Genetics

跟着Nature Genetics学画图~ggplot2画折线图并在指定区域添加灰色背景

image.png最近在看论文Phaseddiploidgenomeassembliesandpan-genomesprovideinsightsintothegenetichistoryofappledomestication（高水平论文看起来还真是吃力！）看懂一点记一点吧。今天的笔记记录的是论文中Figure2图a的画法，图a展示的是啥内容我暂时还没有看懂，如果从画图的角度来说就是一个简单的折
小明的数据分析笔记本·2021-04-15 03:19

跟着Nature Genetics学画图：R语言ggforce包画饼状图

image.png最近在看论文Phaseddiploidgenomeassembliesandpan-genomesprovideinsightsintothegenetichistoryofappledomestication今天的笔记记录的是论文中Figure2图b中的饼图的画法image.pngggplot2画拼图我个人认为相对是比较麻烦的，而且要实现上图这种各个部分能够分开的好像不太好实现
小明的数据分析笔记本·2021-04-13 14:41

群体结构图形——structure堆叠图

这个软件是由斯坦福大学Pritchard实验室开发的一款群体结构分析软件，最早在2000年发表在《Genetics》上[1]。图2structure惊人的引用次数Structure软件分析达到的目的其
斩毛毛·2021-04-13 11:02

WGCNA

Weightedcorrelationnetworkanalysis)是用来描述不同样品之间基因关联模式的系统生物学方法，可以用来鉴定高度协同变化的基因集,image.png测试数据下载地址：https://horvath.genetics.ucla.edu
生信编程日常·2021-03-30 14:41

Wray2019 复杂性状预测 综述

WrayNR,KemperKE,HayesBJ,etal.ComplexTraitPredictionfromGenomeData:ContrastingEBVinLivestocktoPRSinHumans.Genetics
董八七·2020-12-31 09:20

Admixture使用说明文档cookbook

官方网址Admixturehttp://software.genetics.ucla.edu/admixture/downlo
育种数据分析之放飞自我·2020-08-26 11:57

使用admixture软件做祖先成分分析小实例

参考文章宇宙实验媛公众号文章《群体结构分析三种常用方法（下篇）》admixture软件下载http://software.genetics.ucla.edu/admixture/download.html
牧羊的男孩儿·2020-08-26 09:02

Nature Genetics：微生物如何适应植物的？(articles)

文章简介通讯作者简介细菌基因组适应植物的特征摘要表1.本研究使用的菌来源图1.本研究中使用细菌基因组，以及其中差异的功能分类丰度图2.多方法验证预测微生物基因组中的植物相关基因图3.植物/根系相关细菌中富集的蛋白和蛋白结构域图4.微生物与植物相似的基因家族。图5.植物和土壤相关细菌存在鞭毛类基因簇偶发的出现在伯克氏菌目图6.Jekyll和Hyde基因快速多样化和多拷贝图7.西瓜食酸菌对其它植物相关
刘永鑫Adam·2020-08-24 04:53

Nature Genetics：微生物基因组如何适应植物？(news & views)

NatureGenetics于2017年12月18日在线发表了美国北卡教堂山的JefferyL.Dangl团队(http://labs.bio.unc.edu/Dangl/)领衔，美国能源部JGI研究所的TanjaWoyke和SusannahG.Tringe共同通讯的文章《Genomicfeaturesofbacterialadaptationtoplants》，揭示了微生物是如何在与植物的共生、
刘永鑫Adam·2020-08-24 04:53

psRobot：植物小RNA分析系统

psRobot：植物小RNA分析系统简介官网：http://omicslab.genetics.ac.cn/psRobot/PsRobot是中科院遗传发育所王秀杰组的作品，主要实现小RNA的mapping
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:27

Seattle Genetics与武田发布ADCETRIS(R) (Brentuximab Vedotin)用于表达CD30的外周T细胞淋巴瘤一线治疗3期ECHELON-2临床试验的阳性结果

-ADCETRIS+化疗达到主要终点，无进展生存优于标准治疗（化疗），差异有统计学意义--所有关键次要终点（包括总生存）均获改善，差异有统计学意义--首次显示一线治疗改善外周T细胞淋巴瘤总生存的随机3期试验--数据将在2018年ASH年会上呈报；已计划在各国报批-华盛顿州博瑟尔、马萨诸塞州剑桥和日本大阪--(美国商业资讯)--SeattleGenetics,Inc.(Nasdaq:SGEN)与武田
sinat_41698914·2020-07-31 10:03

【Genetics for cat breeders 2】 Reproduction and Development

生殖和发育生殖的实际问题猫的生殖本身就是一个迷人的话题，人们认为大多数繁育者即使没有过多地为细节而烦恼，也都熟悉猫的大体轮廓。如果身体状况良好且无不必要干扰，对大多数猫，生殖是快乐的事。若出现了特殊情况，建议寻求兽医的帮助。毫无疑问的是，兽医的技术和经验比大多数繁育者要丰富。动物越有价值，就越需要专家的建议和关注。在一定的饲养和饮食条件下，母猫性成熟通常发生于7-12月之间，这取决于诸如出生月份和
张张张鸣晨·2020-07-12 08:29

Lstibůrek2017 天然群体中现实遗传力的计算

Bittner,V.,Hodge,G.R.,Picek,J.,andMackay,T.F.C.2017.EstimatingRealizedHeritabilityinPanmicticPopulations.Genetics
董八七·2020-07-11 16:30

使用MAKER进行注释: 学习MAKER的配置参数

MAKER配置文件详解本文翻译自http://weatherby.genetics.utah.edu/MAKER/wiki/index.php/The_MAKER_control_files_explainedMAKER
徐洲更hoptop·2020-07-08 09:36

Calus2008 4模型预测育种值的准确性

MeuwissenTHE,DeRoosAPW,VeerkampRF(2008)Accuracyofgenomicselectionusingdifferentmethodstodefinehaplotypes.Genetics178
董八七·2020-07-06 07:52

关于hold-out data的一些资料

http://www.genetics.org/content/197/2/573.longhttp://stats.stackexchange.com/questions/104713/hold-out-validation-vs-cross-validationhttp
小妖精Fsky·2020-07-05 18:27

Blonk2010 分子关系 系谱重建

Estimatingbreedingvalueswithmolecularrelatednessandreconstructedpedigreesinnaturalmatingpopulationsofcommonsole,SoleaSolea.Genetics
董八七·2020-07-02 04:43

WGCNA算法研究笔记

关于该实例的数据和分析说明可以在以下网页中找到http://www.genetics.ucla.edu/labs/horvath/Coexpression
wj176623·2020-06-29 19:47

week1-生物导论、生命的生物化学

我喜欢的是对课程不包含内容的介绍：那个从4.5bya开始的生命进程，从地球生态开始的多样性阐述，那个真实比例关系的各种细胞组分挂图http://learn.genetics.utah.edu/content
英天·2020-06-26 21:12

【一起学生信】群体结构图形—structure堆叠图

这个软件是由斯坦福大学Pritchard实验室开发的一款群体结构分析软件，最早在2000年发表在《Genetics》上[1]。
探索者v·2020-06-26 18:58

单细胞测序数据的降维方法及细胞亚型的鉴定聚类方法总结

图1、细胞亚型的鉴定及分析（Stegleetal.NATUREREVIEWS|GENETICS,2015）随着单细胞测序技术的发展，每个研究或实验中测定的细胞数量在显著增加。
dikuangzhong6068·2020-06-23 04:33

单细胞测序数据的降维方法及细胞亚型鉴定聚类方法总结

图1、细胞亚型的鉴定及分析（Stegleetal.NATUREREVIEWS|GENETICS,2015）随着单细胞测序技术的发展，每个研究或实验中测定的细胞数量在显著增加。
AIPuFu·2020-06-21 16:54

Hua2002 水稻 杂优 QTL

2002Geneticdissectionofanelitericehybridrevealedthatheterozygotesarenotalwaysadvantageousforperformance.Genetics162
董八七·2020-04-01 13:39

炎症性肠病？你需要知道的宿主遗传和肠道微生物

sdisease(CD)：克罗恩病，小肠、大肠、口腔、食管、胃部等Ulcerativecolitis（UC）：溃疡性结肠炎，结肠和直肠肠病起因：Diet+Microbiota+Intestinalbarrier+Genetics
周运来就是我·2020-03-29 11:11

Lenarcic2012 diallel 贝叶斯

K.L.,Churchill,G.A.,andValdar,W.2012.GeneralBayesianapproachtoanalyzingdiallelcrossesofinbredstrains.Genetics190
董八七·2020-03-28 22:47

Malosetti2007 关联作图 系谱矫正群体结构

AMixed-ModelApproachtoAssociationMappingUsingPedigreeInformationWithanIllustrationofResistancetoPhytophthorainfestansinPotato.Genetics175
董八七·2020-03-27 17:18

通过WGCNA作者的测试数据来学习-转自生信技能树

通过WGCNA作者的测试数据来学习原创生信技能树通过WGCNA作者的测试数据来学习测试数据下载链接在：https://horvath.genetics.ucla.edu/html/CoexpressionNetwork
天涯清水·2020-03-25 16:02

El-Dien2016 现实基因组关系矩阵 OP 加性 非加

ImplementationoftheRealizedGenomicRelationshipMatrixtoOpen-PollinatedWhiteSpruceFamilyTestingforDisentanglingAdditivefromNon-additiveGeneticEffects.G3&Genes|Genomes|Genetics6
董八七·2020-03-22 03:47

Munoz2014a 基因组关系矩阵 非加

ResendeMFR,GezanSA,etal(2014)UnravelingAdditivefromNonadditiveEffectsUsingGenomicRelationshipMatrices.Genetics198
董八七·2020-03-15 10:56

Wu 2004发育性状遗传组成的分析

LinM,CasellaG(2004)AGeneralFrameworkforAnalyzingtheGeneticArchitectureofDevelopmentalCharacteristics.Genetics166
董八七·2020-03-14 07:43

Genetics of metabolic syndrome

Stančáková,A.andM.Laakso(2014)."Geneticsofmetabolicsyndrome."ReviewsinEndocrineandMetabolicDisorders15(4):243-252.摘要：代谢综合征（MetS）是一系列的代谢失调，包括心血管疾病和2型糖尿病风险增高。中心型肥胖和胰岛素抵抗认为是MetS发病原因。MetS认为是遗传原因导致的，因此link
Richard_Zhou·2020-03-07 08:03

Chen2013 杂优 概念

Chen,Z.J.(2013).Genomicandepigeneticinsightsintothemolecularbasesofheterosis.NatureReviews.Genetics,14
董八七·2020-03-07 00:51

期刊影响因子

表1林业不太相关JournalIF分区Cell31.361CURRENTMICROBIOLOGY1.4234DNARESEARCH5.4042区EVOLUTION4.4262GENETICS4.5562
董八七·2020-03-03 02:41

Muir2005 竞争

MuirWM.Incorporationofcompetitiveeffectsinforesttreeoranimalbreedingprograms.Genetics.2005;170:1247–59
董八七·2020-02-18 04:23

Hallander 2016贝叶斯 遗传参数 多变量

SillanpääMJ.Bayesianinferenceofgeneticparametersbasedonconditionaldecompositionsofmultivariatenormaldistributions.Genetics
董八七·2020-02-10 21:33

加油

（小费还是看自己哦~：）、2.最后还是决定把微生物给Drop了，所以这个学期有4门课：Calc3，Genetics，Or
Amyfliu·2020-01-04 14:27

PLOS Genetics、Curr Biol发布近视新疗法！

目前在全球有超过10亿人患有近视，而且随着时间延续，近视的发生率越来越高。近视与遗传有一定的关系，尤其是当爸妈均为高度近视时，宝宝近视的几率就会更大，即使不是一出生就近视，一旦受到环境的影响，就可能发展为近视。虽然由于遗传因素而成为近视的人数仅占近视总人数的5%，但后天环境和不良习惯诱发成为近视的现象也不容忽视。PLOSGenetics：发现近视突变基因APLP2哥伦比亚大学医学中心的视觉研究人员
基因空间·2019-12-26 05:55

Nature genetics/communications文献——病原基因组

keywords:pathogengeneticsepidemiology近几年发的不少，且覆盖方向很广，做疫苗，做机制，做纯分析，动植物病原，还有噬菌体，宏基因组的都有，挑了一部分ng1.AtlasofgroupAstreptococcalvaccinecandidatescompiledusinglarge-scalecomparativegenomics（比较基因组做groupA链球菌候选疫
曲凉不见·2019-12-20 09:23

常用生物信息学格式介绍(fasta、fastq、gff2、gtf(gff2.5)、gff3、bed、sam、bam、vcf)

http://genetics.b
天涯清水·2019-12-08 06:15

2019-11-17 Genetics DNA的不同存在形式

Intro在不同的分离条件下，可以观察到DNA的不同构象。当JamesWatson和FrancisCrick在分析DNA结构的时候，人们就已经知道有两种DNA构象：A-DNA和B-DNA。Watson和Crick的分析是基于RosalindFranklin对B-DNA的X射线研究，B-DNA研究条件是在含水和低盐，所以B-DNA也被认为是具有生物学意义的构象。1950年，Watson和Crick研
世事浮夸·2019-11-18 09:23

Piepho2007 不平衡 遗传力和选择响应

PiephoHP,MöhringJ(2007)Computingheritabilityandselectionresponsefromunbalancedplantbreedingtrials.Genetics177
董八七·2019-11-02 22:33

Genetics of entrepreneurship

Themassmedianowadaysisfullofstoriesaboutpeoplewhofoundedtheircompaniesshortlyaftergraduatingfromcollege,orinventedthenewproductsthatchangethelandscapeofthewholeindustry,suchasMicrosoftandApple.Theseen
古诺_d6f2·2019-11-02 21:41

单细胞测序数据的降维方法及细胞亚型的鉴定聚类方法总结

图1、细胞亚型的鉴定及分析（Stegleetal.NATUREREVIEWS|GENETICS,2015）随着单细胞测序技术的发展，每个研究或实验中测定的细胞数量在显著增加。
AIPuFu·2019-09-07 14:00

whole-genome-sequencing Data Analysis 学习笔记1 基本概念

SystematicCharacteristicExplorationoftheChimerasGeneratedinMultipleDisplacementAmplificationthroughNextGenerationSequencingDataReanalysis注释：Chimera(genetics
Cs_mary·2017-02-01 08:57

Wu2016 近交衰退 七种策略 表现

(2016)PerformanceofSevenTreeBreedingStrategiesUnderConditionsofInbreedingDepression.G3Genes|Genomes|Genetics6
董八七·2017-01-16 16:11

Gianola2006 半参数

GianolaD,FernandoRL,StellaA(2006)Genomic-AssistedPredictionofGeneticValuewithSemiparametricProcedures.Genetics173
董八七·2017-01-16 09:57

Waldmann 2016 加性显性 贝叶斯

SillanpääMJ.EfficientMarkovchainMonteCarloimplementationofBayesiananalysisofadditiveanddominancegeneticvariancesinnoninbredpedigrees.Genetics
董八七·2016-11-28 14:26

Hayman 1957 heterosis diallel epistasis

HaymanB.Interaction,heterosisanddiallelcrosses.Genetics[Internet].GeneticsSocietyofAmerica;1957;42:336
董八七·2016-11-18 17:40

医学遗传学词汇英语术语英文(Glossary) 7

药效学：药物或其代谢物在生理功能和代谢途径中的作用 Pharmacogenetics --- The area of biochemical genetics concer
·2015-11-08 10:33

complementary DNA, cDNA

In genetics, complementary DNA (cDNA) is DNA synthesized['sinθisaiz] from a mature mRNA template in a
·2015-11-02 18:59
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