GSEA

GSEA软件的二次作图

我们知道，用GSEA的java软件分析的结果之后，默认的图是png，而且只有72dpi，比如下面这样的image.png其实颜值也还好，但是很模糊，这是很不方便用于发文章的，那么有没有一些二次作图的方法呢
欧阳松·2023-09-06 09:32

富集分析也能发nature protocol ? 好好探探~

Pathwayenrichmentanalysisandvisualizationofomicsdatausingg:Profiler,GSEA,CytoscapeandEnrichmentMapPathwayenrichmentanalysisresourcesPathwaydatabasesWelistaselectionoflarge
热衷组培的二货潜·2023-08-20 08:27

R语言实现GSEA分析（1）

GSEA：基因集富集分析，很好的解决了上述问题，通过观察富集的基因分布在顶端还是底部，可以说明该基因集是上调还是下降。
weixin_49320263·2023-08-15 08:45

单细胞之富集分析-1：单细胞GSEA分析流程

单细胞GSEA分析需要的文件有两个：1.单细胞基因表达变化数据（两列，一列是geneid/genesymbol，一列是logFC）（文件格式：.rnk）2.目标基因集（文件格式：.gmx或.gmt）一行是一个
Hayley笔记·2023-08-14 19:58

2022-07-31

从一开始的R语言实战，到Linux基础，再到实战下载的fastq数据一路以来就是不断地犯错+debug+Google那么RNA-Seq的学习告一段落，马上开始GEO数据库挖掘的学习，因为我发现有关ID转化，GSEA
佳奥·2023-08-14 18:49

SCI 文章中基因表达富集之 GSEA

前言目前基于RNA做分析的文章中几乎都有GSEA的分析内容，并且都是出现在正文，那么这个也是表达基因筛选的一种重要方式，下面我将整个流程梳理一下，供大家参考。
桓峰基因·2023-08-13 13:50

跟着Cell学单细胞转录组分析(十三):单细胞GSVA分析|这个包涵盖大多数物种

之前我们发过GSVA分析（有了这个包，猪的GSEA和GSVA分析也不在话下（第一集），【后续来了】有了这个包，猪的GSEA和GSVA分析也不在话下（第二集）），接着单细胞系列，重新说一下GSVA分析。
KS科研分享与服务·2023-08-13 00:04

小鼠基因集-GSKB--R进行GSEA富集分析

1.数据集介绍  由于人类基因集富集分析，有msigdb数据库，上面有各种数据集的几何，因此做人的基因集富集分析还是很方便的，可以直接从上面下载数据集即可：msigdb数据库基因集  从上图可以看到，msigdb的基因集有很多，那么小鼠的基因集呢？通过查询，最终发育有一个小鼠的专门数据集，既GSKB，这是鼎鼎大名的broad研究所开发的数据集，而且这个数据集一共7个数据集，主要介绍如下：GSKB的
尧小飞·2023-08-10 20:37

gsea 代码

```chttps://github.com/LungCellAtlas/HLCA_reproducibility/tree/main/scripts/R/GSEA[https://github.com
Young.Dr·2023-08-04 15:08

医学生视角下的GSEA富集分析

原理理解关于GSEA富集分析，其实很早就接触过了，但一直没有深究下去。这里白介素同学抽空进行了测试。
医科研·2023-08-03 02:23

单基因gsea_GSEA：基因集富集分析和ssGSEA:单样本基因集富集分析

传统富集分析(基于超几何分布或者Fisher精确检验)：关注一列差异基因是否是随机分布在某一感兴趣的基因集中(某通路的基因)得到通路富集的结果时：(1)、一条通路中既有上调基因又有下调基因，无法确定这条通路总体的表现形式(是抑制还是激活)将上调和下调的差异基因分开进行分析。(1)这样分析会对结果产生偏倚，因为Fisher精确检验就是想要证明整个差异基因列表不是抽样得到的，如果将上下调基因分开，就对
weixin_39907289·2023-08-02 14:25

RNA 20. SCI 文章中单样本免疫浸润分析 （ssGSEA）

文章撰写及生物信息基础知识学习：R语言学习，perl基础编程，linux系统命令，Python遇见更好的你122篇原创内容公众号这期讲讲单样本基因富集分析，这个也蛮有意思的之前我已经介绍过基因集富集分析（GSEA
桓峰基因·2023-08-02 14:18

GSEA结果解读、原理介绍、操作方法的资料的整理

视频资料：小张聊科技-bilibili权威详细文档（英语能力好的这个最佳）：权威详细的pdf文档R语言环境下的一个例子：https://www.jianshu.com/p/be8fe1318850GSEA
superqun·2023-07-31 15:04

跟着 NC 学画图: GSEA 富集结果可视化

尝试变得正常1引言一篇NC文章Neutrophil-inducedferroptosispromotestumornecrosisinglioblastomaprogression中的gsea图:文章:
木舟笔记·2023-07-29 03:44

ssGSEA分析

ssGSEA即单样本GSEA分析，主要可以用来量化免疫浸润。免疫浸润是什么？要是直白的解释就是免疫细胞渗透到肿瘤组织的程度。一般我们说肿瘤组织当中的成分，首先想到的是肿瘤细胞。
谢京合·2023-07-27 17:35

TCGA 数据分析实战 —— GSVA、ssGSEA 和单基因富集分析

前言前面，我们介绍过了差异基因的功能富集分析，今天，我们对这部分的内容作一些补充主要介绍一下GEVA、ssGSEA和单基因的富集分析GSVA我们知道，GSEA富集分析方法是针对两组样本来进行评估的，也就是说对基因列表的排列方式是根据基因与表型的相关度
名本无名·2023-07-23 14:50

个性化调整GSEAplot

我们经常使用Y叔的clusterprofiler包进行GSEA分析，之后使用gseaplot或enrichplot::gseaplot2来可视化结果。
一只烟酒僧·2023-07-21 01:37

复现Nature图表：GSEA分析及可视化包装函数

这篇帖子主要的目的是写一个转录组GSEA分析和可视化通用的函数。
TS的美梦·2023-07-19 16:18

单细胞转录组高级分析五：GSEA与GSVA分析

以下文章来源于生信会客厅，作者Kinesin生信会客厅分享单细胞转录组、空间转录组、转录调控及微生物多样性的分析流程、代码及相关生信知识。上期专题我们介绍了单细胞转录组数据的基础分析，然而那些分析只是揭开了组织异质性的面纱，还有更多的生命奥秘隐藏在数据中等待我们发掘。本专题将介绍一些单细胞转录组的高级分析内容：多样本批次校正、转录因子分析、细胞通讯分析、基因集变异分析和更全面的基因集富集分析。不足
Seurat_·2023-06-20 10:51

go分析和kegg分析_生信分析中GSEA分析(GO/KEGG富集分析)的重要性

各位医学方的朋友，大家好。我是Flyman！做过下游分析的小伙伴都知道富集分析的重要性，生信类文章大家总会在最后一步针对我们前面筛选出来的差异基因做一下GO/KEGG富集分析，研究一下他们参与到什么信号通路上或者参与什么生物学过程？富集分析的本质是什么呢？实际上就是一个超几何分布，超几何分布是统计学上一种离散概率分布。它描述了从有限N个物件(其中包含M个指定种类的物件)中抽出n个物件，成功抽出该指
weixin_39622587·2023-06-16 18:57

关于GSEA富集分析_2019-05-28

内容引用于以下文章：https://blog.csdn.net/weixin_43569478/article/details/83745105https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1239896/https://zhuanlan.zhihu.com/p/44091458http://www.bio-info-trainee.com/3912.h
胡杨奋进·2023-06-12 10:11

基因功能富集

富集分析（GeneSetEnrichmentAnalysis,GSEA）通常是分析一组基因在某个功能节点上是否相比于随机水平过于出现（over-prese
生信师姐·2023-06-08 20:49

GSEA输入文件准备——转载自生信笔记

转载网址：https://www.bioinfo-scrounger.com/archives/557/说到富集，富集是将基因根据一些先验的知识（也就是常见的注释）进行分类的过程。我们一般会想到最常见的是GO/KEGG富集，其思路是先筛选差异基因，然后确定这些差异基因的GO/KEGG注释，然后通过超几何分布计算出哪些通路富集到了，通常会选择一个阈值来卡一下，比如p值和FDR等。因此这会涉及到人为的
whykm·2023-04-19 09:41

小鼠基因集-GSKB--R进行GSEA富集分析

1.数据集介绍由于人类基因集富集分析，有msigdb数据库，上面有各种数据集的几何，因此做人的基因集富集分析还是很方便的，可以直接从上面下载数据集即可：image从上图可以看到，msigdb的基因集有很多，那么小鼠的基因集呢？通过查询，最终发育有一个小鼠的专门数据集，既GSKB，这是鼎鼎大名的broad研究所开发的数据集，而且这个数据集一共7个数据集，主要介绍如下：imageGSKB数据基因集来源
Seurat_Satija·2023-04-15 15:54

ZT:Bioin----小xuo生

GSEA-基因集富集分析1.为什么写？网上教程一抓一大把，有的能重复，有的不能重复不了，很多原因。别人能做的不代表你能复制，实践出真知。不做搬运工，只写有用的，防止以后忘记。
felixhell·2023-04-14 21:09

GSEA和GSVA，再也不用去下载gmt文件咯

那么以后想做GSEA和GSVA，就可以不用去下载gmt文件啦！
小洁忘了怎么分身·2023-04-11 00:43

RNA-seq学习：No.6富集分析--GESA

因此以GSEA为代表的FCS方法也是人们所倾向的选择。
小贝学生信·2023-04-11 00:46

单样本基因集富集分析 --- ssGSEA

1.概述单样本基因集富集分析（singlesamplegenesetenrichmentanalysis,ssGSEA），是GSEA方法的扩展，主要是针对单个样本无法做GSEA而设计。
林枫bioinfo·2023-04-11 00:43

02-IF7+：纯生信泛癌分析挖掘可用于ICI应答预测的生物标志物

文章在泛癌中使用表达数据、临床数据以及结合免疫评估，差异表达，GSEA，生存分析等方法最终识别出了有效的生物学标志物，并对标志物的性能进行了测评，工作量很大。
AAA肿瘤信息学王协·2023-04-07 00:40

MSigDB 系列：详细信息和 确认

H集合：标志基因集我们将此集合设想为您探索MSigDB资源和GSEA的起点。霍尔马克基因集总结并代表特定的明确定义的生物状态或过程，并显示连贯
Seurat_Satija·2023-04-07 00:39

GEO数据库视频学习笔记（差异分析、可视化、GSEA）

笔记回顾：1.GEO数据库视频学习笔记（芯片数据下载和数据读取）2.GEO数据库视频学习笔记（ID转换）3.GEO数据库视频学习笔记（了解你的表达矩阵）这一讲的视频地址是：[https://www.bilibili.com/video/BV1is411H7Hq?p=7]（一）差异分析上面三个视频笔记，记录了如何获得矩阵、如何过滤探针、如何获得分组信息，具备了这些，就可以进行差异分析了。这里Jimm
生信start_site·2023-04-05 21:43

2021-03-03 基于lncRNA的功能富集分析——lncSEA

GO，KEGG，GSEA等久负盛名的功能富集分析方法对于解析各种基因的调控功能和互作网络起到非常重要的作用。但这些方法的一个很大的局限性就是只能针对蛋白质编码进行进行分析。
NAome·2023-04-05 16:54

GEO数据分析之必备基础知识

分析开始之前的准备工作和推荐学习以下非常优秀的推文，学习之后GEO分析就春暖花开了：生信技能树GEO数据挖掘相关的课程解读GEO数据存放规律及下载，一文就够解读SRA数据库规律一文就够从GEO数据库下载得到表达矩阵一文就够GSEA
天涯清水·2023-04-05 14:19

单样本的GSEA(ssGSEA)

我们看到以上得到的差异基因均是来自群体的，否则怎么能叫差异基因，所以GSEA主要是针对有多个样本组成的表达矩阵，那对于单个样本来说，也能计算呀！
夕颜00·2023-04-05 13:02

RNA-seq入门实战（七）：GSEA——基因集富集分析

本节概览：1.GSEA简单介绍2.创建GSEA分析所需的geneList，包含log2FoldChange和ENTREZID信息3.利用clusterProfiler进行GSEA富集GO与KEGG通路4
嘿嘿嘿嘿哈·2023-04-04 14:38

GEO挖掘实战二、差异分析及富集分析

得到差异基因结果后可绘制火山图、热图；进行富集分析(ORF，GSEA)等。4、limma差异分析芯片数据的差异分析一般使
小贝学生信·2023-04-03 06:38

GSVA + limma进行差异通路分析

一般我们做GSEA都是先进行差异基因分析，然后取差异倍数排序结果进行GSEA。
BeeBee生信·2023-04-02 20:45

GSEA背后的统计学原理

GSEA简介基因集富集分析（GSEA）是一种计算方法，可确定先验定义的基因集是否在统计上显示两种生物学状态之间存在显着一致的差异。来自官网：GSEAGSEA首先由Mootha等人描述。
小潤澤·2023-03-30 01:13

GSEA

GSEA分析数据准备GSEA分析数据准备我们需要的是带有基因id的log2foldchgange的向量，我们从de_result里面提取出来就行了de_result$entrezid<-mapIds(org.Mm.eg.db
yssxswl·2023-03-29 05:29

clusterProfiler进行GSEA富集分析

不同于ORA富集分析（仅需要差异表达基因列表），GSEA富集分析需要基因排序列表（arankedlistofgenes），一般根据logFC对基因排序。
qq_27390023·2023-03-29 04:38

GSEAmining | 来看看你的GSEA结果是不是需要瘦身啦！~

1写在前面最近真是累的不行，今天抽空写一下新的教程，关于人人都会做的GSEA（GeneSetEnrichmentAnalysis）。
生信漫卷·2023-03-29 04:34

使用kegg数据库的一点见解

使用kegg数据库的一点见解对kegg这个数据库感兴趣主要是看到Jimmy之前在推文中讲到做GSEA分析还是用kegg原始数据库好，因为msigdb这个数据库关于通路的数据是比较老的。
Jorth_1·2023-03-29 04:02

关于GSEA富集结果条目数一跑一变的迷思和恍然大悟

状况1:GSEA-GO同样的设定返回了不同的结果在做jimmy大神布置的作业：对比Gorilla,clusterProfiler,topGO三种工具作业做到GSEA法##clusterPro
美式永不加糖·2023-03-16 13:45

一文掌握GSEA富集分析-最详细教程

生信宝典之前总结了一篇关于GSEA富集分析的推文——《GSEA富集分析-界面操作》，介绍了GSEA的定义、GSEA原理、GSEA分析、Leading-edge分析等，不太了解的朋友可以点击阅读先理解下概念
生信宝典·2023-03-10 04:23

个性化调整GSEAplot--第二篇

#获得gsea对象gsea_obj%>%gseaplot2(.,pathway,subplots=1)->a#个性化调整a%>%.
一只烟酒僧·2023-03-09 15:53

linux服务器安装javaGSEA并打开GUI

image.pngDownloads(gsea-msigdb.org)image.pngimage.png不同于找到的教程，更新后的GSEA不单独提供GUI的jar包，而是打包在zip中和命令行一起提供
byejya·2023-02-08 15:51

基于神包clusterProfiler的ID转换+MSigDb+KEGG分析的shiny小工具

代码吧library(shiny)library(shinythemes)library(DT)ui<-fluidPage(theme=shinytheme("paper"),titlePanel("GSEA-KEGG
美式永不加糖·2023-02-07 13:39

知识分享| 转录组个性化分析(2)——GSEA

上一期中给大家介绍了拟时序分析的意义及具体的分析过程，本期继续给大家带来转录组个性化分析——GSEA。废话不多说，干货直接奉上！
百易汇能·2023-02-06 09:59

根据RNA-seq差异基因进行GSEA分析

如果你觉得GO或KEGG不够解释，或许可以试试GSEA具体内容参考这篇#GSEAanalysissteps#得到差异分析结果DESeq2_DEG=as.data.frame(read.table("路径
没有猫但是有猫饼·2023-02-04 19:37

转录因子富集分析

首先去下面的这个网站http://software.broadinstitute.org/gsea/msigdb/collections.jsp#C3image.png2.下载tft文件（entrezID
一路向前_莫问前程_前程似锦·2023-02-03 10:05
上一页 1 2 3 4 5 下一页
按字母分类： ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ其他