RNA剪接

最后一周！导师推荐的转录组和可视化学习捷径

常见设计是不同样品之间比较，寻找差异基因、标志基因、协同变化基因、差异剪接和新转录本，并进行结果可视化、功能注释和网络分析等。
生信宝典·2022-12-31 16:46

最后3天！生信入门转录组和可视化学习捷径

常见设计是不同样品之间比较，寻找差异基因、标志基因、协同变化基因、差异剪接和新转录本，并进行结果可视化、功能注释和网络分析等。
生信宝典·2022-12-31 16:46

【毕设学习之转录组技术一：基因组成+转录流程】

转录组学（一）转录组学是功能基因组研究的重要手段，其研究包括mRNA和非编码RNA的全套转录本。机体内同一基因在不同时间、不同组织中的表达情况往往不同。
一生平安喜乐·2022-12-31 16:45

【毕设学习之转录组技术二：转录流程】

转录组分析转录组分析包括（湿）实验和干实验/数据分析湿实验（由于要用到试剂，所以称湿）主要包括实验设计，样本准备和处理，交给公司处理（包括提取rna,建库，测序）（相比实验室，测序公司能用更低的价格买到试剂
一生平安喜乐·2022-12-31 16:45

【毕业设计之转录组技术四：RNA建库】

TranscriptomeSequencingTranscriptomeSequencing可全面性并快速地获得某一物种特定细胞或组织在某一状态下的几乎所有的转录体及基因序列，可以用于研究物种基因结构和基因功能、选择性剪接和新的转录序列预测等
一生平安喜乐·2022-12-31 16:12

PS CS6视频剪辑基本技巧（五）添加logo、动画和画中画

系列讲座导读PSCS6视频剪辑基本技巧（一）CS6可以实现的视频剪辑功能PSCS6视频剪辑基本技巧（二）视频剪接和添加图片PSCS6视频剪辑基本技巧（三）添加声音和字幕PSCS6视频剪辑基本技巧（四）字幕居中和滚动字幕
一只爬爬虫·2022-12-30 15:17

没有网也可以安装 Conda 环境

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2022-12-30 09:47

送书 | 222Beta多样性限制性排序CPCoA/CCA/RDA/LDA

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述
生信宝典·2022-12-29 15:55

生物聚集细胞生物化学反应的组织者Biomolecular condensates: organizers of cellular biochemistry

这些聚集的过程涉及多种生物化学过程，包括RNA的代谢，核糖体的再生，DNA损伤修复以及信号转导，近期的研究表明由多价生物大分子互作形成的液液相分离是生物聚集的重要组织原则。由于这些物理性质，他可能解释
forever luckness·2022-12-29 15:52

关于RNA-seq 的那点事Count 数的标准化 （一) RPKM 和FPKM，TPM及C(R）PM

图片来自网络我们都知道，在RNAseq测序的过程中，我们测完序的最终目的是想根据测序的结果，最终分析得到差异基因以及潜在可能的功能分析，那么在进行差异分析以及对表达量进行分析的时候，对基因原始的Count进行标准化，消除由于测序过程中单个基因自身的长度以及测序深度对数据的影响，是非常关键的一步。RNAseq测序，对于一个基因的Count的计数呢，主要是基于匹配到该基因的外显子上的数目，那么按照这样
forever luckness·2022-12-29 15:52

pcr扩增的原理和步骤

实验步骤：一、样品RNA的抽提取冻存已裂解的细胞，室温放置5分钟使其完全溶解。两相分离每1ml的TRIZOL试剂裂解的样品中加入0.2ml的氯仿，盖紧管盖。
“泽平科技”公众号24h在线答疑·2022-12-29 02:31

易基因｜深度综述：癌症中RNA修饰机制的遗传和表观遗传失调（m6A+m1A+m5C+ψ）

TrendsGenet》杂志发表了题为“GeneticandepigeneticdefectsoftheRNAmodificationmachineryincancer”的综述文章，讨论了m6A、m5C、m1A、ψ等RNA
易基因科技·2022-12-28 23:23

易基因｜深度综述：癌症中RNA修饰机制的遗传和表观遗传失调（m6A+m1A+m5C+ψ）

TrendsGenet》杂志发表了题为“GeneticandepigeneticdefectsoftheRNAmodificationmachineryincancer”的综述文章，讨论了m6A、m5C、m1A、ψ等RNA
易基因科技·2022-12-28 23:53

PS CS6视频剪辑基本技巧（三）添加声音和字幕

系列讲座导读PSCS6视频剪辑基本技巧（一）CS6可以实现的视频剪辑功能PSCS6视频剪辑基本技巧（二）视频剪接和添加图片PSCS6视频剪辑基本技巧（三）添加声音和字幕PSCS6视频剪辑基本技巧（四）字幕居中和滚动字幕
一只爬爬虫·2022-12-28 23:48

衡量基因相对表达量的RPKM、FPKM、TPM详解

RPKM（ReadsPerKilobaseperMillion）和FPKM（FragmentsPerKilobaseperMillion）1.引入“每一千碱基（perkilobase）”的原因在于，不同的RNA
爱做饭的电饭煲·2022-12-28 20:13

桓峰基因专属兔年宠粉福利，免费包邮领取！无套路，直接领，最后46位，先到先得！...

转录分析教程整理如下：RNA1.基因表达那些事--基于GEORNA2.SCI文章中基于GEO的差异表达基因之limmaRNA3.SCI文章中基于TCGA差异表达基因之DESe
桓峰基因·2022-12-28 16:55

RNA-ATTO 390|RNA-ATTO 425|RNA-ATTO 465|RNA-ATTO 488|RNA-ATTO 495|RNA-ATTO 520近红外荧光染料标记核糖核酸RNA

RNA-ATTO390|RNA-ATTO425|RNA-ATTO465|RNA-ATTO488|RNA-ATTO495|RNA-ATTO520近红外荧光染料标记核糖核酸RNA核糖核酸（英语：ribonucleicacid
qiyueshengwu·2022-12-28 06:30

课程笔记：深度学习与人类语言处理 ——李宏毅，2020 (P5)

原创·作者|阿芒Aris学校|北京理工大学研究方向|自然语言处理来自|AINLP语音辨识模型2、3、4、5：CTC、RNN-T（&RNA）、NeuralTransducer、MoChA李宏毅老师2020
zenRRan·2022-12-28 02:44

Neural Transducer——李宏毅人类语言学习

CTC，RNA，RNN-T每次只读一个声学特征进来。而NeuralTransducer则是每次读多个声学特征进去，然后通过attention来选择读那些特征。
我是小蔡呀～～～·2022-12-28 02:13

RNN Transducer(RNN-T)——李宏毅人类语言处理学习笔记

(RNA)RecurrentNeuralAligner其实他是在RNN-T之后被提出的，有点像CTC和RNA之间过度的方法。
我是小蔡呀～～～·2022-12-28 02:06

RNA 20. SCI 文章中单样本免疫浸润分析 （ssGSEA）

点击关注，桓峰基因桓峰基因生物信息分析，SCI文章撰写及生物信息基础知识学习：R语言学习，perl基础编程，linux系统命令，Python遇见更好的你85篇原创内容公众号这期讲讲单样本基因富集分析，这个也蛮有意思的之前我已经介绍过基因集富集分析（GSEA），但是当时是用差异基因来分析，这期我们就通过单基因免疫浸润的方法来介绍一下。ssgsea<-gsva(as.matrix(expMatrix)
桓峰基因·2022-12-26 17:05

RNA 12. SCI 文章中肿瘤免疫浸润计算方法之 CIBERSORT

当应用于计数来自新鲜、冷冻和固定组织(包括实体肿瘤)的RNA混合物中的造血亚群时，CIBERSORT在噪声、未知混合物含量和密切相关的细胞类型方面优于其他方法。CIBERSOR
桓峰基因·2022-12-26 17:29

LncFinder | 非编码RNA的识别与分析神器！！！~

1写在前面非编码RNA(ncRNAs),是指不编码蛋白质的RNA。其中包括rRNA，tRNA，snRNA，snoRNA,lncRNA和miRNA等多种已知功能的RNA，还包括未知功能的RNA。
生信卷·2022-12-26 11:46

生信技能树——GEO转录组RNA_seq_GSE162550

和生信技能树GEO转录组“GSE150392“分析类似，唯一区别就是在数据处理和ID转换这一环节略微有区别1.数据下载最方便的是xena。可以网页下载，也可以用代码下载。proj="DHA"2.生存信息与临床信息这里仅仅是查看一下，到生存信息部分再整理。library(GEOquery)eSet=getGEO("GSE162550",destdir=".",getGPL=F)eSet=eSet[[
一指流年，一纸沙·2022-12-25 23:10

RNA-seq 详细教程：注释（15）

学习内容了解可用的基因组注释数据库和存储信息的不同类型比较和对比可用于基因组注释数据库的工具应用各种R包检索基因组注释基因组注释对二代测序结果的分析需要将基因、转录本、蛋白质等与功能或调控信息相关联。为了对基因列表进行功能分析，我们通常需要获得与我们希望使用的工具兼容的基因标识符。在这里，我们讨论了您可以获得基因注释信息的方法以及每种方法的一些优缺点。数据库我们从存储信息的必要数据库中检索有关过程
冷冻工厂·2022-12-25 14:13

RNA 1. SCI 文章中读取 GEO 数据

依稀记得10年前一个样本的RNA-SEQ费用还是蛮高的，而现在就是洒洒水啦，所以这种转录组的数据也已经成为文章的主流，基本上就是WES结合RNA，但是个人感觉，真的能关联到突变基因和表达的水平上去的，还是很困难的
桓峰基因·2022-12-24 08:36

geo差异表达分析_如何使用GEOquery和limma完成芯片数据的差异表达分析

如何分析芯片数据我最早接触的高通量数据就是RNA-seq，后来接触的也基本是高通量测序结果而不是芯片数据，因此我从来没有分析过一次芯片数据，而最近有一个学员在看生信技能树在腾讯课堂发布的课程GEO数据库表达芯片处理之
weixin_39727976·2022-12-24 08:06

基因表达式编程(GEP)自学 第【1】天 Python 实现

目录1.GEP简介【★】2.生物学基因表达式实体【★】2.1.DNA2.2.RNA2.3蛋白质3.生物学基因表达式【★★★★】3.1.基因组复制3.2.基因组重构3.2.1.变异3.2.2.重组3.2.3
九重！·2022-12-23 11:28

fastq与fasta文件格式解析

4.1illumina测序仪4.2illumina测序方法4.3测序流程参考文章一、fasta格式fasta格式是一种非常简单的储存序列的格式（主要是把序列存储到数据库中的一种形式），可以储存核酸序列（RNA
中原H·2022-12-22 08:25

RNA-seq 详细教程：可视化（12）

学习内容了解如何为可视化准备数据了解如果利用可视化来探索分析结果火山图可视化热图可视化可视化结果当我们处理大量数据时，以图形方式显示该信息以获得更多信息，可能很有用。在本课中，我们将让您开始使用探索差异基因表达数据时常用的一些基本和更高级的图，但是，其中许多图也有助于可视化其他类型的数据。我们将使用我们在前面的课程中创建的三个不同的数据对象：样本的元数据（数据框）：meta每个样本中每个基因的归一
冷冻工厂·2022-12-21 07:52

RNA-seq 详细教程：似然比检验（13）

学习内容应用似然比检验(LRT)进行假设检验将LRT生成的结果与使用Wald检验获得的结果进行比较从LRT显著基因列表中识别共享表达谱似然比检验在评估超过两个水平的表达变化时，DESeq2还提供似然比检验作为替代方法。被确定为重要的基因是那些在不同因子水平上在任何方向上表达发生变化的基因。通常，此测试将产生比单独的成对比较更多的基因。虽然LRT是对因子的任何水平差异的显着性检验，但不应期望它与使用
冷冻工厂·2022-12-21 07:52

RNA-seq 详细教程：时间点分析（14）

学习内容了解如何使用DESeq2进行时间的分析LRT使用LRT进行Timecourse分析尽管基因表达的静态测量很受欢迎，但生物过程的时程捕获对于反映其动态性质至关重要，特别是当模式复杂且不仅仅是上升或下降时。在处理此类数据时，似然比检验(LRT)特别有用。我们可以使用LRT来探索一系列时间点之间是否存在任何显著差异，并进一步评估样本类之间观察到的差异。例如，假设我们有一个实验来观察随着时间的推移
冷冻工厂·2022-12-20 16:50

密歇根大学张阳团队开发全球首个蛋白质和RNA分子通用结构比对算法

把已知生物大分子的结构进行精准比较，这样一个看似简单的问题，在AI高度发展的今天，居然是分子生物学里面一个悬而未决的数学问题。最近，密歇根大学和耶鲁大学的科学家合作在NatureMethods上发布的US-align（UniversalStructureAlignment,https://zhanggroup.org/US-align/）是全球第一款能把不同蛋白质和核酸等生物大分子的比对功能融合到
weixin_4528312·2022-12-19 19:10

TCGA学习笔记一

1.背景介绍重要数据外显子数据表达数据小RNA测序数据拷贝数芯片甲基化数据蛋白质组学数据临床信息癌症背景知识网页工具大全GDCcbioportal：按照paper来分类的UCSCFIREHOSEoncolncgepiatanric
你真的不能替我学吗·2022-12-17 11:24

易基因｜NSUN2介导RNA m5C修饰促进食管鳞状细胞癌进展的表观调控机制 | 肿瘤研究

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。2021年8月3日，中山大学肿瘤防治中心华南肿瘤学国家重点实验室研究团队在《Oncogene》杂志发表了《NSUN2-mediatedRNA5-methylcytosinepromotesesophagealsquamouscellcarcinomaprogressionviaLIN28B-dependentGRB2mRNAstabil
易基因科技·2022-12-17 07:43

易基因｜RNA m7G甲基化测序（m7G-MeRIP-seq）

N7-甲基鸟苷（N7-methylguanosine，m7G）是真核生物tRNA、rRNA和mRNA5'cap中最丰富的修饰之一。作为一种重要的表观遗传修饰，m7GRNA甲基化在基因表达、加工代谢、蛋白质合成、转录稳定等方面发挥着重要的作用，参与疾病发生发展等多种生命过程。对于m7GRNA甲基化修饰的检测，易基因采用基于抗体富集的m7G-MeRIP-seq，利用m7G特异性抗体富集发生m7G甲基化
易基因科技·2022-12-17 07:41

易基因｜脂多糖诱导的仔猪肝脏损伤模型中m6A RNA甲基化介导了NOD1/NF-kB信号激活

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。2022年9月30日，南京农业大学动物科技学院钟翔教授团队在《ANTIOXIDANTS-BASEL》杂志发表题为“m6ARNAMethylationMediatesNOD1/NF-kBSignalingActivationintheLiverofPigletsChallengedwithLipopolysaccharide”的研究论文，
易基因科技·2022-12-17 07:41

RNA-seq全流程分析

RNA-seq数据处理记录（2）原始数据的处理去除adapter找到接头序列可以通过建库的试剂盒在Illumina官网查找，也可以通过trim_galore自动找到接头并去除。
SD道法自然·2022-12-15 23:41

图神经网络用于RNA-蛋白质相互作用的新预测

《DenovopredictionofRNA-proteininteractionswithGraphNeuralNetworks》时间：2021年9月28日作者：ViploveAroraandGuidoSanguinettiDOI：https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.09.28.462100v1发表期刊：还未定AbstractRNA结合蛋白(
Good_Ly·2022-12-15 21:53

WGCNA：概念初探

在RNA-seq数据中的应用鉴定高相关的基因module。
老实人谢耳朵·2022-12-14 19:46

RNA 13. SCI 文章中加权基因共表达网络分析之 WGCNA

WGCNA分析流程2008年发表在BMC之后的影响力还是很高的，先后在各大期刊都能看到，但是就其分析的过程来看，还是需要有一定R语言的基础才能完整的复现出来文章中的结果，这期就搞出来供大家参考，因为我自己尝试了一下结直肠癌的数据集，但是有些地方不太理想，故还是有软件包自带的数据来运行，终结起来就是输入两个文件，其他就是根据自己的数据集进行过滤，筛选，最终确定一个满意的基因集。前言相关网络在生物信息
桓峰基因·2022-12-14 19:40

肿瘤可变剪切相关概念

基础概念RNA可变剪接（alternativesplicing）是真核细胞调控蛋白表达的一个重要机制，指转录形成的前体mRNA通过去除内含子、保留外显子形成成熟mRNA的过程，这个过程使得同一基因能够编码产生多种转录本
生信小鹏·2022-12-13 10:27

RNA-seq数据分析

一、数据收集1.NCBIGEO数据库收集相关RNA-seq数据样本信息以及引用文献可以点击对应链接查看2.SRARunSelector查看数据单双端类型（SINGLEorPAIRED)及分组信息可以点击
yiyaaaaaaaa·2022-12-12 14:29

操作记录-2020-10-30：daizhongye_RNA_seq

dir=/f/xudonglab/zexing/projects/daizhongye/RNA_seq/2020_10_29mkdir-p${dir}/aligned${dir}/aligned/ballgown
垚垚爸爱学习·2022-12-12 14:58

操作记录-2020-12-21: dongfeng_GAS_project

一、RNA_seq_dongfeng_2020_12_171.建立相应目录#新建对应的目录mkdirraw_dataclean_databallgownbambam_sortsamfastqc_r
垚垚爸爱学习·2022-12-12 14:58

操作记录-2020-09-27：xiaxianyou_RNA_seq

1.检查上传数据的完整性操作记录如下：#显示各数据的完整性代码(base)zexing@DNA:~/projects/xiaxianyou/RNA_seq/2020_09_23/cleandata$cat
垚垚爸爱学习·2022-12-12 14:58

AGS测序下游分析一条龙

ensembl_matrix.Rdata,原始矩阵rm(list=ls())options(stringsAsFactors=F)library(stringr)a1=read.table('/mnt/AGS_RNA-seq
璐璐璐璐璐952·2022-12-12 14:57

DESeq2归一化算法详解

对于RNA_Seq而言，得到基因/转录本的定量结果仅仅是第一步，只是对测序数据的汇总，相同的工作也可以通过芯片直接得到。
生信修炼手册·2022-12-12 14:55

RNA分析流程

转录组，一般指的就是某一时空条件下细胞所产生的所有转录产物，说人话就是，你的样品经过了某种处理，然后拿去提了总RNA，这个总RNA就是一个转录组
wangchuang2017·2022-12-12 14:23

RNA-seq 详细教程：假设检验和多重检验（8）

Hypothesistesting2.广义线性模型如前所述，RNA-seq生成的计数数据表现出过度分散（方差>均值），用于对计数建模的统计分布需要考虑到这一点。因
冷冻工厂·2022-12-12 14:53
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