RRBS

iMETHYL : 整合了DNA甲基化, SNP和RNA_seq的多组学联合数据库

在NGS飞速发展的时代，有大量研究通过GSWA的方法，阐述了SNP于疾病之间的关联;也有学者利用WGBS，RRBS,甲基化芯片等方式研究DNA甲基化与疾病之间的关系。
生信修炼手册·2024-02-01 07:13

甲基化-全基因组甲基化测序WGBS & RRBS

回顾表观基因组中5mC(DNA甲基化)概述：在甲基转移酶的作用下，DNA序列中的胞嘧啶(C)5`碳位结合一个甲基基团形成5`-甲基胞嘧啶的现象。DNA甲基化检测技术包括：基于Bisulfite转化的检测技术、基于限制性内切酶的检测技术、基于免疫共沉淀的检测技术。基于Bisulfite转化的检测技术通过亚硫酸氢盐将基因组中未发生甲基化的C碱基转换成U，进行PCR扩增后变成T，而有甲基化修饰的C碱基则
b2ad98a9e7bd·2023-11-30 08:43

WGBS vs RRBS

Howdoesbisulfitesequencing(WGBS/RRBS)work?DNA甲基化分析是NGS技术中越来越广泛的一项应用。
生信start_site·2023-11-01 03:21

易基因｜3文一览：简化甲基化测序（RRBS）技术优势及研究成果（医学+物种保护+农学）

大家好，本期我们通过3篇高分文章来解读简化甲基化测序（RRBS）技术优势及研究成果（医学+物种保护+农学）。
E_GENE·2023-07-20 09:32

表观技术 | 靶基因DNA甲基化和羟甲基化测序 定制精准检测

目前研究中常用的DNA甲基化测序方法包括全基因组（WGBS、oxWGBS等）、简化基因组（dRRBS、RRBS、XRRBS等）、靶向基因组（液相捕获）、靶向基因（扩增子）和850K芯片等，适用于多种不同应用场景
易基因科技·2023-04-17 19:51

易基因｜一文读懂精准简化基因组甲基化测序(RRBS+oxRRBS)分析怎么做

本期，我们讲讲精准简化基因组甲基化测序（RRBS+oxRRBS）怎么做，从技术原理、建库测序流程、信息分析流程等方面详细介绍。
易基因科技·2022-12-17 07:43

WDL学习笔记

一个WDL代码示例这是一个我老板用来跑RRBS的pipeline，以此来学习。workflowbismarkRRBS{S
你有康娜可爱吗·2022-02-14 17:36

NGS reads去重知多少

NGS数据reads去重的一般总结：RNA-seq一般不去重ChIP-seq一般要去重CallSNP一般要去重RRBS一般不去重Targeted-seq（
Peter_iris·2021-03-02 10:08

RRBS数据分析（一）

1、RRBS简介RRBS即reducedrepresentationbisulfitesequencing：第一步：使用MSPI内切酶处理，其识别序列是CCGG，切完之后，双链序列如下：CGG-----
elaine0622·2020-08-23 11:42

NGS项目三：ChiP-seq数据分析workflow

外延：几种技术的特性比较技术名称主要区别共同之处Chip-seq和Chip-chiq测序和芯片，开放性免疫沉淀Chip-seq和RNA-seq结合蛋白，全RNA高通量测序MeDIP-seq和RRBS免疫共沉淀和酶切
saghir·2020-07-10 01:12

生信软件工具-trim_galore

适用于所有高通量测序，包括RRBS(ReducedR
WarningMessage·2020-06-24 09:00

RRBS差异甲基化分析流程（更新版）

本文接bismark上游分析：https://www.jianshu.com/p/9f6939d1588a下文主要是：1、找到差异甲基化区域；2、注释差异甲基化区域library(methylKit)library(genomation)library(edmr)library(GenomicRanges)library(IRanges)library(mixtools)library(data.
桁_COLA·2020-03-23 20:26

methylKit 进行差异甲基化分析

methylKit是一个用于分析甲基化测序数据的R包，不仅支持WGBS，RRBS和目的区域甲基化测序，还支持oxBS-sq,TAB-seq等分析5hmc的数据。
生信修炼手册·2020-03-14 10:47

全基因组甲基化分析简述

目前，DNA甲基化检测的技术已经比较成熟，例如高通量的WGBS、RRBS、MeDIP-seq、MBD-seq，低通量的BSP、MSP等，其中以WGBS（Wholegenomebisulfitesequencing
浩渺予怀·2020-03-05 01:39

RRBS甲基化分析流程

【基本流程】Bismark—Methylkit—Genomation—GO/KEGG只求自己记得如果有人搜到了这个请你只看上面的四个基本流程然后分别搜索他们的用法比较坑的地方在于用Genomation包+BED文件来注释，以及将ID转换为NAME进而用于GO/KEGGhttps://blog.csdn.net/qq_29300341/article/details/80551131（btw：这篇文
桁_COLA·2020-01-31 21:50

文献阅读：Single-cell multiomics sequencing and analyses of human colorectal cancer

文献精读见：https://www.jianshu.com/p/922b756a76f6该文章的思维导图.png这篇文章由他们之前实验室的Tribio-seq1.0到2.0,由RRBS变成了WGBS文章总结
liu_ll·2019-12-06 09:27

RRBS甲基化分析流程

RRBS甲基化流程分析流程和普通的测序分析一致，首先fastqc质量检测，接着对序列进行修剪，修剪后再质量检测；如果质量检测通过，则进行序列回帖，然后去除重复，计算甲基化程度，以及一些后续分析，本次后续分析使用
wangyunpeng_bio·2018-06-02 20:44
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