：样本质控（6）

学习目标了解计数数据变换方法的重要性了解PCA(principalcomponentanalysis)了解如何使用PCA和层次聚类评估样本质量1.质控DESeq2工作流程的下一步是QC，其中包括样本和基因程度上
冷冻工厂·2023-09-01 11:23

DESeq2:基于Counts分析

data:2019年10月14日来源文章：RNA-Seqworkflow:gene-levelexploratoryanalysisanddifferentialexpression（一)、数据准备1数据制备（Data)使用FeatureCounts读取*.bam文件的counts数目，得到counts.txt文件。1—countdata文件image.png2-coldataimage.png数
小杜的生信筆記·2023-08-24 22:17

文献阅读【RNA-seq数据归一化】

lncRNA的分析，其中的lncRNA的差异表达分析中，需要对readscount进行归一化，之前没有考虑很多，就用的通常的流程：hisat2→stringtie→prepDE.py/featureCount→DESeq2
生信森林·2023-08-22 19:05

2022-10-14差异表达

-比较信息表vicontrast.txt组1组2组2组3......软件&命令-DESeq2/edgeR-trinity软件包里有run_DE_analysi
Love_Forever·2023-08-18 13:32

百日筑基篇——差异基因分析DESeq2包（R语言初识六）

百日筑基篇——差异基因分析DESeq2包（R语言初识六）文章目录前言一、差异基因分析是什么?
星石传说·2023-08-16 13:13

2021-06-27--致病疫霉的差异基因表达分析

在Rstdio软件里使用DESeq2进行致病疫霉及茄科植物的差异基因表达分析，茄科植物由于隶属不同物种，各个基因有所差异，故优先进行纵向比较，即比较接种不同时间点下同一植物的基因表达水平，该部分的内容已经完成
wangyantao1991·2023-08-09 11:02

TCGA差异分析——limma, DEseq2, edgeR

TCGA转录组数据转录组数据的差异分析与芯片数据的差异分析有不同，这里我们使用count数据，因为这几种包中包装了标准化的函数，只需要程序化的输入两个数据，count矩阵和group数据，就能得到差异分析的结果。那么三种差异分析的包有什么差异呢？一、数据整理这里我们需要count矩阵，以及对应的分组信息rm(list=ls())library(tidyverse)library(limma)lib
芋圆学徒·2023-08-06 11:41

通过BiocManager下载安装ggplot2和DESeq2

R语言之书：“每年大约有四个新版本的R，用于解决函数、兼容性问题和错误修复。最好保持最新版本。”首先将R与RStudio更新至最新版本（2020.6.4我R用的4.0.0，RStudio1.3.959）。输入旧命令：source("https://bioconductor.org/biocLite.R")，结果显示：bioconductor现在已经更新成BiocManager按照提示去网站搜索ht
彭喆倫Arlen·2023-08-05 06:21

2022-04-16:一天就搞了一个这

library(readr)library(ggtree)library(treeio)library(DESeq2)library(ggplot2)library(stringr)library(tidyverse
小明的数据分析笔记本·2023-07-28 06:50

【生信技能树】R语言高级练习题

安装一些R包数据包：ALL,CLL,pasilla,airway软件包：limma，DESeq2，clusterProfiler工具包：reshape2绘图包：ggplot2了解ExpressionSet
函数IsLazy·2023-07-24 16:18

R语言安装DESeq2包

Ｒ语言DESeq2包R语言DESeq2包介绍DESeq2包是为高维计数教据的归一化，可视化和差分分析而设计的。它利用经验贝叶斯技术对数折矗变化和离散的先验，并计算这些量的冠验估计。
Serendipity^O^Ekko·2023-07-18 01:01

R语言 | 差异表达基因分析（DEGs）| 原始数据处理&火山图绘制

差异表达基因分析即筛选处理组与对照组相比，呈现差异表达的基因，Up,Nosig,Down.今天使用的R包为：DESeq2[1]这个包基于RNASeqdata-countdata（也就是说这里要求输入的数据矩阵必须为
今日之森·2023-07-15 06:00

edger多组差异性分析_简单使用DESeq2/EdgeR做差异分析 – 生信笔记

DESeq2和EdgeR都可用于做基因差异表达分析，主要也是用于RNA-Seq数据，同样也可以处理类似的ChIP-Seq,shRNA以及质谱数据。
weixin_39640090·2023-06-18 08:54

limma/voom，edgeR，DESeq2分析注意事项，差异分析表达矩阵与分组信息

给粉丝朋友们带来了很多理解上的挑战，所以我们开辟专栏慢慢介绍其中的一些概念性的问题，上一期：箱线图的生物学含义这一讲我们来说一下limma/voom，edgeR，DESeq2，转录组差异分析的三大R包!
无香真水_1c6c·2023-06-14 19:43

差异表达3｜MaGeck

1.median-normalized2.sgRNAmean-variancemodeling参考了edgeR和DeSeq2的方法，使用广义负二项式模型找差异基因。
糖尾酸·2023-06-09 11:32
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