GSEA

转录组下游分析之GSEA

转载来源https://blog.csdn.net/weixin_43569478/article/details/83745105GSEA和常规的GO、KEGG的差异在于，GSEA使用的是基因集。
wo_monic·2019-12-07 07:09

ChAMP分析甲基化芯片数据-GSEA篇

在ChAMP中，通过champ.GSEA函数来实现功能富集分析。
生信修炼手册·2019-11-08 19:53

Day 11 充分理解GSVA和GSEA

单个基因集的GSEA分析http://software.broadinstitute.org/gsea/msigdb/index.jspGSEA官网列出关于msigdb基因集的详细信息C1是通过染色体位置进行富集分析
陈宇乔·2019-11-01 20:54

硬着头皮往下走PCA|GSEA

TumorEvolutionandDrugResponseinPatient-DerivedOrganoidModelsofBladderCancerFigures:PCAssGSEA其实，是很简单的处理：差异分析后提取top1000进行PCA，要表达的意思是，tumor和TCGA的tumor能聚在一起；对差异基因进行GSEA
Juan_NF·2019-08-28 10:25

GSEA

参考文章：GSEA的分析汇总-；https://blog.csdn.net/qazplm12_3/article/details/78561937；GSEA-基因集富集分析-小xuo生-博客园输入数据准备参考
MissL_78e0·2019-08-01 14:40

GO富集分析-对比Gorilla, clusterProfiler, topGO三种工具part1

实在懒得找meme了GOrilla,clusterProfiler,topGO分析rankedgenelist(GSEA)对比Genelistpreparation保证了三个工具输入的基因是一致的。
美式永不加糖·2019-07-18 00:14

GSEA软件用起来～

直接就出结果啦～超详细教程│GSEA基因集富集分析1.样品表达量文件(res,gct,pcl,ortxt)——必需文件通常用.gct为后缀。
KK_f2d5·2019-06-28 13:35

GSEA软件用起来～

直接就出结果啦～超详细教程│GSEA基因集富集分析1.样品表达量文件(res,gct,pcl,ortxt)——必需文件通常用.gct为后缀。
KK_f2d5·2019-06-28 13:35

GSEA(Gene Set Enrichment Analysis)

富集分析方法ORAOver-representationanalysis过表达分析，常见的是GO富集分析和KEGG富集分析；FCSfunctionalclassscoring功能集打分，常见的是GSEA
Juan_NF·2019-06-18 22:02

GSEA分析笔记

GSEA（GeneSetEnrichmentAnalysis），顾名思义基因集富集分析，它是将待分析的基因与预先划分为基因集的基因进行比较，通过统计学计算，得出可能发挥关键作用的基因。
dming1024·2019-05-09 21:42

一篇零代码的富集分析流程文献

Pathwayenrichmentanalysisandvisualizationofomicsdatausingg:Profiler,GSEA,CytoscapeandEnrichmentMap使用g
小洁忘了怎么分身·2019-01-29 23:38

「nature protocols」组学数据的通路富集分析和可视化: g:Profiler, GSEA, Cytoscape 和 EnrichmentMap

natureprotocols上发了一篇文章，题目为"Pathwayenrichmentanalysisandvisualizationofomicsdatausingg:Profiler,GSEA,CytoscapeandEnrichmentMap
徐洲更hoptop·2019-01-25 10:34

ChAMP包学习(4)

要实现此分析，可以使用champ.GSEA()来进行GSEA分析。champ.GSEA()将自动提取myDMP和myDMR中的基因(无论您使用什么方法生成
一路向前_莫问前程_前程似锦·2018-12-11 21:33

转录组入门(8): 富集分析

biocLite.R")biocLite("clusterProfiler")biocLite（"AnnotationHub")library(AnnotationHub)ah气泡图image网络图imageGO图GSEA
徐洲更hoptop·2017-11-27 21:11

GSEA富集分析 - 界面操作

欢迎关注微信公众号生信宝典：http://mp.weixin.qq.com/s/3Nd3urhfRGkw-F0LGZrlZQGSEA定义GeneSetEnrichmentAnalysis(基因集富集分析)用来评估一个预先定义的基因集的基因在与表型相关度排序的基因表中的分布趋势，从而判断其对表型的贡献。其输入数据包含两部分，一是已知功能的基因集(可以是GO注释、MsigDB的注释或其它符合格式的基因
生信宝典·2017-11-17 15:47

高通量测序数据处理学习记录（三）：Pathway Analysis及GSEA

PathwayAnalysis讨论及基因富集分析软件（GeneSetEnrichmentAnalysis，GSEA）使用实战在所有物是人非的景色里，我最中意你。
面面的徐爷·2017-11-06 22:05

13岁小鲜肉耗时5年，研发造福千万女性神器，不仅成为CEO，连总统都点赞支持

更令人意外的是，他还在今年4月底GSEA“全球学生企业家奖”斩获头奖。而让他赢取巨额奖金的，竟然是一只胸罩。
ivimeo·2017-05-22 00:00

13岁小鲜肉耗时5年，研发造福千万女性神器，不仅成为CEO，连总统都点赞支持

更令人意外的是，他还在今年4月底GSEA“全球学生企业家奖”斩获头奖。而让他赢取巨额奖金的，竟然是一只胸罩。
InsDaily·2017-05-20 00:00

GSEA-学习笔记

首先是下载软件，安装，并且还要有java环境。需要准备的文件有：样本分组文件：后缀是cls（这个很好写，把芯片信号数据的那个文件（后缀gct）分成两类即可基因集文件：这个有在线的基因功能集，就是每个基因名对应有啥功能的文件，后缀是gmt芯片信号数据文件，后缀gct，每一列是一个样本，然后每一行对应一个基因芯片文件：后缀是chip，就是每个基因简称与他们的全名，自己创建的话，需要与gmt那个文件对应
wangyunpeng_bio·2016-10-28 14:41

基因探针富集分析（GSEA）& GO & pathway

http://blog.sina.com.cn/s/blog_4c1f21000100utyx.html GO是Gene Ontology的简称，是生物学家为了衡量基因的功能而而发起的一个项目，从分子功能（molecular function）、生物学过程（biological process）和细胞定位（cellular component）三个面对基因功能进行全面定义。 基因本体论，用于蛋
·2015-11-11 17:38

是rank，而不是order

是rank，而不是order最近在看GSEA的1.0源码，对order仔细的看了一下，觉得应该写下来。order的官方说它返回一个能将参数排序的permutation。
以致宏大，以致高远·2011-12-08 11:00
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