RNA剪接

TCGA相关分析之数据筛选 | python从TCGA-GBM的RNA-seq表达数据count中筛选出各genes对应的案例cases的表达量count矩阵

上一篇：TCGA下载GBM患者的RNA-seq数据上一篇结束，下载到初始数据（图一图二是下载之后的文件夹以及每一个文件夹中的count数据文件）需要从每一个count数据文件中筛选出gene_name、
哈！小白要成长！·2022-09-13 17:28

手动下载新版的TCGA数据也是可以用TCGAbiolinks包整理的

很多人因为网络原因不能使用TCGAbiolinks这个神包下载TCGA的RNA-seq数据，只能通过浏览器访问GDCTCGA的官网进行下载，而下载后得到的是一个个文件夹，对于如何整理成一个表达矩阵也是很麻烦的
阿越就是我·2022-09-13 17:48

RNA-seq 分析流程（一）linux部分

基于miniconda3进行linux部分分析,由于很多软件是基于Python3.7写成的，建议使用Py3.7版本的miniconda3miniconda3安装及注意事项见：https://www.jianshu.com/p/914edc1de634https://www.jianshu.com/p/42b7598fbc34https://www.jianshu.com/p/e620115f731
煮梦斋_bioinfo·2022-09-04 22:17

RNA-seq入门实战（十一）：WGCNA加权基因共表达网络分析——关联基因模块与表型

本节概览1.WGCNA基本概念：定义、关键术语、基本流程、一些注意事项2.WGCNA运行：⓪输入数据准备①判断数据质量，绘制样品的系统聚类树②挑选最佳阈值power③构建加权共表达网络（一步法和分步法），识别基因模块④关联基因模块与表型：模块与表型相关性热图、模块与表型相关性boxplot图、基因与模块、表型相关性散点图⑤WGCNA的标配热图，模块相关性展示⑥对感兴趣模块的基因进行批量GO分析⑦感
嘿嘿嘿嘿哈·2022-08-29 00:01

2022-07-02 RNA-seq处理流程

对于RNA-seq实验与分析流程是三天前开始学习的，简单记录一下。RNA-seq实验可以捕获全部RNA（不区分类型），也可以根据成熟转录本尾部特异性polyA尾巴特异性选择mRNA。
Zheng_xy·2022-08-25 13:01

比对软件（DNA or RNA序列）的区别

www.bio-soft.net/format.htmlhttps://www.jianshu.com/p/0e36e3cc33bb一、序列比对软件区别在对比对工具进行比较时，通常将其分为DNA比对工具（DNA-seq）和RNA
谁冒充我小叮当·2022-08-20 11:12

区块链技术如何对抗疫情

使RNA、病毒载体和刺突蛋白技术发挥了最大的作用，且区块链结合人工智能技术可以帮助创建疫苗的模型，研究人员使用自然语言处理模型来理解病毒的结构，从而预测潜在治疗会引发哪种免疫反应。这就是确定疫
华南首席酱油官·2022-08-19 05:34

【生信】第一二三代测序技术原理的理解

目录【生信】第一二三代测序技术原理的理解1、了解什么是DNA测序，什么是RNA测序DNA测序RNA测序2、第一代测序技术的代表及其原理2.1SBC方法。
朝荣·2022-08-14 00:05

Final Cut Pro v10.6.4中文版(Mac)

影片剪接师现在可以播放7个串流的全解像度8KProRes影片，像素超过2.3亿，而输出ProRes影片的速度亦比以往快达5倍。![上传中...]()
·2022-08-10 18:16

论文解读:《EMDLP：RNA甲基化位点预测的合奏多尺度深度学习模型》

目录1.摘要2.背景3.数据集4.方法4.1特征提取4.2扩张的卷积神经网络(Dilatedconvolutionalneuralnetwork)4.3BidirectionalLSTM4.4SitepredictionbasedondilatedconvolutionalBidirectionalLSTM5.结果5.1Comparisonwithotherdifferentlearningmod
YZT8848·2022-08-08 18:04

浅谈 2020 年诺贝尔化学奖：通向未来的基因编辑

CRISPR系统通过向导RNA和
“泽平科技”公众号24h在线答疑·2022-08-07 14:11

inferCNV安装与了解

inferCNV:inferCNV用与探索肿瘤单细胞RNA-seq数据，分析其中的体细胞大规模染色体拷贝数变化(copynumberalterations,CNA),例如整条染色体或大片段染色体的增加或丢失
方小白呀·2022-07-27 15:55

RNA 25. SCI文章中只有生信没有实验该怎么办？

今天来介绍一个使用非常方便的在线免疫组化分析工具——PHA(TheHumanatlas)，免疫组化时单基因干湿结合生信中最常见的补充实验的方法之一，性价比较高。但是如果没有条件进行自己样本的免疫组化分析的话，通过HPA数据库进行白嫖，网址：https://www.proteinatlas.org/桓峰基因的教程不但教您怎么使用，还会定期分析一些相关的文章，学会教程只是基础，但是如果把分析结果整合到
桓峰基因·2022-07-27 07:50

RNA-seq入门实战（六）：GO、KEGG富集分析与enrichplot超全可视化攻略

富集4.用enrichplot进行富集结果可视化：pathviewgoplotbarplotdotplotcnetplotemapplottreeplotheatplotupsetplot承接上期文章：RNA-seq
嘿嘿嘿嘿哈·2022-07-26 23:31

【RNA-Seq 实战】一、数据处理流程

这里是佳奥，终于来到了转录组分析部分，让我们开始吧！1数据资源下载，参考基因组及参考转录组gtfgenome.fa1.1确定项目物种NCBIUCSCEnsembol：三个数据库的ftp服务器Google搜索：hg38ftpucsc参考基因组网站：image.png我选择基因组最小之一的肠杆菌Cionaintestinalisgenomeimage.png其中ci3.fa.gz就是我们的目标文件。N
佳奥·2022-07-25 17:24

肽核酸偶联多肽Ile-Glu-Gly-Arg-pNA (S-2222)|Boc-Leu-Gly-Arg-PNA

PNA可以通过Watson-Crick碱基配对的形式识别并结合DNA或RNA序列，形成稳定的双螺旋结构。肽核酸具
遇见齐岳·2022-07-25 14:30

肽核酸(PNA)偶联穿膜肽(CCPs)(KFF)3K形成CCPs-PNA|肽核酸的使用方法

PNA可以通过Watson-Crick碱基配对的形式识别并结合DNA或RNA序列，形成稳定的双螺旋结构。由于PNA不带负电荷，与D
遇见齐岳·2022-07-25 14:59

酪氨酸修饰肽核酸PNA|Tyr-PNA|Bz-Tyr-PNA|99Tcm—survivinmRNA反义肽核酸的使用方法

酪氨酸修饰肽核酸PNA|Tyr-PNA|Bz-Tyr-PNA|99Tcm—survivinmRNA反义肽核酸的使用方法肽核酸(PeptideNucleicAcid，PNA)是一种人工合成的类似于DNA或RNA
遇见齐岳·2022-07-25 14:29

Ala-PNA丙氨酸改性PNA肽核酸|Ac-Ala-PNA的合成路线

Ala-PNA丙氨酸改性PNA肽核酸|Ac-Ala-PNA的合成路线PNA（Peptidenucleicacid，肽核酸）是一种人工合成的类似于DNA，RNA的化学物质。
遇见齐岳·2022-07-25 14:29

肽核酸PNA-多肽PNA-TPP|Glt-Ala-Ala-Pro-Leu-pNA|Suc-Ala-Pro-pNA|Suc-AAPL-pNA|Suc-AAPM-pNA

Glt-Ala-Ala-Pro-Leu-pNA|Suc-Ala-Pro-pNA|Suc-AAPL-pNA|Suc-AAPM-pNA肽核酸(PeptideNucleicAcid，PNA)是一种人工合成的类似于DNA或RNA
qiyueshengwu·2022-07-25 14:03

细胞穿膜肽( CPPs)偶联肽核酸H region-PNA|Arg-PNA|Lys-PNA|Cationic-PNA|47Tat57-PNA的特性

PNA可以通过Watson-Crick碱基配对的形式识别并结合DNA或RNA序
qiyueshengwu·2022-07-25 14:03

pna肽核酸定制服务|肽核酸钳制-PCR(PNA-PCR)|cGAPPNA多价肽核酸配体

pna肽核酸定制服务|肽核酸钳制-PCR(PNA-PCR)|cGAPPNA多价肽核酸配体肽核酸(PeptideNucleicAcid，PNA)是一种类似于DNA或RNA的聚合物。
遇见齐岳·2022-07-25 13:05

RNA-seq入门（二）质控及fastqc报告解读

首先建好文件夹用来存放数据mkdir01raw02clean03alin04countfastqc1.pngR1=/mnt/d/bioinfo/project/rna/01raw/SRR15859344
生信开荒牛·2022-07-23 09:27

跟随美国博导12年，我学到最深刻的不是科研，而是这个。。。

▼生物信息学习的正确姿势（第三版）NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2022-07-22 10:06

RNA 24. SCI文章中基于TCGA的免疫浸润细胞分析的在线小工具——TIMER

点击关注，桓峰基因桓峰基因生物信息分析，SCI文章撰写及生物信息基础知识学习：R语言学习，perl基础编程，linux系统命令，Python遇见更好的你135篇原创内容公众号今天来介绍一个使用非常方便的在线分析工具——TIMER(TumorImmuneEstimationResource)，是由哈佛大学免疫信息学教授刘小乐领导建立的一个网站工具专门用于肿瘤浸润免疫细胞分析，网址：https://c
桓峰基因·2022-07-19 22:45

Nature Methods | 空间转录组与单细胞转录组整合分析工具性能测试

空转&scRNA-seq整合分析工具性能测试空间转录组学方法允许我们在空间中检测RNA转录物，这些方法已被用于研究各种组织和器官中基因表达的空间分布，包括大脑、心脏、胰腺和皮肤。一方面，基于
wen05054105·2022-07-15 07:10

单细胞转录组测序和空间转录组学

2、转录组转录组广义上来讲，是指转录过程中出现的所有RNA，狭义上来讲，特指mRNA3、转录组测序就是记录转录组的过程4、单细胞转录组测序（singlecellRNA-sequencing）对单个细胞进行的转录组测序
xiao_kong_long_·2022-07-15 07:01

单细胞之轨迹分析-5：slingshot

单细胞之轨迹分析-1：RNAvelocity单细胞之轨迹分析-2：monocle2原理解读+实操单细胞之轨迹分析-3：monocle3单细胞之轨迹分析-4：scVeloslingshot包可以对单细胞RNA-seq
Hayley笔记·2022-07-12 22:31

CIBERSORT初探

简介CIBERSORT这款软件利用反卷积的方法，利用单细胞RNA-seq的数据，提取特征后，反推Bulk-seq各类细胞成分所占比例。
小潤澤·2022-07-05 16:36

AUCell：计算单细胞转录组的每个细胞中特定基因集的活性程度

AUC允许在单细胞rna数据集中识别具有活性基因集（如genesignature,genemodule）的细胞。AUCell使用曲线下面积来计算输入基因集的一个关键子集是否在每个细胞的表达基因中富集。
Hayley笔记·2022-07-01 10:46

loom文件的生成

在单细胞测序的轨迹推断中，我们介绍了RNA速率分析的原理，进行速率分析的前提就是需要得到未剪切的(unspliced)和剪切的(spliced)mRNA信息。
Hayley笔记·2022-07-01 10:24

单细胞之轨迹分析-1：RNA velocity

1.loom文件准备由于RNAvelocity分析的前提是要我们从单细胞RNA-seq的数据中区分出未成熟的mRNA(unspliced)和成熟的mRNA(spliced)，所以需要从fastq文件开始
Hayley笔记·2022-07-01 10:01

Seurat之细胞周期评分

1.G1期（firstgap）从有丝分裂到DNA复制前的一段时期，又称合成前期，此期主要合成RNA和核
Hayley笔记·2022-07-01 10:47

单细胞实战2: Seurat+SingleR--从矩阵到细胞类型注释

https://satijalab.org/seurat/articles/get_started.html（官网教程极为详细，建议仔细反复阅读）建立Seurat对象scRNA1400&nFeature_RNA1500&
Hayley笔记·2022-07-01 10:26

单细胞系列课程-2 Quality control of scRNAseq data

rOm6UIPhHnc&list=PLjiXAZO27elC_xnk7gVNM85I2IQl5BEJN&index=2大纲：1.背景基因转录不是连续平稳且波动较小的过程，而是表现出发生时间极不规律、信使RNA
Hayley笔记·2022-07-01 10:18

液滴型单细胞测序技术的比较

10Xgenomics2.DNA文库构建和Illumina测序化学原理3.单细胞免疫组库：TCR基因重排原理和TCR测序建库方法4.单细胞ATAC-seq原理介绍与报告解读5.CITE-seq：同时测细胞表面蛋白和RNA
Hayley笔记·2022-07-01 10:56

CITE-seq：同时测细胞表面蛋白和RNA的单细胞测序

单细胞测序方法和原理系列：1.单细胞转录组建库原理：SMART、TargetAmp和10Xgenomics2.DNA文库构建和Illumina测序化学原理3.单细胞免疫组库：TCR基因重排原理和TCR测序建库方法4.单细胞ATAC-seq原理介绍与报告解读1.介绍CITE-seq是一种能够同时测定数千个细胞的无偏差转录图谱和基于抗体检测的蛋白标记物的技术。研究发现，这种方法可以同时适用于两种不同的
Hayley笔记·2022-07-01 10:46

Read count、CPM、 RPKM、FPKM和TPM的区别

一般而言，随着测序深度的增加，基因种类以及可变剪接体的数目也会增加。同时，测序深度高的样本readcounts也会较高。
Hayley笔记·2022-07-01 10:46

RNA-Seq(9)：使用GSEA做GO/KEGG富集分析

最广为人知的富集分析做法是把上调、下调基因分别或者合并，拿来做GO和KEGG富集分析。经常有一些数据集，拿差异基因做得不到结果，那是因为确实富集不到任何通路，是正常的。不妨试试GSEA，不是拿差异基因，而是拿全部基因作为输入。GSEA与GO，KEGG分析区别：GO，KEGG分析更加依赖差异基因，实则是对一部分基因的分析(忽略差异不显著的基因)，而GSEA是从全体基因的表达矩阵中找出具有协同差异(c
Z_bioinfo·2022-06-30 19:11

TCGA数据下载和整理的三种方法

TCGA数据下载方法：gdc-client，Xena和gdcRNAtoolsTCGA癌症类型需要下载的数据组学信息（样本）：（存储单个病人表达数据，需整理为表达矩阵）+（存储样本文件的详细信息，可以为RNA-seq
Hayley笔记·2022-06-30 09:18

RNA,RNN-T模型总结

RNA与RNN-T笔记首先，先来看什么是RNA呢？其实我们可以发现RNA与CTC其实很相像，但是在输出部分其实进行了一系列优化，我们可以看到，在RNA中的前一个token其实对后一个是有影响的。
桂花鱼_·2022-06-27 07:40

对CTC、RNA、RNN-T的理解

首先，二者都是解决时序类问题的CTC(一种损失函数)：传统对于传统语音识别声学模型的训练，每一帧所对应的标签都必须要确定，只有这样才可以对模型进行训练，所以传统方法在训练模型之前必须对数据进行预处理，也就是做语音对齐。但是为了确保对齐更准确，语音对齐的过程需要进行多次反复的迭代，这是一个非常耗费时间耗费人力的工作。而CTC的方法是关注一个输入序列到一个输出序列的结果，所以它只会考虑预测输出的序列是
浅蓝的爽肤水·2022-06-27 07:12

python数据可视化绘制火山图示例

这一列5.统计个数6.绘火山图7.保存图片导入模块importnumpyasnpimportpandasaspd1.读取测试数据data=pd.read_csv(r'E:\ZYH\R.project\rna-seq
·2022-06-25 19:21

Nat.Rev.Genet丨十二位分子遗传学家万字长文，烛照遗传学和基因组学的未来

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2022-06-22 12:46

基础——illumina测序原理与细节（以RNA-seq为例）

但随之而来的就有一些问题，比如以RNA-seq为例，如果你是一个经典的从表达矩阵开始的数据分析选手，那其实建库细节对你来说好像也
Bio_Infor·2022-06-22 01:13

RNA-seq入门实战（八）：GSVA——基因集变异分析

本节概览：1.GSVA简单介绍2.基因集的下载读取:手动与msigdbr包下载3.GSVA的运行4.limma差异分析5.GSVA结果可视化：热图、火山图、发散条形图/柱形偏差图1.GSVA简单介绍官方文档：GSVA:genesetvariationanalysis(bioconductor.org)不错的一篇文章：GSVA的使用-raisok定义基因集变异分析(GSVA)是一种特殊类型的基因集富
嘿嘿嘿嘿哈·2022-06-21 21:58

从早期到晚期原发性和远处转移的 LUAD 的综合单细胞转录组分析(IF14+)

Single-cellRNAsequencingdemonstratesthemolecularandcellularreprogrammingofmetastaticlungadenocarcinoma单细胞RNA
生信学霸·2022-06-15 10:43

基因家族分析保姆级教程（分子进化）-生信小白自学之路（一）

一条基因通过内含子的不同剪接可构成不同的转录本。设计转录本实验可以研究内含子剪切机制、表观遗传、RNA编辑等，通常是考察一条基因对应的不同转录本的调节机制等
水里的硫化铝·2022-06-12 22:20

rna聚类分析_实验记录11：scanpy对scRNA-seq数据的聚类分析

R在读取和处理数据的过程中会将所有的变量和占用都储存在RAM当中，这样一来，对于海量的单细胞RNA-seq数据(尤其是超过250k的细胞量)，即使在服务器当中运行，Seurat、metacell、monocle
l鲁波波·2022-06-12 19:04

单细胞和生信前沿知识-SCI文章：人类胸腺发育的细胞图谱定义了T细胞全谱系的形成

我们使用单细胞RNA测序技术创建了人类一生中胸腺的细胞普查，并重建了T细胞分化轨迹和T细胞受体(TCR)重组动力学。使用这种方法，我们原位鉴定并定位了CD8aa+T细胞群、胸腺
生信学徒·2022-06-12 19:01
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