RNA剪接第27页

RNA 治疗---小核酸药物有哪些？| MedChemExpress

图1.小核酸药物的发展历程传统药物VS.RNA药物然而RNA治疗有望扩大药物靶点的范围，包括传

qq_31985525·2022-11-26 08:10

Front Microbiol | 广东药科原丽红/水科院南海所姜敬哲-RNA病毒最新分类标准的讨论...

基于2020年ICTV报告再认识RNA病毒的分类标准AdiscussionofRNAvirustaxonomybasedonthe2020InternationalCommitteeonTaxonomyofVirusesreportArticle

刘永鑫Adam·2022-11-26 08:34

单细胞测序原理10X UMI Barcode

什么是单细胞测序单细胞RNA-Seq提供成千上万个单个细胞的transcriptionalprofiling。

hs6605015·2022-11-25 15:06

QQ plot 的解读

这个图形的形式非常简单，有点类似RNA-seq中评价两个样本相关性的散点图（图1）。这类图形为什么那么相似呢？因为它们本质上就是做两组数据的比较，判断它们是否基本一致。

hs6605015·2022-11-25 15:29

Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（三）

单细胞转录组数据分析（二）收藏|北大生信平台"单细胞分析、染色质分析"视频和PPT分享生信老司机以中心法则为主线讲解组学技术的应用和生信分析心得-限时免费scRNA-seq原始数据加工FastQC得到单细胞RNA-seq

生信宝典·2022-11-25 13:33

RNA 23. SCI文章中表达基因Cox模型的风险因子关联图（ggrisk）

点击关注，桓峰基因桓峰基因生物信息分析，SCI文章撰写及生物信息基础知识学习：R语言学习，perl基础编程，linux系统命令，Python遇见更好的你130篇原创内容公众号桓峰基因的教程不但教您怎么使用，还会定期分析一些相关的文章，学会教程只是基础，但是如果把分析结果整合到文章里面才是目的，觉得我们这些教程还不错，并且您按照我们的教程分析出来不错的结果发了文章记得告知我们，并在文章中感谢一下我们

桓峰基因·2022-11-25 11:35

IF: 8+ m6A调控因子与m6A相关的lnc/mRNA作为结直肠癌预后因子的综合性分析

系统命令，Python遇见更好的你86篇原创内容公众号这期分享21年12月发表在MolecularTherapy:NucleicAcid杂志（IF：8.86）文章，本文研究m6A调控因子与m6A相关的RNA

桓峰基因·2022-11-25 11:34

UNIX痛恨者手册

它们并不复杂：它们没有为呼吸，新陈代谢，肌体活动等功能提供什么，只有足够的DNA或RNA以供繁衍。比如，肺炎病毒比起它们入侵的细胞要小得多，但它们在每个肺炎流行季节都能够产生新的变种，造成无数人死亡。

scwinter·2022-11-25 09:12

2022.04.14【读书笔记】|WGCNA分析原理和数据挖掘技巧

文章目录背景RNA-seq分析一般逻辑局限性基因表达和调控方式与网络相关的基础概念无尺度网络模块以及模块特征值连通性非权重网络权重网络核心基因WGCNA网络原理和构建过程简介哲学理念网络构建的两个核心步骤基因的过滤去除低丰度的基因去除没有变化的基因最终期望

穆易青·2022-11-25 01:55

差异表达基因提取limma+WGCNA分析全代码

用limma包和WGCNA包进行RNA-seq数据分析#数据提取#GE512*0.8){re=0#去除在少于50%的样本中表达的基因}else{re=1}})table(tag)exprSet=1&FDRp-value

Shannon.Y·2022-11-25 01:20

FASTQ文件质控

首先我们要明白质控的目的：(1)去除含接头的reads；(2)过滤去除低质量值数据，确保数据质量；(3)去除含有N（无法确定碱基信息）的比例大于5%的reads；同时我们也可以主要排除是否核糖体RNA过多

yuxiang&chenxi·2022-11-25 00:45

Featurecounts 表达定量得到下游分析的原始数据

/Expression/featureCounts##定义输入输出文件夹gtf=/home/t_rna/database/GRCh38.104/Homo_sapiens.GRCh38.104.chr.gtf.gzinputdir

yuxiang&chenxi·2022-11-25 00:45

CHIP-seq 全流程

转录组主要研究的问题是基因在不同情况下的差异表达以及RNA结构变化等，而表观组研究的问题是在基因序列不变的情况下，基因的表达、调控和性状发生了可遗传变化的分子机制。

yuxiang&chenxi·2022-11-25 00:15

Linux做RNA-seq上游分析基本流程

本机处理器两核心两线程（多核心多线程在比对时占优），操作系统是Linux，发行版是deepin20.1社区版参考http://www.bio-info-trainee.com/2218.htmlhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE50177一、安装minicondaminiconda相对于anaconda更为便捷和容易上手，a

Senoh.·2022-11-24 16:39

二代测序技术之illumina测序技术原理简介

现今的生信领域几乎就是和无数的序列打交道，而这些序列的来源就是如今风靡的高通量测序技术，现今的测序不论是测RNA、DNA、miRNA还是ChIP-Seq等等，都是基于NGS(二代测序，next-generationsequencing

你大佬来啦·2022-11-24 09:37

RNA-seq入门实战（五）：差异分析——DESeq2 edgeR limma的使用与比较

本节概览：1.DESeq2、edgeR、limma的使用2.三类差异分析软件的结果比较——相关性、韦恩图3.选取差异基因绘制火山图和热图承接前期文章：RNA-seq入门实战（四）：差异分析前的准备——数据检查一

嘿嘿嘿嘿哈·2022-11-24 01:51

非因解读| Reverse Phase Protein Array（RPPA）蛋白组学技术在外泌体分析中的应用

蛋白组学技术在外泌体分析中的应用外泌体（Exosome）是一种能被大多数细胞分泌的微小膜泡，也是细胞外囊泡（EV）的一种主要类型，直径大约40-160nm，具有脂质双层膜结构，能很好的保护其包被的物质，内含大量的核酸，包括DNA、RNA

BroH·2022-11-23 07:03

rna聚类分析_单细胞聚类分析之resolution选择

年末促销倒计时：50天百迈客推出年末活动促销，发文有礼、推广有礼以及多种产品钜惠来袭，百迈客为您倾情打造科研福利，您还在等什么？快快行动起来领取您的超级奖励吧！(详情请见“决战2020！品类全，力度大，仅此一次！”)单细胞亚群鉴定过程中resolution参数至关重要。resolution参数不同，细胞聚类得到的亚群数目也会有所不同。那么，不同参数下细胞cluster之间的转换关系是怎样的呢？我们

Lucky 龙·2022-11-21 15:26

利用m7Ghub数据库查询并使用iRNA-m7G软件预测RNA m7G修饰位点

m7G修饰是转录后调控中最常见的一种碱基修饰，广泛存在于tRNA、rRNA、以及真核生物mRNA的5’帽子区，对维持RNA的加工代谢、稳定、出核以及蛋白质翻译具有重要作用。

余丁，微生信·2022-11-21 14:43

R语言小技巧

当一个探针对应多个基因名时，取第一个rownames(RNA)<-gsub("(.*?)

多啦A梦詹·2022-11-21 11:40

单细胞转录组数据分析专题

singlecellRNAsequencing,简称scRNA_seq,指的是针对单个细胞的RNA进行分析。

生信修炼手册·2022-11-20 22:51

RNA-seq 保姆教程：差异表达分析（二）

介绍RNA-seq目前是测量细胞反应的最突出的方法之一。RNA-seq不仅能够分析样本之间基因表达的差异，还可以发现新的亚型并分析SNP变异。

冷冻工厂·2022-11-20 21:19

RNA-seq 保姆教程：差异表达分析（一）

介绍RNA-seq目前是测量细胞反应的最突出的方法之一。RNA-seq不仅能够分析样本之间基因表达的差异，还可以发现新的亚型并分析SNP变异。

冷冻工厂·2022-11-20 21:48

SCTransform：单细胞样本的标准化

(“H:/singlecell/Seurat/stxBrain.SeuratData_0.1.1.tar.gz”,repos=NULL,type=“source”)brain200&nFeature_RNA

YoungLeelight·2022-11-20 21:17

Nature重磅综述;关于机器学习应用单细胞组学+RNA-seq,你想知道的都在这

单细胞多组学技术”和“空间转录组技术”先后在2019年和2020年被NatureMethods评为年度技术方法。时间和空间维度多维研究技术结合，将以全新研究思路出发，既能够获得单个细胞间异质性，又能获得细胞在组织空间上的结构位置信息，发现更多未知且精细化结果。总而言之，单细胞测序+空间转录组测序：优势互补，同时获得细胞类型群体，以及基因表达和细胞的空间位置信息。空间转录组能够定位和区分功能基因在特

生信宝典·2022-11-20 21:42

哈佛大学单细胞课程|笔记汇总（六）

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析

生信宝典·2022-11-20 21:11

单细胞计数矩阵是如何生成的？（二）

1.文库制备根据所使用的文库制备方法，RNA序列（也称为读数或标签）将来自转录本（10XGenomics、CEL-seq2、Drop-seq）的3'末端（或5'末端）,inDrops)或来自全长转录本(

冷冻工厂·2022-11-20 09:22

【一文读懂生物学重复与技术重复】

在RNA-Seq等测序设计中，生物学重复和技术重复，是非常需要注意的问题。那么问题就来了，生物学重复和技术重复，到底是什么？它们是如何影响我们的实验设计的。

陈有朴·2022-11-20 03:12

易基因技术推介｜m1A RNA甲基化测序（MeRIP-seq/m1A-seq）

N1-甲基腺苷（N1-methyladenosine，m1A）是一种普遍存在于真核生物tRNA、rRNA和mRNA且可逆的转录后RNA修饰。

易基因科技·2022-11-19 11:57

易基因｜DNA甲基化和单细胞RNA-seq联合揭示空气污染对复发性流产的表观遗传影响

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。2022年08月23日，《ClinEpigenetics》杂志发表了题为“Integratedsingle-cellRNA-seqandDNAmethylationrevealtheeffectsofairpollutioninpatientswithrecurrentspontaneousabortion”的研究文章，该研究通过常规R

易基因科技·2022-11-19 11:25

易基因综述：表观遗传学和表观育种在作物品种改良的重要作用（水稻+玉米+番茄+大豆+油菜）

月15日，《FrontPlantSci》杂志发表了题为“Epigeneticsanditsroleineffectingagronomicaltraits”的综述文章，讨论了DNA甲基化、组蛋白修饰、RNA

易基因科技·2022-11-19 11:54

易基因项目文章｜WGBS+RNA-seq揭示PM2.5引起男性生殖障碍的DNA甲基化调控机制

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。2022年09月24日，陆军医科大学（第三军医大学）预防医学院毒理学研究所张中豪博士等为第一作者，曹佳教授、刘晋祎教授为通讯作者以"Genome-widealternationandeffectofDNAmethylationintheimpairmentsofsteroidogenesisandspermatogenesisafter

易基因科技·2022-11-19 11:24

易基因｜深度综述：表观遗传机制在慢性疼痛中的作用(DNA甲基化+组蛋白修饰+非编码RNA)

德国海德堡大学DanielaMauceri在《Cells》杂志发表了“RoleofEpigeneticMechanismsinChronicPain”的综述文章，讨论了DNA甲基化、组蛋白修饰、非编码RNA

易基因科技·2022-11-19 11:23

人体肠道病毒组学

这些病毒以DNA病毒为主，伴有少数RNA病毒。噬菌体、真核病毒和植物源病毒与共生细菌和肠道屏障相互作用，促进肠道健康所必需的重要功能(图1)。

易基因科技·2022-11-19 11:22

单细胞转录组：Smart-seq 2还是10X Genomics Chromium?

但是基于2017年ChristophZiegenhainetal[1]对6种单细胞转录组技术及2019Broad研究所的团队对7种单细胞RNA测序方法进行了比较[2]，某些特殊或者少量细胞样本的单细胞转录组研究中

易基因科技·2022-11-19 10:52

生物基因结构

首先，根据RNA合成的不同时期，从DNA到成熟mRNA，分为三个阶段了解基因结构的变化。

songyi10·2022-11-19 01:16

爱已至终点(文题串诗)

文友雪花的《爱情日记——组诗》，各组的标题很有意思，用蒙太奇手法剪接起来，也是一首爱情诗——曾经，我将爱《画地为牢》我们是玫瑰园里的《蝴蝶与花朵》春风轻轻的在我耳边呢喃：《睡吧，花儿》可我从陶醉中醒来你却只当我是

陈年旭日·2022-11-17 14:08

多样本转录组数据分析流程

基于此，已经开发了3'RNA-seq技术，即只通过对mRNA的3'端进行测序并标记上barcode，可以有效降低测序数据量以及建库过程，从而使得大规模转录组测序得以实现。此文章旨在对该技

BrpTCP·2022-11-15 20:11

没有计算机年代科学家如何计算,生物计算机是如何计算的？

事实上，生物计算机里面并没有任何生命存在，只是有一些在生物体内才能够找到的材料而已，比如DNA、RNA和蛋白质分子。听起来有点奇怪，不过我们可以用生物计算机和电

不乱说话·2022-11-12 09:27

TCGA下载基因表达矩阵、可视化分析

方法1：选择RNA-Seq找TSV格式open的文件加入购物车进入到购物车点download--cart打开下载后的tsv格式文件方法2：(9条消息)基于TCGA数据库的差异基因分析实现_学习的派大星的博客

偷了月亮的猫猫·2022-11-02 11:23

利用tcga数据做生存分析

z_rna1.96,1,0)))in_clin_tum<-match(colnames(z_rna),rownames(all_clin))t

aorong2257·2022-11-02 11:23

Jason自习室导航

DataScience统计学和RRShiny(更新中)ggplot2图形艺术(更新中)2.BioScience生信工具箱vcf数据分析系列(已完结)NGS高通量分析管道(更新中)WGS全基因组分析管道GATK4RNA-seq

Jason数据分析生信教室·2022-10-29 16:34

全长转录组分析-小麦

前言近期分析了一部分小麦的全长转录组数据，参考了网上许多流程，收获良多，在此记录一下全长转录组测序基于PacBio单分子实时测序技术（SMRTcell）,凭借超长读长的优势，建库过程中无需打断RNA分子

郝永超M1racle·2022-10-27 10:24

2019-07-16

/mp_wu/${id}.sort.bam-/home/huawei/raw_data/YSQ/RNA_seq/sort_bam/mv

dandanwu90·2022-10-20 15:16

单细胞多组学整合分析方法讨论

分两种情况，一种是样本分两份，一份做RNA，一份做ATAC，另外一种是单核+ATAC多组学。

Evil_Genius·2022-10-17 17:38

信息存在阴阳吗？

现代生殖遗传研究认为，遗传的本质为信息（气）的传递，细胞遗传信息都源自生殖细胞，其载体是细胞内的DNA、RNA等遗传基因（载体物质）

海生_5971·2022-10-16 15:27

突破生命法则极限！它会是外星生命的遗传密码？

而演化的基础就是DNA了，DNA用4个碱基的排列组合完整地保存着遗传信息，并利用RNA至蛋白的方法进行解码，构筑起整个生命体的基础结构。

weixin_36250541·2022-10-14 18:25

基于RNA测序技术的转录组从头拼接算法研究

基于RNA测序技术的转录组从头拼接算法研究摘要：生物信息学主要研究分子生物学领域,而对于分子生物学领域，转录组的从头拼接又是其核心内容,即利用转录组的测序片段拼接出整个转录组中的所有表达的转录体。

wangchuang2017·2022-10-14 18:55

RNA-seq | 转录组标准分析流程和常用工具软件介绍

笔记内容摘要：RNA-seq转录组基础知识与标准分析流程，简单记录学习过程。转录组分析是对样本转录产物RNA的深入挖掘研究。

·2022-10-08 18:42

文献阅读【RNA-seq数据归一化】

最近一直在做lncRNA的分析，其中的lncRNA的差异表达分析中，需要对readscount进行归一化，之前没有考虑很多，就用的通常的流程：hisat2→stringtie→prepDE.py/featureCount→DESeq2其中的DESeq2的归一化部分，也是我们通常称的标准化，是我们关注的重点，DESeq2主要原理：通过计算一个归一化因子，并进行变换，进而提高中等表达基因的地位。归一化

·2022-10-07 22:31

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