Rosalind

Rosalind Java|Speeding Up Motif Finding

Rosalind编程问题之计算错误矩阵（failurearray）输出前后缀检索匹配。
学术程稻属·2024-01-15 20:00

Rosalind 040 Distances in Trees

这个问题涉及到图论中的树结构以及如何使用Newick格式来表示树。下面是关键概念的解释和解决问题的方法：图论中的树理解树中的唯一路径：在树这种图结构中，任意两个节点之间总是存在一条唯一的路径。这种唯一性是因为树是一个连通的、无循环的图。如果两个节点之间存在多条路径，就会形成一个循环，这在树中是不允许的。在系统发育学中的应用：在系统发育学中，树用来表示物种或群体之间的进化关系。两个分类群（物种或群体
Kyookk·2024-01-14 09:31

Rosalind 037 Counting Subsets

题目背景：这个问题来自于计算生物学领域，特别是涉及到了遗传学中的一个概念，即单核苷酸多态性（SNP）。SNP是遗传学研究中常用的一种基因特征，用于区分不同的生物个体或群体。例如，通过分析人类捐献者的SNP标记，科学家可以追踪人类种群在过去20万年间的迁移和分化。国家地理的“基因组计划”就是一个应用此类技术的例子，它允许个人通过基因型检测了解自己的遗传背景。在数学和计算生物学中，集合是一种基本概念，
Kyookk·2024-01-04 07:34

Rosalind 035 Creating a Distance Matrix

题目背景：这个问题涉及到计算一组DNA字符串的p距离矩阵。p距离是衡量序列间进化距离的一种方法。以下是问题和过程的详细说明：理解P距离：两个DNA字符串之间的p距离是指在相应位置上两个字符串不同的核苷酸比例。数学上来说，如果你有两个长度相同的字符串s1和s2，那么p距离dp(s1,s2)就是不同位置的数量除以字符串的总长度。距离矩阵：距离矩阵D是一个方阵，其中每个元素Di,j代表数据集中第i个和第
Kyookk·2024-01-04 07:03

Rosalind 036 Matching Random Motifs

题目背景：这个问题要求我们计算在一组随机生成的DNA字符串中，至少有一个字符串与给定的基序（特定的DNA序列）相匹配的概率。这些DNA字符串的随机生成受到给定的GC含量的控制，这是指DNA中要么是鸟嘌呤（G）要么是胞嘧啶（C）的碱基所占的比例。这个问题可以分解为以下几个部分：N：要生成的随机DNA字符串的数量。x：DNA字符串的GC含量。这个值在0和1之间，表示任何单个碱基（核苷酸）是G或C的概率
Kyookk·2024-01-04 07:03

Rosalind 038 Introduction to Alternative Splicing

题目背景：这个问题涉及到分子生物学中的“可变剪接”概念，并且使用计算方法来理解它。可变剪接：在分子生物学中，可变剪接是一种过程，通过这种过程，一个基因可以导致多种不同形式的mRNA，并因此产生不同的蛋白质。这是通过在mRNA加工过程中选择性地包括或排除不同的外显子集合来实现的。外显子和内含子：真核生物中的基因由外显子和内含子组成。外显子是保留在最终mRNA中并被翻译成蛋白质的序列，而内含子是在mR
Kyookk·2024-01-04 07:23

Rosalind 033 Finding a Shared Spliced Motif

https://rosalind.info/problems/lcsq/很经典的动态规划问题了。直接给出解题步骤：1.初始化矩阵：创建一个大小为(len(s)+1)x(len(t)+1)的矩阵。
Kyookk·2023-12-31 10:28

Rosalind 034 Ordering Strings of Varying Length Lexicographically

题目背景：这个题目要求生成并排序一个由给定字母表构成的字符串集合。首先，你会得到一个由最多12个符号组成的排列，这个排列定义了一个有序的字母表A。接着，给定一个正整数n（n不大于4），任务是生成所有可能的、长度最多为n的字符串，这些字符串由字母表A中的符号构成，并且需要按字典顺序排列。例如，如果字母表是D、N、A，且n=2，那么你需要生成所有由这三个字母构成、长度不超过2的字符串，并将它们按字典顺
Kyookk·2023-12-31 10:57

Rosalind 023 Perfect Matchings and RNA Secondary Structures

https://rosalind.info/problems/pmch/recent/题目的要求是：给定：一个长度不超过80的RNA字符串，它的’A’和’U’的个数相同，'C’和’G’的个
Kyookk·2023-12-31 10:27

Rosalind 025 Introduction to Random Strings

背景知识：我们知道基因组不仅仅是A、T、C和G的随机集合，而且整个基因组中存在大量不同的基序，其中一些基序在许多不同物种中是相似的。但由于人类基因组庞大，我们需要考虑我们正在查看的子序列是随机创建的可能性。在这个问题中，我们研究一种计算某个子序列随机发生的概率的简化方法。给定一个最多80bp的子字符串和一个包含最多20个随机字符串的GC内容的数组，并要求我们找到该子字符串与随机字符串完全匹配的概率
Kyookk·2023-12-31 10:27

Rosalind 032 Speeding Up Motif Finding

题目背景：这个问题涉及到计算一个给定DNA字符串的失败数组（failurearray）。失败数组是一种在字符串匹配算法（如KMP算法）中常用的工具。对于字符串s，它的失败数组P是一个数组，其中P[k]代表字符串s中从第j个字符到第k个字符的子串s[j:k]（不包括第k个字符）与s的某个前缀s[1:k-j+1]完全匹配的最长长度，且这里的j不能等于1（否则P[k]总是等于k）。按照惯例，P[1]=0
Kyookk·2023-12-31 10:27

Rosalind 001 Counting DNA Nucleotides

背景知识：核酸单体称为核苷酸，用作链长单位（简称nt）。每个核苷酸由三部分组成：糖分子，称为磷酸盐的带负电荷的离子，以及一种称为核碱基（简称“碱”）的化合物。聚合是通过一个核苷酸的糖与磷酸盐键实现的链中的下一个核苷酸，形成核酸链的糖磷酸骨架。关键点是特定类型核酸的核苷酸始终包含相同的糖和磷酸盐分子，它们的不同之处仅在于对基础的选择。因此，一条核酸链可以与另一个仅基于其基础顺序;这种碱基顺序定义了核
Kyookk·2023-12-31 10:57

rosalind练习题二十四

#Problem#Asubsequenceofapermutationisacollectionofelementsofthepermutationintheorderthattheyappear.Forexample,(5,3,4)isasubsequenceof(5,1,3,4,2).#Asubsequenceisincreasingiftheelementsofthesubsequencei
jkl_bio·2023-06-14 18:51

rosalind练习题二十五

#Problem#Foracollectionofstrings,alargerstringcontainingeveryoneofthesmallerstringsasasubstringiscalledasuperstring.#Bytheassumptionofparsimony,ashortestpossiblesuperstringoveracollectionofreadsserves
jkl_bio·2023-06-14 18:51

rosalind练习题二十六

#PerfectMatchingsandRNASecondaryStructures#Problem#Figure5.AperfectmatchingonthebasepairedgesishighlightedinredandrepresentsacandidatesecondarystructurefortheRNAstrand.AmatchinginagraphGisacollectiono
jkl_bio·2023-06-14 18:15

2022-09-18 ROSALIND_2: Transcribing DNA into RNA

#----ROSALIND_2:----#TranscribingDNAintoRNA"""DNA_base="ATCG"RNA_base="AUCG""""#GATGGAACTTGACTACGTAAATT
小孟在充电·2023-06-14 08:52

rosalind练习题二十一

#Problem#ADNAstringisareversepalindromeifitisequaltoitsreversecomplement.Forinstance,GCATGCisareversepalindromebecauseitsreversecomplementisGCATGC.SeeFigure2.#Given:ADNAstringoflengthatmost1kbpinFASTA
jkl_bio·2023-06-10 23:10

rosalind练习题二十三

#Problem#Assumethatanalphabethasapredeterminedorder;thatis,wewritethealphabetasapermutation=(a1,a2,…,ak),wherea1
jkl_bio·2023-06-10 23:10

rosalind练习题二十

#Problem#Inaweightedalphabet,everysymbolisassignedapositiverealnumbercalledaweight.Astringformedfromaweightedalphabetiscalledaweightedstring,anditsweightisequaltothesumoftheweightsofitssymbols.#Thesta
jkl_bio·2023-06-10 23:09

rosalind练习题二十二

#Problem#AfteridentifyingtheexonsandintronsofanRNAstring,weonlyneedtodeletetheintronsandconcatenatetheexonstoformanewstringreadyfortranslation.#Given:ADNAstrings(oflengthatmost1kbp)andacollectionofsub
jkl_bio·2023-06-10 22:36

2022-09-16 ROSALIND_1: Counting DNA Nucleotides

#----ROSALIND_1:----#CountingDNANucleotideswithopen("1_rosalind_dna.txt")asfile_object:seq=file_object.readlines
小孟在充电·2023-06-10 09:14

最长单调递增子序列 python_【ROSALIND】【练Python，学生信】24 求解最长递增子序列...

题目：最长递增子序列Given:Apositiveintegern(nsquare[i-1][j][1]:square[i][j]=['←',square[i][j-1][1]]else:square[i][j]=['↑',square[i-1][j][1]]i=0whilei0andj>0:ifsquare[i][j][0]=='↖':s3.append(square[i][0][0])i-=1
weixin_39629093·2023-04-19 13:25

生信刷题之ROSALIND——Part 2

目录1、CountingPointMutationsProblemSampleDatasetSampleOutputCodeOutput2、Mendel'sFirstLawProblemSampleDatasetSampleOutputCodeOutput3、TranslatingRNAintoProteinProblemSampleDatasetSampleOutputCodeOutput4、F
Dzfly..·2023-04-19 00:29

花体字练习—As You Like It (3)

主线依旧是女主角Rosalind和男主角Orlando的爱情故事，但莎翁并没有把笔墨全部集中在俩人卿卿我我唧唧歪歪的求爱过程，而是增加了很多副线，比如另外两对情人：宫廷弄臣Touchstone和乡村姑娘
Triaquae·2023-04-18 21:15

生信刷题之ROSALIND——Part 1

目录写在前面1、CountingDNANucleotidesProblemSampleDatasetSampleOutputCodeOutput2、TranscribingDNAintoRNAProblemSampleDatasetSampleOutputCodeOutput3、ComplementingaStrandofDNAProblemSampleDatasetSampleOutputCod
Dzfly..·2023-04-18 17:58

配合element-ui的分页和表格控件实现本地数据分页效果

age:18},{id:2,name:"Rory",age:18},{id:3,name:"Rosa",age:18},{id:4,name:"Rosalia",age:18},{id:5,name:"Rosalind
自己对了世界就对了·2023-03-23 18:53

2018-06-29（生信第7题目）

本次题目来自Rosalind对于多行的fasta序列，计算GC含量，并将最大的GC含量打印出来。
天秤座的机器狗·2023-03-19 14:30

2022-10-10 ROSALIND_12: Overlap Graphs

#----ROSALIND_12:----#OverlapGraphs#读取文件withopen("12_OverlapGraphs.txt")asf:DNA_string=f.readlines()DNA_string
小孟在充电·2023-03-11 15:07

Rosalind第18题：Open Reading Frames

ProblemEitherstrandofaDNAdoublehelixcanserveasthecodingstrandforRNAtranscription.Hence,agivenDNAstringimpliessixtotalreadingframes,orwaysinwhichthesameregionofDNAcanbetranslatedintoaminoacids:threerea
automan_huyaoge·2023-03-09 07:18

Rosalind第22题：RNA Splicing

ProblemAfteridentifyingtheexonsandintronsofanRNAstring,weonlyneedtodeletetheintronsandconcatenatetheexonstoformanewstringreadyfortranslation.Given:ADNAstring(oflengthatmost1kbp)andacollectionofsubstri
automan_huyaoge·2023-03-09 07:18

Rosalind第八题：将RNA转化成蛋白质

问题通过使用英文字母中的20个字母（除B，J，O，U，X和Z以外的所有字母）缩写20个常见氨基酸。蛋白质字符串由这20个符号构成。今后，术语“遗传串”将结合蛋白质串，DNA串和RNA串。的RNA密码子表使然关于特定的密码子编码成氨基酸字母的细节。给定：一个RNA串对应于mRNA的一个链（长度至多10kbp的）。返回值：编码的蛋白质字符串。样本数据集AUGGCCAUGGCGCCCAGAACUGAGA
automan_huyaoge·2023-03-09 07:17

2022-09-13 ROSALIND_10: Consensus and Profile

#----ROSLIND_10:----#ConsensusandProfilewithopen("10_ConsensusandProfile.txt")asf:DNA_strings=f.readlines()DNA_strings=[x.strip("\n")forxinDNA_strings]defmyConPro(sample_File):newDNA_strings=[]DNA_mat
小孟在充电·2023-02-05 03:54

2022-10-11 ROSALIND_14:Finding a Shared Motif

#----ROSALIND_14:----#FindingaSharedMotifwithopen("14_FindingaSharedMotif.txt")asf:DNA_file=f.readlines
小孟在充电·2022-10-11 12:23

2022-09-12 ROSALIND第五题 计算GC含量并返回最大值

#首先将文件逐行读入并且去除每一行末尾的换行符\nwithopen("ROSALIND_FASTA.txt")asfile:FASTAseq=file.readlines()FASTAseq=[x.rstrip
小孟在充电·2022-09-13 00:02

Day36-Rosalind练习题学习（2）

    又来做Rosalind题目啦~2.CountingDNANucleotides    这题也比较简单，就是给出一段DNA序列，将它翻译成RNA，本质上也就是将T碱基替换成U碱基。
腐草为嘤·2022-02-22 01:48

[Py012] 统计碱基数

有一段DNA序列s，统计四种碱基的个数这个是Rosalind的第一题http://rosalind.info/problems/dna/常规处理方法，使用str.count()函数In[9]:s='AGCTTTTCATTCTGACTGCAACGGGCAATATGTCTCTGTGTGGATTAAAAAAAGAGTGTCTGATAGCAGC'In
安哥生个信·2022-02-21 18:34

[Python | Rosalind | defaultdict] Counting DNA Nucleotides

CountingDNANucleotides###########################1)defaultdictinsteadofdictfromcollectionsimportdefaultdictwithopen('rosalind_dna.txt
三月yyy·2021-12-06 22:59

Day34-Rosalind初体验（1）

    之前在公司时就发现了Rosalind这个神奇的网站，作为生信的python入门练习简直是Perfect。
腐草为嘤·2021-06-24 15:08

Rosalind工具库: Entrez搜索NCBI资源库

IntroductiontoProteinDatabases蛋白质数据库中心UniProt提供了蛋白详细的注释，如功能描述，功能与结构，翻译后修饰。它还支持蛋白相似性搜索，分类分析和文献引用等。已知给定一个uniprotid,可以通过链接"http://www.uniprot.org/uniprot/uniprot_id.txt"或"http://www.uniprot.org/uniprot/u
xuzhougeng·2021-06-12 22:51

使用ROSALIND平台进行Python实战练习(一)

使用ROSALIND平台进行Python实战练习image-20181011163544215.pngPythonVillageINI1--InstallingPythonProblemAfterdownloadingandinstallingPython
Davey1220·2021-05-15 19:32

推荐一些学习的网站

Rosalind:http://rosalind.info/problems/locations/包含很多生物信息学相关的练习题image.pngpython方面：入门推荐廖雪峰https://www.liaoxuefeng.com
生信编程日常·2020-09-25 23:53

Rosalind: 兔子与递归

问题描述序列指的是一组对象的集合，其中允许重复。序列分为有限序列和无限序列两种类型，我们通常用表示序列中的第n个对象。递归其实就是当前的序列依赖于之前的序列。最典型的案例就是兔子繁衍问题，假设一开始第一个月有1对兔子（A），到了第二个月这对兔子(A)性成熟，到了第三个月这对兔子（A）生出了一对兔子（B）。到了第四个月兔子（A）又生了一对兔子（D），之前刚的兔子（B）性成熟。到了第五个月，兔子（A）
weixin_34130269·2020-09-16 07:30

生信课程资源推荐

https://www.coursera.org/image.png2.rosalind：收集了与生物信息学相关的问题，从编程开始学习生物信息学，熟悉之后就可以解决自己的生物问题。
生信编程日常·2020-09-06 19:51

ROSALIND Bioinformatics(11-15)

刷题ROSALIND，练编程水平http://rosalind.info/problems/list-view/11.MortalFibonacciRabbits(斐波那奇兔子有毒)image.png解题思路假设每对兔子在成年阶段每个月能产生
thinkando·2020-08-23 14:52

python练习题1 计算多个DNA序列中,GC比最高的序列

这是题目连接：http://rosalind.info/problems/gc/解决思路可以有多种，下面提供我想到的两种解决思路。
shenny!·2020-07-28 05:33

Rosalind工具库：使用Biopython处理生物数据

DNA互补链ComplementingaStrandofDNA根据Waston和Crick的双螺旋学说，DNA是存在两条链，并且根据A-T,C-G反向互补。由于DNA存在两条链，因此在分析基因组DNA序列时，我们需要要对这两条链分别处理。处理这个任务的工具有很多种，比如说EMBOSS/revseq.问题：给定FASTA格式的DNA序列，判断在这些序列中，有多少条序列的反向互补链和原来的链是相同的。
weixin_34223655·2020-07-12 09:06

python练习题2 从两个DNA序列中找到突变位点的数量

题目网址在这里：http://rosalind.info/problems/hamm/我对这道题的思路，用readlines()将两条序列的序列信息分别保存在两个变量中，然后再一一比对，比较适合这道题。
shenny!·2020-07-11 15:38

Rosalind工具库：使用Biopython处理生物数据

DNA互补链ComplementingaStrandofDNA根据Waston和Crick的双螺旋学说，DNA是存在两条链，并且根据A-T,C-G反向互补。由于DNA存在两条链，因此在分析基因组DNA序列时，我们需要要对这两条链分别处理。处理这个任务的工具有很多种，比如说EMBOSS/revseq.问题：给定FASTA格式的DNA序列，判断在这些序列中，有多少条序列的反向互补链和原来的链是相同的。
徐洲更hoptop·2020-07-07 08:00

ROSLIND网站中的python village中的答案

网站:[http://rosalind.info/problems/list-view/]一个关于生物信息学基础Python的网站，再次我对于其中关于pythonvillage中的问题提供一些解决方案。
承豆·2020-07-06 10:02

Rosalind工具库：使用Fastx-toolkit或trimmomatic进行质量控制

短读质量控制ReadFiltrationbyQuality由于各种因素，测序过程中一定会存在着错误，要么读错，要么漏读、要读多了。解决这种错误可以从源头，也就是测序仪改进，也可以通过生物信息学的手段，将可能错误的序列过滤掉。测序仪的下机数据一般都是FASTQ，第二列存放序列，第四列存放对应碱基的质量。由于空间有限，所以无法直接以0.01%这类形式存放概率，必须要做一些转换，从P值先还算成q值Q值i
徐洲更hoptop·2020-07-01 23:05
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