GSEA

ggplot做热图添加*号

这里我们用GSEA的数据做个图，GSEA的分析参考之前的帖子，不再赘述（https://mp.weixin.qq.com/s?
KS科研分享与服务·2023-02-03 02:20

使用Cytoscape中的Enrichmen进行富集分析可视化tMap

将基因集（例如通路和GeneOntologyterms）组织成网络（即“enrichmentmap”）可以是GSEA和g:Profiler的结果，当然也可以是DAVID,BINGO等其他的富集结果。
Mingyan_C·2023-02-01 15:18

评分addmodule 绝对值评分 8种方法可视化你的单细胞基因集打分gsea 缺氧评分

基因集合打分不考虑基因高低表达基因集合评分不考虑高低表达绝对值基因集合里面的正负表达影响addmodulescore的结果构建的基因集进行评分时基因的高低正负表达基因集合评分不考虑高低表达_YoungLeelight的博客-CSDN博客单细胞数据分析之缺氧评分-腾讯云开发者社区-腾讯云试一试这个R包做单细胞分析-scMetablism-腾讯云开发者社区-腾讯云偶尔逛朋友圈发现一年前跟着我们生信技能
YoungLeelight·2023-01-29 20:02

GSEA富集分析

GSEAisdesignedtoanalyzerankedlistsofallavailablegenesanddoesnotrequireathreshold.Y叔的clusterProfiler做GSEA
MJades·2023-01-29 07:57

2020-09-15 急性粒细胞白血病预后代谢风险模型的系统构建和验证

通过基因集富集分析（GSEA）评估了不同
卅衣·2023-01-25 22:25

GSEA分析详细步骤

GSEA分组分析文章目录GSEA分组分析@[toc]1.根据基因文件进行处理筛选2.文件内容补充及改名3.GSEA软件使用GSEA单基因分析这段时间有空为了某人学习了一下不属于我的领域的东西——GSEA
涂apple·2023-01-19 08:46

auc 和loss_为什么是AUC值而不是GSEA来挑选转录因子呢

前面我们通过RcisTarget包的cisTarget()函数，一句代码就完成了我们的hypoxiaGeneSet.txt文本文件的171个基因的转录因子注释。见：基因集的转录因子富集分析通过学习，我们知道这个RcisTarget包内置的motifAnnotations_hgnc是16万行，可以看到每个基因有多个motif。而且下载好的hg19-tss-centered-10kb-7species
weixin_39857792·2023-01-16 21:37

GSEA原理的通俗易懂的理解

GSEA分析一、GSEA介绍二、GSEA原理2.1数据矩阵文件2.2GSEA计算中几个关键概念1.RankedGeneListL的排序算法2.计算富集得分(ES,enrichmentscore).3.评估富集得分
Xiaofei@IDO·2023-01-09 15:38

RNA 20. SCI 文章中单样本免疫浸润分析 （ssGSEA）

文章撰写及生物信息基础知识学习：R语言学习，perl基础编程，linux系统命令，Python遇见更好的你85篇原创内容公众号这期讲讲单样本基因富集分析，这个也蛮有意思的之前我已经介绍过基因集富集分析（GSEA
桓峰基因·2022-12-26 17:05

芯片数据分析步骤6 探针注释

而后续分析如GSEA，只能对基因进行分析，因此也要求对探针进行注释。注释探针的方法1使用芯片厂商的注释信息注释这个方法是金标准，
tommyhechina·2022-12-24 08:05

R语言---生信分析---ssGSEA基因集富集分析、免疫浸润

，得到免疫细胞对应的特异的基因5.ssgsea分析6.富集分数画热图结果参考背景介绍单样本基因集富集分析（singlesamplegenesetenrichmentanalysis,ssGSEA），是GSEA
毒鸡蛋·2022-12-15 08:20

GEO数据库学习四(差异分析 可视化 GSEA)

根据前三节的学习，已经获得了矩阵、分组信息等，接下来就可以做差异分析。本节课用的是limma包，也可以选择其他包，参考文章：用limma对芯片数据做差异分析。使用说明使用这个包需要三个数据：表达矩阵exprSet分组矩阵design差异比较矩阵三个步骤：lmFit线性拟合eBayes贝叶斯检验topTable生成结果1.差异分析表达矩阵表达矩阵就是前三节最后处理得到的exprSet，行名是探针转换
你真的不能替我学吗·2022-11-30 01:33

GSA、GSEA、ssGSEA、GSVA的算法原理及它们的联系与区别

一、简述  为了从基因的表达水平中得到更加具体直观的生物学功能变化的信息，多种基于已知的基因集的分析方法应运而生。其中，基因集分析（GeneSetAnalysis）、基因集富集分析（GeneSetEnrichmentAnalysis）、单样本基因集富集分析（SingleSampleGeneSetEnrichmentAnalysis,ssGSEA）、基因集变异分析（GeneSetVariationA
annfall·2022-11-15 21:01

单细胞之富集分析-5：一张图展示多组富集分析结果

单细胞富集分析系列：单细胞之富集分析-1：单细胞GSEA分析流程单细胞之富集分析-2：批量GSEA和GSVA分析单细胞之富集分析-3：GO和KEGG富集分析及绘图单细胞之富集分析-4：分组水平GSVA文献里经常看到这样不同组的通路选择性的一起展示的点图
Hayley笔记·2022-09-23 21:00

单细胞 （小鼠）| 差异分析＋GSEA通路富集

findmarkers函数只能根据划分好的亚群进行差异分析吗(qq.com)Seurat中FindMarker寻找两个celltype差异基因的若干方法-(jianshu.com)用clusterProfiler做GSEA
一只小脑斧·2022-07-06 21:02

基因集富集分析(GSEA)及其可视化

1什么是GSEA基因集富集分析(GeneSetEnrichmentAnalysis,GSEA)是是一种计算方法，用于确定事先定义的一组基因是否在不同的样品中差异表达。
青青青山·2022-07-04 21:52

单细胞之富集分析-4：分组水平GSVA

单细胞富集分析系列：单细胞之富集分析-1：单细胞GSEA分析流程单细胞之富集分析-2：批量GSEA和GSVA分析单细胞之富集分析-3：GO和KEGG富集分析及绘图1.数据和基因集准备library(Seurat
Hayley笔记·2022-07-01 10:15

单细胞之富集分析-3：GO和KEGG富集分析及绘图

单细胞富集分析系列：单细胞之富集分析-1：单细胞GSEA分析流程单细胞之富集分析-2：批量GSEA和GSVA分析单细胞富集分析我最常用的是分组GSVA，但最近用到了GO分析，就复习一下GO和KEGG富集分析及绘图
Hayley笔记·2022-07-01 10:12

单细胞之富集分析-2：批量GSEA和GSVA分析

单细胞富集分析系列：单细胞之富集分析-1：单细胞GSEA分析流程1.背景GeneSetEnrichmentAnalysis(GSEA)用来评估一个预先定义的基因集的基因在与表型相关度排序的基因表中的分布趋势
Hayley笔记·2022-07-01 10:07

RNA-Seq(9)：使用GSEA做GO/KEGG富集分析

不妨试试GSEA，不是拿差异基因，而是拿全部基因作为输入。
Z_bioinfo·2022-06-30 19:11

基因ID转换方法总结

clusterProfiler是Y叔写的一个功能强大的R包，可以用来做各种富集分析，如GO、KEGG、DO（DiseaseOntologyanalysis）、Reactomepathwayanalysis、GSEA
Hayley笔记·2022-06-30 09:30

ridgeplot报错：Error in ans[ypos] <- rep(yes, length.out = len)[ypos] : replacement has ...

replacementhaslengthzeroInaddition:Warningmessage:Inrep(yes,length.out=len):'x'isNULLsotheresultwillbeNULL报错情况与代码在进行GSEA
嘿嘿嘿嘿哈·2022-05-22 02:38

富集分析GO KEGG GSEA的区别

GO和KEGG是基于不同的分类思想而储存的基因相关功能的数据库,富集分析就是一个把这些功能进行进行整合计算的算法，GO富集，就是研究基因的本质的，从三个层面，分别描述基因的分子功能（molecularfunction）、细胞组分（cellularcomponent）、参与的生物过程（biologicalprocess）。如一个基因，她的分子功能可能是具有催化活性，她的细胞组分，也就是其在细胞中定位
hyena_7·2022-04-23 08:07

R绘图实战|GSEA富集分析图

写在前面后台难得有读者私信，请教了下图中文章的GSEA图能不能用R来画，今天就来简单写个教学。
木舟笔记·2022-04-17 10:21

生信数据库01-MSigDB

本内容为【科研私家菜】生信数据库系列课程R小盐准备介绍那些小众又重要的生信数据库让我们跟着R小盐来一起学习吧你想要的R语言学习资料都在这里，快来收藏关注【科研私家菜】今天R小盐介绍的数据库是GSEA|MSigDB
科研私家菜·2022-03-31 06:50

GSEA

参考：(21条消息)JDK的下载、安装和环境配置教程（2021年，win10）_Marvin_996_ICU的博客-CSDN博客_jdk(21条消息)GSEA软件使用方法简介_庐州月光的博客-CSDN博客
哇珍·2022-03-11 21:39

GSEA笔记

GSEA缩写GSEA的全称是GeneSetEnrichmentAnalysis，中文翻译就是基因集富集分析，最早提出GSEA的文章是下面的这篇文献：基因集富集分析是分析基因表达信息的一种方法，富集是指将基因按照先验知识
backup备份·2022-02-21 03:34

10X单细胞（10X空间转录组）富集分析GSEA、GSVA算法回顾

好了，这一篇我们来简单回顾一下常用的富集分析方法GSEA、GSVA的分析算法原理，如有不准确之处，希望大家指出，共同进步。
单细胞空间交响乐·2022-02-18 10:54

科研软件81难之3---GSEA的富集分析原理

满月抛江第三难基因集的概念GSEA全称GeneSetEnrichmentAnalysis，GSVA全称GeneSetVariationAnalysis，它们都是基于基因集开展的分析，因此我们先要了解基因集的定义
Sc_RNA_seq·2022-02-12 04:47

基因集富集分析 --- GSEA

基因集富集分析(Genesetenrichmentanalysis,GSEA)方法于2005年首次提出，题为Genesetenrichmentanalysis:Aknowledge-basedapproachforinterpretinggenome-wideexpressionprofiles
林枫bioinfo·2022-02-05 10:58

【年末福利】以单基因生信分析切入，分享ssgsva、GSEA等套路性分析的实现

1.套路一：观察重要表型与感兴趣基因之间的关系。比如观察KRAS有无突变两组之间，感兴趣基因的表达是否有差异。1.1整理数据：提取感兴趣基因和临床表型数据exprmedian(df$YourGene),"High","Low")table(df$group)gsva_matrixmedian(df$YourGene),"High","Low")table(df$group)library(limm
研平方·2022-01-23 22:59

根据基因间相关性系数R进行GSEA富集分析

根据rawdata算出来FPKM，然后进行单个基因与其他基因之间相关性的计算mutwt=read.csv("路径wtmut12-fpkm.csv",row.names=1,header=T)#转置一下mutwt_t<-t(mutwt)转置后文件内容为：纵坐标是样本名称，横坐标是不同基因的Ensembl#先写空向量gene_name<-c()##也可用vectorcor_r<-c()pvalue<-
没有猫但是有猫饼·2021-12-15 16:45

2.基于小鼠的基因集数据库资源

1问题的提出超几何分布检验和GSEA的差异通常拿到了上下调差异基因列表，然后说的GO/KEGG数据库注释，指的是超几何分布检验。
Charles_ye·2021-09-16 12:13

02-IF7+：纯生信泛癌分析挖掘可用于ICI应答预测的生物标志物

文章在泛癌中使用表达数据、临床数据以及结合免疫评估，差异表达，GSEA，生存分析等方法最终识别出了有效的生物学标志物，并对标志物的性能进行了测评，工作量很大。
生信学霸·2021-06-26 03:37

富集分析

写在前面：1某些富集代码|关于GSEA|某些主流富集分析工具两类富集分析A：差异基因富集分析（不需要表达值，只需要genename）B:基因集(geneset)富集分析（不管有无差异，需要全部genes
Y大宽·2021-06-22 04:07

生物信息数据库：miRNA相关数据库

mirwalk.umm.uni-heidelberg.de/http://ophid.utoronto.ca/mirDIP/index.jsp说明：相比mirDIP,miRWalk提供的物种更多，而且调控网络的可视化和GSEA
挽山·2021-06-21 17:37

GSEA基因集富集分析

生信宝典之前总结了一篇关于GSEA富集分析的推文——GSEA富集分析：从概念理解到界面实操，介绍了GSEA的定义、GSEA原理、GSEA分析、Leading-edge分析等，是全网最流行的原理+操作兼备教程
MLD_TRNA·2021-06-21 07:45

Gsea安装笔记

Gsea安装之前需要准备好java环境生信小白找java安装包就挑花了眼，必须找官网教程对应版本的java。这很重要！然后安装时选择JRE安装对应浏览器的版本。很重要。其他的暂时没有问题
sunshineHepburn·2021-06-19 21:10

三月week1文献阅读（下）:Pathway enrichment analysis and visualzation of omics data using g:Profiler,GSEA,C...

用EnrichmentMap显示富集结果VisualizationofenrichmentresultswithEnrichmentMap●时间~5分钟7.启动Cytoscape软件。Cytoscape入门教程可以在http://tutorialscytoscape.org中找到。8.在菜单中，点击Apps→EnrichmentMap。9.创建富集图面板将会出现(fig6)。使用g:Profile
米妮爱分享·2021-06-19 05:41

基因功能富集方法和基因注释数据库介绍

1.两种基因功能富集方法介绍名词解释：1.基因功能富集分析：包括过表达分析ORA、功能分类打分FCS、基于同路拓扑结构PT和基于网络拓扑结构NT和基因富集分析GSEA。常用的是ORA和GSEA。
Hayley笔记·2021-06-15 07:29

LOLA：overlap analysis for enrichment of genomic region set

前言  说到富集分析，大家肯定第一时间会想到GO、KEGG、GSEA等常见的基因富集分析。那什么是基因富集分析呢？
生信店小二·2021-06-11 00:49

GSEA的分析汇总-转载

GSEA的分析汇总学习GSEA生信技能树GSEA的统计学原理试讲GSEAGSEA这个java软件使用非常方便，只需要根据要求做好GCT/CLS格式的input文件就好了。
天涯清水·2021-05-18 20:57

GSVA计算原理

GSVA的用途一般我们做GSEA都是先进行差异基因分析，然后取差异倍数排序结果进行GSEA。
小潤澤·2021-05-15 11:31

GSEA算法学习

GSEA文献阅读1.重要解释RankedGeneListL：该基因列表为待检测的数据集（通常为试验获得的表达矩阵文件）；GeneSetsS：该基因集为已知功能注释的某一个通路所含基因（如一个GOterm
瞌睡斋主人·2021-05-13 00:15

分享一篇GSEA分析文章，理解GSEA与常用通路分析区别

今天经人提醒才发现自己对GSEA的理解完全错误，也怪自己没认真看文献和资料。
王诗翔·2021-04-30 10:57

TCGA转录组差异分析后多种基因功能富集分析：从GO/KEGG到GSEA和GSVA/ssGSEA（含基因ID转换）

测序上游分析系列：mRNA-seq转录组二代测序从rawreads到表达矩阵：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从rawreads，鉴定已知miRNA-预测新miRNA，到表达矩阵【一】miRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从rawreads，鉴定已知miRNA-预测新miRNA，到表达矩阵【二】其他文章系列：ggplot2作图篇：（1
ZZZZZZ_XX·2021-04-19 11:34

m5C纯生信分析套路 m5C预后模型构建+验证

利用GO和GSEA对这些基因的功能进行注释。使用单变量Cox回归和LASSOCox回归算
呆呆聊生信·2021-04-18 15:13

三月week1文献阅读（上）:Pathway enrichment analysis and visualzation of omics data using g:Profiler,GSEA,C...

三月week1文献阅读：Pathwayenrichmentanalysisandvisualzationofomicsdatausingg:Profiler,GSEA,CytoscapeandEnrichmentMap
米妮爱分享·2021-04-18 01:09

单细胞转录组功能分析（超详细clusterProfiler,GSEA,GSVA分析）

单细胞分析不可避免的会涉及到鉴定不同细胞类型的功能或比较相同类型在不同状态下的功能差异，因此，功能分析在单细胞分析中相当重要.功能分析的方法很多，这儿我们主要讲述3种功能分析方法，一是基于筛选的差异基因，采用超几何检验判断上调或下调基因在哪些GO或KEGG或其它定义的通路富集，代表clusterProfiler包。另一种是不筛选差异基因，而是对其根据表达量或与表型的相关度排序，然后判断对应的基因集
清竹饮酒·2021-04-10 13:23

GSEA富集分析

基本概念GeneSetEnrichmentAnalysis(GSEA)是一种的计算方法，用于评估在一个预设订的基因集中，两个生物学数据集间，是否存在统计学上显著且一致的差异。
EwanH·2020-10-22 17:09
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