GSEA

用clusterProfiler做GSEA（二）

之前写过用clusterProfiler做GSEA,enrichplot中的gseaplot作图，但是图没有最新版enrichplot包的gseaplot2做的图好看。
生信编程日常·2020-09-03 18:08

用clusterProfiler做GSEA（一）

image.pngGSEA的介绍：https://www.omicsclass.com/article/230GSEA有相应的软件，其实clusterProfiler除了做goterm富集，也可以做GSEA
生信编程日常·2020-09-02 10:35

GO富集分析-对比Gorilla, clusterProfiler, topGO三种工具part2

关于三个工具的具体描述（尤其GOrilla）,见GO富集分析-对比Gorilla,clusterProfiler,topGO三种工具part1~GSEA篇Interestinggenevsuniverse
美式永不加糖·2020-08-22 00:48

GSEA （基因集富集分析）

1.GSEA介绍基因集富集分析（GeneSetEnrichmentAnalysis，GSEA）是麻省理工学院和哈佛大学的broadinstitute研究团队开发的一个针对全基因组表达谱芯片数据进行分析的工具
thinkando·2020-08-20 04:42

MSigDB:基因集数据库

GeneSetEnrichmentAnalysis，中文名称为基因集富集分析，是由BroadInstitute研究所的科学家提出的一种富集方法，在提出该方法的同时还对应提供了分析的软件GSEA和一个基因集数据库
weixin_43569478·2020-08-16 16:26

GSVA-热图和显著性检验的箱型图

library(GSVA)library(limma)library(GSEABase)geneset<-getGmt("hy_g.gmt")#可自定义，也可从数据库直接下载【Fig1】https://www.gsea-msigdb.org
白云梦_7·2020-08-14 16:33

GSEA分析结果详细解读

欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》!在解读传统的富集分析结果时，经常会有这样的疑问，一个富集到的通路下，既有上调差异基因，也有下调差异基因，那么这条通路总体的表现形式究竟是怎样呢，是被抑制还是激活？或者更直观点说，这条通路下的基因表达水平在实验处理后是上升了呢，还是下降了呢？在这里我说下自己的观点，在传统的富集分析时，我们只需要一个差异基因的列表，根本不关心这个差异基因究竟是上调还是下调。这是因为
weixin_43569478·2020-08-06 10:02

GSEA学习笔记

前几天看到公众号里写了GSEA的文章，虽然我之前跟着很多网上的教程走过一遍GSEA分析，但是对于GSEA的结果图并不知道怎么看，所以也想学习一下这方面的知识。
生信start_site·2020-07-31 11:03

GSEA结果解读

上一篇GSEA可以做什么之后，继续进行结果解读1Enrichmentscore（ES）ES是GSEA最初的结果，反应全部杂交data排序后，在此序列top或bottom富集的程度。
Y大宽·2020-07-28 08:35

GSEA可以做什么

基因集富集分析GSEA（gene-setenrichmentanalysis）。这个操作并不难，主要就是准备符合GSEA要求的数据文件（本地的话4个），关于文件准备，可细见官方说明。
Y大宽·2020-07-28 06:46

2020-07-26 脂质代谢+胶质瘤+生信=4分

GO和GSEA发现，神经胶质瘤（GBM）主要表现出糖鞘脂代谢进程的富集，而低级神经胶质瘤（LGGs）表现出磷脂酰肌醇代谢进程的富集。根据LGG和GBM之间脂质代
卅衣·2020-07-27 13:57

KEGG通路数据库下载(人种)

方法一在MSigDB下载，网址GSEA|MSigDB|MSigDBCollections。下载到gmt格式文件使用GSEABase包的getGmt函数读取。
BeeBee生信·2020-07-17 16:16

GSEA-基因集富集分析

2.GSEA基本概念GeneSetEnrichmentAnalysis思路：使用预定义的基因集（通常来自功能注释或先前实验的结果），将基因按照在两类样本中的差异表达程度排序，然后检验预先设定的基
bioin·2020-07-16 04:36

针对小鼠的gskb基因集数据库

GeneSetKnowledgebase(GSKB)，完全借鉴于GSEA算法的MSigDB(molecularsignaturedatabase),数据库，同样是大名鼎鼎的broad开发，也是分成7类：
生信技能树·2020-07-12 00:03

GSEA的leading edge analysis(LEA)

前面在GSEA可以做什么中列了GSEA的一些应用场景，这个算其中之一，也是相对被遗落的一个分析，其实还是比较有用的，那就是leadingedgeanalysis。更多GSEA结果解读。它可以做什么？
Y大宽·2020-07-08 13:52

GEO数据挖掘技术可以应用到表达芯片也可以是转录组测序

GEO数据挖掘技巧，基本上该分享的都在B站和GitHub了，目录如下：第一讲：GEO，表达芯片与R第二讲：从GEO下载数据得到表达量矩阵第三讲：对表达量矩阵用GSEA软件做分析第四讲：根据分组信息做差异分析第五讲
生信技能树·2020-07-04 18:14

GSEA使用（初级）

首先我们先了解一下什么叫做基因富集分析基因富集分析是分析基因表达信息的一种方法，富集是指将基因按照先验知识，也就是基因组注释信息进行分类。2005年提出了基于基因集(geneset)定义的基因富集分析方法。首先要定义基因集，也就是基于我们的先验知识（基因组注释信息），将基因富集，可以想象成，用一堆代表基因功能的箱子（bin）把具有相同或相似功能的基因装起来，起到了降维的作用，当然，每个基因可能同时
宁生信·2020-06-26 12:21

R-clusterProfiler: GO/KEGG + 可视化

常用的分析方法：过表征分析(overrepresentationanalysis,ORA)：先找出差异基因，再对差异基因进行如GO/KEGG等富集基因富集分析(genesetenrichmentanalysis,GSEA
JY_Liu·2020-06-25 23:53

一文掌握GSEA，超详细教程！

生信宝典之前总结了一篇关于GSEA富集分析的推文——GSEA富集分析：从概念理解到界面实操，介绍了GSEA的定义、GSEA原理、GSEA分析、Leading-edge分析等，是全网最流行的原理+操作兼备教程
生信宝典·2020-06-24 21:25

听哈佛大神讲怎么做单细胞转录组GSEA分析

前言NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程（原理、代码和评述）)、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘（典型医学设计实验GEO数据分析(step-by-step)-Limma差异分析、火山图、功能富集
生信宝典·2020-06-24 21:53

Enrichment Map User guide用户指南

EnrichmentMapUserguide译者：Y大宽http://www.baderlab.org/Software/EnrichmentMap/UserManual#rnk总概CM可以使GSEA结果以网络化的形式可视化呈现
Y大宽·2020-06-24 07:24

学习基因通路富集分析软件GSEA

GSEA是一种无阈值方法，可根据其差异表达等级或其他分数对所有基因进行分析，无需事先进行基因过滤。
Mingyan_C·2020-06-22 11:49

enrichplot||基因富集结果可视化解决方案

支持过表达分析(ORA)和基因集富集分析(GSEA)。enrichplot包实现了几种可视化方法来帮助解释富集结果。它支持从DOSE(Yuetal.20
周运来就是我·2020-06-22 04:28

刘小泽学习GSEA

刘小泽写于2020.1.22-23自从上次写过豆豆在UM的第一天就开始了适应过程，到现在也适应差不多了，一切步入正轨，赶在过年之前发一波我们经常听说：GeneSetEnrichmentAnalysis、GSEA
刘小泽·2020-04-14 13:16

Gene set enrichment analysis: A knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression ...

Genesetenrichmentanalysis:Aknowledge-basedapproachforinterpretinggenome-wideexpressionprofilesGeneSetEnrichmentAnalysis(GSEA
_eason_·2020-04-08 05:22

给gsea软件制作自己的gene set文件

熟悉GSEA软件的都知道，它只需要GCT,CLS和GMT文件，其中GMT文件，GSEA的作者已经给出了一大堆！
生信技能树·2020-04-08 02:26

文献：Gene set enrichment analysis: A knowledge-based approach for interpreting genome-wide expressi...

我们提供了一种方法，叫做基因集富集分析（GSEA），用来实现这个目标。它具有相似功能的基因作为一个基因集，作为操作的单位。我们通过一些癌症数据来演示其如何进行。
康君爱上了蕊酱·2020-04-05 21:36

基因集富集分析

基因集富集分析(GeneSetEnrichmentAnalysis,GSEA)的基本思想是使用预定义的基因集，通常来自功能注释或先前实验的结果，将基因按照在两类样本中的差异表达程度排序，然后检验预先设定的基因集合是否在这个排序表的顶端或者底端富集
王诗翔·2020-04-01 23:08

GSEA分析结果详细解读

欢迎关注”生信修炼手册”!在解读传统的富集分析结果时，经常会有这样的疑问，一个富集到的通路下，既有上调差异基因，也有下调差异基因，那么这条通路总体的表现形式究竟是怎样呢，是被抑制还是激活？或者更直观点说，这条通路下的基因表达水平在实验处理后是上升了呢，还是下降了呢?在这里我说下自己的观点，在传统的富集分析时，我们只需要一个差异基因的列表，根本不关心这个差异基因究竟是上调还是下调。这是因为，传统的富
生信修炼手册·2020-03-29 09:31

GSEA的分析汇总

GSEA的统计学原理试讲GSEAGSEA这个java软件使用非常方便，只需要根据要求做好GCT/CLS格式的input文件就好了。
生信技能树·2020-03-24 01:11

MSigDB:GSEA提供的基因集数据库

GeneSetEnrichmentAnalysis，中文名称为基因集富集分析，是由BroadInstitute研究所的科学家提出的一种富集方法，在提出该方法的同时还对应提供了分析的软件GSEA和一个基因集数据库
生信修炼手册·2020-03-21 12:57

GSEA软件支持的数据格式

GSEA支持的数据格式GeneSetEnrichmentAnalysis(GSEA)isacomputationalmethodthatdetermineswhetheranaprioridefinedsetofgenesshowsstatisticallysignificant
_eason_·2020-03-21 12:13

1 biostar学习第一课

硕士期间就觉得生信很重要，但那个时候也就是设计个引物，测个sanger，那时候坐井观天，对生信分析停留在gsea和go富集的认识上，觉得前半部分由公司搞定就可以了读博的时候自己分析数据，跟公司沟通，太费劲
bingli·2020-03-13 16:35

GSEA使用笔记

软件下载地址：http://software.broadinstitute.org/gsea/downloads.js
bioinfo2011·2020-03-11 23:32

转录组分析---step1 counts分布检查

整理分享最近转录组下游分析用到的代码，包括差异基因、GO/KEGG富集、GSEA、GSVA和常用的作图，主要是在生信技能树Jimmy老师代码的基础上根据自己的习惯修改了一些，感谢Jimmy老师的海量资源和无私奉献
莎莉噢·2020-03-08 20:24

利用GSEA对基因表达数据做富集分析

imageGeneSetEnrichmentAnalysis(GSEA)isacomputationalmethodthatdetermineswhetheranaprioridefinedsetofgenesshowsstatisticallysignificant
_eason_·2020-03-07 00:59

一文教会你从头开始做GSEA

声明：本文用到的clusterProfiler,DOSE,enrichplot均是Y叔的作品，本人只是辛勤的搬运工，如想学习更多，请扫下方二维码，关注Y叔的公众号。生信路上自学愉快～imageStep1输入数据输入：实验组：敲出掉某基因的基因symbol及FPKM值对照组：没有敲出掉某基因的基因symbol及FPKM值##读入数据setwd("/Users/XXX/desktop")d1=read
PriscillaBai·2020-03-05 14:27

使用GSVA方法计算某基因集在各个样本的表现

文章发表于2013年，GSVA:genesetvariationanalysisformicroarrayandRNA-Seqdata同样是broad研究生出品，其在2005年PNAS发表的gsea已经高达
生信技能树·2020-02-29 02:54

GO，KEGG，GSEA富集分析笔记

whatisGeneOntology?——基因本体论1，什么是本体论？简单来说，就是我们对一个具体事物进行分类并予以描述。例如：猫是一种哺乳动物/猫是猫科动物/猫是一种生活在陆地的生物等等。对于一事物，我们可以用不同的分类加以描述。因此，对于gene的本体论，是对gene的一种描述。而对gene的描述大概分三种：①Cellularcomponent简称CC②Biologicalprocess简称B
路口不会转弯·2020-02-24 11:09

转录组学数据挖掘基本方法

先跑出差异基因，然后有几个方向可以走：常规功能富集、GSEA/GSVA、PPI分析（找Hub基因）。2-WGCNA路线。通过最后那个两个维度的相关性筛选关键基因。本路线可以移植到差异分析路线之中。
Bio_Learner·2020-02-20 18:17

GSEA富集分析 - 界面操作

欢迎关注天下博客：http://blog.genesino.com/2018/03/chip-pipeline/Jumpto...GSEA定义GSEA原理GSEA分析Leading-edge分析MSigDB
生信宝典·2020-02-13 07:42

GEO数据挖掘小尝试：（三）利用clusterProfiler进行富集分析

clusterProfiler是业界大神Y叔写的一个R包，可以用来做各种富集分析，如GO、KEGG、DO（DiseaseOntologyanalysis）、Reactomepathwayanalysis以及GSEA
井底蛙蛙呱呱呱·2020-01-08 17:49

文献积累（4）TF--SE--血管内皮特异性基因表达

TheTranscriptionFactorERGRegulatesSuper-EnhancersAssociatedwithanEndothelial-SpecificGeneExpressionProgram[CirculationRearch]GSEA
清晨起床满满正能量_Go·2020-01-05 15:00

ClueGO：用Cytoscape做富集分析的插件

常见的有基于差异基因的Over-representation分析，也就是常说的GO、KEGG富集分析和Functionalclassscoring分析，如GSEA。
生信义博·2020-01-02 07:37

GSEA相关笔记整理

网页上关于GSEA富集分析的教程很多，对自己这个生信小白来说比较简单通俗易懂的当数生信宝典和生信技能树的教程了。感谢大佬们的付出。
阿糖胞苷_SYSU·2019-12-29 13:21

一文解决GSEA富集分析（jave软件版本、R语言代码版本）

本文目标GSEA原理等介绍java版本的GSEA运行示例纯R版本的GSEA运行示例第一部分GSEA原理等介绍GSEA分析介绍富集分析一般到最常见的是GO/KEGG富集，其思路是先筛选差异基因，然后对差异基因进行
柳叶刀与小鼠标·2019-12-28 08:29

富集分析一网打进

欢迎关注天下博客：http://blog.genesino.com/2017/10/enrichment-analysis/Jumpto...GO富集分析KEGG富集分析GSEA分析自定义数据集分析九天学会转录组高级分析
生信宝典·2019-12-21 17:23

功能富集分析概述

关于GO、KEGG、GSEA等等这些词，网上也有很多教程，教大家怎么做GO分析、怎么做GSEA分析等等。但我们不仅要知其然，还要知其所以然。这里，我找到两篇富集分析的综述，跟大家一起学习一下。
生信family·2019-12-18 08:53

转录组入门（8）：差异基因结果注释

作业要求我们统一选择p1|log2FoldChange<-1))2.GO/KEGG分析及GSEA我们主要用到的就是Y叔的R包：clusterProfiler包，github上有详细的说明，这个包的功能很强大
lxmic·2019-12-16 11:16

webgestalt:基因富集分析的在线工具

富集分析的必要性和重要性不言而喻，有很多的成熟的软件可以来进行这样的分析，比如clusterProfiler,GSEA等等
生信修炼手册·2019-12-14 09:09
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