Genetics

Psychology 心理学

behavior行为psychologist心理学家philosophy哲学philosopher哲学家Empiricism经验主义Positivism实证主义biology生物学evolution进化genetics
the 8th dwarf·2024-09-07 08:49

跟着Nature Genetics 学画图：R语言ggplot2一次性画好多个饼状图

今天推文重复的图来自于论文Whole-genomeresequencingof445Lactucaaccessionsrevealsthedomesticationhistoryofcultivatedlettuceimage.png今天试着重复的图片对应着的是论文附件中的Figure8b，很多个饼状图放到一起image.png最基本的想法就是单独画好多个饼状图，然后通过拼图实现，但是因为之前重复
小明的数据分析笔记本·2024-02-08 08:56

Nature Genetics | 全蛋白质组关联研究（PWAS）发现阿尔茨海默症发病新机制

编者按全球有3500万人深受阿尔茨海默症(AD)的困扰，但目前尚无临床有效的治疗手段。为了促进AD治疗手段的发展，研究者进行了大量的遗传学研究。已有研究者通过GWAS鉴定出许多阿尔茨海默症风险基因，但这些风险基因是如何导致阿尔茨海默症的尚不十分清楚。全蛋白质组关联研究(Proteome-WideAssociationStudy,PWAS)通过蛋白质的功能变化将基因和表型联系起来，是一种新型的以蛋白
ee00dc6faab7·2024-02-01 02:48

跟着Nature Genetics学画图：R语言ggplot2画折线图并添加误差线

折线图添加误差线是非常常用的一种可视化方法，今天的推文介绍一下使用R语言的ggplot2作图的代码。模仿的是论文Phaseddiploidgenomeassembliesandpan-genomesprovideinsightsintothegenetichistoryofappledomestication中的Figure3中的d图image.png第一步是准备数据image.png数据保存为c
小明的数据分析笔记本·2024-01-29 12:01

跟着Nature Genetics学作图：R语言ggplot2散点图及多图共享图例

论文PlasmaproteomeanalysesinindividualsofEuropeanandAfricanancestryidentifycis-pQTLsandmodelsforproteome-wideassociationstudieshttps://www.nature.com/articles/s41588-022-01051-w本地pdfs41588-022-01051-w.p
小明的数据分析笔记本·2024-01-24 20:34

跟着Nature Genetics学作图：R语言ggplot2散点图突出强调其中某些点

论文PlasmaproteomeanalysesinindividualsofEuropeanandAfricanancestryidentifycis-pQTLsandmodelsforproteome-wideassociationstudieshttps://www.nature.com/articles/s41588-022-01051-w本地pdfs41588-022-01051-w.p
小明的数据分析笔记本·2024-01-22 15:10

跟着Nature Genetics学作图：R语言ggplot2普通箱线图/分组箱线图/分面箱线图

论文PlasmaproteomeanalysesinindividualsofEuropeanandAfricanancestryidentifycis-pQTLsandmodelsforproteome-wideassociationstudieshttps://www.nature.com/articles/s41588-022-01051-w本地pdfs41588-022-01051-w.p
小明的数据分析笔记本·2024-01-20 21:48

重复一篇文献的GWAS（二）：用GEMMA跑GWAS

软件使用参考：使用GEMMA进行复杂性状全基因组关联分析(GWAS)https://www.jianshu.com/p/d31404620c9bgithubhttps://github.com/genetics-statistics
TOP生物信息·2024-01-12 01:41

跟着Nature Genetics学画图：R语言ggplot2画点和连线展示群体间Fst值和群体内Pi值

看论文Genomicinsightsintotheorigin,domesticationanddiversificationofBrassicajunceaimage.png本地pdf文件s41588-021-00922-y.pdf今天的推文试着模仿一下论文中的Figure2dimage.png好多有关群体遗传的论文里都有这个图，每一个点是群体内的多样性用pi来衡量，连线表示群体之间的分化程度用
小明的数据分析笔记本·2023-12-31 18:52

【ONE·English || 翻译作业 Development: Mendel‘s Legacy to Genetics】

总言  作业：没有严格按照语句结构进行翻译，有不规范之处。下述目录中每一小节是按照原文段落划分。  相关链接：pubmed中查阅的链接，提供了两处文章平台。    文章目录总言part11.11.21.3part2：Entwicklunganddevelopment2.12.22.32.42.52.6part3：Development—aworldview3.13.23.43.5part4：Men
藏鹤虞渊·2023-12-25 14:15

跟着Nature Genetics学画图：R语言ggbio包画基因结构图

论文是Pan-genomeanalysishighlightstheextentofgenomicvariationincultivatedandwildriceimage.png今天重复的图是来自于论文中的figure3bimage.png下半部分表示SNP的内容如何做暂时没有思路，今天的代码先介绍一些山半部分的基因结构，后面想到了实现办法再来记录画上半部分的基因结构用到了ggbio这个包，这个
小明的数据分析笔记本·2023-12-03 02:24

使用MAKER进行注释: 学习MAKER的配置参数

MAKER配置文件详解本文翻译自http://weatherby.genetics.utah.edu/MAKER/wiki/index.php/The_MAKER_control_files_explainedMAKER
xuzhougeng·2023-11-05 08:00

Nature Reviews Genetics| 在基因组学中应用机器学习的常见陷阱

PITFALLS.jpgNatureReviewsGenetics|在基因组学中应用机器学习的常见陷阱Whalen,S.,Schreiber,J.,Noble,W.S.etal.Navigatingthepitfallsofapplyingmachinelearningingenomics.NatRevGenet(2021).https://doi.org/10.1038/s41576-021-0
木舟笔记·2023-11-04 06:28

［医学资讯］最新DNA工具可准确预测身高、教育程度及严重疾病风险

2018年10月4日，密歇根州立大学在《遗传学》(Genetics)上发布文章“NewDNAtoolpredictsheight,showspromiseforseriousillnessassessment
陈数羊·2023-10-30 04:34

Increased accuracy of artificial selection by using the realized relationship matrix

文章来源：https://www.cambridge.org/core/journals/genetics-research/article/increased-accuracy-of-artificial-selection-by-using-the-realized-relationship-matrix
虾里巴人·2023-10-24 10:31

Nature Genetics|东亚肺腺癌的基因组全景

今天跟大家分享的是二月份发表在NatureGenetics（IF：25.455）杂志上的一篇文章GenomiclandscapeoflungadenocarcinomainEastAsians。作者对东亚人群的肺腺癌的基因图谱进行了系统地描述和分析，并和欧洲人群的肺腺癌基因组特征进行比较，为更好理解肺腺癌种族差异的全貌并探索其起源进化规律提供理论指导。Genomiclandscapeoflunga
概普生信·2023-10-18 11:21

跟着Nature Genetics 学画图：R语言ggplot2散点图展示PCA结果

论文是Whole-genomeresequencingof445Lactucaaccessionsrevealsthedomesticationhistoryofcultivatedlettuceimage.png这篇论文的数据是公开的，代码也公开了一部分，那我们就可以按照他的代码来学二代测序的数据分析啦今天我们来学习一些论文中Fig1c的画图代码，如下image.png数据对应的是论文中的sou
小明的数据分析笔记本·2023-10-14 01:23

Nature Genetics发布最大规模生菜全基因组重测序研究

深圳华大生命科学研究院、深圳国家基因库在四年前启动了生菜重测序计划，与荷兰遗传资源中心合作，对该中心保有的2500多份生菜及野生育种材料展开种质数字化。项目团队对一期的445份重测序数据进行了分析，4月12日，研究成果以“Whole-genomeresequencingof445Lactucaaccessionsrevealsthedomesticationhistoryofcultivatedl
尐尐呅·2023-10-04 02:22

资源帖：Population genetics and genomics in R

PopulationgeneticsandgenomicsinRhttps://grunwaldlab.github.io/Population_Genetics_in_R/index.html
OmicsAcademy·2023-09-30 07:04

跟着Nature Genetics学画图：R语言ggplot2画曼哈顿图展示XP-CLR score

今天推文重复的图来自于论文Whole-genomeresequencingof445Lactucaaccessionsrevealsthedomesticationhistoryofcultivatedlettuceimage.png今天试着重复的图片对应着的是论文中的Figure3a,，曼哈顿图展示的是XP-CLRscore，这个分支具体是什么含义还得仔细学习，群体基因组类的论文通常都有这个数据
小明的数据分析笔记本·2023-09-29 10:27

Nature genetics|病毒与癌症

今天跟大家分享的是三月份发表在naturegenetics杂志（IF：25.455）上的一篇文章Thelandscapeofviralassociationsinhumancancers，文章主要讲的是对38种癌型的肿瘤样本进行全基因组和转录组的分析，研究了癌症样本与其中潜在的病毒病原体的关系。并具体的分析了几种病毒在癌症中的特征。Thelandscapeofviralassociationsin
概普生信·2023-09-19 17:37

newick 树文件转换为matrix矩阵

newick格式说明：http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/newicktree.htmlnewick转换为两两对象间的距离矩阵：http://
了尘兰若·2023-09-15 05:29

Nature Reviews Genetics：3D基因组组织工程

今天是在NYU搬砖的最后一天了~下周一就要去MSKCC报道了。心里还是有一些些小惆怅的~但是文献的学习还是不能停下的，不然到新的实验室会闹笑话~这篇笔记记录的是一篇发表在NatureReviewsGenetics上的综述（影响因子41）。发表时间是今年的2月8号。文章题目：Engineering3Dgenomeorganization目前关于3D基因组组织的解释和研究越来越多。3D基因组与基因表达
生信start_site·2023-09-05 15:52

跟着Nature Genetics学二代测序数据分析：使用NOVOPlasty组装生菜的叶绿体基因组

论文是Whole-genomeresequencingof445Lactucaaccessionsrevealsthedomesticationhistoryofcultivatedlettuceimage.png这篇论文的数据是公开的，代码也公开了一部分，那我们就可以按照他的代码来学二代测序的数据分析啦今天我们来试着使用NOVOplasty这个软件来组装生菜的叶绿体基因组论文的方法部分写道Tor
小明的数据分析笔记本·2023-08-25 07:55

ProtTrans-Glutar: 整合来自Pre-trained Transformer-Based Models的特征用于预测谷氨酰化位点【Frontiers in Genetics，2022】

研究背景：氨基酸的PTM(post-translationalmodification)能够改变蛋白的功能，其中赖氨酸谷氨酰化修饰(lysineglutarylation)指的是谷氨酰基团连接到赖氨酸残基上，这种修饰可以通过免疫印迹和质谱分析等生化方法进行鉴定。赖氨酸谷氨酰化修饰可能是衰老和细胞压力的一种分子标记，谷氨酰化修饰的紊乱与一些代谢疾病（比如I型戊二酸血症、糖尿病、癌症等）相关。用蛋白组
@ZyuanZhang·2023-08-05 22:08

跟着Nature Genetics 学画图：R语言ggplot2画箱线图(boxplot)展示D statistic

今天推文重复的图来自于论文Whole-genomeresequencingof445Lactucaaccessionsrevealsthedomesticationhistoryofcultivatedlettuceimage.png这篇论文的数据是公开的，代码也公开了一部分，那我们就可以按照他的提供的数据来试着复原一些论文中的图了。本来已经重复到了论文中Fig1的2c，但是试着做局部放大的时候遇
小明的数据分析笔记本·2023-07-30 15:54

跟着Nature Genetics学画图：R语言ggtree可视化展示进化树时指定根节点

今天推文重复的图来自于论文Whole-genomeresequencingof445Lactucaaccessionsrevealsthedomesticationhistoryofcultivatedlettuceimage.png今天试着重复的图片对应着的是论文中的Figure1bimage.png数据集可以直接在论文里下载，但是原文存储的数据集是在excel里，我将其复制到一个文本文件里截图
小明的数据分析笔记本·2023-06-24 05:38

跟着Nature Genetics学数据分析~SNP数据计算距离矩阵然后构建NJ树

最近在看论文Phaseddiploidgenomeassembliesandpan-genomesprovideinsightsintothegenetichistoryofappledomestication（高水平论文看起来还真是吃力！）看懂一点记一点吧。今天的笔记记录的是SNP数据计算距离矩阵，然后用距离矩阵构建进化树的过程。论文原文的方法部分写到：Aneighbor-joiningphyl
小明的数据分析笔记本·2023-06-12 01:57

跟着Nature Genetics学画图：R语言ggplot2画图展示SNP位点的碱基类型

论文是Pan-genomeanalysishighlightstheextentofgenomicvariationincultivatedandwildriceimage.png今天重复的图是来自于论文中的figure3bimage.png之前的推文已经介绍过上半部分的基因结果的画法，今天的推文介绍下半部分SNP位点的碱基类型的实现办法，背景颜色这里借助的是ggplot2包中的geom_tile
小明的数据分析笔记本·2023-04-12 21:53

WGCNA（2a）：一步法完成网络构建和模块检测

WGCNA（1）：R包安装及数据导入清洗-(jianshu.com)参考材料还是官方说明书：https://horvath.genetics.ucla.edu/html/CoexpressionNetwork
Wei_Sun·2023-04-12 15:20

跟着Nature Genetics 学画图：R语言ggplot2画世界地图的简单小例子

论文是Whole-genomeresequencingof445Lactucaaccessionsrevealsthedomesticationhistoryofcultivatedlettuceimage.png这篇论文的数据是公开的，我们可以试着用公开的数据复现一下论文中用来展示数据的图。第一个图是使用地图来展示实验样本的地理分布。论文中写道画图是使用ggplot2，作图数据来自theNatu
小明的数据分析笔记本·2023-04-10 03:22

对SNP的VCF文件质控筛选

vcfRisapackageintendedtohelpvisualize,manipulateandqualityfilterdatainVCFfile.参考资料链接https://grunwaldlab.github.io/Population_Genetics_in_R
小鹏_哒哒哒·2023-04-09 00:38

WGCNA（3）：基因模块与性状关联识别重要基因

WGCNA（2a）：一步法完成网络构建和模块检测-(jianshu.com)WGCNA（2b）：分步法完成网络构建和模块检测-(jianshu.com)参考材料还是官方说明书：https://horvath.genetics.ucl
Wei_Sun·2023-04-05 15:59

Nature Genetics: 宿主基因影响肠道微生物

导读宿主遗传影响肠道微生物组。Goodrich等发现同卵双胞胎的微生物群比异卵双胞胎更相似，并且找到了一些受宿主遗传影响的微生物分类单元。人和动物中的微生物研究也提出影响微生物群结构的候选基因。最近HMP从全基因组水平报道了宿主遗传和微生物组之间的关联。但是，这个研究样本量很小（n=93），而且也没有彻底的矫正饮食等干扰因素。本文作者利用大样本系统的报道了肠道微生物和宿主的GWAS的研究结果。样本
小白菜学生信·2023-03-09 06:00

Kang2008 EMMA

KangHM,ZaitlenNA,WadeCM,etal.EfficientControlofPopulationStructureinModelOrganismAssociationMapping.Genetics
董八七·2023-02-17 14:32

Nature Reviews Genetics | 在基因组学中应用机器学习的常见陷阱

NatureReviewsGenetics|在基因组学中应用机器学习的常见陷阱Whalen,S.,Schreiber,J.,Noble,W.S.etal.Navigatingthepitfallsofapplyingmachinelearningingenomics.NatRevGenet(2021).https://doi.org/10.1038/s41576-021-00434-9Tips:本
木舟笔记·2023-01-30 08:12

跟着Nature Genetics学作图：使用ggarrange包对ggplot2的多个图进行组合

论文PlasmaproteomeanalysesinindividualsofEuropeanandAfricanancestryidentifycis-pQTLsandmodelsforproteome-wideassociationstudieshttps://www.nature.com/articles/s41588-022-01051-w本地pdfs41588-022-01051-w.p
小明的数据分析笔记本·2023-01-29 02:22

研究：克隆干扰影响下软清扫的消失

SynchronousWavesofFailedSoftSweepsintheLaboratory:RemarkablyRampantClonalInterferenceofAllelesataSingleLocus（Ming-ChunLee,ChristopherJMarx,Genetics
浓香鸭腿面·2023-01-11 17:23

Paper reading (二十六)：Supervised machine learning for population genetics: A new Paradigm

论文题目：SupervisedMachineLearningforPopulationGenetics:ANewParadigmscholar引用：65页数：12发表时间：2017.12发表刊物：TrendsinGenetics作者：DanielR.SchriderandAndrewD.KernHighlights:MLmethodsarepowerfulapproachesthathaverev
wxw060709·2023-01-11 00:30

JAMA Psychiatry: Genetically Informed Methods

这篇文章的重点是如何使用geneticallyinformedmethods寻找因果关系，内容偏genetics/bioinformatics，不到两页的文章充斥着各种不为Neuroimager熟知的内容
懒麻蛇·2022-11-23 20:02

【Nature Reviews Genetics】文献阅读

这篇文献学习笔记分享的是一篇有关于增强子和启动子的综述。文章在今年2月发表在了NatureReviewsGenetics。这是一篇长笔记，没有时间看的同学可以收藏起来慢慢看，对于认识启动子和增强子的作用还是很有帮助的。当然更推荐大家下载英文原文阅读。题目：Determinantsofenhancerandpromoteractivitiesofregulatoryelements国内下载不了的童鞋
生信start_site·2022-02-10 02:29

小鬼的WGCNA图文详解(四)-模块与性状相关性 图

还是老习惯，给出官网教程，至于你是看还是不看，它就在那里，等着你的深入研究～https://horvath.genetics.ucla.edu/html/CoexpressionNetwork/Rpackages
ScorpioGirll·2022-02-08 22:05

这本5分+期刊最快8天便可接受，接受率超五成，发文量已过千，国人友好！

JCR分区：GENETICS&HEREDITY（遗传学和遗传）为Q2区最新中科院大小类分
WOSCI沃斯编辑·2022-02-08 10:50

小鬼的WGCNA图文详解(五)-GS 与MM的关联

还是老习惯，给出官网教程，至于你是看还是不看，它就在那里，等着你的深入研究～https://horvath.genetics.ucla.edu/html/CoexpressionNetwork/Rpackages
ScorpioGirll·2022-02-07 05:09

单细胞学习之细胞周期分析

细胞周期鉴定https://teachmephysiology.com/biochemistry/cell-growth-death/cell-cycle/https://www.genome.gov/genetics-glossary
小贝学生信·2022-02-05 02:30

跟着Nature Genetics 学画图：R语言ggplot2画基因结构示意图

今天推文重复的图来自于论文Whole-genomeresequencingof445Lactucaaccessionsrevealsthedomesticationhistoryofcultivatedlettuceimage.png今天试着重复的图片对应着的是论文附件中的Figure8c，基因结构图，论文中文字部分对图的描述是GenestructureofLsat_6X11620.Closedb
小明的数据分析笔记本·2021-09-08 19:45

文献笔记八十八：psMimic预测plant small RNA target mimicry prediction

plantsmallRNAtargetmimicryprediction这里mimicry怎么翻译暂时还不知道工具的在线链接http://omicslab.genetics.ac.cn/psMimic/
小明的数据分析笔记本·2021-07-28 20:54

小鬼的WGCNA图文详解(七)-eigengene network的可视化

WGCNA图文详解(七)-eigengenenetwork的可视化还是老习惯，给出官网教程，至于你是看还是不看，它就在那里，等着你的深入研究～https://horvath.genetics.ucla.edu
信你个鬼·2021-07-11 01:41

小鬼的WGCNA图文详解(一)--软阈值

首先，当然还是老习惯，给出官网教程，至于你是看还是不看，它就在那里，等着你的深入研究～https://horvath.genetics.ucla.edu/html/CoexpressionNetwork
_十三·2021-07-11 01:18

跟着Nature Genetics学画图~ggplot2画堆积柱形图

image.png最近在看论文Phaseddiploidgenomeassembliesandpan-genomesprovideinsightsintothegenetichistoryofappledomestication（高水平论文看起来还真是吃力！）看懂一点记一点吧。今天的笔记记录的是论文中Figure2图d中的堆积柱形图的画法，（本来今天的推文也计划将右侧的散点图拼接到堆积柱形图的右侧
小明的数据分析笔记本·2021-04-19 18:57
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