RNA剪接

Stringtie详解

StringTie是一种快速高效的将RNA-Seq比对到潜在转录本的组装器。它使用新的网络流算法以及可选的从头组装步骤来组装和定量代表每个基因位点的多个剪接变体的全长转录本。
songyi10·2022-12-12 14:23

在B站学习大名鼎鼎的StatQuest 系列统计和生信分析视频（中文字幕）- 也见证助理教授到创业者的华丽转身...

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2022-12-12 14:49

RNA-seq分析_DEseq2代码整理总结

#首先整理TCGA基因表达矩阵，在肿瘤样本，有一个样本既有原位癌也有转移数据，要删去肿瘤转移表达数据rm(list=ls())library(DESeq2)library(limma)读入表达矩阵与样本信息，并查看表达矩阵与样本信息genesymbol1,]#要想用DEseq2进行下面的差异分析，首先将表达矩阵与样本列表的样本名字顺序一致!!genesymbol_alcohollogFC_cuto
橙子榴莲巧克力·2022-12-12 14:46

RNA-seq 详细教程：详解DESeq2流程（9）

学习目标了解DESeq2涉及的不同步骤了解变异的来源并检查sizefactors检查基因水平的离散估计了解差异表达分析过程中离散的重要性DESeq2流程前面，我们使用设计公式创建了DESeq2对象，并使用下面两行代码运行DESeq2：dds 学习目录更多教程->学习目录本文由mdnice多平台发布
冷冻工厂·2022-12-12 14:45

245热图展示微生物组的物种和功能丰度或有无、距离矩阵

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2022-12-12 02:47

KAGGLE比赛分享-细胞赛(一)

比赛地址赛题背景在过去的十年中，单细胞基因组学的出现使得能够测量单细胞中的DNA、RNA和蛋白质成为可能。这些技术允许以前所未有的规模和分辨率研究生物学。
丰。。·2022-12-09 10:24

RNA-seq 详细教程： `DESeq2` 差异表达分析（7）

学习目标了解如何设计公式了解如何使用DESeq2执行差异表达分析1.DE分析差异表达分析工作流程的最后一步是将原始计数拟合到NB模型并对差异表达基因进行统计检验。在这一步中，我们本质上是想确定不同样本组的平均表达水平是否存在显著差异。PaulPavlidis,UBCDESeq2论文发表于2014年，但该软件包不断更新并通过Bioconductor在R中使用。它建立在分散估计和DSS和edgeR中的
冷冻工厂·2022-12-09 09:40

SCS【16】从肿瘤单细胞RNA-Seq数据中推断拷贝数变化 (inferCNV)

点击关注，桓峰基因今天来说说从肿瘤单细胞RNA-Seq数据中推断拷贝数变化，学会这些分析结果，距离发文章就只差样本的选择了，有创新性的样本将成为文章的亮点，并不是分析内容了！
桓峰基因·2022-12-07 17:00

短视频内容重复，如何进行消重伪原创处理？

一般来讲，消重分两种情况，第一种是单个视频的消重，第二种是多个视频剪接然后再进行组合。一、单个视频消重我
Bianyuansoft68·2022-12-07 05:34

单细胞测序数据分析（1）—数据下载

SRR7722937SRR7722938SRR7722939SRR7722940SRR7722941SRR7722942第二个患者：SRR7692286SRR7692287SRR7692288SRR7692289下载的方式，有两种，第一种，采用ASPERA下载，我的RNA-seq
leo12354·2022-12-07 04:57

基因组学重点整理

生物五界：动物、植物、真菌、原生生物和原核生物；生物三界：真细菌、古细菌、真核生物具有催化活性的RNA分子称为核酶（ribozyme）核酶催化的生化反应有：自我剪接、催化切断其它RNA、合成多肽键、催化核苷酸的合成大学课程资料中转群新基因的产生
Kyle942·2022-12-06 11:28

一文掌握Conda软件安装：虚拟环境、软件通道、加速solving、跨服务器迁移

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2022-12-06 08:29

数据库数据 | TCGA数据库33种癌症的 transcriptome profiling (RNA-Seq) 数据

该数据是我自己下载整理过的数据。下载日期：2021年7月12日下载方式：TCGAbiolinks包数据类型：RData变量名称：expDataTPM/Counts/FPKM>##加载数据，数据对象是一个数据框，变量名称是：expDataTPM>load("processedTCGAdata/TCGA-RNASeq-TPM/TCGA-ACC_RNASeq_TPM.RData")>head(expDa
【云森】·2022-12-04 08:30

基因组学整理试题

基因组学整理试题填空题：1.位置效应的两种类型：稳定型，花斑型2.细胞器基因组：线粒体基因组，叶绿体基因组3.基因组进化的分子基础：突变，重组，转座4.RNA聚合酶的三种类型：pol1(RNA聚合酶1)
Kyle942·2022-12-03 14:50

基因组学考试-名词解释

基因组学考试名词解释名词解释基因=由不同的DNA片段共同组成的一个完整的表达单元，有一个特定的表达产物，表达产物可以是RNA分子，亦可为多肽分子。
Kyle942·2022-12-03 14:20

Speech recognition模型：RNN Transducer(RNN-T)

一，RNA（recurrentNeuralAligner)RNA的模型结构介于CTC和RNN-T之间，在介绍RNN-T之前，将首先介绍RNA。
Sarah ฅʕ•̫͡•ʔฅ·2022-12-03 06:34

TargetNet: Functional microRNA Target Prediction with Deep Neural Networks

出发点：MicroRNAs(miRNAs)通过与信使RNA(mRNA)的靶位点结合，在基因表达调控中发挥关键作用。因此识别miRNA的功能靶点至关重要，但是这个预测是一个巨大的挑战。
泡面加蛋97·2022-12-03 03:13

基于随机森林的植物环状RNA识别软件

基于随机森林的植物环状RNA识别软件摘要环状RNA是一种新型的闭合RNA。越来越多的环状RNA在植物中被发现，研究表明环状RNA具有很重要的调控作用。因此，从RNA序列中识别环状RNA非常重要。
泡面加蛋97·2022-12-03 03:42

生物信息学笔记02 -- 研究的一般方法

生物信息学概述以基因组DNA序列信息为源头，识别基因组序列中代表蛋白质和RNA基因的编码区，阐明非编码区的信息特征，破译隐藏在DNA序列中的遗传语言规律生物信息学研究的内容与方法研究主要内容⚫生物学数据的收集
JamSlade·2022-12-02 02:51

单细胞RNA测序揭示小鼠肺纤维化中注射的ADSCs与肺源细胞的相互作用

用流式细胞术成功地回收气管内注射的ADSCs，并与肺源细胞一起进行单细胞RNA测序（scRNA-seq）。ADSC治疗显著改变了肺细胞，尤其是巨噬细胞的转录组特征和组成。
yingyonghui·2022-11-30 09:34

常用数据库ID

最近在学GEO数据库和RNA-seq，一直都有关于id转换的步骤，一直搞不清楚，今天参考常用数据库的基因ID，归纳整理一下。
你真的不能替我学吗·2022-11-30 01:33

2022-11-29 RNA-seq数据处理

之前用hisat2尝试处理RNA-seq数据，这里使用tophat21.使用前建立index使用bowtie2建立indexbowtie2-buildgenome.fabowtie2index/genomegenome.fa
Zheng_xy·2022-11-29 16:56

艾美捷双链RNA定量试剂盒试验方案

艾美捷双链RNA定量试剂盒基本参数：品名：双链RNA（dsRNA），ELISA试剂盒同义词名称：dsRNAELISA试剂盒仅供研究使用。不适用于诊断程序。
Sylvia_sc·2022-11-29 12:27

Seurat包分析单细胞转录组数据代码

Seurat对象#install.packages('Seurat')rm(list=ls())#表达矩阵来自CellRanger分析结果data_dir500&          nFeature_RNA
qq_27390023·2022-11-28 20:16

RNA_seq生物分析学习--RNA-seq实验

目录第五课RNAseq样品提取与处理第六课RNAseq建库测序第7课链特异性文库第五课RNAseq样品提取与处理RNA-Seq实验流程总RNA提取样品检测(主要检测样品是否合格,是否发生降解等)样品要求合格的样品
Drone_xjw·2022-11-28 04:04

StatQuest学习笔记23——RNA-seq简介

StatQuest学习笔记23——RNA-seq简介前言——主要内容这篇笔记是StatQuest系列笔记的第58节，主要内容是讲RNA-seq的原理。
wangchuang2017·2022-11-28 04:01

第五章 RNA-seq分析

第五章RNA-seq分析主要为RNA-seq相关知识，部分内容作笔记自查使用。如有错误或遗漏还请海涵，可评论或邮箱联系。
wangchuang2017·2022-11-28 04:00

RNA-seq 详细教程：分析流程介绍（1）

学习目标了解从RNA提取到获取基因表达矩阵，既RNA-seq分析的整个流程。1.workflow进行差异表达基因分析的前提是，获取代表基因表达水平的矩阵。
冷冻工厂·2022-11-28 04:00

RNA-seq数据分析(HISAT2+featureCounts+StringTie)

RNA-seq数据分析简介1生物基础1.1中心法则1.2RNA-seqProtocol1.3RNA-seq总的路线图2数据分析2.1前期准备2.1.1创建目录&安装conda2.1.2常用文件格式简介2.2
生信小菜鸟啊·2022-11-28 04:29

RNA-seq最强综述名词解释&思维导图|关于RNA-seq，你想知道的都在这（续）

前言NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞
生信宝典·2022-11-28 04:28

转录组RNA-seq分析前沿进展综述

RNA测序（RNA-seq）已经成为分析基因差异表达和mRNAs差异剪接不可或缺的工具。随着下一代测序技术的发展，RNA-seq也在发展。
生物数据处理小白·2022-11-28 04:57

RNA-seq Review：RNA-seq数据分析

文献：RNA-seq数据分析最佳实践调查本次阅读GenomeBiology杂志2016年Online的RNA-seq数据分析方法的Review论文，题目为：AsurveyofbestpracticesforRNA-seqdataanalysis
我是大南瓜·2022-11-28 04:57

RNA-seq中的生物学重复

生物学重复：经过相同方式处理相同样品（不是同一个体）。指样本重复，比如3只小鼠，同时做一种处理，就是三个生物学重复。消除组内误差：生物学重复可以测量变异程度。增强结果可靠性：测序的样本数越多，越能够降低背景差异。检测离群样本：异常样本的存在，会严重影响测序结果的准确性，通过计算样本间的相关性可以发现异常样本，将其排除。没有生物学重复实验发文章困难，如确实无法设置生物学重复。就得结合强有力的实验数据
bannerDr·2022-11-28 04:57

RNA-seq 详细教程：实验设计（2）

学习目标了解设置重复对于RNA-seq分析的重要性了解生物重复次数、测序深度和鉴定到的差异表达基因之间的关系了解如何设计RNA-seq实验，以避免批次效应1.注意事项了解RNA提取和RNA-seq文库制备实验过程中的步骤
冷冻工厂·2022-11-28 04:55

【大规模应用】2021年SC戈登贝尔奖paper思路

TwentyMicrosecondsofMolecularDynamicsSimulationBeforeLunch效果：64节点2W4原子基准比通用超级计算机快120倍，512节点在220W原子的核糖体系统上快460倍，使得超过5000万原子成为了可能应用：模拟生物大分子（如蛋白质、DNA、RNA
午夜研究院·2022-11-28 00:57

一招解决Conda安装卡在solving environment这一步！

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述
生信宝典·2022-11-27 19:52

单细胞数据分布 ZINB的理解

单细胞RNA测序(single-cellRNA-seq，scRNA-seq)数据是非常有特点的数据，具有很高的稀疏性(highsparsity)，具体表现为0非常多(zeroinflation)。
Maria254·2022-11-27 03:09

TACOS：一种用于准确预测细胞特异性长的非编码RNA亚细胞定位的新方法

《TACOS：一种用于准确预测细胞特异性长的非编码RNA亚细胞定位的新方法》《TACOS:anovelapproachforaccuratepredictionofcell-specificlongnoncodingRNAssubcellularlocalization
R1celee·2022-11-26 19:24

收藏|北大生信平台"单细胞分析、染色质分析"视频和PPT分享

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2022-11-26 13:41

R语言pheatmap包绘制热图

废话不多说，我们先导入数据和R包library(pheatmap)bc<-read.csv("E:/r/test/heatmap.csv",sep=',',header=TRUE)这是一个西红柿的RNA
天桥下的卖艺者·2022-11-26 13:49

RNA 治疗---小核酸药物有哪些？| MedChemExpress

图1.小核酸药物的发展历程传统药物VS.RNA药物然而RNA治疗有望扩大药物靶点的范围，包括传
qq_31985525·2022-11-26 08:10

Front Microbiol | 广东药科原丽红/水科院南海所姜敬哲-RNA病毒最新分类标准的讨论...

基于2020年ICTV报告再认识RNA病毒的分类标准AdiscussionofRNAvirustaxonomybasedonthe2020InternationalCommitteeonTaxonomyofVirusesreportArticle
刘永鑫Adam·2022-11-26 08:34

单细胞测序原理10X UMI Barcode

什么是单细胞测序单细胞RNA-Seq提供成千上万个单个细胞的transcriptionalprofiling。
hs6605015·2022-11-25 15:06

QQ plot 的解读

这个图形的形式非常简单，有点类似RNA-seq中评价两个样本相关性的散点图（图1）。这类图形为什么那么相似呢？因为它们本质上就是做两组数据的比较，判断它们是否基本一致。
hs6605015·2022-11-25 15:29

Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（三）

单细胞转录组数据分析（二）收藏|北大生信平台"单细胞分析、染色质分析"视频和PPT分享生信老司机以中心法则为主线讲解组学技术的应用和生信分析心得-限时免费scRNA-seq原始数据加工FastQC得到单细胞RNA-seq
生信宝典·2022-11-25 13:33

RNA 23. SCI文章中表达基因Cox模型的风险因子关联图（ggrisk）

点击关注，桓峰基因桓峰基因生物信息分析，SCI文章撰写及生物信息基础知识学习：R语言学习，perl基础编程，linux系统命令，Python遇见更好的你130篇原创内容公众号桓峰基因的教程不但教您怎么使用，还会定期分析一些相关的文章，学会教程只是基础，但是如果把分析结果整合到文章里面才是目的，觉得我们这些教程还不错，并且您按照我们的教程分析出来不错的结果发了文章记得告知我们，并在文章中感谢一下我们
桓峰基因·2022-11-25 11:35

IF: 8+ m6A调控因子与m6A相关的lnc/mRNA作为结直肠癌预后因子的综合性分析

系统命令，Python遇见更好的你86篇原创内容公众号这期分享21年12月发表在MolecularTherapy:NucleicAcid杂志（IF：8.86）文章，本文研究m6A调控因子与m6A相关的RNA
桓峰基因·2022-11-25 11:34

UNIX痛恨者手册

它们并不复杂：它们没有为呼吸，新陈代谢，肌体活动等功能提供什么，只有足够的DNA或RNA以供繁衍。比如，肺炎病毒比起它们入侵的细胞要小得多，但它们在每个肺炎流行季节都能够产生新的变种，造成无数人死亡。
scwinter·2022-11-25 09:12

2022.04.14【读书笔记】|WGCNA分析原理和数据挖掘技巧

文章目录背景RNA-seq分析一般逻辑局限性基因表达和调控方式与网络相关的基础概念无尺度网络模块以及模块特征值连通性非权重网络权重网络核心基因WGCNA网络原理和构建过程简介哲学理念网络构建的两个核心步骤基因的过滤去除低丰度的基因去除没有变化的基因最终期望
穆易青·2022-11-25 01:55

差异表达基因提取limma+WGCNA分析全代码

用limma包和WGCNA包进行RNA-seq数据分析#数据提取#GE512*0.8){re=0#去除在少于50%的样本中表达的基因}else{re=1}})table(tag)exprSet=1&FDRp-value
Shannon.Y·2022-11-25 01:20
上一页 22 23 24 25 26 27 28 29 下一页
按字母分类： ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ其他